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GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE

GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值 #2021.12.12 本节,介绍如何使用R语言的lme4包拟合混合线性模型,计算最佳线性无偏估计(blue) 1. 使用lme4包进行blue值计算 这里,使用lme4包进行blue值计算,然后使用emmeans包进行预测均值(predict means)的计算,这样就可以将predict means作为表型值进行GWAS 「注意,lme4直接计算的固定因子(RIL)的效应值(BLUE值),不是我们最终的目的,因为它是效应值,有正有负,我们需要用预测均值将其变为与表型数据尺度一样的水平。」 (m2,classify = "RIL")$pval %>% as.data.frame() head(re2) 这里,用predict进行预测均值的计算,predicted.value这一列就是blue 95%的同学,在计算GWAS分析表型值计算时,都是用上面的模型计算出blue值,然后直接进行计算,其实还有更好的模型。

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GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE

GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值 #2021.12.13 本节,介绍如何使用R语言的asreml包拟合混合线性模型,定义残差异质,计算最佳线性无偏估计(blue) 1. 使用asreml计算BLUE值(定义残差同质) library(asreml) m1 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL 使用asreml计算BLUE值(定义残差异质) m2 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL + location:rep,residual 所以,该数据,应该选择地点异质的模型作为计算BLUE值的模型。 6. 计算最优模型的BLUE值 re2 = predict(m2,classify = "RIL")$pval %>% as.data.frame() head(re2) 7.

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    Jenkins 之 Blue Ocean

    Blue Ocean是什么 Blue Ocean 是 pipeline 的可视化UI。同时兼容经典的自由模式的 job。 Jenkins Pipeline 从头开始设计,但仍与自由式作业兼容,Blue Ocean 减少了经典模式下的混乱并为团队中的每个成员增加了清晰度。 Blue Ocean 显示了管道中需要注意的地方,促进异常处理并提高生产力 分支和拉取请求的本机集成,在与 Git 服务中的其他人协作编写代码时,可最大限度地提高开发人员的生产力 2. 安装 Blue Ocean 插件 Manage Jenkins -> Manage Plugins 安装完成后可以重启一下 Jenkins 点击一个打开 Blue Ocean 3. 使用 Blue Ocean 创建流水线 -> Git 输入源码仓库URL,输入git服务器的用户名和密码;然后点击创建证书 然后点击创建流水线。

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    持续交付-Blue Ocean 应用

    Blue Ocean 提供了一套可视化操作界面来帮助创建、编辑 Pipeline 任务。 安装与启动 Blue Ocean Blue Ocean 是 Jenkins 插件之一,在系统管理->插件管理,"可选插件" 中搜索 "Blue Ocean" 可以看到如下结果: 图片 选中 Blue Ocean 安装完成之后重启 Jenkins 进程,之后就可以在 Jenkins 页面上看到 Blue Ocean 的图标。单击 Blue Ocean 图标启动即可启动 Blue Ocean。 在 Blue Ocean 中创建 Pipeline 在 Blue Ocean 中单击 New Pipeline 创建新的流水线。 任务日志 图片 使用 Blue Ocean 进行单元测试与结果展示 对于包含单元测试的项目,Blue Ocean 可以运行单元测试并对其结果进行展示。下面用 java 单测项目进行举例。

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    Blue Ocean重新思考Jenkins用户体验

    Blue Ocean 重新思考Jenkins的用户体验,从新开始设计Jenkins Pipeline, 但仍然与自由式作业兼容,Blue Ocean减少了混乱而且进一步明确了团队中每个成员 Blue Ocean Blue Ocean 展示 Pipeline中需要关注的地方, 简化异常处理,提高生产力 本地集成分支和合并请求, 在与GitHub 和 Bitbucket中的其他人协作编码时实现最大程度的开发人员生产力 blue ocean入口,或直接在url中添加 /blue。 ? blue ocean 首页 ? ---- 创建流水线 选择项目的代码库信息,这里使用的gitlab,暂时选择Git。

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    Filter Blue Light for Better Sleep(APP 推荐)

    Included in the update is Night Shift, a blue light filter. Blue Shade – Amazon Fire Tablets Blue Shade In an update to Fire tablets at the end of last year, Amazon  introduced Blue Shade to filter blue light on screens. Blue Shade is available on more recent Fire tablets. To turn on Blue Shade on a Fire tablet, swipe down from the top of the screen and tap Blue Shade.

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    多年多年数据如何计算BLUE

    解答:可以使用多个表型值的平均值,作为品种的表型值,现在有更好的方法:BLUE值。 2. 为何使用BLUE值? 一般,有两个选择,BLUE值或者BLUP值,在GWAS中大都使用的BLUE值。 BLUE和BLUP的区别: BLUE值是混合线性模型中固定因子的估计效应值 BLUP值是混合线性模型中随机因子的估计效应值 BLUE和BLUP的代表: BLUE值着重在于评估品种现在的表现 BLUP值着重在于预测品种将来的表现 BLUE和BLUP的方差变化 BLUE只是对表型值根据地点,年份进行矫正,得到的数据和原来数据尺度一样 BLUP值会对表型数据进行压缩 3. 注意:植物中,一般的BLUE值需要加上截距(Intercept)。因为BLUE值中,第一个水平会当做0,其它为相对值,可以手动进行相加,也可以使用lsmeans包中的lsmeans。 结果中的predicted.value即为品种的BLUE值。

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    使用 Jenkins Blue Ocean 构建 Android 项目

    Blue Ocean 是 Jenkins 推出的一套新的 UI,对比经典 UI 更具有现代化气息。2017 年 4 月 James Dumay 在博客上正式推出了 Blue Ocean 1.0。 兼容 Blue Ocean 的 Jenkins 版本只需要安装插件即可使用,对于已经在使用 Pipeline 构建的 Jenkins Job 基本可以无缝切换到新 UI。 以构建 Android 项目为例,学习如何使用 Jenkins Blue Ocean 与 Pipeline,示例项目可以在 GitHub 上查看: https://github.com/TomCzHen 在 Jenkins 插件管理中安装 Blue Ocean Plugin 与 Android Signing Plugin 插件。 Jenkinsfile 参考文档:Blue Ocean Pipeline Syntax Pipeline Steps Reference Pipeline 功能在之前的 Jenkins 版本中已经存在了

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    Blue Jeans

    Blue Jeans 传送门:3080. Blue Jeans 题意: 一组字符串,求字符串组的公共最长子串,如果有多个最长,取alphabetical order最小。

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    BZOJ1569: Blue Mary的职员分配(dp 暴力)

    Limit: 15 Sec  Memory Limit: 162 MB Submit: 483  Solved: 189 [Submit][Status][Discuss] Description 由于Blue Mary呕心沥血的管理,Blue Mary的网络公司蒸蒸日上。 Blue Mary计划以最快的时间获得至少A单位金钱和至少B单位声誉,请你计算一下他至少需要多少时间才能达到他的目标。 Output 要求输出一行,包含一个整数,表示Blue Mary至少需要多少时间才能达到他的目标。

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    BZOJ 1568: Blue Mary开公司(超哥线段树)

    若单词为Query,则后接一个整数T,表示Blue Mary询问第T天的最大收益。

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    GWAS多环境表型数据用BLUE值还是BLUP值?

    回答1: I strongly recommend to use BLUE, as you are doing a two-stage analysis. 同时, 在模型中, 将品种作为固定因子, 计算了BLUE值. ? 这里, 使用了BLUE值, 而不是动物育种中的BLUP值. 估计了13个环境的遗传力, 计算了每一个环境的BLUE值. 在小麦育种中, 重点选择的是基因型值, 而不是育种值, 因此, 相比较BLUP值, BLUE值更适合.(这句话有点费解) ? 那么, LSMeans, BLUE, BLUP值有什么区别呢?可以见我之前写的文章:GWAS分析中表型值是使用BLUE值还是BLUP值? , 还有另一篇: 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值.

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    nginx 域名绑定 域名, nginx 域名绑定 端口

    一、nginx 域名绑定 域名 nginx绑定多个域名可又把多个域名规则写一个配置文件里,也可又分别建立多个域名配置文件,我一般为了管理方便,每个域名建一个文件,有些同类域名也可又写在一个总的配置文件里 一、每个域名一个文件的写法        首先打开nginx域名配置文件存放目录:/usr/local/nginx/conf/servers ,如要绑定域名www.itblood.com 则在此目录建一个文件 :www.itblood.com.conf然后在此文件中写规则,如: server{ listen 80; server_name www.itblood.com; #绑定域名 nginx服务器重起命令:/etc/init.d/nginx restart 二、一个文件多个域名的写法 一个文件添加多个域名的规则也是一样,只要把上面单个域名重复写下来就ok了,如: server{ 301跳转 如果不带www的域名要加301跳转,那也是和绑定域名一样,先绑定不带www的域名,只是不用写网站目录,而是进行301跳转,如: server { listen 80; server_name

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    UI Blue crystall class sap_bluecrystal is added here to html node

    版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。 ...

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    域名Whois查询API,域名Whois,域名历史Whois

    前段时间,不是写了个扫短位域名的脚本么,然后在网上找whois信息的时候,发现这家的查的挺详细的,然后今天分享一下。 首先是域名Whois查询: Api地址:http://whois.4.cn/api/main 请求类型:可Get可Post 请求参数: domain: vastsa.cn //你要查询域名 isRefresh 然后是Whois历史信息: Api地址:http://whois.4.cn/api/whoishistory 请求类型:可Get可Post 请求参数: domain: baidu.cn //要查询的域名

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    基于Docker平台的Jenkins安装与Blue Ocean使用入门(1)

    该镜像包含当前的长期支持 (LTS) 的Jenkins版本 (可以投入使用) ,捆绑了所有Blue Ocean插件和功能。这意味着你不需要单独安装Blue Ocean插件。  在大多数平台安装Jenkins时,默认情况下不安装 Blue Ocean 插件 及其所有其他依赖插件(组成Blue Ocean“插件套件”)。   3.点击 可用的 选项卡,然后在 过滤 文本框键入 blue ocean ,将过两次插件列表为名称/描述包含“blue”和“ocean”的插件名单。 访问 Blue Ocean   一旦Jenkins环境安装了Blue Ocean,登录到Jenkins经典UI 后,您可以通过点击左侧的 打开Blue Ocean 来访问Blue Ocean页面。 或者,您可以在您的Jenkins url后面追加 /blue 直接访问Blue Ocean (如 http://192.168.2.73:8080/blue)。

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    顶级域名 一级域名 二级域名 三级域名

    顶级域名又叫一级域名。 数有几个点,一个点一级,两个点二级。 顶级域名 .com baidu.com 二级域名 .com.cn www.baidu.com baike.baidu.com 三级域名 wencaifeng.blog.sohu.com 一级域名 xxx.com 二级域名 xxx.xxx.com ​ 发布者:全栈程序员栈长,转载请注明出处:https:

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    top什么域名 如何选择域名

    当我们决定要建设网站的时候,就需要去选择一个合适的域名了,市场上的域名多种多样,不同的域名作用也是不一样的,有些域名还分成了国内和国际,大家知道top什么域名吗? top什么域名 top什么域名? 如何选择域名 我们都知道域名是非常多的,当我们在选择域名的时候,一定要注意域名是属于国际的还是国内的,top域名就属于国际的通用域名,如果大家的网站用户主要是国外的话,就可以选择这样的国际通用域名了,但如果大家的网站用户主要是国内的话 ,选择国内的域名会比较好,国内比较通用的域名非常的多,如cn域名等等,如果大家想要使用国内和国际都通用的域名,也可以选择com域名。 此外,选择的域名最好是比较简单的,因为简单地域名才能给网站带来更多的流量。 域名非常的多,top什么域名? 它是国际通用顶级域名,在国际上受到了很多企业和用户的欢迎,而且十分的容易记忆,识别度也是非常高的。如果大家要选择域名,可以根据自己的需要来选择国内或是国际的域名

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