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GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE

GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值 #2021.12.12 本节,介绍如何使用R语言lme4包拟合混合线性模型,计算最佳线性无偏估计(blue) 1. 使用lme4包进行blue值计算 这里,使用lme4包进行blue值计算,然后使用emmeans包进行预测均值(predict means)计算,这样就可以将predict means作为表型值进行GWAS 「注意,lme4直接计算固定因子(RIL)效应值(BLUE值),不是我们最终目的,因为它是效应值,有正有负,我们需要用预测均值将其变为与表型数据尺度一样水平。」 ,predicted.value这一列就是blue值,两者结果一致。 95%同学,在计算GWAS分析表型值计算时,都是用上面的模型计算出blue值,然后直接进行计算,其实还有更好模型。

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GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE

GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值 #2021.12.13 本节,介绍如何使用R语言asreml包拟合混合线性模型,定义残差异质,计算最佳线性无偏估计(blue) 1. 使用asreml计算BLUE值(定义残差同质) library(asreml) m1 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL 使用asreml计算BLUE值(定义残差异质) m2 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL + location:rep,residual 两个模型达到极显著,所以定义残差异质模型是更好。 所以,该数据,应该选择地点异质模型作为计算BLUE模型。 6. 计算最优模型BLUE值 re2 = predict(m2,classify = "RIL")$pval %>% as.data.frame() head(re2) 7.

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    Jenkins 之 Blue Ocean

    Blue Ocean是什么 Blue Ocean 是 pipeline 可视化UI。同时兼容经典自由模式 job。 Jenkins Pipeline 从头开始设计,但仍与自由式作业兼容,Blue Ocean 减少了经典模式下混乱并为团队中每个成员增加了清晰度。 Blue Ocean 主要特点包括: 持续交付 (CD) 管道复杂可视化,允许快速直观地了解管道状态 管道编辑器- 通过引导用户通过直观和可视化过程来创建管道,使管道创建变得平易近人 个性化以适应团队每个成员基于角色需求 Blue Ocean 显示了管道中需要注意地方,促进异常处理并提高生产力 分支和拉取请求本机集成,在与 Git 服务中其他人协作编写代码时,可最大限度地提高开发人员生产力 2. 使用 Blue Ocean 创建流水线 -> Git 输入源码仓库URL,输入git服务器用户名和密码;然后点击创建证书 然后点击创建流水线。

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    持续交付-Blue Ocean 应用

    Blue Ocean 特性: 流水线编辑器:用于创建贯穿始终持续交付流水线,是一种直观并可视化流水线编辑器。 流水线可视化:对流水线可视化表示,提高了全企业范围内持续交付过程清晰度。 安装完成之后重启 Jenkins 进程,之后就可以在 Jenkins 页面上看到 Blue Ocean 图标。单击 Blue Ocean 图标启动即可启动 Blue Ocean。 在 Blue Ocean 中创建 Pipeline 在 Blue Ocean 中单击 New Pipeline 创建新流水线。 Blue Ocean 图形化编辑工作流 图片 编辑完后会生成 Jenkinsfile,并提交到你代码库根目录,你可以选择提交到 master 分支或者提交到一个新创建分支。 Blue Ocean 任务进度查询 图片 查看日志视图 单击任务中对应工作节点,可以查询任务运行过程中日志详情。

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    Blue Ocean重新思考Jenkins用户体验

    Blue Ocean 重新思考Jenkins用户体验,从新开始设计Jenkins Pipeline, 但仍然与自由式作业兼容,Blue Ocean减少了混乱而且进一步明确了团队中每个成员 Blue Ocean Pipeline 编辑器 - 引导用户通过直观、可视化过程来创建Pipeline,从而使Pipeline创建变得平易近人。 个性化 以适应团队中每个成员不同角色需求。 Blue Ocean 展示 Pipeline中需要关注地方, 简化异常处理,提高生产力 本地集成分支和合并请求, 在与GitHub 和 Bitbucket中其他人协作编码时实现最大程度开发人员生产力 blue ocean入口,或直接在url中添加 /blue。 ? blue ocean 首页 ? ---- 创建流水线 选择项目的代码库信息,这里使用gitlab,暂时选择Git。 进入了流水线编辑页面,对于新同学比较好理解,这其实就是在自定义流水线过程。我们先来配置一下流水线将要运行节点,这里默认使用是master节点。 ?

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    Filter Blue Light for Better Sleep(APP 推荐)

    Included in the update is Night Shift, a blue light filter. Blue Shade – Amazon Fire Tablets Blue Shade In an update to Fire tablets at the end of last year, Amazon  introduced Blue Shade to filter blue light on screens. Blue Shade is available on more recent Fire tablets. To turn on Blue Shade on a Fire tablet, swipe down from the top of the screen and tap Blue Shade.

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    BZOJ1569: Blue Mary职员分配(dp 暴力)

    Limit: 15 Sec  Memory Limit: 162 MB Submit: 483  Solved: 189 [Submit][Status][Discuss] Description 由于Blue Mary呕心沥血管理,Blue Mary网络公司蒸蒸日上。 Blue Mary计划以最快时间获得至少A单位金钱和至少B单位声誉,请你计算一下他至少需要多少时间才能达到他目标。 Output 要求输出一行,包含一个整数,表示Blue Mary至少需要多少时间才能达到他目标。 刚开始想是二分+dp瞎搞,应该能过 但是std真的好暴力骚啊 $f[i][a][b][sta]$表示此时已经有了$i$个人,$a$点金钱,$b$点声誉,里上一次打广告过去了$sta$天 转移时候枚举一下当前

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    多年多年数据如何计算BLUE

    解答:可以使用多个表型值平均值,作为品种表型值,现在有更好方法:BLUE值。 2. 为何使用BLUE值? 一般,有两个选择,BLUE值或者BLUP值,在GWAS中大都使用BLUE值。 BLUE和BLUP区别: BLUE值是混合线性模型中固定因子估计效应值 BLUP值是混合线性模型中随机因子估计效应值 BLUE和BLUP代表: BLUE值着重在于评估品种现在表现 BLUP值着重在于预测品种将来表现 BLUE和BLUP方差变化 BLUE只是对表型值根据地点,年份进行矫正,得到数据和原来数据尺度一样 BLUP值会对表型数据进行压缩 3. 数据中lsmeans即为品种BLUE值,可以作为GWAS或者GS表型值进行后续计算。 结果中predicted.value即为品种BLUE值。

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    使用 Jenkins Blue Ocean 构建 Android 项目

    Blue Ocean 是 Jenkins 推出一套新 UI,对比经典 UI 更具有现代化气息。2017 年 4 月 James Dumay 在博客上正式推出了 Blue Ocean 1.0。 兼容 Blue Ocean Jenkins 版本只需要安装插件即可使用,对于已经在使用 Pipeline 构建 Jenkins Job 基本可以无缝切换到新 UI。 在 Jenkins 插件管理中安装 Blue Ocean Plugin 与 Android Signing Plugin 插件。 Jenkinsfile 参考文档:Blue Ocean Pipeline Syntax Pipeline Steps Reference Pipeline 功能在之前 Jenkins 版本中已经存在了 参数 使用 parameters 块来声明参数化,不过由于 Blue Ocean 与 Declarative Pipeline 都是新生事物,所以当前支持参数类型有限,需要等待社区扩展或者以 Scripted

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    Blue Jeans

    Blue Jeans 传送门:3080. Blue Jeans 题意: 一组字符串,求字符串组公共最长子串,如果有多个最长,取alphabetical order最小。 思路: KMP + 暴力枚举子串,不过Java关于模式匹配,已有封装好代码,如下: import java.io.BufferedReader; import java.io.File; import

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    BZOJ 1568: Blue Mary开公司(超哥线段树)

    若单词为Query,则后接一个整数T,表示Blue Mary询问第T天最大收益。  若单词为Project,则后接两个实数S,P,表示该种设计方案第一天收益S,以及以后每天比上一天多出收益P。 提示:本题读写数据量可能相当巨大,请选手注意选择高效文件读写方式。 超哥线段树是处理一次函数一种线段树, 在超哥线段树中,每一个节点保存着一个一次函数所对应编号, 那他是怎么保存呢? 借用一位大神图片 ? 没错就是这样, 然后对于每一次插入操作, 我们去递归当前 值小节点 值 可能比 值大节点 值 大方向。。。。。。。 if(pd(now,tree[k],l)) tree[k]=now; return ; } int mid=(l+r)>>1; if(a[now].k>a[tree[k]].k)// 当前点斜率比目标点斜率大

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    基于Docker平台Jenkins安装与Blue Ocean使用入门(1)

    该镜像包含当前长期支持 (LTS) Jenkins版本 (可以投入使用) ,捆绑了所有Blue Ocean插件和功能。这意味着你不需要单独安装Blue Ocean插件。 3.点击 可用 选项卡,然后在 过滤 文本框键入 blue ocean ,将过两次插件列表为名称/描述包含“blue”和“ocean”插件名单。 注意:   无需选择此过滤列表中其他插件复选框,因为 Blue Ocean 插件具有其他插件依赖关系(构成Blue Ocean插件套件),当您点击安装, 其他插件将被自动选择和安装。 访问 Blue Ocean   一旦Jenkins环境安装了Blue Ocean,登录到Jenkins经典UI 后,您可以通过点击左侧 打开Blue Ocean 来访问Blue Ocean页面。 或者,您可以在您Jenkins url后面追加 /blue 直接访问Blue Ocean (如 http://192.168.2.73:8080/blue)。

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    GWAS多环境表型数据用BLUE值还是BLUP值?

    , 这是最好. 2, 如果一定要进行two-stage, 即先计算校正值, 然后进行GS或者GWAS, 那么推荐使用品种BLUE值, 而不是BLUP值. 文献1: 这篇文章是冬小麦GS文章. ? 这里, 计算了小区遗传力, 残差除以每个基因型调和平均数. 同时, 在模型中, 将品种作为固定因子, 计算了BLUE值. ? 这里, 使用了BLUE值, 而不是动物育种中BLUP值. 估计了13个环境遗传力, 计算了每一个环境BLUE值. 在小麦育种中, 重点选择是基因型值, 而不是育种值, 因此, 相比较BLUP值, BLUE值更适合.(这句话有点费解) ? 那么, LSMeans, BLUE, BLUP值有什么区别呢?可以见我之前写文章:GWAS分析中表型值是使用BLUE值还是BLUP值?

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    UI Blue crystall class sap_bluecrystal is added here to html node

    版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。 ...

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    B站最火数学视频3Blue1Brown是如何制作

    授权转发自 知乎网友 李狗嗨 原文地址:https://www.zhihu.com/question/57357012/answer/723888621 相信很多人都知道3Blue1Brown,这是一个由斯坦福大学数学系学生 现在最新版本是基于Python 3,以前基于Python 2.7教程已经不再适用于当前代码。所以在安装过程中,遇到了不少新问题,在解决过程中记录了这些新问题解决方法。并形成此文。 这里演示也是基于Windows 10 系统,在安装Anaconda基础上完成。 选择”环境变量”-“用户变量”中”Path”-“编辑”-“新建”。 ? 然后把解压后FFmpegbin文件夹路径和dvisvgmdvisvgm文件夹路径添加进去,并选择确定。 如果安装成功,感谢点赞支持,如果配置遇到什么问题,欢迎在评论区留言~ (注:本教程仅针对Windows 10 64位系统) 3Blue1BrownB站主页: https://space.bilibili.com

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    GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值(lsmeans)

    GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值(lsmeans) #2021.12.11 上一次,我计划写个系列,为何? 要用BLUE值作表型进行GWAS分析,GWAS分析多年多点或者一年多点数据时,如何计算矫正后均值(BLUE值),肝了一上午,写了四篇,从原理到计算方法到代码展示,后面四天素材就有了,总结一些东西, 系数结果是: 注意,这里值是系数,不是最小二乘均值。 这里,如果我们要计算第一个品种RIL1lsmeans(最小二乘均值),我们需要: 即我们需要整体均值 + 品种RIL1回归系数 + 地点效应平均值 + 地点内区组效应品均值 + 品种RIL1和地点互作效应品均值 总结 一般,很少用一般线性模型去估算最小二乘均值,都是用混合线性模型,将品种作为固定因子,去估计BLUE值(最佳线性无偏估计)。

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    Facebook全新无监督机器翻译法,BLUE测试提升超过10分!

    ,在BLUE基准测试上取得了10分以上提升。 在即将举行EMNLP 2018上,Facebook研究人员将展示他们结果。 新方法比以前最先进无监督方法有了显著改进,其效果相当于使用近10万个参考译文训练过监督方法。 用机器翻译常用基准BLEU衡量,Facebook新方法实现了超过10分改善(BLEU上提高1分就已经是相当了不起成果了)。 在所有情况下,新方法比其他无监督方法都有很大改进,有时甚至超过了使用监督学习方法进行训练翻译系统得出结果。 从短期来看,这肯定有助于我们翻译更多语言并提高训练数据少语言翻译质量。但是,从这种新方法和基本原则中获得知识,可以远远超出机器翻译范畴。

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    完结篇 | GWAS计算BLUE值4--联合方差分析演示

    GWAS计算BLUE值4--联合方差分析演示 #2021.12.14 本篇,用书籍中数据和结论,用R语言一般线性模型和混合线性模型,做一下一年多点联合方差分析演示。 1. 计算BLUE值 # 计算BLUE值 re = predict(mod1,"cul")$pval %>% as.data.frame() head(re) 保存到本地excel文件: write.xlsx (re,"re_blue.xlsx") 混合线性模型进行一年多点数据分析优越性介绍 这里看一下专家是怎么说: ❝[1]王春平, 胡希远, 沈琨仑. 「无论误差方差同质还是误差方差异质模型,都是线性混合模型误差方差协方差特例,因此两者都可以用混合线性模型框架进行分析,这时试验固定效应估计是最佳线性无偏估计(BLUE)」,当方差同质时,BLUE 相当于OLSE,当误差方差异质时,BLUE相当于WLSE。

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    客户端js js脚本引入 js解析过程

    在core.js执行时候读取这段文本,然后动态执行一次。浏览器不会执行之间代码 html中事件处理程序 当脚本所在html文件被载入时候。脚本里js会执行一次。 为了可交互,js会定义事件处理程序即web浏览器先注册函数,并在之后调用其作为事件响应。其中事件处理程序属性可以包含任意条js语句。相互之间用逗号分隔。 url中js 应用用途 书签 通过协议类型指定url内容为任意字符串,该字符串是会被js解释器运行js代码,其会被当成单独一行代码实现。即语句之间必须使用分号作为分割。 即,书签实现。 事件驱动js js还能通过注册事件程序函数写程序。之后在发生该事件时候异步调用这些函数。 程序会响应一个事件,然后调用一个函数,该函数称为事件处理程序,事件监听器,或者回调,将该函数注册。   将一个监听器和回调函数绑定,当监听器被触发时候,回调函数将会被触发。 客户端js线程模型 js客户端为单线程模型。

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