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GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE

GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值 #2021.12.12 本节,介绍如何使用R语言lme4包拟合混合线性模型,计算最佳线性无偏估计(blue) 1....使用lme4包进行blue值计算 这里,使用lme4包进行blue值计算,然后使用emmeans包进行预测均值(predict means)计算,这样就可以将predict means作为表型值进行GWAS...「注意,lme4直接计算固定因子(RIL)效应值(BLUE值),不是我们最终目的,因为它是效应值,有正有负,我们需要用预测均值将其变为与表型数据尺度一样水平。」...,predicted.value这一列就是blue值,两者结果一致。...95%同学,在计算GWAS分析表型值计算时,都是用上面的模型计算出blue值,然后直接进行计算,其实还有更好模型。

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Jenkins 之 Blue Ocean

Blue Ocean是什么 Blue Ocean 是 pipeline 可视化UI。同时兼容经典自由模式 job。...Jenkins Pipeline 从头开始设计,但仍与自由式作业兼容,Blue Ocean 减少了经典模式下混乱并为团队中每个成员增加了清晰度。...Blue Ocean 主要特点包括: 持续交付 (CD) 管道复杂可视化,允许快速直观地了解管道状态 管道编辑器- 通过引导用户通过直观和可视化过程来创建管道,使管道创建变得平易近人 个性化以适应团队每个成员基于角色需求...Blue Ocean 显示了管道中需要注意地方,促进异常处理并提高生产力 分支和拉取请求本机集成,在与 Git 服务中其他人协作编写代码时,可最大限度地提高开发人员生产力 2....使用 Blue Ocean 创建流水线 -> Git 输入源码仓库URL,输入git服务器用户名和密码;然后点击创建证书 然后点击创建流水线。

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GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE

GWAS计算BLUE值3--LMM考虑残差异质计算BLUE值 #2021.12.13 本节,介绍如何使用R语言asreml包拟合混合线性模型,定义残差异质,计算最佳线性无偏估计(blue) 1....使用asreml计算BLUE值(定义残差同质) library(asreml) m1 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL...使用asreml计算BLUE值(定义残差异质) m2 = asreml(height ~ RIL, random = ~ location + location:RIL + location:rep,residual...两个模型达到极显著,所以定义残差异质模型是更好。 所以,该数据,应该选择地点异质模型作为计算BLUE模型。 6....计算最优模型BLUE值 re2 = predict(m2,classify = "RIL")$pval %>% as.data.frame() head(re2) 7.

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持续交付-Blue Ocean 应用

Blue Ocean 特性: 流水线编辑器:用于创建贯穿始终持续交付流水线,是一种直观并可视化流水线编辑器。 流水线可视化:对流水线可视化表示,提高了全企业范围内持续交付过程清晰度。...安装完成之后重启 Jenkins 进程,之后就可以在 Jenkins 页面上看到 Blue Ocean 图标。单击 Blue Ocean 图标启动即可启动 Blue Ocean。...在 Blue Ocean 中创建 Pipeline 在 Blue Ocean 中单击 New Pipeline 创建新流水线。...Blue Ocean 图形化编辑工作流 图片 编辑完后会生成 Jenkinsfile,并提交到你代码库根目录,你可以选择提交到 master 分支或者提交到一个新创建分支。...Blue Ocean 任务进度查询 图片 查看日志视图 单击任务中对应工作节点,可以查询任务运行过程中日志详情。

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Blue Ocean重新思考Jenkins用户体验

Blue Ocean 重新思考Jenkins用户体验,从新开始设计Jenkins Pipeline, 但仍然与自由式作业兼容,Blue Ocean减少了混乱而且进一步明确了团队中每个成员 Blue Ocean...Pipeline 编辑器 - 引导用户通过直观、可视化过程来创建Pipeline,从而使Pipeline创建变得平易近人。 个性化 以适应团队中每个成员不同角色需求。...Blue Ocean 展示 Pipeline中需要关注地方, 简化异常处理,提高生产力 本地集成分支和合并请求, 在与GitHub 和 Bitbucket中其他人协作编码时实现最大程度开发人员生产力...blue ocean入口,或直接在url中添加 /blueblue ocean 首页 ---- 创建流水线 选择项目的代码库信息,这里使用gitlab,暂时选择Git。...接下来选择创建流水线 进入了流水线编辑页面,对于新同学比较好理解,这其实就是在自定义流水线过程。我们先来配置一下流水线将要运行节点,这里默认使用是master节点。

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多年多年数据如何计算BLUE

解答:可以使用多个表型值平均值,作为品种表型值,现在有更好方法:BLUE值。 2. 为何使用BLUE值? 一般,有两个选择,BLUE值或者BLUP值,在GWAS中大都使用BLUE值。...BLUE和BLUP区别: BLUE值是混合线性模型中固定因子估计效应值 BLUP值是混合线性模型中随机因子估计效应值 BLUE和BLUP代表: BLUE值着重在于评估品种现在表现 BLUP值着重在于预测品种将来表现...BLUE和BLUP方差变化 BLUE只是对表型值根据地点,年份进行矫正,得到数据和原来数据尺度一样 BLUP值会对表型数据进行压缩 3....数据中lsmeans即为品种BLUE值,可以作为GWAS或者GS表型值进行后续计算。...结果中predicted.value即为品种BLUE值。

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用Rust编写Vivo Blue OS

有几个大字赫然映入眼帘在老者眼眸中,Blue OS。 并用不太流利中式英文说出:卜路 哦爱四。这是啥玩意,该不会和CNMIOS是一个东西哇。...此时,少年停止了抖动,极力控制住自己,并用几乎癫狂声音从它那个「公鸭嗓」中挤出一句话: ❝Blue OS是用Rust编写「全球首款」操作系统系统框架 ❞ 此时老者还不相信自己眼睛,又把眼镜取下哦...不得不说,在操作系统面前,前有Harmony OS,后有CNMIOS,这又来了一个Blue OS 所以,我们今天就来介绍一下Blue OS。...│ └── manifest.json 项目配置文件,配置应用图标、页面路由等 └── jsconfig.json js 配置文件,用于语法校验 └── package.json...greeting }} .greeting { color: red; font-weight: bold; } 这就应证了上面说Blue

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使用 Jenkins Blue Ocean 构建 Android 项目

Blue Ocean 是 Jenkins 推出一套新 UI,对比经典 UI 更具有现代化气息。2017 年 4 月 James Dumay 在博客上正式推出了 Blue Ocean 1.0。...兼容 Blue Ocean Jenkins 版本只需要安装插件即可使用,对于已经在使用 Pipeline 构建 Jenkins Job 基本可以无缝切换到新 UI。...在 Jenkins 插件管理中安装 Blue Ocean Plugin 与 Android Signing Plugin 插件。...Jenkinsfile 参考文档:Blue Ocean Pipeline Syntax Pipeline Steps Reference Pipeline 功能在之前 Jenkins 版本中已经存在了...参数 使用 parameters 块来声明参数化,不过由于 Blue Ocean 与 Declarative Pipeline 都是新生事物,所以当前支持参数类型有限,需要等待社区扩展或者以 Scripted

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BZOJ 1568: Blue Mary开公司(超哥线段树)

若单词为Query,则后接一个整数T,表示Blue Mary询问第T天最大收益。 ...若单词为Project,则后接两个实数S,P,表示该种设计方案第一天收益S,以及以后每天比上一天多出收益P。 提示:本题读写数据量可能相当巨大,请选手注意选择高效文件读写方式。...超哥线段树是处理一次函数一种线段树, 在超哥线段树中,每一个节点保存着一个一次函数所对应编号, 那他是怎么保存呢? 借用一位大神图片 ?...没错就是这样, 然后对于每一次插入操作, 我们去递归当前 值小节点 值 可能比 值大节点 值 大方向。。。。。。。...if(pd(now,tree[k],l)) tree[k]=now; return ; } int mid=(l+r)>>1; if(a[now].k>a[tree[k]].k)// 当前点斜率比目标点斜率大

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更换主题-七彩之家BLUE2.0以及后续修改

更换主题-七彩之家BLUE2.0以及后续修改 作者:matrix 被围观: 9,648 次 发布时间:2013-07-31 分类:Wordpress 兼容并蓄 零零星星 | 2 条评论 »...这是一个创建于 3319 天前主题,其中信息可能已经有所发展或是发生改变。...强大小墙、强大功能、更是辛苦了自说Me话 图片有点不科学,打开时候要注意啦 同学~ 无意中发现个好看cms主题BLUE2.0之后就果断跟换,然后就一连串修改调整。。。.../my-quicktags.js', array('quicktags') ); } 主题目录内添加my-quicktags.js文件: QTags.addButton...\jquery.js中添加控制语句: /*************************** Toggle伸缩 就少了”jQuery(document).ready(function(){“这句ready

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基于Docker平台Jenkins安装与Blue Ocean使用入门(1)

该镜像包含当前长期支持 (LTS) Jenkins版本 (可以投入使用) ,捆绑了所有Blue Ocean插件和功能。这意味着你不需要单独安装Blue Ocean插件。...3.点击 可用 选项卡,然后在 过滤 文本框键入 blue ocean ,将过两次插件列表为名称/描述包含“blue”和“ocean”插件名单。...注意:   无需选择此过滤列表中其他插件复选框,因为 Blue Ocean 插件具有其他插件依赖关系(构成Blue Ocean插件套件),当您点击安装, 其他插件将被自动选择和安装。...访问 Blue Ocean   一旦Jenkins环境安装了Blue Ocean,登录到Jenkins经典UI 后,您可以通过点击左侧 打开Blue Ocean 来访问Blue Ocean页面。...或者,您可以在您Jenkins url后面追加 /blue 直接访问Blue Ocean (如 http://192.168.2.73:8080/blue)。

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Windows Blue首个测试版将于7月发布

事实上,在Windows 8发布之后,微软仍然在通过更新方式对其进行完善和优化。随着时间推移,有关Windows Blue传言也越来越多。...而目前受到公认是,Blue将会是Microsoft全系列产品一次统一升级,而不仅仅是Windows系列。...第一个Windows Blue测试版将在六月下旬面向所有开发人员发布。 谈到Windows Blue,Julie Larson-Green表示这次更新将会非常轻松。...即便如此,有关Windows Blue技术细节我们仍然知之甚少。甚至于这次更新名字都还没有一个官方说法。...尽管微软仍然对Windows Blue采取保密态度,但是我们仍然能从首席财务官博客上找到一些蛛丝马迹: Windows Blue将提供更加广泛创新平台,支持更多尺寸设备,更好电源管理和性能,

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GWAS多环境表型数据用BLUE值还是BLUP值?

, 这是最好. 2, 如果一定要进行two-stage, 即先计算校正值, 然后进行GS或者GWAS, 那么推荐使用品种BLUE值, 而不是BLUP值....文献1: 这篇文章是冬小麦GS文章. ? 这里, 计算了小区遗传力, 残差除以每个基因型调和平均数. 同时, 在模型中, 将品种作为固定因子, 计算了BLUE值. ?...这里, 使用了BLUE值, 而不是动物育种中BLUP值. 估计了13个环境遗传力, 计算了每一个环境BLUE值....在小麦育种中, 重点选择是基因型值, 而不是育种值, 因此, 相比较BLUP值, BLUE值更适合.(这句话有点费解) ?...那么, LSMeans, BLUE, BLUP值有什么区别呢?可以见我之前写文章:GWAS分析中表型值是使用BLUE值还是BLUP值?

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B站最火数学视频3Blue1Brown是如何制作

授权转发自 知乎网友 李狗嗨 原文地址:https://www.zhihu.com/question/57357012/answer/723888621 相信很多人都知道3Blue1Brown,这是一个由斯坦福大学数学系学生...现在最新版本是基于Python 3,以前基于Python 2.7教程已经不再适用于当前代码。所以在安装过程中,遇到了不少新问题,在解决过程中记录了这些新问题解决方法。并形成此文。...这里演示也是基于Windows 10 系统,在安装Anaconda基础上完成。...选择”环境变量”-“用户变量”中”Path”-“编辑”-“新建”。 ? 然后把解压后FFmpegbin文件夹路径和dvisvgmdvisvgm文件夹路径添加进去,并选择确定。...如果安装成功,感谢点赞支持,如果配置遇到什么问题,欢迎在评论区留言~ (注:本教程仅针对Windows 10 64位系统) 3Blue1BrownB站主页: https://space.bilibili.com

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GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值(lsmeans)

GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值(lsmeans) #2021.12.11 上一次,我计划写个系列,为何?...要用BLUE值作表型进行GWAS分析,GWAS分析多年多点或者一年多点数据时,如何计算矫正后均值(BLUE值),肝了一上午,写了四篇,从原理到计算方法到代码展示,后面四天素材就有了,总结一些东西,...系数结果是: 注意,这里值是系数,不是最小二乘均值。...这里,如果我们要计算第一个品种RIL1lsmeans(最小二乘均值),我们需要: 即我们需要整体均值 + 品种RIL1回归系数 + 地点效应平均值 + 地点内区组效应品均值 + 品种RIL1和地点互作效应品均值...总结 一般,很少用一般线性模型去估算最小二乘均值,都是用混合线性模型,将品种作为固定因子,去估计BLUE值(最佳线性无偏估计)。

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Twitter Blue订阅引发冒牌危机

据Bleeping Computer 11月10日消息,Twitter在近期推出“ Twitter Blue”蓝色认证功能已开始被网络不法分子以冒充形式滥用,让这项每月需花费7.99美元订阅服务认证机制及安全性受到质疑...Twitter Blue订阅服务能够为用户账号提供优先推文、更少广告、发布更长媒体内容等特权,而最引人注目的特征,则是会在账号名称后面加上一个表示“已验证”蓝色徽标。...在马斯克例子中,虚假帐号直接从马斯克真实帐号全盘复制个人资料,并通过了Twitter Blue认证。...【真(右)假(左)马斯克推特账号都带有蓝色认证】 到目前为止,区分是否经Twitter Blue订阅认证账号唯一方法是点击账号蓝色认证徽标,查看弹窗中认证说明信息,过去以知名人士或组织机构身份认证账号会被描述为...11月初,马斯克在接管Twitter后正式推出Twitter Blue订阅服务,在此之前,马斯克就曾表示,要改进该平台认证流程,但Twitter Blue所带来这一混乱局面已经引发诸多不满。

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