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跟着Gut学画图:R语言ggtree包图的简单小例子

alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents 中的Figure3A image.png image.png R语言里...image.png 代码 df1<-read.delim("tip_group.txt") head(df1) tree<-full_join(tree,df1,by="label") col<-c(...color=group1), hratio=3)+ scale_color_manual(values = c(..."#2398c5","#febf68")) 最终结果 image.png 这里还用到了ggnewscale这个包,如果是第一次使用需要安装 示例数据和代码放到了今天 次条推文的留言区 次条推文是一个广告...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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除了图,circlize竟然能这样用?

02 整体布局与初始化 首先加载包,调整画布范围,避免基因标签出界(默认画布大小为c(1,1)c(1,1))。...library(circlize) # circos.clear() #这个命令用于清空画布,错时要运行此命令重新再。...#整体布局 circos.par(canvas.xlim =c(-1.1,1.1),canvas.ylim = c(-1.1,1.1),cell.padding = c(0.02,0,0.02,0))...03 第一圈 第一圈一定要使用circos.initialize进行初始化,初始化需要设定factors。factors可以粗暴地理解为最外圈有多少个方块种类。...假设你已经下载好了,现在开始处理文件: 将数据库的配体-受体对mapping到自己数据中 下面这一段代码都是处理文件的过程,用的都是非常基础的R语言数据处理知识,看不懂的童鞋自己去问谷歌吧。

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跟着Nature Communications学画图:R语言circlize包图展示基因密度

其中有一个图的代码 正好自己最近在学习circlize这个包,所以重复一下这个代码 但是这个代码只有一部分,数据也只公开了染色体长度的部分,所以我们只能按照这个代码画出最外圈表示染色体的部分,也就是论文中...circos.par("track.height"=0.8,gap.degree=5,start.degree =86,clock.wise = T, cell.padding=c(...0,0,0,0)) circos.initialize(factors=ref$Genome, xlim=matrix(c(rep(0,8),ref...$Length),ncol=2)) 画表示染色体的矩形块 这里我把颜色改动了一下,我个人认为这个原始论文中有点偏 屎黄 的配色不太好看 circos.track(ylim=c(0,1),panel.fun...0,0,0,0)) circos.initialize(factors=chr$V1, xlim=matrix(c(rep(0,8),chr$V2),ncol=2))

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R语言GOplot图展示GO富集分析的结果之如何准备自己的数据

我们首先运行帮助文档里的例子看例子里画图用到的数据是什么样子的 查看帮助文档 help(package="GOplot") 运行示例数据获得图的数据 library(GOplot) circ <-...image.png 这个地方如何用R语言来实现我暂时还想不出来了,我试着写python脚本吧 首先是将感兴趣的term添加到一个列表里 fprocess = open("process.txt",'r'...部分 接下来是读入R语言的操作 df<-read.csv("D:/Jupyter/GOplot/example.txt", header = T, sep...="\t", row.names = 1, check.names = F) df<-df[,1:7] df$logFC<-sample(c(-1,1...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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R语言,你要怎样地图?

不知道各位平常有没有过需要地图的需求,有的时候需要在地图上标出特定位置的数据表现或者一些数值,然而怎么实现? 这里主要介绍下在R语言中绘制地图的个人琢磨的思路。...R语言中绘制地图的思路也是由于2的获取方式不一样而分开的。...好,我们先来按照第一种思路来几个图: 1、 世界地图 如果是首次使用,需要在R中装载maps包(install.packages('maps')),这个包中存有世界地图和美国地图的地图数据...c(0, 0, 0, 0)) title("世界地图") 输出为: 无比绚丽的世界,引无数骚客竞折腰啊…… 2、 美国地图 同样在maps包中包含了美国地图和美国各州郡的详细地图数据...其他的不谈了,直接地图: 1、中国地图 library(ggmap) library(mapproj) ## Google啊Google给我China的地图数据吧 map <-

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C++】C 语言C++ 语言的关系 ( C 语言发展 | C 语言缺陷 | C 语言 + 面向对象 + 高级语言特性 | C++ 语言增加内容 | C 语言C++ 语言应用场景 )

一、C 语言发展 C 语言 被开发之前 并 没有经过 缜密 的 设计 , 而是在 使用过程中 逐渐完善的 ; C 语言发展经过如下阶段 : 初始阶段 : 1972年至1978年 , C语言 初步形成 ,...C99 , C11 , C17 等标准 , 以满足新的编程需求 ; 二、C 语言缺陷 C 语言有如下缺陷 : C 语言 没有经历过 缜密的 设计过程 , 都是根据需求逐渐完善的 , 出现了很多缺陷和漏洞...2、C 语言C++ 语言关系 C 语言C++ 语言 并 不是 竞争关系 ; C++ 语言 是 以 C 语言为基础 的 加强版本编程语言 , 可以看作是更好的 C 语言 , 在 C++ 语言...中 , 可以使用 C 语言语法 , 对 C 语言完全兼容 ; C++ 语言 包含 C 语言 , 在 C++ 代码中可以使用 C 语言的语法 , 但是在 C 语言中不能使用 C++ 的语法 ; 3、C++...语言应用场景 C 语言C++ 语言的应用场景 : C语言 应用场景 : 系统软件、操作系统、编译器等 底层系统级应用 ; C++ 语言 应用场景 : 大型应用程序、游戏 等更 高级的应用 ; 在不同的

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