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usearch教程-OTU

under CC0-1.0 license # 加入环境变量,方便使用 vim ~/.bashrc PATH=$PATH:/home/xx/usearch source ~/.bashrc 二、OTU平...1.数据来源:https://zenodo.org/records/8031031 2.使用usearch -otutab_rare进行平 参考文档:https://www.drive5.com/usearch...参数说明: -otutab_rare 待平的OTU -sample_size 平的OTU数目 -randseed 设置随机种子(可选) -output 结果输出文件 日志说明: 本次的平的...otu数目是50000,有四个样本的OTU数目没有50000,所以平之时会将这四个样本删除,有22个OTU平之后的总丰度为0,所以将这OTU删除 3.使用R语言检验数据是否进行平 # 加载R包...vega_raryfy) %>% sort() # 丰度最低的5个OTU rowSums(vega_raryfy) %>% sort() %>% head() 注意:二者的结果中我们可以看出,usearch平后会过滤稀有的

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    大数据Canal(三):使用Canal同步MySQL数据

    ​​​​​​使用Canal同步MySQL数据使用Canal同步MySQL的数据可以直接使用Canal客户端API方式消费Canal同步的数据,详细api参照:ClientAPI · alibaba/canal...下面我们使用Canal同步MySQL数据到Kafka为例,学习下Canal如何同步MySQL数据。...、配置mysql slave的权限Canal的原理是模拟自己为mysql slave,所以这里一定需要做为mysql slave的相关权限 ,授权Canal连接MySQL具有作为MySQL slave的权限...在MySQL中建,插入语句mysql> create database testdb;mysql> use testdb;mysql> create table person(id int ,name...sqlType:是经过canal转换处理的,比如unsigned int会被转化为Long,unsigned long会被转换为BigDecimal。table:名。ts:日志时间。

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    Sqoop数到Hive异常分析

    Fayson的github: https://github.com/fayson/cdhproject 提示:代码块部分可以左右滑动查看噢 1.问题描述 使用Sqoop抽取MySQL数据到Hive时,...抽取语句正常执行但数据没有写入Hive的中,执行的Sqoop数脚本如下: export HADOOP_USER_NAME=hive sqoop import \ --connect "jdbc:mysql...2.异常处理及分析 1.在Sqoop数的脚本中存在target-dir参数,指向的HDFS数据目录,为hive_hosts的仓库目录,将target-dir参数去掉执行 ? 脚本执行成功 ?...因为在上述异常中我们指定的target-dir目录与Hive的仓库目录一致,所以会导致Sqoop数成功,但对应的Hive中无数据问题。 ?...3.总结 1.使用Sqoop数到Hive,如果使用target-dir指定HDFS数据抽取目录时不能设置目标目录与hive的仓库目录一致,否则会导致抽取的数据被Sqoop删除。

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    使用canal增量订阅MySQL binlog

    canal的工作原理: [image.png] 原理相对比较简单: canal模拟mysql slave的交互协议,伪装自己为mysql slave,向mysql master发送dump协议 mysql.../dev.mysql.com/doc/internals/en/binlog-event.html EventSink设计 [image.png] 说明: 数据过滤:支持通配符的过滤模式,名,字段内容等...的原理是模拟自己为mysql slave,所以这里一定需要做为mysql slave的相关权限 mysql> CREATE USER canal IDENTIFIED BY 'canal';undefinedmysql...canal.instance.mysql.slaveId=1234 #mysql集群配置中的serverId概念,需要保证和当前mysql集群中id唯一 (v1.1.x版本之后canal会自动生成,不需要手工指定...=canal canal.instance.filter.regex=.*\\..* #mysql 数据解析关注的,Perl正则表达式.多个正则之间以逗号(,)分隔,转义符需要双斜杠(\\) 注意:

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    Sqoop数到Hive异常分析(之二)

    fayson/cdhproject 提示:代码块部分可以左右滑动查看噢 1.测试环境说明 ---- CDH集群启用了HDFS的HA CM和CDH版本为5.14.2 2.问题描述 ---- 使用Sqoop抽取MySQL...数据到Hive时,抽取语句正常执行在数据Load到Hive时报“Operation category READ is not supported in state standby”,执行的Sqoop...数脚本如下: export HADOOP_USER_NAME=hive sqoop import \ --connect "jdbc:mysql://cdh02.fayson.com:3306/cm"...这里可以看到生成的数据文件为0,数据行数和总条数均为0,这里是一个问题可以参考Fayson前一篇文章《Sqoop数到Hive异常分析》 5.总结 ---- 1.导致该异常的最终原因是由于在HDFS未启用...HA之前创建的库及使用的HDFS地址指向的为之前cdh01.fayson.com节点的NameNode地址。

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    实战 | MySQL Binlog通过Canal同步HDFS

    之前《MySQL Binlog同步HDFS的方案》介绍性的文章简单介绍了实时同步mysql到hdfs的几种方案,本篇主要记录下利用canal同步mysql到hdfs的具体方案。...本文来自:http://bigdatadecode.club/MysqlToHDFSWithCanal.html canal server 部署 在canal中一个mysql实例对应一个配置文件,配置文件放在...## mysql serverId 部署ha的话,slaveId不能重复 canal.instance.mysql.slaveId = 1235 canal.instance.master.address...= root # 采集的正则 canal.instance.filter.regex = .*\\..* canal server HA部署 采用canal的HA模式,canal的HA是依赖zk来实现的...ZK_HOSTS = # canal server ha的zk地址 DESTINATION = # 要消费的mysql实例 FILTER_REGEX = # 订阅的信息的正则 BATCH_SIZE

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    如何使用Canal同步MySQL的Binlog到Kafka

    canal-1.1.4 mysql-5.6 1 Canal集群搭建 需求背景 业务需要做关于控车指令失败的告警及多维统计,需要增量订阅mysql业务的binlog,投递到kafka,最后采用Flink...工作原理 canal模拟MySQL Slave的交互协议,伪装自己为MySQL slave,向MySQL master发送dump协议 MySQL master收到dump请求,开始推送binary log...修改实例配置 这里需要注意的是配置同步的库,目前做测试,接入4张 mq config中需要把canal.mq.topic和canal.mq.dynamicTopic都配上,动态topic没匹配上的进入默认...=carbond_binlog_default_227 # 配置动态topic,指定哪个进入哪个分区 # dynamic topic route by schema or table regex canal.mq.dynamicTopic...另一方面,解耦离线数仓的关系库数层ods,减轻夜间数时业务库的压力。Canal可以胜任这个场景,并且1.1.4版本提供了WebUI做集群管理,值得一试~

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    使用Canal同步mysql数据到es

    一、简介 Canal主要用途是基于 MySQL 数据库增量日志解析,提供增量数据订阅和消费。...当前的 canal 支持源端 MySQL 版本包括 5.1.x , 5.5.x , 5.6.x , 5.7.x , 8.0.x 二、工作原理 MySQL主备复制原理 MySQL master 将数据变更写入二进制日志...log events 拷贝到它的中继日志(relay log) MySQL slave 重放 relay log 中事件,将数据变更反映它自己的数据 canal 工作原理 canal 模拟 MySQL...4.3.1 canal.properties 这个配置文件默认即可,无需修改配置 4.3.2 instance.properties 修改mysql地址,要确保已经配置了账号密码并授权 4.4...数据很清晰,有具体的数据库,,操作类型,以及字段及修改的值。 到这里基本就算结束了,后续就是根据业务自己推送到ES中。当然,也可以使用官方的adapter推送到ES中。

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    Mysql binlog 之阿里canal 1、What is Canal?2、工作原理3、Canal使用场景代码集成方式:

    工作原理 1、canal 模拟 MySQL slave 的交互协议,把自己伪装为 MySQL slave,向 MySQL master 发送dump 协议; 2、MySQL master 收到 dump...跨数据库的数据备份(异构数据同步), 例如mysql => oracle,mysql=>mongo,mysql =>redis, mysql => elasticsearch等; 当前canal 主要是支持源端...MySQL(也支持mariaDB),版本包括 5.1.x , 5.5.x , 5.6.x , 5.7.x , 8.0.x; Canal搭建环境 1、准备好MySQL运行环境; 2、开启 MySQL的binlog...选择 ROW 模式 server_id=1 #配置MySQL replaction需要定义,不要和canal的 slaveId重复 3、授权canal连接MySQL账号具有作为MySQL slave的权限...需要使用mysqlbinlog工具进行查看; STATEMENT模式只记录了sql语句,但是没有记录上下文信息,在进行数据恢复的时候可能会导致数据的丢失情况; MIX模式比较灵活的记录,例如说当遇到了结构变更的时候

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    监听MySQL的binlog日志工具分析:Canal

    Canal Canal是阿里巴巴旗下的一款开源项目,利用Java开发。主要用途是基于MySQL数据库增量日志解析,提供增量数据订阅和消费,目前主要支持MySQL。...GitHub地址: https://github.com/alibaba/canal 1.jpg 在介绍Canal内部原理之前,首先来了解一下MySQL Master/Slave同步原理: MySQL...,将数据变更反映它自己的数据中 Canal工作原理: Canal模拟MySQL slave的交互协议,伪装自己为MySQL slave,向MySQL master发送dump协议 MySQL master...Event Sink设计: EventSink主要作用如下: 数据过滤:支持通配符的过滤模式,名,字段内容等 数据路由/分发:解决1:n(1个parser对应多个store的模式) 数据归并:...binlog position] executeTime [binlog里记录变更发生的时间戳] schemaName [数据库实例] tableName [

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    监听MySQL的binlog日志工具:Canal、Maxwell、mysql_streamer对比

    之前通过文章介绍过canal,本篇文章主要简述一下Canal、Maxwell、mysql_streamer对比。...Maxwell Maxwell是一个能实时读取MySQL二进制日志binlog,并生成JSON格式的消息,作为生产者发送给Kafka、RabbitMQ等中间件的应用程序。...它的常见应用场景有ETL、缓存构建、收集级别的dml指标、增量到搜索引擎、数据分区迁移、切库binlog回滚方案等。...SELECT * FROM table的方式进行全量数据初始化 支持在主库发生failover后,自动恢复binlog位置(GTID) 可以对数据进行分区,解决数据倾斜问题,发送到Kafka的数据支持库、、...列等级别的数据分区 工作方式是伪装为slave,接收binlog events,然后根据schema信息拼装,可以接受ddl、xid、row等event Canal、Maxwell、mysql_streamer

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    SpringBoot系列之集成阿里canal监听MySQL Binlog

    引用官网的图片,canal的工作原理主要是模拟 MySQL slave 的交互协议,伪装自己为 MySQL slave,向master发送dump 协议,获取到数据后,解析 binary log 对象数据...使用canal需要确保数据库开启了binlog: show variables like'log_%'; 如果没开启,在mysql my.ini配置文件添加配置,注意文件内存为的时候,注意编码格式必须为...需要定义,不要和 canal 的 slaveId 重复 server_id=1 配置文件修改是否正确,使用命令,查看日志 mysqld --console 重启MySQL实例 net stop mysql...net start mysql binlog开启后,创建一个canal用户并授权,官网配置是@%,表示所有服务器,因为本地测试的,所以改为localhost就可以 CREATE USER canal...*canaltest.*");,我们修改数据库数据,或者新增,都可以被监控到,日志打印在控制台: https://github.com/alibaba/canal/wiki

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    mysql分区_MySQL分区分

    mysql中有一种机制是锁定和行锁定,是为了保证数据的完整性。锁定表示你们都不能对这张进行操作,必须等我对表操作完才行。...2、MySQL是将一个大按照一定的规则分解成多张具有独立存储空间的实体表,每个都对应三个文件,MYD数据文件,.MYI索引文件,.frm结构文件。...Mysql分为垂直切分和水平切分,具体区别如下: 垂直切分是指数据表列的拆分,把一张列比较多的拆分为多张 通常我们按以下原则进行垂直拆分: 把不常用的字段单独放在一张; 把text,blob(...例: 1)创建一个完整 mysql> create database test1; mysql> use test1; mysql> create table member -> ( -> id bigint...#创建两个分结构必须和上面完整的结构一致 mysql> create table tb_member1 like member; mysql> create table tb_member2 like

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