cBioPortal介绍 使用cBioPortal数据库可以先阅读关于该数据库的文章： The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring...cBioPortal是专门设计来降低对这些复杂数据的接近门槛，因此，促进基因组数据向新的生物学视野，治疗和临床特征的转变。...cBioPortal这个网站，促进多维度癌症基因集数据的探索，可以允许跨基因，样本和数据类型的可视化分析。...下面我们介绍该数据库的使用教程 主页面介绍 地址:http://www.cbioportal.org/ ?...为了让oncoprint更紧凑，有三个选择可以进行自定义，（i）使用zoon bar进行尺度缩小放大（ii）通过选择view下去反选“show unaltered cases”移除没有改变的cases（
使用cBioPortal进行复杂的癌症基因组和临床profiles整合分析（Y大宽原创，转载需要说明） 主要来自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-0095（http://sci-hub.tw...这里，我们提供一个可操作的guide来分析和可视化cBioPortal的特征（对癌症基因集的）。...cBioPortal是专门设计来降低对这些复杂数据的接近门槛，因此，促进基因组数据向新的生物学视野，治疗和临床特征的转变。...用户可以自定义阈值或使用默认值（偏离均值2 SDs）。...使用的查询参数和oncoprints中描述的一样。
cBioPortal整合了来自TCGA,CCLE以及几个独立的大型肿瘤研究项目的数据，构建了一个易于使用的网站，不需要有深厚的计算机功底，也可以通过该网站查询，分析，可视化肿瘤的相关结果。...针对该网站的使用，官方专门发布了对应的文章，链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4160307/ 该网站的网址如下 http://www.cbioportal.org...cBioPortal功能非常的强大，更多用法请参考官方的帮助文档。 ·end·
前面我们已经介绍oncomine、HPA和km plotter等数据库的使用方法，主要是分析差异表达和存活率。...cBioPortal数据库是探索肿瘤的基因组学特征，是从DNA水平进行的，是对机制的进一步研究。基因差异表达、生存分析和免疫浸润分析，上述分析严格意义上讲均属于表型。...今天，我们分享TCGA多组学分析的神器，肿瘤基因组学分析的神器——cBioPortal，不需要注册，登录即可免费使用： cBioPortal（https://www.cbioportal.org/） ?...首先登陆cBioPortal官方网站http://www.cbioportal.org/。 ? 以乳腺癌为例，分析E2F基因家族基因突变在乳腺癌发生中的作用。...也可以进行生存分析，但是分析出的结果往往没有差异，所以不推荐使用。 ? 这里，设计肿瘤研究的一个基本问题——肿瘤突变负荷（tumor mutational burden，TMB）。
cBioPortal数据库是探索肿瘤的基因组学特征，是从DNA水平进行的，是对机制的进一步研究。基因差异表达、生存分析和免疫浸润分析，上述分析严格意义上讲均属于表型。...今天，我们分享TCGA多组学分析的神器，肿瘤基因组学分析的神器——cBioPortal，不需要注册，登录即可免费使用： cBioPortal（https://www.cbioportal.org/） ?...cBioPortal网站目前存储DNA拷贝数数据（每个基因的假定，离散值，例如“深度缺失”或“扩增”，以及log2水平），mRNA和microRNA表达数据，非同义突变，蛋白质水平和磷蛋白水平（RPPA...首先登陆cBioPortal官方网站http://www.cbioportal.org/。 ? 以乳腺癌为例，分析E2F基因家族基因突变在乳腺癌发生中的作用。...还可以进行生存分析，但是分析出的结果往往没有差异，所以不推荐使用。 ? 这里涉及一个概念——肿瘤突变负荷（tumor mutational burden，TMB）。
cBioPortal cBioPortalhttp://www.cbioportal.org/）由Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)开发，是基于...由此可见，cBioPortal是经过专业杂志认可的数据分析工具，其可信度是相当高的。 下面直接带领大家来学习一下如何通过cBioPortal挖掘肿瘤数据。...我们按步进行： cBioPortal（http://www.cbioportal.org/）打开网址以后，有一点要跟大家提一下，cBioPortal作为一个国外的网站，其访问速度并不算快，有时甚至出现网页打不开的尴尬场面...在cBioPortal中共有32个癌种，240个study，基本覆盖所有常见和个别少见肿瘤。...关于cBioPortal中的生存分析就讲到这里 文章详情：科研猫公众号
在前面的教程中，给大家讲解了如何使用cBioportal就基因表达与患者预后进行生存分析（详细内容见：TCGA数据挖掘终结者：cBioPortal），同学们普遍反馈说get了新技能。...很多同学会想，既然cBioportal能够做生存分析，而且界面简洁，操作简单，结果漂亮，省时省力，那我也没必要换其他工具了，就cBioportal挺好。其实不然~（此人包不同大叔）。...在完成这个课题之前，我们先以一个基因为例，给大家讲解一下使用TCGA数据进行生存分析的具体步骤，学会这个，我们再扩展到批量操作中去。...4 整理数据，分析绘图 将患者分组、生存数据放到一个表格中，使用R语言的survival包就可以实现生存分析了。 想想也没几步，是不是很简单？...这次的教程先到这里，下次我们一气呵成，再来跟大家讲讲如何在上述分析的基础上实现批量的操作，一下实现上千上万个基因的生存分析。
各位科研芝士的朋友，大家好，又见面了，今天我们的主题是利用cBioportal及UCSC-XENA数据库在线下载TCGA_SNP数据 第一部分 cBioportal数据库 这是一个专业分析TCGA数据的网站...01 cBioportal网址 http://www.cbioportal.org/index.do 最新的cBioportal进行了更新，增加了一个Quick Search按钮，可以快速的进行数据检索...，那我们先看看该数据库的使用。...黄色框框是官网给的如何使用该网址的教程。 红色框框是我们需要点击进入的界面。 07 点击launch Xena，出现下面的界面，那数据藏在哪里了呢？ ?...Ok，今天的教程主要是带大家利用cBioportal/UCSC-XENA 进行无代码的 SNP数据下载，下期我们继续推出SNP数据下载的其他方式。
： cBioPortal网站文献列表 只要是ngs数据文献 愿意遵守这个cBioPortal规则，就可以把其突变信息和表达量信息以及病人临床信息，按照固定的格式整理好，并且上传到cBioPortal...网站，就可以使用cBioPortal的网页工具去探索它。...因为每个文献都是突变数据和表达量数据，所以可以使用getGeneticProfiles ，查询指定文献里面的数据集有哪些。...当然了，最好的方法是，获取表达量矩阵的时候，就使用对应的样品列表，而不是选择全部的病人样品列表。...这个 getProfileData 函数是万能的，后续如果我们要数量使用它来举例，基本上就是靠这一个函数即可。
在芒果学习的生信论文中，第28篇生信文章是cBioPortal数据库使用最多，也是用的最好的。...在生信研究中，甲基化用UALCAN数据库，基因突变可以用cBioPortal数据库。本文提供很好的示范。 ? 探索机制时，用UALCAN数据库分析启动子区域的甲基化变化情况。...补充数据中，作者用cBioPortal数据库对ACE2的基因组学进行深入分析，从突变，融合，扩增和删除等角度分析组学变化，图文并茂。 ? ?
这是我们分享多次的论文，其中涉及基因组学的生信分析，就是用cBioPortal数据库进行机制探究。比较简单，但是在进行基因组学探究时，这些分析有时就足够了。 ?...oncomine、HPA和km plotter等数据库的使用方法，主要是分析差异表达和存活率。cBioPortal数据库是探索肿瘤的基因组学特征，是从DNA水平进行的，是对机制的进一步研究。...在完成差异分析、临床意义的问题之后，作者利用cBioportal数据库，进一步探讨可能的分子机制。
前些天被TCGA的终结新闻刷屏，但是一直比较忙，还没来得及仔细研读，但是笔记本躺着的一些TCGA教程快发霉了，借此契机好好整理一下吧，预计二十篇左右的笔记 ——jimmy ?...第一篇目录 TCGA数据源 查看有多少不同的癌症数据集 查看任意数据集的样本列表方式 查看任意数据集的数据形式 选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因的信息 选定样本列表获取临床信息 综合性获取 从cBioPortal...下载点突变信息 从cBioPortal下载拷贝数变异数据 把拷贝数及点突变信息结合画热图 同理还可以下载所有其它TCGA的数据进行后续分析。...更是被包装到R包里面：http://www.cbioportal.org/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用R语言的cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...= ''] = "MUT" DT::datatable(mut_df) 从cBioPortal下载拷贝数变异数据 ?
使用 IPP 获得的速度提升非常可观。 图：当 OpenCV 在 Intel Haswell 处理器上使用 IPPICV 时的加速效果 给大家推荐一个国内OpenCV讲得最好的教程。...在 Linux 上，只需要输入如下指令： git clone https://github.com/opencv/opencv.git ---- 给大家推荐一个国内OpenCV讲得最好的教程。...本教程中，我们假定 C++ 是图像处理应用编程的主要语言，尽管实际上也提供了其他编程语言的接口和封装器（例如，Python、Java、MATLAB/Octave 等）。...可以使用这个函数而不使用函数 VideoCapture::grab()，然后使用 VideoCapture::retrieve()。...尽管在本示例中没有必要显式地包含，但为了说明它的使用，示例中仍包含了这个函数。 给大家推荐一个国内OpenCV讲得最好的教程。 版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。
在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。...本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE...这是数据更新最实时的TCGA网站，功能强大 cBioPortal | 功能强大的TCGA再分析平台 ? ?...cBioPortal可查询选定的癌症中某一通路的基因或用户自定义的多个基因的信息，多个基因的结果部分合并展示，部分独立展示。下面以TP53和BRAF为例。 ? ?
cBioportal cBioPortal (http://www.cbioportal.org/）由Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)开发，是基于...由此可见，cBioPortal是经过专业杂志认可的数据分析工具，其可信度是相当高的。 下面直接带领大家来学习一下如何通过cBioPortal挖掘肿瘤数据。...我们按步进行： cBioPortal（http://www.cbioportal.org/）打开网址以后，有一点要跟大家提一下，cBioPortal作为一个国外的网站，其访问速度并不算快，有时甚至出现网页打不开的尴尬场面...在cBioPortal中共有32个癌种，240个study，基本覆盖所有常见和个别少见肿瘤。...这里就要说一说cBioPortal强大无比的分析功能了，几乎包含了多组学研究中能够实现的所有分析功能，如下图所示，包括OncoPrint（基因突变图谱）、Cancer Types Summary（泛癌种基因突变汇总
idea启动后会在cpan当前用户下生成一个 C:\Users\Crystal.IntelliJIdea2018.1 文件夹，这个文件夹里面有两个子文件夹 co...
maven可以将jar仅仅保存在”仓库”中,有需要使用的工程”引用”这个文件接口，并不需要真的把jar包复制过来 jar包需要别人替我们准备好，或到官网下载。...命令需要用到某些插件时，maven核心程序会首先到本地仓库中查找，如果找不到则去自动联网下载 POM pom.xml对于maven工程是核心配置文件，与构建过程相关的一切设置都在这个文件中进行配置 坐标 使用下面三个向量在仓库中为一定为一个...仓库中保存的内容: maven自身锁需要的插件 第三方框架或工具的jar包 我们自己开发的maven工程 依赖 maven解析依赖信息时回到本地仓库中查找被依赖的jar包，对于我们自己开发的maven工程，使用...建议的配置方式: 使用properties标签内使用自定义标签统一生命版本号 在需要统一版本的位置，使用${自定义标签名}引用生命的版本号 其实properties标签配合自定义标签声明数据的配置不是只能用于声明依赖的版本号...凡是需要统一声明后再引用的场合都可以使用。
d) 数据存储位置设置 因为随着使用时间增长，文献库会日渐庞大，因此不建议直接使用默认的数据存储位置（C盘）。...Zotero的使用 这里就介绍简单的使用方法，首先在左侧可以建立层次的目录文件夹。在每个目录下都可以添加条目，或者通过拖动PDF到中间空白处并右键抓去元数据来建立条目。
script src="js/jquery-3.3.1.min.js"> 第三步、使用...bootStrap的样式表， bootstrap强大之处，在于，别人都设计好了的功能，你只需要熟悉别人的规则就可以直接使用！...不需要自己写一行 CSS 代码，只要在页面里面给某个元素指定一个 class ，就可以直接显示出预定的样式—— 这就是使用 Bootstrap 前端框架的魔力。...使用导航条组件 导航条位于页面最顶部，提供整个网站所有页面的链接， <!...菜鸟教程，多练练，就好了； 还有BootStrap教程https://v3.bootcss.com/components/#nav 轮播图的实现 Bootstrap 自带了一个轮播组件—— Carousel
当涉及到多机多服务的缓存时候，属于分布式缓存的范畴，可以使用Redis、memcached等分布式的缓存组件。...二、使用 因为是基于Guava cache实现的，因此二者的API大体是类似的，使用Guava cache的开发者可以很快熟练使用Caffeine cache。...批量查找可以使用getAllPresent()方法或者带填充默认值的getAll()方法。...异步加载缓存使用了响应式编程模型。 // //如果要以同步方式调用时，应提供CacheLoader。...异步加载缓存使用了响应式编程模型。 // //如果要以同步方式调用时，应提供CacheLoader。
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