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使用CCS序列数据改进宏基因组拼接效率和物种分类注释

DNA组装是用于研究微生物群落结构和功能的宏基因组流程中的核心方法学步骤。在这里,我们调查太平洋生物科学长期和高精度循环共识测序(CCS)的宏基因组项目的实用性。我们比较了PacBio CCS和Illumina HiSeq数据的应用和性能以及使用代表复杂微生物群落的宏基因组样本的组装和分类分类算法。8个SMRT细胞从沼气反应器微生物组合样品中产生大约94Mb的CCS读数,其平均长度为1319nt,精度为99.7%。CCS数据组合产生了大于1 kb的相当数量的大型重叠群,与从相同样本产生的约190x较大的HiSeq数据集(〜18 Gb)组装的大型重叠群组成(即约占总重叠群的62%)。使用PacBio CCS和HiSeq重叠群的混合组件在装配统计数据方面进行了改进,包括平均重叠体长度和大型重叠群数量的增加。CCS数据的并入产生了两个显性系统的分类学分类,基因组重建的显着增强,使用HiSeq数据单独组合则分类不佳。总而言之,这些结果说明了PacBio CCS在某些宏基因组应用的价值。

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从零开始搭建腾讯云上的SpringBoot容器化应用

由于最近容器技术的火热,各大云计算厂商都已经提供了独立的容器服务,腾讯云也不例外。腾讯云容器服务的官方文档提供了一个基于Node.js的简单案例供大家上手,考虑到官方的文档并没有提供基于Java的上手教程,再加上容器/微服务技术在Java领域的各种衍生开源组件--如SpringCloud家族的各种神器应用极其广泛,今天有空拿一个简单的带增删改查接口功能的SpringBoot应用外接腾讯云CDB for MySQL来把玩容器服务,正好以此来演示如何从零开始在腾讯云上搭建基于SpringBoot的容器化应用。关于为啥选用SpringBoot框架,我想原因也不必多说,主要还是因为其本身就是一个为容器而生的框架,自带Tomcat服务器而且能以极简的配置构建web服务(相对于SpringMVC而言)。

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