大家好,今天我们来聊聊python中anndata对象(scanpy)和seurat对象的转化。
之前的tm.getNeighboringCellInfo();这个方法在SDK29版本里删除掉了,所以得用另一种方法获取。
AnnData对象(Python中)和Seurat对象(R中)分别是两个非常流行的单细胞RNA测序数据分析框架中的核心数据结构。
对单细胞数据进行亚群注释之后,我们往往想比较某亚群,例如CD8Tex,是倾向于分布在实验组还是对照组,例如癌组织,癌旁组织,转移癌组织,淋巴组织?这时候有很多策略去做这种多组间的比较。
基站定位一般应用于手机用户,手机基站定位服务又叫做移动位置服务(LBS——Location Based Service),它是通过电信移动运营商的网络(如GSM网)获取移动终端用户的位置信息(经纬度坐标)。
一般来说,遇到了这样的报错说明其实并没有follow我的教程,而是follow的官方教程。因为我自己就是跟着官方文档跑的时候报错了,才进行了一些小的修改,主要是多线程问题,让我一一道来。
在2019/08/07的Nature刊中,中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo ,我在这篇文章中发现了一个被汤神组 (就是Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)- 实验平台中开辟了单细胞转录组领域的人)反复用到的R工具-SCENIC,现在让我们来一起看看该工具有何妙用!
SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) is a computational method to infer Gene Regulatory Networks and cell types from single-cell RNA-seq data. 官网教程非常清晰:
经常看到一些教程教你如何写appwidget,但是,你知道你的appwidget是如何被添加到桌面上的吗? 一般的,如果是做桌面的童鞋,基本上都会让自己的桌面支持appwidget。下面说说如何实现。 首先是得定义一个承载appwidget的容器,系统的Launcher里面是用的CellLayout,实现的很不错。我这里就用一个简单的自定义ViewGroup来搞定,它是以长按的坐标处为要添加的appwidget的起始位置,简单点说就是按到哪儿就添加到哪儿。
4:在D盘下面创建readExcel.xls(有内容) 和writeExcel.xlsx即可
组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异,转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络(GRNs)决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNs有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义,并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。然而单细胞转录组数据具有背景噪音高、基因检出率低和表达矩阵稀疏性的特点,给传统统计学和生物信息学方法推断高质量的GRNs带来了挑战。Single-cell regulatory network inference and clustering (SCENIC)是一种专为单细胞数据开发的GRNs算法,它的创新之处在于引入了转录因子motif序列验证统计学方法推断的基因共表达网络,从而识别高可靠性的由转录因子主导的GRNs。SCENIC相关的文章2017年首先发表于nature methods,2020年又将流程整理后发表于nature protocls。需要深入了解分析原理和流程的朋友可以参考这两篇文章:
前段时间做了一下SCENIC单细胞转录因子分析,在重新配置SCENIC的运行环境时,发现这个包的函数和数据库数据有了很大的冲突,导致流程根本无法运行,以下说明一下如何解决这个问题。
小编今天测试读取excel文件,并且取其中的几个单元格作为文件名称的时候,发现文件名出现了乱码,毫无疑问,肯定就是读取excel的时候,取出来就出现了乱码,如图所示
安卓虚拟定位技术已经出现很多年了,对于现在来说并不是什么新鲜技术,但是实际上我自己并没有使用过,因为暂时没有需求。然而最近需求来了,想找个现成的工具居然要我开会员,无奈只好自己学习一下相关的知识。
有一类事件必须依赖于手机信号方能触发,如果把设备中的sim卡拔出,或者该设备本身不支持sim卡(如ipad),那么这类事件将永远不会被触发。在Android中,这类事件包括定位事件和手机信号事件。 与定位有关的类主要有: 1、定位条件器Criteria : 该类用于设置定位的前提条件,比如精度、速度、海拔、方位等等信息。 2、定位管理器LocationManager : 该类用于获取定位信息的提供者,设置监听器,并获取最近一次的位置信息。 3、定位监听器LocationListener : 该类用于监听定位信息的变化事件,如定位提供者的开关、位置信息发生变化等等。
ShinyCell包是由杜克-新加坡国立大学医学院的John F. Ouyang团队开发的单细胞分析工具包,实现基于shiny网页交互式展示单细胞数据;于2021年3月发表于Bioinformatics杂志。如文章中介绍,ShinyCell相比同类工具具有多个优势,例如直观的side-by-side的降维可视化方式,hdf5格式保存表达矩阵从而读取快速,支持pdf/png保存图片,支持多种常见单细胞数据类型等。参考其教程文档,学习记录如下。
前言 最近因项目需要要自定义标准word模板,并以编码方式操作word模板、填充数据和生成word文档,于是自己写了条小“内裤”来实现这个功能。该“内裤”只针对ooxml格式的word文档,当然大家可以用Aspose.words或其他第三方吧ole格式的转成ooxml格式的文档后再“穿这条裤”^_^。 类库操作ooxml方面使用的是OpenXML SDK,所以需要.framework 3.0及以上版本的支持。 今天贴上来的是第二版,第一版做得太粗糙了就不贴了,虽然第二版仍存在很多待改进的地
一、winform TreeView控件的实现方式。 /// /// Handles the MouseMove event of the treeView1 control. /// /// <param name="sender">The source of the event.</param> /// <param name="e">The <see cref="System.Windows.
Android作为一个通用的移动平台,其首要的功能就是通话、短信以及上网等通信功能。那么,从系统的角度来看,Android究竟是怎么实现与网络的交互的了? 这篇文章里,就来看一看Android中负责通信功能的Telephony中间层,通常也被称之为RIL(Radio Interface Layer)的具体实现原理与架构。
有同学想看看综合网表里某模块里and、or、inv等cell的个数,谁最多谁最少。虽然用dc的各种命令组合也可以实现,但今天我们用python来实现。
需要验证手机号的功能,但是国内的手机多是双卡双待的,无法获取到两个号码。在Android的官方文档是没有提供相应的Api的,因为标准的Andoird是没有双卡的,好像也只有国内才会搞双卡双待的神器吧。
我在用TI的dm368开发板,kernel是2.6.32.17,默认的flash文件系统是jffs2,但是jffs2在大分区下,mount速度很慢,而且占用ram较多,因此,我想使用ubifs看看性能是否会更好些。
1.本节使用的nand flash型号为K9F2G08U0M,它的命令如下: 1.1我们以上图的read id(读ID)为例,它的时序图如下: 首先需要使能CE片选 1)使能CLE 2)发送0X90命
一方面写写自己走过的弯路掉进去的坑,避免以后再犯;另一方面希望通过分享自己的经验教训,与网友互相切磋,从而去芜存菁进一步提升自己的水平。因此博主就想,入门的东西咱就不写了,人不能老停留在入门上;其次是想拾缺补漏,写写虽然小众却又用得着的东西;另外就是想以实用为主,不求大而全,但求小而精;还有就是有的知识点是java的,只是Android开发也会经常遇上,所以蛮记下来。个人的经验总结,难免有遗漏谬误之处,希望网友们不吝指教。
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