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获取参考基因组chrom.sizes文件的3种方式

在数据分析中,软件经常会要求参考基因组对应的chrom.sizes文件,该文件保存了基因组中的染色体名称已经对应的长度,内容示意如下 ? 第一列为染色体名称,第二列为染色体的长度。...下载红框标记的chrom.sizes文件即可。 2....利用samtools进行提取 samtools的faidx命令可以获取fasta文件中的序列长度信息,从其生成的后缀为fai的文件中可以获得chrom.sizes文件,用法如下 samtools faidx...hg19.fa cut -f1,2 hg19.fa.fai > hg19.chrom.sizes 3....运行该脚本即可,命令如下 perl cal_chrom_sizes.pl hg19.fa > hg19.chrom.sizes 第一种方法受到了UCSC数据库的限制,第二种方法运行速度块,通用性强,更加推荐使用

1.9K30

基于量子遗传的函数寻优算法MATLAB实现

);     %% 计算适应度     [fitness,X]=FitnessFunction(binary,lenchrom);     %% 量子旋转门     chrom=Qgate(chrom,...=Qgate(chrom,fitness,best,binary) %% 量子旋转门调整策略   % 输入  chrom:更新前的量子比特编码   %     fitness:适应度值   %        ...best:当前种群中最优个体   %      binary:二进制编码   % 输出  chrom:更新后的量子比特编码   sizepop=size(chrom,1)/2; lenchrom=size...(binary,2); for i=1:sizepop     for j=1:lenchrom         A=chrom(2*i-1,j);   % α         B=chrom(2*i,...) %% 对种群实施一次测量 得到二进制编码   % 输入chrom :为量子比特编码   % 输出binary:二进制编码   [M,N]=size(chrom);  %得到种群大小 和编码长度 M=

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