cibersort - 腾讯云开发者社区

发表在 Nat Methods. 2015 May;的文章，至今（2019-10-14）引用已经近1000啦，提出了一个非负矩阵分解的算法CIBERSORT根据LM22来计算不同类型细胞的比例。...CIBERSORT should enable large-scale analysis of RNA mixtures for cellular biomarkers and therapeutic...targets (http://cibersort.stanford.edu/). ?...CIBERSORT同时提供R包和在线网页工具，可以对用户的表达矩阵进行非负矩阵分解后计算不同细胞类型的比例。...（后面我们会出一系列教程）这是一个很火爆的数据挖掘方向我安排我们生信菜鸟团数据挖掘团队成员帮忙收集整理了全部使用CIBERSORT在bulk癌症转录组数据看LM22免疫细胞比例的文章，详细列表如下：

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跟着生信技能树，学习 CIBERSORT

当然了，如果是原始的CIBERSORT R脚本 https://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R 其实懂得使用即可...#并赋值给cibersort_raw。...cibersort_tidy % remove_rownames() %>% column_to_rownames("Patients") # 将cibersort_raw...第一列变为列名后赋值给cibersort_tidy。...函数中的key-value对应关系重建细胞名称和比例的对应关系并赋值给cibersort_barplot #cibersort_barplot$Patient1 <- factor(cibersort_barplot

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如果在使用CIBERSORT时出现报错

CIBERSORT是主流计算免疫浸润的两种主流方法之一(另一种是ssGSEA)。...在进行CIBERSORT分析的时候，关键的一步是根据内置的22种免疫细胞基因表达特征数据结合自己的表达矩阵文件计算每一个样本中的免疫细胞浸润情况。...采用下边的代码就可以解决问题# 加载包library(parallel)library(CIBERSORT)# 设置文件路径lm22f = system.file("extdata", "LM22.txt...(num_cores)# 将必要的数据和函数传递给集群中的每个节点clusterEvalQ(cl, { library(CIBERSORT) lm22f <- system.file("extdata...", "LM22.txt", package = "<em>CIBERSORT</em>")})# 定义一个函数来运行 cibersortrun_cibersort <- function(exp_file) { TME.results

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CIBERSORT零代码分析免疫细胞浸润

CIBERSORT采用去卷积的算法，基于转录组数据，在混合的细胞中估算出免疫细胞的组成和丰度。...我们先来膜拜一下由斯坦福大学团队开发的在线工具CIBERSORT，这篇文章于2015年发表在Nature Methods上，至今已被引用了700+次，网址为：https://cibersort.stanford.edu...注意：CIBERSORT为每名注册用户提供了500Mb的空间来存储数据和结果，若超过这个限制，数据则无法上传至服务器进行分析。...跳到最关键的一步，配置一下CIBERSORT的运行参数，配置完毕后点击最下面的“run”开始运行。运行的时候需要一段时间，可以将网页关闭，过段时间来收获结果。 Step5....CIBERSORT的使用学习完了，再来看看你那些压箱底的转录组数据、还有数据库中的转录组数据，有没有觉得遍地都是宝藏，还不快拿出来遛一遛？

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Cibersort免疫浸润的在线分析及R语言代码实现

本期我们介绍一下简单易上手的Cibersort算法。...Cibersort算法的纯代码实现及结果绘图展示；二. Cibersort算法的网页版实现。...Cibersort计算免疫细胞加载cibersort的官方提供的源码，指定基准数据库文件 (LM22.txt，这是22种免疫细胞的marker基因，下载自Cibersort官网)。...Cibersort TCGA_exp.file <- "....Cibersort网页版实现网页版和代码版输出的结果是等价的。

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一文解决CIBERSORT网页版和R语言版

介绍原理 CIBERSORT 是基于线性支持向量回归（linear support vector regression）的原理对人类白细胞亚型的表达矩阵进行去卷积的一个网页版工具。...网址链接：http://cibersort.stanford.edu/ CIBERSORT是基于线性支持向量回归的原理对免疫细胞亚型的表达矩阵进行去卷积的一个工具，可用RNA-Seq的数据来估计免疫细胞浸润情况...使用方法（1）网页版在网页注册账号准备数据需要分析的表达矩阵参考数据集上传数据，设置参数，运行CIBERSORT （2）R语言版直接运行准备数据需要分析的表达矩阵参考数据集一键运行

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CIBERSORT肿瘤免疫微环境分析，一文就搞定

分析软件 Software 刚才我们也提到了，分析免疫浸润的软件有很多，十几种之多，今天我们讲讲里面比较常用的一个：CIBERSORT。 ? 为什么，这么多软件我们单独挑了CIBERSORT来讲解呢？...为了方便用户的使用，CIBERSORT被开发成一个网页版的工具，其网址链接：http://cibersort.stanford.edu/.不过，由于CIBERSORT初期版本不支持单细胞测序数据的分析，...基本步骤如下：准备数据需要分析的表达矩阵参考数据集一键运行可以说，CIBERSORT作者把代码做的非常方便易用，只需一行命令即可运行，下面就进入到我们的实战演练环节，给大家演示以下如何使用CIBERSORT...（注：测试数据可以联系客服领取）下面就是进行分析了，在进行分析的时候我们需要准备三个文件： LM22.txt（可以从CIBERSORT网站下载，这个就是22种免疫细胞的参考marker基因表达） CIBERSORT.R...（CIBERSORT源代码，从官网下载） expression.txt（基因表达谱文件，就是上面说的肺腺癌表达谱）然后，运行CIBERSORT非常简单，三个文件放到一个文件夹中，在RStudio中设置工作路径

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estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗

的两个打分值本质上就是两个基因集的ssGSEA分析针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行estimate 不同癌症内部按照estimate的两个打分值高低分组看蛋白编码基因表达量差异使用CIBERSORT...算法推断全部tcga样品的免疫细胞比例都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析，也有几百篇类似的数据挖掘文章了，它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。...那么，我们就来实际检验看看estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗！...的22种免疫细胞比例的生存意义同样的，载入前面步骤得到的CIBERSORT的22种免疫细胞比例，也是可以自己回顾使用CIBERSORT算法推断全部tcga样品的免疫细胞比例教程： load('...../expression/CIBERSORT_results/cibersort_raw-for-seurat.Rdata') colnames(cibersort_raw) [1] "Patients"

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肿瘤微环境看基质和免疫细胞就太泛了

就一马当先了，CIBERSORT是2015年在Nature Methods发表的一个方法，工具在：(http://cibersort.stanford.edu).，早在2016就有文章使用它进行数据挖掘了...ciber=CIBERSORT(dat) cibersort_raw ...save(cibersort_raw, file = file.path('CIBERSORT_results', paste0('cibersort_raw-for-',pro,...CIBERSORT.R，在其官网或者我们的教程配套网盘里面都有，见解析CIBERSORT使用SVM算法实现去卷积, 其次是lm22.rda，这个是我教程配套网盘里面的，见解析CIBERSORT使用SVM...%in% pid) pos=match(cibersort_all$Patients,pid) TCGA.Kallisto.fullIDs.cibersort=TCGA.Kallisto.fullIDs.cibersort

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单样本基因集富集分析（ssGSEA）

CIBERSORT (https://cibersort.stanford.edu/) was employed to analyze the immune landscape of bladder cancer...The CIBERSORT values generated were defined as immune cell infiltration fraction per sample....基于细胞类型识别的免疫浸润分析，方法是估计已知RNA转录本的相对子集（CIBERSORT）方法开发了CIBERSORT分析工具，可基于大量转录组数据分析肿瘤中的22个不同的白细胞亚群。...基于TCGA RNA-seq数据集，使用CIBERSORT（https://cibersort.stanford.edu/）来分析膀胱癌微环境的免疫状况。...产生的CIBERSORT值定义为每个样品的免疫细胞浸润分数

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RNAseq|免疫浸润也杀疯了，cibersoert？xCELL？ESTIMATE？你常用哪一个

CIBERSORT的整体原理图如下所示 1，输入数据要求在原文"Profiling tumor infiltrating immune cells with CIBERSORT "中提到了对于数据的要求...运行 CIBERSORT主要是由doPerm ，CoreAlg 和 CIBERSORT 三个函数构成，可以source的方式直接加载函数。...https://rdrr.io/bioc/tidybulk/src/R/cibersort.R ## 加载函数 source("cibersort.R") ## 指定基因特征集 sig_matrix <...- "LM22.txt" ## 指定表达矩阵 mixture_file = 'SKCM.fpkm.txt' #运行cibersort 此步骤比较慢 cibersort_res <- CIBERSORT...(sig_matrix, mixture_file, perm=10, QN=TRUE) # output CIBERSORT results cibersort_res[1:4,1:4] #

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文献配套GitHub发表级别绘图04-相关性散点图

一共七个细胞，CIBERSORT absolute score位于idx的七列中（设为i+1）而IHC cell count就位于前一列（设为i列）接下来就可以写个for循环做相关性分析了 idx...=1 tmpdata <- data[, c(1, idx[i], idx[i]+1)] head(tmpdata) colnames(tmpdata) <- c('Group', 'IHC', 'CIBERSORT...)+min(tmpdata$CIBERSORT))/2, y = max(tmpdata$log10IHC)*0.95, label = text, size=2) + #...)+min(tmpdata$CIBERSORT))/2, y = max(tmpdata$log10IHC)*0.95, label = text, size=2) +...xlim(0,max(tmpdata$CIBERSORT)) + ylim(0,max(tmpdata$log10IHC)); plt outputPdf <- paste(c('..

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IOBR一站式免疫浸润分析R包及结果热图展示

CIBERSORT Absolute # "mcpcounter" "epic" "xcell" "cibersort"...ID B_cells_naive_CIBERSORT B_cells_memory_CIBERSORT Plasma_cells_CIBERSORT T_cells_CD8_CIBERSORT..., T_cells_follicular_helper_CIBERSORT ,# # `T_cells_regulatory_(Tregs)_CIBERSORT` , T_cells_gamma_delta_CIBERSORT...,# # NK_cells_resting_CIBERSORT , NK_cells_activated_CIBERSORT , Monocytes_CIBERSORT...,# # Macrophages_M0_CIBERSORT , Macrophages_M1_CIBERSORT , Macrophages_M2_CIBERSORT

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免疫浸润结果可视化

就以大家最常见的cibersort为例进行介绍。...首先大家要对每种免疫浸润方法的结果有一个大体的认知，比如cibersort的结果是各种免疫细胞在样本中的比例，所以一个样本中所有的免疫细胞比例加起来总和是1！但是ssGSEA就不是这样了。...im_cibersort %>% select(`P-value_CIBERSORT`,Correlation_CIBERSORT, RMSE_CIBERSORT,ID,everything())...res_cibersort <- cell_bar_plot(im_cibersort) ## There are seven categories you can choose: box, continue2...library(ggpubr) library(stringr) # 分组 cibersort_long$Group = ifelse(as.numeric(str_sub(cibersort_long

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定量免疫浸润在单细胞研究中的应用

公共数据库下载数据基于表达谱做定量免疫浸润（如CIBERSORT）得到样本细胞的异质性统计（富集分析）验证在众多工具中CIBERSORT的应用是最为广泛的，所以这篇文献是有必要打印出来慢慢评鉴的...CIBERSORT函数在果子老师的课上讲的很详细，这里仅做简单的复现，看看CIBERSORT究竟做了什么。...更多介绍参见官网：https://cibersort.stanford.edu/ source("CIBERSORT/CIBERSORT.R") .libPaths("C:\\Users\\86158...： res_cibersort <- CIBERSORT(sig_matrix, mixture_file, perm=10, QN=TRUE) B cells naive B cells...source("CIBERSORT/CIBERSORT.R") cibe<-CIBERSORT(sig_matrix, cbind(rownames(avexpr$RNA), avexpr$RNA),

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1行代码完成8种免疫浸润分析

## "mcpcounter" "epic" "xcell" "cibersort" ## CIBERSORT Absolute...im_cibersort <- deconvo_tme(eset = expr_coad, method = "<em>cibersort</em>",...随便给大家放几个看看： dim(im_cibersort) ## [1] 524 26 im_cibersort[1:4,1:4] ## # A tibble: 4 × 4 ## ID..., ## # ²Plasma_cells_CIBERSORT dim(im_xcell) ## [1] 524 68 im_xcell[1:4,1:4] ## # A tibble: 4 × 4...而且提供了方便的可视化函数，比如可视化cibersort的结果： library(tidyr) # 取前12个样本做演示 res<-cell_bar_plot(input = im_cibersort[

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表达矩阵数据分析免疫环境组成分析可以是标配

不同类型技术产生的表达矩阵走CIBERSORT需要注意区别 The analytical tool CIBERSORT (Cell-type Identification By Estimating Relative...CIBERSORT uses a set of 22 immune cell reference profiles to derive a signature matrix which can be applied...Even if the CIBERSORT algorithm was originally developed using microarray data, it was declared as “platform...For each set, an unsupervised hierarchical clustering analysis was adopted using the CIBERSORT absolute...可以看到两不同类型技术产生的表达矩阵走CIBERSORT分析得到 22 immune cell 组成比例分布情况类似。 ?

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生物信息数据分析教程视频——17-多种算法评估肿瘤免疫细胞浸润水平

opt_path = file, perm=100, QN=TRUE) # 提取CIBERSORT的打分结果...打分 CIBERSORT_Score <- normalize(CIBERSORT_Score) # 将处理后CIBERSORT的打分写出到文件 save(CIBERSORT_Score,...file = paste0(opt,proj,"-CIBERSORT-Result.Rdata")) # # 构建热图注释数据框 # annotation <- data.frame(rownames...(CIBERSORT_Score)) # colnames(annotation) <- "sample"#设定列名 # rownames(annotation) <- rownames(CIBERSORT_Score...)#设定行名 # annotation_row <- cbind(annotation, cibr[,(ncol(cibr)-2):ncol(cibr)])#合并列，CIBERSORT_Result

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乳腺癌的免疫浸润模式及其临床意义(IF:11.048)

方法和结果作者将建立的计算方法（CIBERSORT）应用于将近11,000个肿瘤的整体基因表达谱中，以推断免疫细胞的22个子集的比例。...CIBERSORT 下图A概括了56项纳入研究，总计10,988例乳腺癌的cibersort结果。...CIBERSORT p值反映了免疫细胞的总体比例下图B描绘了TCGA和METABRIC数据集中不同p值阈值与溶细胞活性之间的强序关系。...相反，在ER阳性疾病中，通过CIBERSORT p值测得的浸润性免疫细胞所占的比例，生存时间没有显著差异。...免疫细胞的预后效果与ER状态之间的这种相互作用是众所周知的，支持CIBERSORT p值反映免疫细胞与非免疫细胞比例的结论。

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泛癌水平的批量生存分析

的两个打分值本质上就是两个基因集的ssGSEA分析针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行estimate 不同癌症内部按照estimate的两个打分值高低分组看蛋白编码基因表达量差异使用CIBERSORT...算法推断全部tcga样品的免疫细胞比例都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析，也有几百篇类似的数据挖掘文章了，它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。...但是实际上我们也代码演示了：estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗，这样做风险很大，后面留了一个思考题，就是CIBERSORT的22种免疫细胞比例的生存意义的全部癌症的探索...但是呢，CIBERSORT的22种免疫细胞比例毕竟是算法推断，而且是从bulk转录组表达量数据里面推断出来的。...再次呼应了前面的结果：estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗？

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CIBERSORT根据LM22来分类

跟着生信技能树，学习 CIBERSORT

如果在使用CIBERSORT时出现报错

CIBERSORT零代码分析免疫细胞浸润

Cibersort免疫浸润的在线分析及R语言代码实现

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estimate或者CIBERSORT结果真的是很好的临床预后指标吗

肿瘤微环境看基质和免疫细胞就太泛了

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