conda安装Tensorflow2.9的GPU版本 1、新建环境 2、激活环境 3、cuda与cudnn的版本选择 4、安装tensorflow2.9-gpu 5、验证是否安装成功 6、安装ipykernel...7、镜像 7.1 conda镜像 7.2 conda中配置pip镜像 有的API只有高版本的tensorflow有，所以这里再装个tensorflow2.9，我看了下，官网最新版本是2.10...1、新建环境 conda create -n tf2.9 python
但是写教程的时候，发现自己没有conda，默认的Python版本也太低了，很多教程都没办法复现。...打开conda官方网站，查看版本和下载链接：https://repo.anaconda.com/miniconda/ 安装conda的方法代码如下： # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可 cd.../pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes 我的Mac系统自带Python版本是： /System/Library/Frameworks...第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。...如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢，如下所示： We thank Dr.Jianming Zeng
官网: https://www.anaconda.com/ conda的安装 下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径（回车） -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档 #...conda 的帮助文档 conda --help 配置镜像 我们使用 conda 安装软件时，conda 会去 channel 中搜索软件，如果使用的服务器是在国内，channel 就选择国内的，推荐清华...的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件 conda create -y -n rna python=3.7 # 创建小环境成功，并成功安装python3版本 # 每建立一个小环境，安装一个python...install fastqc # 调出帮助文档 fastqc --help # 可以指定软件版本 conda install -y samtools=1.14 # 可以一次安装多个软件 conda...安装软件的另一种方式:用yml文件安装 #导出当前环境: conda env export envname > env.yml #(跨平台均适用) conda list --explicit > env.txt
什么是conda？ conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。.../ 点击Products的Individual Edition 翻到下面，选择Linux的版本 此时会跳出来一个链接，不要直接下载，我们切到服务器界面输入 wget https://repo.anaconda.com...此时我们ls发现多了一个.sh的文件 对于.sh(shell格式)的文件，我们直接用sh(如果出问题就用bash)去运行 提示很明确了，press enter 后面再遇到提示直接enter和yes 在安装的过程中...，软件会询问安装路径，如果是个人使用，默认安装路径就可；如果你是管理员，最好自己创建一个公共的文件夹。...install r -y # -y表示yes，安装过程中所有的提示统统帮你yes 3.卸载软件 conda remove r -y 4.查看conda已安装的软件 conda list 因为我用的
在安装pytorch的时候因为源的问题折腾了非常久，在这记录以下。...During handling of the above exception, another exception occurred: 我大概就截图这么多吧，大概就这种类型的错误。...网上的办法 设置源： conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda.../anaconda/cloud/pytorch/ 执行安装命令 conda install pytorch-cpu==1.1.0 torchvision-cpu==0.3.0 cpuonly 注意：在执行的安装...pytorch的命令的最后，一定要将 -c pytorch 删除掉 大概就这样。
首先是之前留下的一些小尾巴，一个附加题和一个练习题！...Conda主要是解决软件安装的问题1.1 下载Condawget 相当于Linux上的迅雷wget -c 断点续传 - - continue1.2 安装Miniconda3安装后需要重新加载查看conda...常用conda install （主命令+子命令）1.3 配置频道要配置好conda的频道才能用conda安装该频道的软件1.找到需要添加的频道2.复制链接地址3.添加conda频道的命令：conda...list/conda info --env列出已经存在的小环境1.4.3 小环境的修改与删除1.4.4 使用conda安装软件1.4.4.1 需要安装哪些软件？...1.4.4.2 哪些软件可以使用conda来安装？在安装之前确保小环境被激活conda可以一次安装多个软件，但是容易遇到报错1.4.4.3 如何指定安装的软件的版本？
image.png Conda是一个非常好用的工具，既可以管理packages，也可以管理和下载软件，还可以建立多个虚拟环境来独立运行多个版本的软件。...做生信常常用的一些包只支持老版本的R，一些新开发的包又只支持最新的R，这里我们用conda建立多个版本的R环境。...conda，从终端输入 conda --version #或者 which conda 如果安装了的话，会显示现在所用的版本等信息，没有的话，可以下载安装，安装好了别忘记配置环境变量。...-n new_env(环境名） 环境的查看： conda env list 如需要安装特定版本的软件: conda install 软件名=版本号 最新Python的安装： conda create...-n r36 r=3.6 安装特定版本R conda install -c r r=3.6 #或 conda install r=3.6 conda来安装R的packages https://docs.anaconda.com
来管理是一个比较简单的解决方案，安装自己的conda，每个用户独立操作，安装方法代码如下： # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可 wget https://repo.anaconda.com/..._64.sh # 安装成功后需要更新系统环境变量文件 source ~/.bashrc 使用安装好的conda来 安装软件的代码如下所示： # trim,star 两个软件即可 conda create...star-fusion 可以看到目前两个软件版本是： STAR --version 2.7.10a STAR-Fusion --version STAR-Fusion version: 1.6.0...我看了看 star-fusion 的版本还是蛮多的 ： conda search star-fusion -c bioconda Loading channels: done # Name...可以看到， 其实1.9的star-fusion的这个STAR-Fusion.map_chimeric_reads_to_genes 脚本内容跟前面conda自己配置的1.6版本内容不一样： 531
当需要管理多种版本的python pip 会比较麻烦 pip安装好的包升级换代也繁琐，anaconda就是来解决这一难题的工具 Anaconda Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版...，支持 Linux, Mac, Windows系统，提供了包管理与环境管理的功能，可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。...py 例如chuangjianpy3.5版本 起名叫 py35 conda create --name py35 python=3.5 ?...安装py3.5 |激活环境（指定系统默认版本py） linux mac ：source activate py35 （py35是刚起的名，不是填python的版本） windows： activate...image.png 安装 py包 安装 virtualenv conda install virtualenv 查看 已经安装的包列表 conda list 查看 指定环境下的py包 conda
之前我们在教程：为什么要用conda来安装一个R包 提到过常规的conda命令 都是基于Linux 操作平台，比如Linux各个用户里面安装自己的conda，每个用户独立操作，安装方法代码如下： #...安装aspera，新建download子环境，然后在该环境下面安装指定软件 ，就可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ，代码如下： conda create -n download conda...比如使用conda安装pyscenic的一些依赖： # 需要一些依赖,尤其是这个python 版本 conda create -n pyscenic python=3.7 conda activate...查看自己的镜像 代码 conda config --get channels 可以看到自己的镜像配置，相当于修改~/.condarc里面内容，目前不同地区镜像效果大家最好是实时查询一下。...把安装好的环境导出成为yaml文件 前面的RNA-seq数据处理环境，我顺利安装了十几个软件而且没有冲突，就可以 conda env export - 成为一个yaml文件，如下所示： conda env
许多Python项目中都包含了requirements.txt文件，该文件记录了当前程序的所有依赖包及其精确版本号。...生成requirement.txt文件 pip freeze > requirements.txt 安装requirement.txt文件依赖 pip install -r requirements.txt...除了使用pip命令来生成及安装requirement.txt文件以外，也可以使用conda命令来安装。...conda install --yes --file requirements.txt 但是这里存在一个问题，如果requirements.txt中的包不可用，则会抛出“无包错误”。...| pip install 也可以这样子操作 导出到.yml文件 conda env export > freeze.yml 直接创建conda环境 conda env create -f
这是我写Ng的dp作业做的准备，好像需要安装特定版本的tensorflow 根据https://blog.csdn.net/ccgcccccc/article/details/89058445的配置要求来配置文件...在后续的使用中可能会更新tensorflow而base库的版本却保持不变，有可能导致错误。...pip安装默认版本的tensorflow： pip install tensorflow -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pip install...中create一个环境： 在建环境之前如果没有用thu的镜像，create会很慢，所以在create之前： conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...安装好后打开anaconda navigator，将base改为tensorflow 以下是以后会用到的对虚拟环境的操作： 查看虚拟环境 conda env list conda info -e 使用虚拟环境
安装conda--linux 的应用商店anaconda=miniconda+150 high quality packages=conda+Python+base packages安装步骤搜索“miniconda.../anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes使用condaconda list #查看安装的软件conda install fastqc...-y #安装软件fastqcconda install r #安装软件rconda install plink #安装软件plinkplink --help #查看是否安装成功conda 环境conda...info --envsconda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件...fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）conda activate rna-seq #激活新的conda环境conda deactivate #退出当前环境
头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...> 可以看到，R4.1.0安装成功。 5....其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1，它会在conda环境中有一个library，普通用户没有写入的权限，安装R包时会在自己的路径下自动新建一个...如果安装包出错，就进入conda的环境，安装即可，绝对可以成功。 特别好使！ 10....3，Rstudio-server可以指定R版本，在/etc/rstudio/rserver.conf设置一下就行 4，如果有些软件安装比较麻烦，各种报错，不要在root下安装了，直接新建conda环境，
个人理解，Anaconda就是一个可以帮你管理多个python运行环境及相关的工具包的平台。我下载了python3.6版本。mac上全部默认安装就可以了。...2.安装完Anaconda后，mac的Launchpad里会有个Anaconda-Navigator，打开我们可以看到如下界面。...conda -V 查看 conda的版本，我的是4.3.30. conda 是 Anaconda 下用于包管理和环境管理的工具。接下来我们会用到。 3.安装自己定制的python环境。...conda install numpy pandas scikit-learn tensorflow. 好了，我已经有了一个做机器学习的python环境了。...其实anaconda navigator里已经为root环境安装了spyder，也是一种强大的python IDE. 当然你可以给你的python3环境安装一个。
Python3.6 由于系统安装完成后Python的版本为2.6，需先升级至3.6 ?.../local/python36 3、编译安装(root用户) cd Python-3.6.1 ....make make install 4、修改链接(root用户) mv /usr/bin/python /usr/bin/python_old ln -s /usr/local/python36/bin/python3.6.../usr/bin/python 5、验证是否安装成功 ?...---- 至此Python 3.6已安装完成，下期讲介绍如何连接Oracle数据库
问题背景 因为使用sklearn.compose下的函数make_column_transformer，发现它是在scikit-learn包的0.20版本里面，如何在Anaconda套件下进行更新呢？...解决方案 首先想到使用conda update 的命令进行更新，结果显示当前的Anacond还没有更新到0.20版本,故更新失败。...接下来，利用conda remove 删除scikit-learn包，命令如下： 1conda remove scikit-learn 下载0.20的scikit-learn包，链接如下： https:...//www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scikit-learn ?...说明：因为Anaconda套件使用Python3.6 使用pip install进行本地化安装，命令如下： 1pip install E:\PythonLibs\scikit_learn-0.20-cp36
首先在自己的服务器上面安装conda，安装方法代码如下： # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3...安装成功后需要更新系统环境变量文件 source ~/.bashrc 安装好conda后需要设置镜像。...install -c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件，我们的conda需要做的工作 ： The following NEW packages will...anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1010 安装成功后，就查看自己的软件： $ STAR --version 2.7.8a...如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢，如下所示： We thank Dr.Jianming Zeng
软件安装方式 1）二进制文件安装 前言 当然我们也可以不用conda来安装软件。...创建并进入文件夹 mkdir bowtie2 && cd bowtie2 版本 软件安装提供了各种版本，因此需要注意合适的版本选择。...unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip 查看文件文档 可以看到，bowtie2 文件用绿色标记出来了，这表示它是一个可执行文件，因此我们可以通过输入绝对路径的方式调用它...（没有添加环境），通过调用，我们可以看到bowtie2 的使用说明。...conda 和mamba，安装软件不用这么麻烦啦～
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