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ggcor |相关系数矩阵可视化

p —— 相关系数检验p值矩阵(或者数据框),必须与x一一对应。 low —— 相关系数置信区间下界矩阵(或者数据框),必须与x一一对应。...upp —— 相关系数置信区间上界矩阵(或者数据框),必须与x一一对应。...y—— 原数据矩阵(或者数据框),列名是必要的,若没有或者缺失值会自动补全名字,列名以“X”开头,附上附上递增的整数序列。当y不为空(NULL)时,相关系数是x中的每一列和y中的每一列的相关性。...mapping对应ggplot()中的mapping参数,当为空(默认)时,根据cor_tbl中的变量情况添加,基础形式是aes(x = x, y = y, r = r, fill = r)。...第一个参数df需要一个数据框,包含x和y列,x列类似于mantel检验中的物种群落(或者是样本组),y类似于mantel检验中的环境变量。

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    【Python3爬虫】使用异步协程编写爬

    一、基本概念 进程:进程是一个具有独立功能的程序关于某个数据集合的一次运行活动。进程是操作系统动态执行的基本单元。 线程:一个进程中包含若干线程,当然至少有一个线程,线程可以利用进程所拥有的资源。...同步:不同程序单元为了完成某个任务,在执行过程中需靠某种通信方式以协调一致,称这些程序单元是同步执行的。...6 7 8 cor = show(1) 9 print("Coroutine: ", cor) 10 print("After execute...") 11 task = asyncio.ensure_future...await实现协程 这里asyncio.sleep(1)是一个子协程 8 # time.sleep(1) # time.sleep()不能与await搭配使用 9 10 11 start...python版本是3.5.3+,如果运行出错的话建议先检查下你的python版本。

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    单细胞代码解析-妇科癌症单细胞转录组及染色质可及性分析4

    variation is corralted to PC1#首先确定亚群分析的resolution确定,将resolution确定为0.7#round:它四舍五入到给定的位数,如果没有提供四舍五入的位数,它会将数字四舍五入到最接近的整数...#CreateInfercnvObject () 函数构建infercnv对象,此处必须设置gene_order_file参数,其输入是一个基因的染色体位置信息文件,以制表符分隔 num.immune.clusters.../output_dir_CNV_postdoublet_PassedPC1Checks", # dir is auto-created for storing outputs...- rna@reductions$pca@cell.embeddings[,1] rna$cell.barcode 中的条件判断中可以得到多个逻辑结果...上面分析的主要思路是前期通过对细胞类型鉴定,然后筛选出了双细胞结果,根据细胞类型进行下面的分析,这次加入了肿瘤变异之间的拷贝数分析,感觉自己的分析中也可以应用到这个内容。

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    使用平衡三进制巧解算法题

    其中有效模式是指: 1、每个模式必须连接至少m个键和最多n个键; 2、所有的键都必须是不同的; 3、如果在模式中连接两个连续键的行通过任何其他键,则其他键必须在模式中选择,不允许跳过非选择键(如图);...那么如何给9个点编号,以示区分又体现出对称性呢?...可以用坐标方式,将中间的点标记为0,0原点: 但这样会给编程带来更多的复杂性,这时候我们可以引入平衡三进制,将坐标改为如下的数字: 再进一步转换成十进制数字: 现在9个点就变成这个矩阵了,从题目中看到...,我们需要计算两点之间是否存在一个点,用这个矩阵中的数字就很好算了,两个数字相加=0说明穿过中间的点。...最后,从0点出发,0-1作为起点X4,0-4作为起点X4即可。

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    生信学习入门常见错误可能的原因分类总结和求助指南

    应该按名字排序截取到v,w,x开头的文件处。 提问不能太随意。 自己重视,别人才能重视。 文件为空 不太常见,通常为前面步骤运行出错导致的。...多行程序未能正确运行 不少程序因为太长需要多行显示,在运行时最好是全选而非一句句的运行。单句一个个点运行时就容易出现下面的问题,多点了导致参数赋值出错。...halted 请检查输入数据格式 ---- Error: object 'Value' not found Execution halted 请提供数据中存在的列名字,注意大小写;特殊地,对线图,数值列的列名字必须是...---- Error in cor(t(mat)) : 'x' must be numeric Calls: pheatmap -> cluster_mat -> as.dist -> cor Execution...halted 热图必须是数值矩阵,除第一行和第一列,其它的元素都必须是数值。

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    R语言新神器visdat包(一行代码看穿整个数据集)

    这是一个非常简单,功能却非常强大的包 介绍 (1)visdat的目的是 vis_dat通过将数据框中的变量类显示为绘图,并使用vis_miss简要查看缺失的数据,帮助数据框的可视化。...vis_compare()可视化相同维度的两个数据帧之间的差异 vis_expect()可视化数据中满足某些条件成立的数据 vis_cor()在一个漂亮的热图中可视化变量的相关性 vis_guess...()可视化数据中各个数据的类别 示例 (1)使用vis_dat()函数 通过经典的airquality数据集(其中包含有关1973年5月至9月纽约每日空气质量测量的信息)展示vis_dat()的功能。...通过图片的输出结果我们可以看出, Ozone; Solar.R;Temp ;Month Day这几列为数字型,而Wind这一列为整数型。...vis_cor是基于基础R中的cor函数,并且可以指示要计算哪个相关系数: “pearson”(默认),“kendall”或“spearman”之一。

    1.4K40

    WGCNA分类性状处理

    大家见到的比较多的是计算相关性,此时需要性状是数字才行。但是大家的性状有很多分类变量,此时应该如何处理呢?...(虽然很多文章中都这样用) 如果是有序多分类,比如治愈、好转、未愈,这种,可以变成数字1,2,3,或者变成因子型; 如果是无序多分类,那么此时需要使用WGCNA提供的函数进行处理。...假如我们有一个无序分类变量x,它有3组: library(WGCNA) x <- rep(c("A","B","C"), each = 3) x ## [1] "A" "A" "A" "B" "B"...C 0 0 1 binarizeCategoricalVariable()是针对1个变量的,通常我们的性状数据都是包含在1个数据框中的,并且可能同时有多个分类变量...是WGCNA::cor,可以计算任意两个矩阵的每列之间的相关性 #(比如500个lncRNA和1000个mRNA),很实用!

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    数学规划求解器性能测试之VRPTW

    在VRPTW中,车辆除了要满足VRP问题的限制之外,还必须要满足需求点的时窗限制,而需求点的时窗限制可以分为两种,一种是硬时窗(Hard Time Window),硬时窗要求车辆必须要在时窗内到达,早到必须等待...,而迟到则拒收;另一种是软时窗(Soft Time Window),不一定要在时窗内到达,但是在时窗之外到达必须要处罚,以处罚替代等待与拒收是软时窗与硬时窗最大的不同。...(data.cor_X[0]) data.cor_Y.append(data.cor_Y[0]) data.demand.append(data.demand[0]) data.readyTime.append...= j): temp = (data.cor_X[i] - data.cor_X[j]) ** 2 + (data.cor_Y[i] - data.cor_Y[j]) *...因此算例二、三、四是由homberger标准算例中的homberger_200_customer_instances截取而来。)

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    R-三种做PCA函数的差异:princomp,prcomp及rda

    默认用法为x.princomp=princomp(x,cor = FALSE, scores = TRUE)。Cor是逻辑值的参数,默认cor = FALSE用协方差矩阵计算。...Rda是vegan包的一个函数,我自己一直用的是rda这个函数来做PCA。虽然简单,但是功能强大。只输入OTU表时做PCA,如果再加上环境因子就做RDA。函数的说明文档中没有专门提做PCA时的方法。...#princomp, cor=FLASE >x.princomp=princomp(x,cor = FALSE, scores = TRUE) >summary.princomp=summary(x.princomp...=TRUE>x.princomp=princomp(x,cor = TRUE, scores = TRUE)>summary.princomp=summary(x.princomp)Importance...= rda(x)>summary(x.pca) #注意,这里如果先将OTU表转置一下再做princomp就会报错: > x.princomp=princomp(t(x),cor = TRUE, scores

    8.5K62

    信号相关的计算MATLAB实现

    例如,在数字通信中,用一组离散序列来代表一批数据,当其中一个离散序列被发送时,接收端需要确定接收到的是哪个序列,采用的方法是把这个序列与该组的所有序列进行比较;在雷达和声纳应用中,从目标接收到的信号是输入信号的延迟...,通过计算延迟,就可确定目标的位置.在这些应用中,都要用到信号的相关.当然,由于随机噪声的影响,实际的检测过程要复杂得多.         ...在MATLAB7.0中没有直接计算相关计算相关序列的函数,但可通过从如下关系实现其操 作。         ...若有两序列x(n)和y(n),求x(n)与y(n)的相关函数         计算公式为:         自相关只要把上式中的y变成x即是....%conv()function x=[1 3 -2 1 2 -1 4 4 2]; y=[2 -1 4 1 -2 3]; cor=conv(x,y); plot(1:length(cor),cor) xlabel

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