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    JCIM| 通过以蛋白质结合位点3D信息为条件的分子生成模型进行从头分子设计

    今天给大家介绍广州再生医学与健康实验室发表在Journal of Chemical Information and Modeling上的一篇关于利用分子生成模型进行从头分子设计的文章。该文提出了一种新的生成模型,该模型通过将蛋白质结合口袋的3D结构信息整合到条件RNN(cRNN)模型中,以控制类药分子的生成。在该模型中,通过粗粒度策略有效表征蛋白质结合口袋,其中口袋的3D信息可以由组成结合口袋原子的的粗粒度库仑矩阵(EGCM)的排序特征值表示。该文使用EGCM方法以及DeeplyTough方法来训练cRNN模型并评估其性能。实验结果表明,基于蛋白质结合口袋信息约束下训练的模型与正常RNN模型相比,生成的化合物与原始X射线结合配体具有更高相似性且对接分数更好。本文的结果证明了受控分子生成模型在靶向分子生成和类药化学空间引导探索方面的潜在应用。

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    Nat. Mach. Intell. | Reusability report: 利用条件循环神经网络设计有机光电分子

    今天给大家介绍美国麻省理工学院材料科学与工程系的Somesh Mohapatra, Tzuhsiung Yang & Rafael Gómez-Bombarelli在Nature Machine Intelligence上发表的一篇论文"Reusability report: Designing organic photoelectronic molecules with descriptor conditional recurrent neural networks"。该研究主要基于Esben Jannik Bjerrum及其同事在2020年5月18日发表在Nature Machine Intelligence上的一篇论文” Direct steering of de novo molecular generation with descriptor conditional recurrent neural networks”,Bjerrum及其同事提出了一个基于条件递归神经网络(cRNNs)的生成框架,用于药物设计的背景下生成特定性质的分子。Rafael Gómez-Bombarelli及其同事将该方法复制到一个不相关的化学空间上,通过设计训练数据之外属性的有机光电子分子(OPMs),生成具有接近目标值的连续属性的有机光电分子。

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