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HPA数据库更新脑图谱、血液图谱与代谢图谱

原来的HPA数据库主要包含组织图谱、细胞图谱与病理图谱,分别包含内容如下: 组织图谱: 某蛋白在机体不同组织脏器中的表达情况。 细胞图谱: 某蛋白在细胞内的定位情况,如核内、细胞膜上等。...病理图谱: 某蛋白在不同肿瘤中的表达情况。...最近,HPA数据库更新了脑图谱、血液图谱与代谢图谱,让我们一起来看看他们包含了哪些内容吧: 脑图谱 脑内最重要的功能单元就是神经元了,神经元的胞体和树突富含微观结合蛋白2 (MAP2),而轴突富含低分子量...可以看到血液图谱目前仅有RNA信息,没有蛋白信息。 ? ? ? ? 不同数据集中表达情况,可以发现该基因在所有白细胞中均表达。 ? 其余三类信息待补充。...代谢图谱 代谢图谱主要是手工整理了胞内的代谢通路,确定了各类代谢反应及其胞内定位,具体如下: ? 不同代谢通路,如组氨酸代谢和磷酸戊糖途径。 ? 胞内不同部位,如线粒体、胞浆、内质网、核内等。 ?

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知识图谱项目前端可视化图论库——Cytoscape.js简介

前言 知识图谱项目是一个强视觉交互性的关系图可视化分析系统,很多模块都会涉及到对节点和关系的增删改查操作,常规的列表展示类数据通过表格展示,表单新增或编辑,而图谱类项目通常需要关系图(力导向图:又叫力学图...在之前的两个图谱demo项目中我一直是使用的D3.js这个前端最流行的可视化图库。...D3.js也是比较强大的图库,但是它提供的API都是偏底层的,文档也不友好,比较难上手,实现一个简单的功能也需要大量的代码,编码效率并不是很高,各个版本之间兼容性也很差,并且使用SVG渲染画布在大量节点显示的时候有性能瓶颈...直到我遇见了Cytoscape.js——一个非常适合做知识图谱的前端可视化图库。

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知识图谱可视化技术在美团的实践与探索

D3.js提供了力导向图位置计算的基础算法,同时也有很方便的布局干预手段。于是,我们基于D3.js封装了自己的知识图谱可视化解决方案——uni-graph。...布局策略-基础布局 提取数据特征优化布局 D3.js提供的力导向图模块(d3-force)实现了一个velocity Verlet数值积分器,用于模拟粒子的物理运动。...D3.js的力导向图提供的力学调参项主要包括Centering(向心力)、Collision(碰撞检测)、Links(弹簧力)、Many-Body(电荷力)、Positioning(定位力)。...得益于D3.js力学布局的灵活性和拓展能力,我们在业务实践的过程中实现了几种常用的布局方案: 布局策略-层级布局-1 布局策略-层级布局-2 以聚簇层布局为例,我们简单介绍一下实现过程: 首先处理图谱数据...我们选择了vasturiano的3d-force-graph,主要原因如下: 知识图谱布局库为d3-force-3d,是基于d3-force开发的,延续了团队之前在D3.js方向的积累,使用起来也会更熟悉

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D3.js 力导向图的显示优化

图片D3.js作为一个前端,说到可视化除了听过 D3.js 的大名,常见的可视化库还有 ECharts、Chart.js,这两个库功能也很强大,但是有一个共同特点是封装层次高,留给开发者可设计和控制的部分太少...和 EChart、Chart.js 等相比,D3.js** 的相对来说自由度会高很多,得益于 D3.js 中的 SVG 画图对事件处理器的支持**,D3.js 可将任意数据绑定到文档对象模型(DOM)上...图片构建 D3.js 力导向图在这里实践过程中,我们用 D3.js 力导向图来对图数据库的数据关系进行分析,其节点和关系线直观地体现出图数据库的数据关系,并且还可以关联相对应的图数据库语句完成拓展查询。...下面,我们来实现一个简单的力导向图,初窥 D3.js 对数据分析的作用和显示优化的一些思路。...为了实现拓展查询,在这里笔者要介绍下 D3.js 自带 API。

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知识图谱还是数据图谱? | 清华AI Time

数据图谱?知识图谱? 吴信东首先对知识图谱的认识问题做出了纠正。...图谱就是概念的关系的连接,这个说法是错误的,节点之间以边相连,这只是图谱,比如我给张三打电话,“打电话”连接我与张三,这叫图谱,但不叫知识图谱。...现在大部分知识图谱还停留在数据图谱上,是对个人了解以后生成的个性化推荐,知识图谱也可能有,也可能还没有认知这一层。这是对认知图谱、数据图谱和知识图谱的大致理解。...明略科技年底会做出动态知识图谱,这个图谱会根据内容变化,静态图谱中间形成的一帧一帧的图谱变化是有视觉模型的,也有时间和空间作为引导。...不过这只是把图谱和推理杂糅起来了,即使如此,认知图谱肯定是知识图谱图谱被扩充了,常识性的知识和推理的模型也被加进去了。

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D3.js库-1-入门篇

从今天开始可视化库\color{red}{D3.js}的第一章-入门篇咯? ? 什么是D3.js D3指的是Data-Driven Documents,js即Javascript,是后缀名。...先看看官网上对D3.js库的定义: D3.js is a JavaScript library for manipulating documents based on data.D3 helps you...翻译成中文大致意思为: D3.js 是基于数据驱动文档工作方式的一款JavaScript函数库,主要用于网页作图、生成互动图形,是最流行的可视化库之一。...解压后,在HTML文件中包含相关的js文件即可 [D3.js]https://github.com/d3/d3/releases/download/v5.16.0/d3.zip 通过采用...D3.js的V5版本入门教程 慕课网-使用D3制作图表 数据可视化编程-使用D3.js Data Visualization with D3.js - Full Tutorial Course,油管上的一个实例演示课程

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