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ggalluvial绘制

导语 GUIDE ╲ (Sankey diagram),即能量分流,也叫能量平衡。 背景介绍 (Sankey diagram),即能量分流,也叫能量平衡。...因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率”而闻名,此后便以其名字命名为“”。...数据介绍 冲积)使用变化的宽条带和堆叠条形来表示具有分类或顺序变量的多维或重复测量数据。 冲积主要由这几个组分组成。...legend.position = "none") + ggtitle("vaccination survey responses at three points in time") 小编总结 是可以用于生信分析的统计学展示和流程展示等方面...仔细挖掘,可以使用ggalluvial包绘制出满满高级感的型哦!

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pyecharts-9-绘制

pyecharts-9-绘制 本文详解地介绍了如何制作,使用的可视化库是强大的Pyecharts(版本1.7.1,版本一致很重要)。...文章将从如下几个方面进行介绍: 什么是 2个官网demo 原始数据整理 绘图数据生成 绘制 ?...什么是 (桑葚),也叫能量分流或者能量平衡,里面的其实是一个人名,全名是马修·亨利·菲尼亚斯·里尔·(Matthew Henry Phineas Riall Sankey...之后,逐渐成为科学和工程领域,代表平衡、能量流、物质流的标准模型,在一些产品的生命周期评估中也常被使用,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...得到的在notebook中是动态的图形: ?

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Python 绘制惊艳的

从这个 (Sankey)可视化中可以明显看出,从England迁移到Wales的居民多于从Scotland或Northern Ireland迁移的居民。 什么是?...可用于表示能量、金钱、成本的流动,以及任何具有流动概念的事物。 米纳尔关于拿破仑入侵俄罗斯的经典图表可能是图表最著名的例子。...这种使用的可视化非常有效地显示了法国军队在前往俄罗斯和返回的途中是如何进步(或减少?)的。 本文中,我们使用 python 的 plotly 绘制。 如何绘制?...本文使用 2021 年奥运会数据集绘制。该数据集包含有关奖牌总数的详细信息——国家、奖牌总数以及金牌、银牌和铜牌的单项总数。我们通过绘制一个来了解一个国家赢得的金牌、银牌和铜牌数。...代码如何映射到 添加有意义的悬停标签 我们都知道plotly绘图是交互的,我们可以将鼠标悬停在节点和链接上以获取更多信息。 带有默认悬停标签的 当将鼠标悬停在图上,将会显示详细信息。

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前端用JavaScript实现(Sankey

前端用JavaScript实现(Sankey(Sankey),是流的一种,常用来展示事物的数量、发展方向、数据量大小等,在可视化分析中经常使用。...本文,演示如何在前端用JavaScript绘制。注:本例使用JShaman数据展示JS代码混淆加密流程。先看效果:因为已有成熟的库可用,比如,可以使用d3引擎,所以sankey的实现较为简单。...众所周知,JShaman是国内知名的JS代码混淆加密平台,我们将用JShaman英文版的混淆返回内容做为数据源,绘制一张JS代码混淆加密流程。...JShaman数据采集,直接复制即可:用d3实现绘制,核心代码如下,文末会提供完整代码。...最后,附上完整代码,如果您也需要绘制,可以参考此代码:<!

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流量结构分布——(Sankey)

作为相对复杂的图表种类,平时很少用到,不仅仅是因为它的引用场景相对狭窄,另一方面则是制作难度相对较大,门槛较高。...用于表达流量分布于结构对比,最初的发明者使用它来呈现能量的流动与分布。 百度百科给了相对完善的解释: (Sankey diagram),即能量分流,也叫能量平衡。...本文将着重分享使用R语言中的d3network工具包以及PowerBI可视化工具来制作的大致过程(Tableau的还是太繁琐,这里不再展示,感兴趣可以自己探索)。...的数据结构很简单,只有三列数据信息: 起点: 终点: 权重: 虽然只有三列数据,但是可以做出多级节点,在数据整合上,我们需要事前现将所有节点对应的起点、终点和权重值都顺序的纵向合并为三列字段...点击添加,输入之前申请的账号密码,就会出现你的已存储的仪表盘对象,点击对应的对象,就可以完成导入。 导入后的无论是在PPT的编辑状态还是PPT的放映状态都可以保留所有的动态效果。

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R语言实现绘制

说到流程大家应该都很熟悉,那么我们今天介绍流程的一个分支(Sankeydiagram)。...它的闻名是因为1898年MatthewHenry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率”而闻名,此后便以其名字命名为“”。...作为一种特定类型的流程,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...在这个包中他不叫而是叫冲击(Alluvial Plots),同时也是ggplot2的一个扩展,所以也离不开ggplot2的载入。...最后我们再看下这个专业绘制的riverplot,它绘制其实并没有前面两个包的灵活性,但是却比前两个包更加丰富,增加了新的功能就是可以将叠加在一个图里面。

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展示细胞比例变化之

如果你仅仅是需要好看的,大把的成熟的R包,供你使用,比如 ggalluvial 可以绘制,代码如下: df=data.frame( cancer,p) head(df) # 两列数据,互相之间有对应关系...,可以绘制 library(ggplot2) library(ggalluvial) options(stringsAsFactors = F) gg <- ggplot(df,... 当然了,我这个是模拟数据,前面的c1到c5,都是病人特异性的,每个病人一个独立单细胞亚群,通常是恶性细胞。...但是后面的 c6和c9都是涵盖了5个病人的正常细胞,从上面的可以很清晰的看出来这一点,是不是非常直观!!!...这个时候 ggalluvial 可以绘制,但是它只能是绘制一个框架,这里面的大量的插图都是AI制作和拼接。 现在,你知道它需要的输入数据了吗?你会画了吗?

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「R」数据可视化17:

什么是(Sankey diagram) 先来给大家展示几张的图片,帮助大家迅速对建立一个直观的概念。 ? 浮夸的:水利循环系统 ?...文献里的:展示了克罗恩病患者的菌群变化 图片来源:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/772483v1.full 在Wiki的介绍中,讲描述为“是一种流程...不过实际上可以展示很多方面的内容,包括一些动态的变化比如移民情况,还可以展示数据的具体来源等等。...虽然此类在文章中出现的频率不高,但是有时候,尤其是在做纯生信或者生信内容占比较大的文章时,我们需要使用多样的可视化方式,不能总是使用箱型、柱状等,此时,不妨考虑一下。...这里举个具体的例子,下面这张展示了移民情况,显示了从一个国家(左)移居到另一个国家(右)的情况。 ?

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手把手教你Plotly绘制

一、简介 ‍‍1.1 什么是 (Sankey diagram),即能量分流,也叫做能量平衡。它描述的是一组值到另一组值的流向,是一种特定类型的流向。...,图形表示的是拿破仑军队进攻和撤退的军队力量对比: 1.2 特点 主要的特点: 起始流量和结束流量是相同的,所有主支宽度和所有分出去的分支宽度总和是相等的,保持能量的守恒 在的内部,...再看一个的例子:某国家地区的经济状况 二、基础 下面的案例介绍的是基于plotly.graph_objects实现的基础: 解释一下上面的绘图代码,我们需要准备的数据有: label...美化后文件的大致格式(部分截图): 还可以对图形的背景色进行设置: 四、特色 4.1 自定义位置的“” 在这里绘制的,是通过xy来自定义节点的位置: 通过观察图形,整体画布的坐标原点应该是在左上角...4.2 自定义节点和边的颜色 通过color_mode和color_link参数能够自定义的节点和边的颜色: 五、_月度开销 下面通过小明一个月的总开支消费来讲解如何在实际数据中绘制

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好看的是如何炼成的!

Sankey Diagram, 也叫做,是一种展示数据流的可视化方式,一张典型的图示例如下 这张展示的是不同国家之间的人口流动,可以看到图中包含了如下几个因素 1. node, 即节点,常用矩形方块和文字注释来表示...综上,的输入数据就是一个网络,其可视化的重点在于展示数据的线性流动,需要注意的是,图中只有节点的概念,没有层级的概念,就是说我们只需要输入两两节点之间的连线关系,而可视化工具会自动计算节点的位置...,一个更加扩展性的展示如下 这个特性也是与冲击alluvial plot最大的不同,在冲击图中,不同层级的节点是我们手动指定的,一个典型的冲击图示例如下 结合前面的解释可以看到,和冲击可视化的源数据都是相同的...明白了展示的信息之后,我们来研究下实现的工具和方法。...就美观性而言,首推d3.js, 这是一个基于javascript的可视化库,支持多种类型的可视化,也不在话下,具体的代码可以参考如下链接 https://observablehq.com/@d3/

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network3D: 交互式

(Sankey diagram),即能量分流,也叫能量平衡。它是一种特定类型的流程,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...也可以视为一种层级网络,比如展示上一篇文章中的生物信息课程网络;也可以展示菌群随时间变化的趋势,如3分和30分文章差距在哪里文章所示哈扎人肠道菌群的季节变化规律。...下面将用2个例子,以我们生物信息研讨班涉及的学习框架和课程分配为示例数据,展示如何用常见网络数据绘制。 最简单 第一列为上游,第二列为下游,第三列为联通值,值越大线越粗。...点线分组 网络数据比上一步的多一列,指示线的属性;再提供一个节点分组信息文件,获得层次更鲜明的。 只需要修改对应的数据,后面格式转换的代码通用。...还有类似的称为冲击 (alluvial diagram)的展示,具体可见ggalluvial:冲击展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram。

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冲击,傻傻分不清楚!

在之前的文章中,我们介绍了的可视化原理,而冲击作为的一个子类,其展示的信息和基本一致,只不过在输入数据的格式上要略作调整。...绘制冲击,推荐使用ggalluvial这个R包,从名字也可以看出,这个一个建立在ggplot2语法基础上的扩展包,官方链接如下 http://corybrunson.github.io/ggalluvial.../articles/ggalluvial.html 首先通过一个冲击的示例来了解下图中的基本元素 包括以下几种元素 1. axis, 即x轴代表的元素,在图中表现为每个竖直方向堆叠的柱状,Gender...Admit, 即图例代表的元素,根据这个状态,把柱子间的连线,即代表数据流动的link分成了两类 要绘制这样的一幅,首先来看下输入数据的格式 > library(ggalluvial) > data_wide...label = after_stat(stratum))) + + scale_x_continuous(breaks = 1:2, labels = c("Gender", "Dept")) 效果如下

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在单细胞数据探索中的应用

什么是 (Sankey diagram),即能量分流,也叫能量平衡。它是一种特定类型的流程,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,比较适用于用户流量等数据的可视化分析。...因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率”而闻名,此后便以其名字命名为“”。 用一个故事来介绍一下: ?...怎么看 线条的走向 粗细的变化 节点间的比较 绘制属于自己的 在单细胞数据分析中有一个关键的步骤FindClusters(分群,以启发样本中可能有的细胞类型数量),但是这个目前用的方法是非监督聚类...有了这个的框架,其实很多我们想在这个图上展示的metadata信息就变得容易了,比如我们可以看一下某一细胞类型流向或者样本的流向,只需要在metadata中加上一列即可。...下面提供另一种(简单直白的)““,供大家参考: clustree(pbmc_small@meta.data, prefix = "RNA_snn_res.") ?

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ggalluvial|炫酷(Sankey),你也可以秀

(Sankey diagram),是一种特定类型的流程,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率”而闻名,此后便以其名字命名为“”。...也可后台回复“R-”获得示例数据以及R代码。...的数据结构需要节点,权重等信息,ggalluvial 的输入数据可以是长数据亦可以是宽数据。...绘制 1 宽数据示例 对临床数据进行简单的处理,得到后四个变量的频数,整理成宽数据:以下处理过程可参考数据处理|R-dplyr,数据处理|数据框重铸 #分组计算频数 LIHCData <-

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