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生信爱好者周刊(第 11 期):中科院近20年院士增选之数据分析

4、Communications Biology | 基于深度学习算法的DIA数据处理方法,有效提升DIA蛋白质组学分析性能 数据独立采集(Data-independent acquisition,DIA...本文,研究团队开发了基于深度学习算法的DIA数据处理方法DreamDIAXMBD,通过对DIA谱图库以及数据的分析,设计了包含上百种色谱峰类型的新型谱图数据结构代表性谱图矩阵(representative...spectral matrix,RSM),使用深度学习算法提取DIA肽段谱图中的洗脱特征,有效提升了DIA数据处理算法的准确度,并在定性、定量等多个方面超越了目前广泛使用的开源DIA数据处理软件OpenSWATH...、Skyline和DIA-NN。...文章 1、在Linux的黑白命令行无法看R语言配色的解决方案 Linux的黑白命令行无法看R语言配色,本文推荐了一个工具并介绍如何使用。

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Linux必备:这十个流程图让你变的更强!

您是否正在寻找免费的开源流程图和图表软件来创建Linux桌面上的不同类型的图表,流程图,插图,地图,Web图形等?本文[1]回顾了Linux的10个最佳流程图和图表软件。 1....Draw 是Libreoffice的一部分,Libreoffice是一个强大而免费的办公室套件,可在Linux,MacOS和Windows机器上运行。...Dia Diagram Editor DIA是用于Linux桌面的免费,开源,易于使用的流行和跨平台绘图软件。它还在Windows和Mac OS X上运行。...DIA具有1,000多个预定义的对象和符号,并支持许多进出口格式。对于程序员而言,它可以通过Python进行脚本化。 6....在本文中,我们共享了针对Linux的10个最佳流程图和图表软件。

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上科大研究登Nature子刊,深度学习更快、更深入地进行磷酸化蛋白质组分析

基于数据依赖采集(DDA)和数据非依赖采集(DIA)是基于高分辨质谱的非靶向代谢组学中的常见数据采集模式。...然而,当前的 DIA 磷酸蛋白质组学工作流程面临着一个重大限制,即需要在数据处理之前构建高质量的光谱库。...用于 DIA 磷酸蛋白质组学数据挖掘 到目前为止,DIA 库的蛋白质组覆盖率仍然落后于广泛的 DDA 库,如果单独使用 DIA 数据,这大大限制了蛋白质组分析的深度。...图示:实验性 DDA 库或直接 DIA 库可以通过 DeepPhospho 转换为预测 DDA 库或预测 DIA 库。还可以从公共磷酸蛋白质组或磷酸位点数据库或外部磷酸蛋白质组学数据生成预测文库。...我们相信 DeepPhospho 和 DIA 磷酸化蛋白质组学工作流程将以各种方式使蛋白质组学和生物学研究受益。」

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AI支持药物开发的连续性研究|DIA与塔夫茨药物开发研究中心达成合作

2024年1月31日,全球生命科学专业人士组织DIA和塔夫茨药物开发研究中心(Tufts Center for the Study of Drug Development,简称Tufts CSDD)共同开展了一项研究...DIA总裁兼全球首席执行官Marwan Fathallah表示:"我们希望世界各地的组织能够了解人工智能在药物开发中的应用情况,以及他们如何从对这项技术的投资中获得最大收益。...DIA和Tufts CSDD曾于2019年合作开展了一项关于生物制药开发中如何使用人工智能的前景分析。该研究显示,人工智能最常用于患者选择和招募。...关于DIA DIA是全球领先的生命科学会员协会,致力于推动药物、器械和诊断技术开发领域的合作,以建设一个更加健康的世界。...DIA成立于1964年,总部位于华盛顿特区,在欧洲和亚洲设有办事处,为80多个国家的会员提供无与伦比的交流机会、教育资源、科研出版物和职业发展计划。

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稀疏矩阵存储格式

【注】参考自: 稀疏矩阵存储格式总结+存储效率对比:COO,CSR,DIA,ELL,HYB。...2.4 Diagonal(DIA) image.png DIA 格式沿原稀疏矩阵对角线来存储,省略全零的对角线,存储矩阵的列代表对角线,行代表行。对角线从左下往右上开始,行对应原矩阵行存储。...DIA 格式对于对角性很好的矩阵的压缩率很高,但对角性不好的就比较糟糕。 2.5 Hybrid(HYB) image.png HYB = ELL + COO 格式主要是为了解决 ELL 的问题。...3.2 存储效率 CSR 格式在存储稀疏矩阵时非零元素平均使用的字节数最为稳定;DIA 格式存储稀疏矩阵时非零元素平均使用的字节数与矩阵类型关联较大,该格式更适合 Structured Mesh 结构的稀疏矩阵...,对于 Unstructured Mesh 和 Random Matrix,DIA 格式使用的字节数是 CSR 的十几倍。

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