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lncRNA组装流程的软件介绍之diamond

能够直接输出和Blast相同的格式不能不说是最大的优点之一)一、软件安装使用conda安装conda install diamond 二、diamond的用法安装完成以后,可以使用diamond --help 但DIAMOND输出结果信息中,可以提供很多额外的信息,可以根据需求自由组合。 我的建议是在m8格式的基础上添加qlen和qcovhsp两列信息,可在结果中直接查看query的覆盖率,有助于判断比对结果 三、软件运行命令mkdir diamond# 构建数据库索引nohup diamond Diamond适合并行运行多个蛋白质fasta的比对吗?建议不要同时运行多个DIAMOND的任务在同一台机器上,因为如果将更多的资源分配给单个任务,效率其实会更高。 2. Diamond比对好像不够准确,它没有找到我期待中的比对结果。有许多原因导致无法找到期待中的比对结果。

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深入淘宝Diamond之客户端架构解析

说明:本文不介绍如何使用Diamond,只介绍Diamond的实现原理 一、什么是Diamond diamond是淘宝内部使用的一个管理持久配置的系统,它的特点是简单、可靠、易用,目前淘宝内部绝大多数系统的配置 ,由diamond来进行统一管理。 diamond为应用系统提供了获取配置的服务,应用不仅可以在启动时从diamond获取相关的配置,而且可以在运行中对配置数据的变化进行感知并获取变化后的配置数据。 • 数据库主库不可用,可以切换到备库,Diamond继续提供服务 • 数据库主备库全部不可用,Diamond通过本地缓存可以继续提供读服务 • 数据库主备库全部不可用,Diamond服务端全部不可用,Diamond 客户端使用缓存目录继续运行,支持离线启动 • 数据库主备库全部不可用,Diamond服务端全部不可用,Diamond客户端缓存数据被删,可以通过拷贝备份的缓存目录到容灾目录下继续使用 五、Diamond

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    java: -source 1.5 中不支持 diamond 运算符

    java: -source 1.5 中不支持 diamond 运算符

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    springspringboot的整合分布式配置中心(ACM diamond nacos Apollo)

    ,由diamond来进行统一管理。 使用:先拉下代码:https:github.comgzlloldiamond创建数据库权限和表create database diamond; grant all on diamond.* to CK@ config: 123456结果:发现这个diamond还是挺简单的。接下来进行spring整合diamond。 (发现idamond整合资料极少...)注:先启动diamond-server 项目结构? 到这里可以发现对比diamond这个apollo所支持的功能比diamond多得多,但是复杂程度也是多好几个量级,如果非中大型项目不太建议,的确非常复杂,我们继续...相关配置说明:app.id:在配置中心配置的应用身份信息

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    spring的整合分布式配置中心(ACM diamond nacos Apollo)-nacos

    继上文:spring的整合分布式配置中心(ACM diamond nacos Apollo)注:本文篇幅有点长,所以建议各位下载源码学习。(如需要请收藏!转载请声明来源,谢谢!) 最后不管是diamond、apollo、nacos或者其它分布式配置框架,都很好的解决一块需要动态配置的问题,当然这里推荐用nacos不仅可以作为分布配置中心也可以作为分布式注册中心,并且功能简单实用, 没有apollo学习成本那么高,api和相关文档也比diamond丰富得n倍,当然这也不一样,鞋子合不合适要由你的脚才知道,外人永远只推荐自己觉得最好的!

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    错误: -source 1.6 中不支持 diamond 运算符的解决方案

    如果你的错误是-source 1.5中不支持diamond运算符,就说明下面的设置有或所有设成了1.5。看下面的设置:我的jdk是1.8,我把它们都设置成8,就解决问题了。????

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    Idea中JDK为1.8,还提示Diamond types are not supported at this language level

    project的java level 已经核实确实为8,但是IDEA里面仍然会有如下图的提示:

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    IntelliJ Idea编译报错:请使用 -source 7 或更高版本以启用 diamond 运算符

    参考文章[http://blog.csdn.net/wave_1102/article/details/47671019]都不能解决问题。

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    适合在Markdown里面使用的emoji

    LARGE ORANGE DIAMOND (🔶): ?LARGE BLUE DIAMOND (🔷): ? SMALL ORANGE DIAMOND (🔸): ?SMALL BLUE DIAMOND (🔹): ?

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    Codeforces Round #633 (Div. 2) A Filling Diamonds (假题,观察)

    Calculate how many ways are there to fully cover belt-like area of 4n−24n−2 triangles with diamond shapes.Diamond shape, but you cannot scale it.22 coverings are different if some 22 triangles are covered by the same diamond shape in one of them and by different diamond shapes in the other one.Please look at pictures below On the left you can see the diamond shape you will use, and on the right you can see the area you want each test case, print the number of ways to fully cover belt-like area of 4n−24n−2 triangles using diamond

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    金条地位不保? “钻石条”欲借区块链上位, 第一个钻石背书的加密资产出现

    比如最近就有一个叫Diamond Standrad的公司,试图利用区块链技术对钻石产业进行颠覆。 Diamond Standrad做的也是类似的事情。 他们试图把钻石的价值标准化,推出了「钻石币」(Diamond Standard Coin)和「钻石条」(Diamond Standard Bar)。? Diamond Standard CEO Cormac Kinney表示:“钻石是宝贵的自然资源,但长期以来,投资却并没有真正注意到其价值。” 在Diamond Standrad官方的交易记录中,可以看到钻石币和钻石条的价格波动还是比较明显,近一个月来,价格也是呈下降趋势。?

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    使用eggnog-mapper进行功能注释

    ## 功能注释python emapper.py -i pep.fa --output out -m diamond --cpu 12-i:输入蛋白序列。 --output:输出文件前缀。 -m diamond:使用DIAMOND进行序列比对。--cpu:使用的线程数。使用DIAMOND进行比对的速度非常快。30万条序列用12个线程注释花了5个多小时。

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    lncRNA组装流程的软件介绍本地化NR数据库|按物种拆分

    -entry_batch ~databaseblastDBtesthuman.taxid.acc.txt -out - | pigz -c > nr_human.fa.gz step4:序列比对# diamond makedb建库索引nohup diamond makedb --in homedatalihedatabaseblastDBnr_humannr_human.fa -d nr_human & # diamond blastx 比对nr_humannohup diamond blastx -e 1e-5 -d homedatalihedatabaseblastDBnr_humandiamondnr_human

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    html前端之css绘制形状

    #diamond-shield { width: 0; height: 0; border: 50px solid transparent; border-bottom: 20px solid red; position: relative; top: -50px;}#diamond-shield:after { content: ; position: absolute; left: -50px; #diamond-narrow { width: 0; height: 0; border: 50px solid transparent; border-bottom: 70px solid red; position: relative; top: -50px;}#diamond-narrow:after { content: ; position: absolute; left: -50px; top: 70px; width: 0; height: 0; border: 50px solid transparent; border-top: 70px solid red;}Cut Diamond

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    CSS画各种图形(五角星、吃豆人、太极图等)

    ; width: 0; height: 0; border: 50px solid transparent; border-top-color: red; }shape-diamond-narrow # diamond-narrow { width: 0; height: 0; border: 50px solid transparent; border-bottom: 70px solid red; position: relative; top: -50px; } #diamond-narrow:after { content: ; position: absolute; left: -50px; #diamond-shield { width: 0; height: 0; border: 50px solid transparent; border-bottom: 20px solid red ; position: relative; top: -50px; } #diamond-shield:after { content: ; position: absolute; left: -50px

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    使用TBtools对叶绿体蛋白编码基因进行GO注释

    protein_coding.items(): fw.write(>%sn%sn%(a,b)) 使用方法 python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta第二步:使用diamond 将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对,获得TBtools做GO注释需要的.xml格式文件参考文献:DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件下载swissprot数据wget ftp:ftp.uniprot.orgpubdatabasesuniprotcurrent_releaseknowledgebasecompleteuniprot_sprot.fasta.gzbgzip uniprot_sprot.fasta.gz 下载diamondwget http:github.combbuchfinkdiamondreleasesdownloadv0.9.25diamond-linux64.tar.gztar xzf diamond-linux64

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    Java语言特性运用:各种Java语法特性是怎样被Spring各种版本巧妙运用的?

    这个注解强制要求子类或者子接口覆盖父类或者父接口的那个方法,这部分特性其实在Spring里面体现的不是特么明显,同时我们用的时候也感知不到 Java72011年 Java 7发布,对于Java 7主要两大特点,第一个是Diamond 语法,可能大家不太了解什么是Diamond语法,Diamond简单的意思就是在我们用集合的时候,我们要用到范型类型,比如:LIst ,它的集合元素类型是String ,那么在new 数组实现的时候,String 里面括号的东西可写可不写 ,不写就是Diamond语法,写就不是Diamond语法,也就是Java 7之前的语法;还有一个是多Catch,就是多个异常捕捉的时候只需要一个捕获;还有一个是Try resource

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    java分布式系统开关功能设计(服务升降级)

    当然有了,之前淘宝开源了一个系统diamond(持久化配置管理系统, http:code.taobao.orgpdiamondwikiindex ),其实可以理解为“配置信息的伪推送服务”,例如我变更了一个开关的属性 ,不再需要做清理缓存的事情,diamond帮你做掉了(原理很简单,例如系统A订阅了在diamond中的开关信息,这时候A会启动一个线程,每隔一段时间来轮循diamond的服务端,看看开关属性的数据有没有变更 ,如果有变更,在diamond服务端来加载最新的数据)。 总体思路是:在diamond中维护配置信息--系统订阅开关属性--系统轮循配置是否有变更,有变更直接就变掉了。 问题四:开关设计的几个坑 有时候,我们为了方便,没有借助问题三种的MetaServer或者diamond的方式,就是留了一个HTTP的接口来触发修改开关(多台机器的话,可以写批量脚本),这时候其实需要我们在

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    用 eggnog-mapper 进行功能注释

    因为在测试中,DIAMOND 模式运行效率更高,并可获得相似甚至更好的结果。 基本使用方法只需输入包含需要查询序列的 fasta 文件即可进行注释:python emapper.py -i testp53.fa --output p53_maNOG -m diamond注释数据量较大的基因组和宏基因组数据集 2000000 -a 3 -d input_file.faa input_file.chunk_•-l 选项根据文件的行数来分割文件•-a 指定输出文件的后缀长度•-d 使用数字作为后缀2) 使用 diamond # 批量生成运行命令,方便提交至集群for f in *.chunk_*; doecho .emapper.py -m diamond --no_annot --no_file_comments --cpu

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    【翻译】阅读优秀的代码

    Diamond Diamond is a Python daemon that collects metrics and publishes them to Graphite or other backends features an API for implementing custom collectors for gathering metrics from almost any source.Diamond Diamond

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