一、简介 Diamond是淘宝研发的分布式配置管理系统。使用Diamond可以让集群中的服务进程动态感知数据的变化，无需重启服务就可以实现配置数据的更新。...具有简单、可靠、易用等特点 二、使用方法 服务端搭建 1 准备工作 安装jdk 安装maven 安装tomcat 安装mysql 2 启动mysql并创建数据库和表 -- 创建Diamond数据库 CREATE...DATABASE IF NOT EXISTS `diamond` /*!...4 打包 修改diamond-server/src/main/resources/system.properties文件，将diamond.server.addr的值换成Diamond服务器所在机器的...package -Dmaven.test.skip=true 5 用tomcat加载diamond-server/target/diamond-server.war 客户端使用 1 将diamond-client
说明：本文不介绍如何使用Diamond，只介绍Diamond的实现原理 一、什么是Diamond diamond是淘宝内部使用的一个管理持久配置的系统，它的特点是简单、可靠、易用，目前淘宝内部绝大多数系统的配置...，由diamond来进行统一管理。...• 数据库主库不可用，可以切换到备库，Diamond继续提供服务 • 数据库主备库全部不可用，Diamond通过本地缓存可以继续提供读服务 • 数据库主备库全部不可用，Diamond服务端全部不可用...，Diamond客户端使用缓存目录继续运行，支持离线启动 • 数据库主备库全部不可用，Diamond服务端全部不可用，Diamond客户端缓存数据被删，可以通过拷贝备份的缓存目录到容灾目录下继续使用...五、Diamond的架构图 ?
能够直接输出和Blast相同的格式不能不说是最大的优点之一) 一、软件安装 使用conda安装 conda install diamond 二、diamond的用法 安装完成以后，可以使用diamond...但DIAMOND输出结果信息中，可以提供很多额外的信息，可以根据需求自由组合。...diamond makedb --in ..../nr -d nr & # 比对 nohup diamond blastx -e 1e-5 \ -d ~/database/blastDB/nr/diamond/nr \ -q ~/lncrna/test...Diamond适合并行运行多个蛋白质fasta的比对吗？ 建议不要同时运行多个DIAMOND的任务在同一台机器上，因为如果将更多的资源分配给单个任务，效率其实会更高。 2.
java: -source 1.5 中不支持 diamond 运算符
使用： 先拉下代码： https://github.com/gzllol/diamond 创建数据库权限和表 create database diamond; grant all on diamond...config: 123456 结果：发现这个diamond还是挺简单的。 接下来进行spring整合diamond。（发现idamond整合资料极少...）...diamond.properties diamond.port=8090 diamond.config.ip=127.0.0.1 diamond.dataId=hong com.hong.spring.config.diamond.ApplicationConfigurer...package com.hong.spring.config.diamond; import com.taobao.diamond.manager.DiamondManager; import com.taobao.diamond.manager.ManagerListener...到这里可以发现对比diamond这个apollo所支持的功能比diamond多得多，但是复杂程度也是多好几个量级，如果非中大型项目不太建议，的确非常复杂，我们继续...
project的java level 已经核实确实为8，但是IDEA里面仍然会有如下图的提示:
继上文：spring的整合分布式配置中心(ACM diamond nacos Apollo) 注：本文篇幅有点长，所以建议各位下载源码学习。（如需要请收藏！转载请声明来源，谢谢！）...最后 不管是diamond、apollo、nacos或者其它分布式配置框架，都很好的解决一块需要动态配置的问题，当然这里推荐用nacos不仅可以作为分布配置中心也可以作为分布式注册中心，并且功能简单实用...，没有apollo学习成本那么高，api和相关文档也比diamond丰富得n倍，当然这也不一样，鞋子合不合适要由你的脚才知道，外人永远只推荐自己觉得最好的！
以上操作完毕可以发现编译不再报错（Error:(33, 51) java: -source 1.5 中不支持 diamond 运算符 (请使用 -source 7 或更高版本以启用 diamond 运算符
比对 5.1 diamond 介绍 diamond 是 2015 年发表的一款新的序列比对工具，与 blast 类似。...wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.0.13/diamond-linux64. tar.gz tar xzf diamond-linux64...makedb --in ref.faa --db ref diamond 比对 diamond blastp -q query.faa -d ref -o blastp.txt -p 12 -f 6...2、物种鉴定 #检查数据库版本 diamond dbinfo -d /nr_diamond/nr.dmnd diamond dbinfo -d /diamond_20210825/nr.dmnd #diamond...比对 diamond blastx -q P15.fastq.gz --db diamond /diamond_20210825/nr -o blastx -p 12 -f 100 #可视化 diamond
如果你的错误是-source 1.5中不支持diamond运算符， 就说明下面的设置有或所有设成了1.5。 看下面的设置：我的jdk是1.8，我把它们都设置成8，就解决问题了。 ? ? ? ?
将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对，获得TBtools做GO注释需要的.xml格式文件 参考文献：DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件 下载swissprot数据 wget ftp...uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz bgzip uniprot_sprot.fasta.gz 下载diamond...wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.25/diamond-linux64.tar.gz tar xzf diamond-linux64....tar.gz 无需安装，解压出来即可使用 构建数据库 ~/mingyan/Bioinformatics_tools/Diamond/diamond makedb --in uniprot_sprot.fasta.../diamond blastx --db uniprot_sprot -q output.fasta -o cp_Protein_coding.xml --outfmt 5 第三步：使用TBtools
参考文章[http://blog.csdn.net/wave_1102/article/details/47671019]都不能解决问题。
eclipse-workspace/webservice/src/main/java/com/cntaiping/tpa/util/Dom4jUtil.java:[251,60] -source 1.5 中不支持 diamond...运算 符 (请使用 -source 7 或更高版本以启用 diamond 运算符) [ERROR] /D:/Users/chengyq/eclipse-workspace/webservice/src.../main/java/com/cntaiping/tpa/util/FileUtil.java:[170,51] -source 1.5 中不支持 diamond 运算符 解决办法： 可以在pom.xml
当然有了，之前淘宝开源了一个系统diamond（持久化配置管理系统， http://code.taobao.org/p/diamond/wiki/index/ ），其实可以理解为...“配置信息的伪推送服务”，例如我变更了一个开关的属性，不再需要做清理缓存的事情，diamond帮你做掉了（原理很简单，例如系统A订阅了在diamond中的开关信息，这时候A会启动一个线程，每隔一段时间来轮循...diamond的服务端，看看开关属性的数据有没有变更，如果有变更，在diamond服务端来加载最新的数据）。...总体思路是：在diamond中维护配置信息--系统订阅开关属性--系统轮循配置是否有变更，有变更直接就变掉了。...，可以写批量脚本），这时候其实需要我们在apache或者nginx中，把这个URL的访问禁止掉，防止恶意用户在外部拼凑链接来进行开关的变动，这时候只能在服务器上通过linux的curl来触发操作了。
本书是Linux之父Linus Torvalds的自传。 Linux之父Linus Torvalds的自传，也是Linus唯一一本书。...书中内容共分为五章，一部分是Linus自己写的，一部分是合著者David Diamond的评论。 林纳斯•托瓦兹 当今世界最著名的程序员、黑客，开源操作系统Linux之父。...生于芬兰，毕业于赫尔辛基大学，1997年～2003年任职于美国加州硅谷的全美达公司，现受聘于开放源代码开发实验室，全力开发Linux内核。2004年，他被《时代周刊》评为世界最有影响力的人之一。
因为在测试中，DIAMOND 模式运行效率更高，并可获得相似甚至更好的结果。...基本使用方法 只需输入包含需要查询序列的 fasta 文件即可进行注释： python emapper.py -i test/p53.fa --output p53_maNOG -m diamond 注释数据量较大的基因组和宏基因组数据集...这里直接使用 Linux 自带的 split 命令进行拆分。...2000000 -a 3 -d input_file.faa input_file.chunk_ •-l 选项根据文件的行数来分割文件•-a 指定输出文件的后缀长度•-d 使用数字作为后缀 2) 使用 diamond.../emapper.py -m diamond --no_annot --no_file_comments --cpu 16 -i $f -o $f; done 第二阶段: 功能注释 在注释阶段我们需要检索
diamond ：搜集器、用于搜集数据 diamond的github官方站点：https://github.com/python-diamond/Diamond/wiki 1、安装Diamond yum...2、配置 cd /etc/diamond/ cp diamond.conf.example diamond.conf 主要修改三个配置文件： [root@Allentuns diamond]# vim...host = localhost 3、启动diamond服务 chmod +x /etc/init.d/diamond /etc/init.d/diamond start chkconfig diamond...#需要手动停止diamond服务 [root@Allentuns httpcode]# /etc/init.d/diamond stop Stopping diamond: ...来搜集，则无需此选项，因为diamond有针对类的配置文件，在配置文件中开启会比在脚本中开启看起来更统一 4、在脚本中关闭，在diamond中的配置文件中自动启用此选项 # cd /etc/diamond
megan： https://software-ab.informatik.uni-tuebingen.de/download/megan6/welcome.html diamond： https://...github.com/bbuchfink/diamond 二、megan 数据可视化 megen 提供了非常强大的数据可视化功能。...使用起来非常简单，它支持多种格式作为输入文件，例如 diamond 比对的 daa 格式，blast 比对结果，sam 格式结果，last 比对，RDP，MG-RAST，Silva 等在线网站生成的结果...如果不熟悉Linux 命令，可以使用 Excel 进行处理。
https://github.com/jtlovell/GENESPACE/blob/master/doc/genespaceOverview.html windows系统还不能用 只能在MacOS或者在Linux...系统下使用，我试试在linux下使用 首先安装orthofinder conda install -c bioconda orthofinder 安装MCScanX https://github.com...path2orthofinder = "orthofinder",path2mcscanx = "/home/myan/scratch/apps/mingyan/Biotools/MCScanX",path2diamond...= "diamond",diamondMode = "fast",orthofinderMethod = "fast",rawGenomeDir = file.path(runwd,"rawGenomes
-3', 'Diamond-4', 'Diamond-5', 'Diamond-6', 'Diamond-7', 'Diamond-8', 'Diamond-9', 'Diamond-10', 'Diamond-J...', 'Diamond-Q', 'Diamond-K', 'Diamond-A', 'Diamond-2', 'Club-3', 'Club-4', 'Club-5', 'Club-6', 'Club-...', 'Club-8', 'Club-7', 'Diamond-10', 'Spade-J', 'Heart-J', 'Diamond-A', 'Spade-K', 'Spade-10', 'Spade...-3', 'Diamond-7', 'Club-K', 'Diamond-9', 'Spade-4', 'Heart-2', 'Spade-A', 'Club-6', 'Club-2', 'Heart-...8', 'Diamond-2', 'Heart-10', 'Heart-6', 'Club-5', 'Spade-9', 'Diamond-8', 'Diamond-3'] shuffle()将可迭代对象的顺序随机打乱
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