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    征稿|CEC 2023 Special Session on "EC in Healthcare Industry"

    Worldwide, the healthcare industry would continue to thrive and grow, due to the increasing demands of diagnosis, treatment, disease prevention, medicine, and service which affect the mortal rates and life quality of human beings. Two key issues of the modern healthcare industry are improving healthcare quality, as well as reducing economic and human costs. The problems in the healthcare industry can be formulated as scheduling, planning, predicting, and optimization problems, where evolutionary computation methods can play an important role. Although evolutionary computation has been applied to scheduling and planning for trauma system and pharmaceutical manufacturing, other problems in the healthcare industry such as decision making in computer-aided diagnosis and predicting for disease prevention have not been properly formulated for evolutionary computation techniques, and many evolutionary computation techniques are widely adopted in the healthcare community.

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    酷!这个“计算机”外套不含电子设备,能自动戴帽还抗电磁干扰,灵感来自冷战时期

    大数据文摘出品 计算机的基础是什么? 硅芯片? 不一定,尽管目前主流的计算机产品绕不开硅芯片,但是从本质来说,现代计算机的基础是逻辑——0和1,二进制统治一切。 所以说,一切可以表达0和1的东西,都可以作为计算机的基础。 莱斯大学的一个团队就探索了一种新型的计算机系统,这个计算机没有采用一点电子元器件,而是用一种织物做成了一个个气囊,气囊的高压代表1,气囊的低压代表0,导管中气流的流动就等于电流的流动。 然后,他们还利用这些织物做成了一件夹克,这样,你就拥有了一件可以计算的衣服。 这项技术的灵感起源于冷战时

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    文献阅读 · 变异分析流程--肿瘤基因组测序数据分析专栏

    call 突变的工具推荐使用GATK HaplotypeCaller 和 Platypus。也有基于贝叶斯统计方法的 Samtools/BCFtools 和 FreeBayes 。不同工具得到的结果的一致性通常在 90% 以上。 过滤 Artifacts 虽然从上面方法得到的突变结果准确度高达 99.9%,但是依然会由于人为因素而引入了假阳性突变。因此,得到的突变结果需要在 IGV 中进行人工手动的可视化过滤。如:低质量碱基(图 2 a),reads末端的artifacts(图 2 b),由于局部比对错误引起的插入缺失(图 2 c),strand bias artifacts(图 2 d)、低复杂度区域中的错误比对(图 2 e)等 识别de novo mutations 在人群中,de novo mutations 存在一定的频率。可以基于已经公开的数据集,如 gnomAD 进行注释和过滤。一般认为在人群中 MAF > 0.0001(也有人说是0.001),更有可能是 germline mutation。 拷贝数和结构变异 拷贝数变异 CNV 是人类遗传变异的另一种类型,与许多疾病相关,如抑郁症 autism,智力底下 intellectual disability,先天性心脏病 congenital heart disease。NGS 在临床上也有应用于 CNV 检测,相应的工具有:cn.MOPS 、CONTRA、CoNVEX、ExomeCNV、ExomeDepth 和 XHMM。如果是全基因组测序,还有检测结构变异 SV,常用的软件有 DELLY 、Lumpy 、Manta 、Pindel 和 SVMerge ,但由于二代测序的 reads 读长较短,检测 SV 仍然存在挑战性。 拷贝数变异和 SV 可以通过 IGV 进行可视化查看:

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    伏云发教授等人 | 脑机接口转化为实际应用的综合评价方法:在线 BCI 系统可用性、用户满意度和使用情况

    虽然脑机接口(Brain-Computer Interface,BCI)被认为是一种变革性的新型人机交互,已经取得了长足的进展,但该技术的水平与实际应用之间还有较大的差距。为促进BCI转化为实际应用,已有研究提出在线评价BCI分类算法的金标准,然而少有文献针对整个在线BCI系统提出更全面的评价方法,并且尚没有受到BCI研发界广泛的足够重视。为此,本文首先阐述了从离线BCI数据分析建模到在线BCI系统构建和性能优化的飞跃,接着强调以用户为中心,详述和评述了在线BCI系统转化为实际应用的综合评价方法,包括在线BCI系统可用性评价(包括系统有效性和效率评价)、用户满意度评价(包括与BCI相关方面的满意度评价等)和使用情况评价(包括BCI系统与用户的匹配性评价等)。最后讨论了在线BCI系统可用性和用户满意度评价面临的挑战、BCI功效评价以及BCI与人工智能(Artificial Intelligence, AI)或/和虚拟现实(Virtual Reality, VR)等技术相结合提高BCI系统的智能和用户体验感。期望本文阐述的在线BCI系统评价方法促进BCI转化为实际应用。

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