但是几乎所有的研究都是用DNA，而DNA也会包括细胞外DNA和死细胞DNA。RNA的半衰期很短，通常可以用来代表细菌活性部分，但RNA表征的群落构建几乎没有人研究。...本文假设基于RNA得到的群落对生物性波动的反应比DNA得到群落要快。且在RNA群落中，变量选择的相对影响更强，而同质选择对DNA群落的影响较大。...结果表明对于群落α多样性，RNA群落的时间周转率高于DNA群落，且RNA群落的构建与环境变异性关系更为密切。DNA群落受同质选择的影响更大。...结 果 RNA群落在演替阶段alpha多样性变化大于DNA群落 RNA群落时间周转率大于DNA群落 组装机制的差异。RNA群落中变量选择的相对影响更强一些，同质选择对DNA群落的影响更大一些。...后记 刚看这篇文章题目的时候，感觉这个切入点还不错，希望看到一些有趣的结论。但是结果表明RNA和DNA差别貌似并不是很大。总的群落组装机制没有改变。
引用 “Mathematica 对研究人员的工作非常重要。我们可以快速构建一个小的界面来实时测试、查看和实现想法，而其他任何软件都无法提供此功能。”...挑战 当研究人员研究 DNA 和 RNA 的理论折叠模型时，来自巴黎大学的 Guillame Santini 和索邦大学的 Jean Cognet要求轻松访问预定义的数学和可视化功能。...他们还需要一个灵活的平台，使他们能够使用多种编程方法而不会妨碍工作流程。 解决方案 Mathematica 为 Santini和 Cognet提供了完整的工作环境，使其成为与研究相关查询的理想选择。...好处 Santini 和 Cognet指出，Mathematica 是他们工作中非常重要的一部分。它为他们提供了灵活性，并使其有能力投入更多的时间进行研究，而不是在计算上浪费时间。...Wolfram 优势 快速搜索人类基因 立即可视化蛋白质序列比 使用 Wolfram Workbench 中提供的高级工具提高效率、调试和编写文档
Mirkin合成了脂质纳米颗粒SNAs(LNP-SNAs)，并将其用于将DNA和RNA递送至细胞质中的目标。 LNP的核心和其表面呈现的DNA序列的组成都与LNP-SNAs的活性相关。...与基于脂质体的SNAs相比，优化后的LNP-SNA能够将沉默mRNA所需的siRNA浓度降低两个数量级。 此外，LNP-SNA的结构也会影响其在小鼠体内的生物分布和疗效。...静脉注射后，LNP-SNAs中的mRNA主要在脾脏中表达；而LNPs封装的mRNA(表面无DNA)则主要在肝脏中表达，而在脾脏中的表达量相对较少。...这一研究表明，LNP-SNA结构的活性和生物分布与传统的脂质体SNAs不同，有望被用于实现组织靶向。 Andrew J. Sinegra. et al....Lipid Nanoparticle Spherical Nucleic Acids for Intracellular DNA and RNA Delivery.
前面我们在生信技能树系统性介绍了大量RNA-seq相关背景知识，以及表达矩阵分析的一般流程 RNA-seq这十年（3万字长文综述） RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM...的异同 表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值 箱线图的生物学含义 转录组表达矩阵为什么需要主成分分析以及怎么做 limma/voom，edgeR，DESeq2分析注意事项，差异分析表达矩阵与分组信息...其中差异分析我们使用了limma/voom，edgeR，DESeq2这3个流程，很多朋友比较感兴趣到底应该是选择哪一个，而且它们的区别是？...学徒作业，完成两个火山图，一个logFC的散点图，一个UpSet图 步骤分解： 从UCSC的XENA数据库里面下载TCGA-BRCA 的counts值矩阵 从UCSC的XENA数据库里面下载TCGA-BRCA...文章，或多或少使用一些TCGA教程，你把这个R包学习10遍，写成200篇自己的笔记，未来一年的学习计划。
我们使用DisProt中列出的基础出版数据手动检查在DisProt中注释为核酸、DNA和RNA结合的IDR，以便将它们归类为DNA和/或RNA结合。...如果一个给定的DNA/RNA结合蛋白的假定无序含量大于0.2，我们就将其注释为无序。 因此，我们分别鉴定了1739和1711个无序的DNA和RNA相互作用蛋白。...我们将所考虑的人类蛋白质分成四组：(I)结合DNA但不结合RNA的蛋白质，(Ii)结合RNA但不结合DNA的蛋白质，(Iii)既结合RNA又不结合DNA的蛋白质，以及(Iv)既不结合DNA也不结合RNA...最后，我们通过比较集合1和集合4的蛋白质水平DNA结合倾向和集合2和集合4的蛋白质水平RNA结合倾向，进一步检验了预测DNA和RNA结合蛋白的准确性。...对人类蛋白质组的评估表明，DeepDISOBind准确地识别了HUBS和DNA和RNA结合蛋白。
不过是对于SNP和DNA甲基化，都有许多独立的数据库存储和整理相关信息，但是却缺乏公开的整合了SNP和DNA甲基化等多组学数据的数据库。...从近100名志愿者中提取3种类型的细胞，并分别进行WGS, WGBS, RNA_seq测序分析，将最终的数据存储到iMETHYL 数据库中。...iMETHYL整合了SNP, DNA甲基化和RNA表达谱的数据，并进行了两两之间的关联分析。...3种组学数据的分布 可以看到志愿者的性别，年龄的基本情况，以及DNA甲基化，基因表达和SNV的汇总信息。 ?...基因型和基因表达谱之间的关联分析通过cis-eQTL来实现; DNA甲基化和基因表达谱之间的关联分析通过cis-eQTM来实现，DNA甲基化与基因型之间的关联分析通过cis-mQTL来实现。 ?
methylation and RNA-Seq data 中文标题 DNA甲基化和RNA-seq数据的综合分析鉴定人乳腺癌的表观遗传调控 期刊《EPIGENETICS》 影响因子 4.523 发表时间...2018-08-07 研究领域 RNA-seq DNA甲基化 表观遗传 乳腺癌 DOI： 10.1080/15592294.2018.1469894 01 总述 研究人员将TCGA中乳腺癌的DNA...甲基化数据和RNA-Seq数据与7个数据库的DNA基序信息进行整合，寻找与乳腺癌异常DNA甲基化相关的DNA结合蛋白及其结合基序。...研究人员选择了DNA甲基化数据中的94对匹配的乳腺癌(BRCA)样本和正常组织样本进行差异分析。并且在94对配对样品（188个）中，有171 个样本同时具有 RNA-Seq 和 DNA 甲基化数据。...之后，研究人员用同时具有 RNA-Seq 和 DNA 甲基化数据的其余327个组织样本作为独立数据，验证79个基因的表达水平与相应DMRs甲基化水平之间的相关性。
新智元报道 编辑：润 alan 【新智元导读】今天，DeepMind公布了AlphaFold的最新版本，不仅预测蛋白质结构的准确性大大提高，而且获得了预测RNA等新的能力。...对于RNA结构的预测，也比其他模型表现好，不过相较于人类专家参与的预测性能，还有进一步提高的空间。...这是一个把crRNA和DNA结合的结构，是CRISPR家族的一部分。...CasLambda具有CRISPR-Cas9系统的基因组编辑能力，俗称「基因剪刀」，研究人员可以用它来改变动物、植物和微生物的DNA。 CasLambda较小的尺寸可以更有效地编辑基因。...那么，最新的AlphaFold究竟在多大程度上满足了它的愿望呢？ AlphaFold-latest能够单独或与蛋白质合作预测核酸（DNA或RNA）结构。
为了验证候选嵌合RNA的存在，将与RNA序列分析相同来源的理想的RNA样本进行RT-PCR和其他RNA检测，对PCR产物再进一步行Sanger测序以验证连接处序列。...3.3.1 验证癌症中的候选嵌合RNA 需要在预测的癌细胞和组织中验证候选嵌合RNA以证明其癌症特异性。...所以只有获得连接位点的序列和全长序列，才能确保筛选出在相应的癌细胞和组织中特异表达的亚型嵌合RNA。...第三代测序中的直接RNA测序，通过一种高通量的方法对嵌合RNA序列和RNA全场序列的进行鉴定可望克服这些障碍。...原则上，为了探索癌症特异性嵌合RNA，应该对预测的癌症样本嵌合RNA的表达进行评估，包括与来自人类不同种类的恶性和非恶性癌症样本、正常组织和细胞系的成对良性样本样本进行对照。
不过对于处理后的数据集我们可以可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA来辅助进行质控 那首先我们基于Seurat官网的教程来了解回顾一下nFeature_RNA和nCount_RNA，并且可视化判断一下阈值...可以看到nCount_RNA和nFeature_RNA还是有差异的，这就与它们的计算方法有关 #nCount_RNA：总的UMI数即转录本数量 colSums(sce@assays$RNA$counts...) #nFeature_RNA：总的基因数目 colSums(sce@assays$RNA$counts>0) 可视化及阈值判断 可以使用小提琴图来简单可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA...我们还是先重点看看nFeature_RNA和nCount_RNA #qc.R脚本中nFeature_RNA和nCount_RNA部分内容 feats <- c("nFeature_RNA", "nCount_RNA...除了在基本质控环节我们会可视化一下细胞中nFeature_RNA和nCount_RNA的情况，在进行降维聚类分群的时候，我们也会对nFeature_RNA和nCount_RNA进行可视化。
Marth GT. (2024) A Bayesian framework to study tumor subclone-specific expression by combining bulk DNA...and single-cell RNA sequencing data....犹他大学的研究人员开发了scBayes，基于贝叶斯框架，使用bulk DNA测序数据推断的肿瘤亚克隆结构，通过单细胞基因表达确定细胞的亚克隆身份。...该工具将代表相同遗传背景的肿瘤亚克隆的细胞组合在一起，从而比较不同亚克隆之间的基因表达，或研究同一亚克隆内基因表达随时间（比如进展、治疗反应或复发）或空间（在多个转移部位和器官）的变化。...该方法适用于Smart-seq和10x，代码在：https://gitlab.com/yiq/scbayes
但是有一点是很关键的，就是细胞内的生命活动都遵从中心法则，生物信息学很多时候就是在中心法则上做文章： 分子生物学中心法则：DNA --> RNA --> 蛋白质 --> 细胞表型 基因组中心法则：基因组...问题描述 遗传信息从 DNA 流向 RNA 的过程，称为转录。...DNA 有 4 张不同的扑克牌，RNA 也有 4 张，唯一的区别是 DNA 中的 T，在 RNA 中变成了 U，因此 RNA 的 4 张牌是：A、U、C、G。...因此，给定一条与编码链相同的 DNA 序列，要转录成 RNA 只需要将 T 替换成 U 就可以了。 给定：一条长度至多 1000bp 的 DNA 序列。 应得：其转录的 RNA 序列。...dna = fh.read() rna = transcript(dna) print(rna) 只需要将T替换成U就可以了；替换前先用 upper(
也可能很快做到对肤色，雀斑，秃顶，头发的卷曲度，牙齿形状和年龄做出预测。 计算机也许最终能够做到把由DNA生成的嫌疑犯头像和数据库里的面部照片匹配起来。...纽约大学法学院的Erin Murphy教授说：“DNA在犯罪领域的这一应用是技术领先大众舆论和认知的又一例证。” DNA被用于寻找，定罪或释放嫌疑犯已有超过20年的历史了。...但是直到现在，只是用于匹配某个犯罪嫌疑人的DNA和遗留在犯罪现场的DNA，或是匹配政府数据库的DNA。...一些生成的图像确实和DNA供体的真实的脸很像，其他则差强人意。 不过有时候警察在一些凶手案件中没有任何线索。...没有任何强行进入的迹象，表明 Alston 女士和杀手认识。超过100个熟人自愿提供DNA样本，但没有DNA能和在犯罪现场发现的相匹配。
日志种类划分 一般说到日志，想到的都是后端日志。但是后端日志根据不同的需要和日志级别，最终的流向和处理方式也是不一样的。 ? 普通业务日志。...检索的业务日志，是有业务属性的。比如你的系统和第三方支付进行对接所产生的报文交互数据。它们比普通业务日志有用，但又没有存放到数据库的必要，我们一般的处理方式就是收集到ES这种大容量的存储中。...第一、异常日志能够及时的被业务人员发现；第二、异常日志能够被统计和事后分析。所以，一个触发式的日志处理链，以及检索型的上下文查询，都是必要的。...APM 这个和前端，终端综合起来，可以进行调用链追踪，行为分析等，一般是垮端的整体性分析。市面上有很多这样的产品，包括收费的和开源的。 再向上，就是一些终端的日志。...它和WEB端是类似的，只是工具链不同。 行为日志。 你在使用一些App的时候，都会默认勾选上一个叫做匿名发送使用数据-帮助我们提高的选项。
本文解读的文献标题如下 CircRNA: functions and properties of a novel potential biomarker for cancer 对环状RNA的性质和功能进行很好的概括和总结...是一类新发现的内源性非编码RNA,和普通的mRNA等线性RNA不同，其不具有5’帽子和3’polyA等结构，而是由两个末端连接形成了一个共价闭合的环状结构，所以定义为环状RNA。...环状RNA的功能和机制尚不完全清楚，最新研究表明环状RNA可以作为疾病潜在的分子标记物，在疾病的发生和发展中扮演重要角色。本文从以下几个方面对环状RNA进行了介绍 1....circ-EIF3J和circ-PAIP2通过和U1 snRNP蛋白的结合，进一步与RNA II型聚合酶作用，增强父本基因的表达，目前的研究表明，环状RNA对父本基因的表达具有正调控功能 部分环状RNA...最后对环状RNA作为疾病分子的标记可能性进行了总结和展望，环状RNA由于其稳定性，具有成为疾病分子标记的可能，特别在外泌体研究中，相比其他RNA，环状RNA更加的富集。
2021 05/18基因日签 RNA聚合酶的多个区域可与 启动子DNA直接接触 .壹. 关键概念 当σ70因子结合到核心酶上时，它通过改变结构释放DNA结合区，使得它可与启动子相互作用。...关键概念 σ70因子的多个区域可与启动子相互作用。 .叁. 关键概念 σ亚基也对启动子识别有所帮助。 文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。
1、基因、DNA、染色体之间的关系：染色体由DNA和蛋白质构成，基因是DNA上具有遗传效应的片段。 2、转录：在细胞核中，以DNA的一条链为模板合成RNA的过程。...RNA ③终止：聚合酶和RNA产物脱离DNA模板 3、翻译：在细胞质中，以mRNA为模板，合成具有一定氨基酸顺序的蛋白质的过程。...（4）①可读框：RNA或DNA的一个包括翻译起始密码子、编码区、终止密码子的区域 ②前导区或5，-UTR：位于5，端和起始密码子之间的mRNA片段 ③尾随序列或3，UTR：3，端...4、外显子：基因组DNA中出现在成熟RNA分子上的序列。外显子被内含子隔开，转录后经过加工被连接在一起，生成成熟的RNA分子。（编码序列） 5、内含子：真核生物细胞DNA中的间插序列。...10、蛋白质结构域：在较大的蛋白质分子中，由于多肽链上相邻的超二级结构紧密联系，形成两个或多个在空间上可以明显区别的局部区域。
此外，人工智能和机器学习还在分析RNA-小分子相互作用以发现 RNA 靶向药物和设计RNA 适体（其中RNA作为其自身的配体）方面引入了技术创新。...2023年5月，《Briefings in Bioinformatics》发表综述文章，重点介绍利用机器学习、深度学习和相关技术预测RNA二级结构、RNA适体和RNA药物发现的最新趋势，并讨论RNA信息学领域的潜在未来途径...本文介绍的目前可用的从头RNA二级结构预测工具列表 用于构建模型的数据集 最近基于机器学习和深度学习的方法中常用的基准数据集 在许多先前进行的RNA二级结构预测方法基准实验中，上表中的这些数据集已随机分为训练和测试数据以进行交叉验证...由于需要修改自由能参数和碱基配对伙伴的潜在改变，目前RNA修饰的RNA二级结构预测方法的发展受到限制。...建立高通量的RNA 3D结构确定方法是非常具有挑战性的，不仅用于RNA结构和功能分析，还用于RNA药物发现和RNA靶向药物发现。AlphaFold2实现了与实验结构测定相当的高精度蛋白质3D结构预测。
= =和equals的区别: equals和==最大的区别是一个是方法一 个是运算符。...==:如果比较的对象是基本数据类型,则此较的是数值是否相等;如果比较的是引用数据类型,则比较的是对象的地址值是否相等。 equals():用来比较方法两个对象的内容是否相等。...注意: equals 方法不能用于基本数据类型的变量,如果没有对equals方法进行重写,则比较的是引用类型的变 量所指向的对象的地址。...break和continue的区别: break和continue都是用来控制循环的语句。 break用于完全结束一个循环， 跳出循环体执行循环后面的语句。
转录组(RNA-seq)测序是啥？ChIP-seq又是啥？它们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来从平均测序深度和区域覆盖度的角度来区分它们吧！...2 理概念 理解了上面的测序深度和覆盖度的概念，我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq，简单地说就是搞清楚这些组学要测什么，而且测多深即可。...3 明差异 测序范围的区别： 全外显子测序测的是所有的能被探针捕获到的外显子区域，在IGV上面能看到reads都是覆盖到外显子及其侧翼区域。...第二层是RNA-seq数据，可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的，非常exon和intron的间隔非常明显，因为是PE测序，还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了...(下图是放大比较WES和RNA-seq) ? 最后是WGS测序，理论是它应该是全基因组覆盖，而且测序深度非常稳定，但是实际上，测序深度还部分由GC含量，扩增随机性影响。
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