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Microorganisms：基于DNA和RNA得到差异的群落组装机制

但是几乎所有的研究都是用DNA，而DNA也会包括细胞外DNA和死细胞DNA。RNA的半衰期很短，通常可以用来代表细菌活性部分，但RNA表征的群落构建几乎没有人研究。...本文假设基于RNA得到的群落对生物性波动的反应比DNA得到群落要快。且在RNA群落中，变量选择的相对影响更强，而同质选择对DNA群落的影响较大。...结果表明对于群落α多样性，RNA群落的时间周转率高于DNA群落，且RNA群落的构建与环境变异性关系更为密切。DNA群落受同质选择的影响更大。...结 果 RNA群落在演替阶段alpha多样性变化大于DNA群落 RNA群落时间周转率大于DNA群落 组装机制的差异。RNA群落中变量选择的相对影响更强一些，同质选择对DNA群落的影响更大一些。...后记 刚看这篇文章题目的时候，感觉这个切入点还不错，希望看到一些有趣的结论。但是结果表明RNA和DNA差别貌似并不是很大。总的群落组装机制没有改变。

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Wolfram 用户案例 | 用Mathematica开发DNA和RNA新的理论折叠模型

引用 “Mathematica 对研究人员的工作非常重要。我们可以快速构建一个小的界面来实时测试、查看和实现想法，而其他任何软件都无法提供此功能。”...挑战 当研究人员研究 DNA 和 RNA 的理论折叠模型时，来自巴黎大学的 Guillame Santini 和索邦大学的 Jean Cognet要求轻松访问预定义的数学和可视化功能。...他们还需要一个灵活的平台，使他们能够使用多种编程方法而不会妨碍工作流程。 解决方案 Mathematica 为 Santini和 Cognet提供了完整的工作环境，使其成为与研究相关查询的理想选择。...好处 Santini 和 Cognet指出，Mathematica 是他们工作中非常重要的一部分。它为他们提供了灵活性，并使其有能力投入更多的时间进行研究，而不是在计算上浪费时间。...Wolfram 优势 快速搜索人类基因 立即可视化蛋白质序列比 使用 Wolfram Workbench 中提供的高级工具提高效率、调试和编写文档

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    Nano Lett：用于细胞内DNA和RNA递送的脂质纳米颗粒球形核酸

    Mirkin合成了脂质纳米颗粒SNAs(LNP-SNAs)，并将其用于将DNA和RNA递送至细胞质中的目标。 LNP的核心和其表面呈现的DNA序列的组成都与LNP-SNAs的活性相关。...与基于脂质体的SNAs相比，优化后的LNP-SNA能够将沉默mRNA所需的siRNA浓度降低两个数量级。 此外，LNP-SNA的结构也会影响其在小鼠体内的生物分布和疗效。...静脉注射后，LNP-SNAs中的mRNA主要在脾脏中表达；而LNPs封装的mRNA(表面无DNA)则主要在肝脏中表达，而在脾脏中的表达量相对较少。...这一研究表明，LNP-SNA结构的活性和生物分布与传统的脂质体SNAs不同，有望被用于实现组织靶向。 Andrew J. Sinegra. et al....Lipid Nanoparticle Spherical Nucleic Acids for Intracellular DNA and RNA Delivery.

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    limma和edgeR对RNA-seq表达矩阵差异分析的区别

    前面我们在生信技能树系统性介绍了大量RNA-seq相关背景知识，以及表达矩阵分析的一般流程 RNA-seq这十年（3万字长文综述） RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM...的异同 表达矩阵的归一化和标准化，去除极端值，异常值 箱线图的生物学含义 转录组表达矩阵为什么需要主成分分析以及怎么做 limma/voom，edgeR，DESeq2分析注意事项，差异分析表达矩阵与分组信息...其中差异分析我们使用了limma/voom，edgeR，DESeq2这3个流程，很多朋友比较感兴趣到底应该是选择哪一个，而且它们的区别是？...学徒作业，完成两个火山图，一个logFC的散点图，一个UpSet图 步骤分解： 从UCSC的XENA数据库里面下载TCGA-BRCA 的counts值矩阵 从UCSC的XENA数据库里面下载TCGA-BRCA...文章，或多或少使用一些TCGA教程，你把这个R包学习10遍，写成200篇自己的笔记，未来一年的学习计划。

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    BIB｜通过深度多任务学习准确预测RNA、DNA 和蛋白质结合的内在无序残基

    我们使用DisProt中列出的基础出版数据手动检查在DisProt中注释为核酸、DNA和RNA结合的IDR，以便将它们归类为DNA和/或RNA结合。...如果一个给定的DNA/RNA结合蛋白的假定无序含量大于0.2，我们就将其注释为无序。 因此，我们分别鉴定了1739和1711个无序的DNA和RNA相互作用蛋白。...我们将所考虑的人类蛋白质分成四组：(I)结合DNA但不结合RNA的蛋白质，(Ii)结合RNA但不结合DNA的蛋白质，(Iii)既结合RNA又不结合DNA的蛋白质，以及(Iv)既不结合DNA也不结合RNA...最后，我们通过比较集合1和集合4的蛋白质水平DNA结合倾向和集合2和集合4的蛋白质水平RNA结合倾向，进一步检验了预测DNA和RNA结合蛋白的准确性。...对人类蛋白质组的评估表明，DeepDISOBind准确地识别了HUBS和DNA和RNA结合蛋白。

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    iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

    不过是对于SNP和DNA甲基化，都有许多独立的数据库存储和整理相关信息，但是却缺乏公开的整合了SNP和DNA甲基化等多组学数据的数据库。...从近100名志愿者中提取3种类型的细胞，并分别进行WGS, WGBS, RNA_seq测序分析，将最终的数据存储到iMETHYL 数据库中。...iMETHYL整合了SNP, DNA甲基化和RNA表达谱的数据，并进行了两两之间的关联分析。...3种组学数据的分布 可以看到志愿者的性别，年龄的基本情况，以及DNA甲基化，基因表达和SNV的汇总信息。 ?...基因型和基因表达谱之间的关联分析通过cis-eQTL来实现; DNA甲基化和基因表达谱之间的关联分析通过cis-eQTM来实现，DNA甲基化与基因型之间的关联分析通过cis-mQTL来实现。 ?

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    【生信文献200篇】59 利用DNA甲基化和RNA-seq分析获得乳腺癌DNA甲基化调控基因

    methylation and RNA-Seq data 中文标题 DNA甲基化和RNA-seq数据的综合分析鉴定人乳腺癌的表观遗传调控 期刊《EPIGENETICS》 影响因子 4.523 发表时间...2018-08-07 研究领域 RNA-seq DNA甲基化 表观遗传 乳腺癌 DOI： 10.1080/15592294.2018.1469894 01 总述 研究人员将TCGA中乳腺癌的DNA...甲基化数据和RNA-Seq数据与7个数据库的DNA基序信息进行整合，寻找与乳腺癌异常DNA甲基化相关的DNA结合蛋白及其结合基序。...研究人员选择了DNA甲基化数据中的94对匹配的乳腺癌(BRCA)样本和正常组织样本进行差异分析。并且在94对配对样品（188个）中，有171 个样本同时具有 RNA-Seq 和 DNA 甲基化数据。...之后，研究人员用同时具有 RNA-Seq 和 DNA 甲基化数据的其余327个组织样本作为独立数据，验证79个基因的表达水平与相应DMRs甲基化水平之间的相关性。

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    DNA和RNA的AlphaFold时刻来了

    新智元报道 编辑：润 alan 【新智元导读】今天，DeepMind公布了AlphaFold的最新版本，不仅预测蛋白质结构的准确性大大提高，而且获得了预测RNA等新的能力。...对于RNA结构的预测，也比其他模型表现好，不过相较于人类专家参与的预测性能，还有进一步提高的空间。...这是一个把crRNA和DNA结合的结构，是CRISPR家族的一部分。...CasLambda具有CRISPR-Cas9系统的基因组编辑能力，俗称「基因剪刀」，研究人员可以用它来改变动物、植物和微生物的DNA。 CasLambda较小的尺寸可以更有效地编辑基因。...那么，最新的AlphaFold究竟在多大程度上满足了它的愿望呢？ AlphaFold-latest能够单独或与蛋白质合作预测核酸（DNA或RNA）结构。

    51240

    Cell | 都知道 DNA 损伤修复，那细胞是如何应对 RNA 损伤的呢? | 综述

    像DNA一样，RNA也不断受到内源性和环境性来源的损伤。 然而，虽然已经对DNA损伤反应进行了广泛研究，但长期以来认为RNA损伤相对无关紧要，因为大多数RNA分子是短暂存在的。...图片说明 ◉ RNA 化学多样性 RNA 易受环境和内源性损伤的影响，并且缺乏核隔离、碱基配对和染色质化所提供的三重保护。而DNA具有这三种保护。...DNA损伤通过复制和转录偶联途径被检测和解决，当DNA和RNA聚合酶分别在DNA损伤处停滞时，这些途径被启动。 这种停滞不仅促进修复，还可能导致DNA和RNA合成的局部和全球性停顿。...Para_04 除了DNA和RNA损伤反应的平行操作外，细胞核中DNA损伤的感受可以间接触发ISR和RSR的激活。 这种串扰是由tRNA内切酶SLFN11介导的，它响应DNA损伤（图4）。...尽管RNA的基本重要性不言而喻，但对RNA损伤感知、解决和修复的机制理解远远落后于我们对DNA修复的了解。

    15610

    【连载】癌症中的嵌合RNA (Chimeric RNA) ：鉴定和验证（二）

    为了验证候选嵌合RNA的存在，将与RNA序列分析相同来源的理想的RNA样本进行RT-PCR和其他RNA检测，对PCR产物再进一步行Sanger测序以验证连接处序列。...3.3.1 验证癌症中的候选嵌合RNA 需要在预测的癌细胞和组织中验证候选嵌合RNA以证明其癌症特异性。...所以只有获得连接位点的序列和全长序列，才能确保筛选出在相应的癌细胞和组织中特异表达的亚型嵌合RNA。...第三代测序中的直接RNA测序，通过一种高通量的方法对嵌合RNA序列和RNA全场序列的进行鉴定可望克服这些障碍。...原则上，为了探索癌症特异性嵌合RNA，应该对预测的癌症样本嵌合RNA的表达进行评估，包括与来自人类不同种类的恶性和非恶性癌症样本、正常组织和细胞系的成对良性样本样本进行对照。

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    ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤

    不过对于处理后的数据集我们可以可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA来辅助进行质控 那首先我们基于Seurat官网的教程来了解回顾一下nFeature_RNA和nCount_RNA，并且可视化判断一下阈值...可以看到nCount_RNA和nFeature_RNA还是有差异的，这就与它们的计算方法有关 #nCount_RNA：总的UMI数即转录本数量 colSums(sce@assays$RNA$counts...) #nFeature_RNA：总的基因数目 colSums(sce@assays$RNA$counts>0) 可视化及阈值判断 可以使用小提琴图来简单可视化一下nFeature_RNA和nCount_RNA...我们还是先重点看看nFeature_RNA和nCount_RNA #qc.R脚本中nFeature_RNA和nCount_RNA部分内容 feats RNA", "nCount_RNA...除了在基本质控环节我们会可视化一下细胞中nFeature_RNA和nCount_RNA的情况，在进行降维聚类分群的时候，我们也会对nFeature_RNA和nCount_RNA进行可视化。

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    日志收集的“DNA”

    日志种类划分 一般说到日志，想到的都是后端日志。但是后端日志根据不同的需要和日志级别，最终的流向和处理方式也是不一样的。 ? 普通业务日志。...检索的业务日志，是有业务属性的。比如你的系统和第三方支付进行对接所产生的报文交互数据。它们比普通业务日志有用，但又没有存放到数据库的必要，我们一般的处理方式就是收集到ES这种大容量的存储中。...第一、异常日志能够及时的被业务人员发现；第二、异常日志能够被统计和事后分析。所以，一个触发式的日志处理链，以及检索型的上下文查询，都是必要的。...APM 这个和前端，终端综合起来，可以进行调用链追踪，行为分析等，一般是垮端的整体性分析。市面上有很多这样的产品，包括收费的和开源的。 再向上，就是一些终端的日志。...它和WEB端是类似的，只是工具链不同。 行为日志。 你在使用一些App的时候，都会默认勾选上一个叫做匿名发送使用数据-帮助我们提高的选项。

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    【译】基于DNA的脸型再造和案件重塑

    也可能很快做到对肤色，雀斑，秃顶，头发的卷曲度，牙齿形状和年龄做出预测。 计算机也许最终能够做到把由DNA生成的嫌疑犯头像和数据库里的面部照片匹配起来。...纽约大学法学院的Erin Murphy教授说：“DNA在犯罪领域的这一应用是技术领先大众舆论和认知的又一例证。” DNA被用于寻找，定罪或释放嫌疑犯已有超过20年的历史了。...但是直到现在，只是用于匹配某个犯罪嫌疑人的DNA和遗留在犯罪现场的DNA，或是匹配政府数据库的DNA。...一些生成的图像确实和DNA供体的真实的脸很像，其他则差强人意。 不过有时候警察在一些凶手案件中没有任何线索。...没有任何强行进入的迹象，表明 Alston 女士和杀手认识。超过100个熟人自愿提供DNA样本，但没有DNA能和在犯罪现场发现的相匹配。

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    生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：002 中心法则：转录

    但是有一点是很关键的，就是细胞内的生命活动都遵从中心法则，生物信息学很多时候就是在中心法则上做文章： 分子生物学中心法则：DNA --> RNA --> 蛋白质 --> 细胞表型 基因组中心法则：基因组...问题描述 遗传信息从 DNA 流向 RNA 的过程，称为转录。...DNA 有 4 张不同的扑克牌，RNA 也有 4 张，唯一的区别是 DNA 中的 T，在 RNA 中变成了 U，因此 RNA 的 4 张牌是：A、U、C、G。...因此，给定一条与编码链相同的 DNA 序列，要转录成 RNA 只需要将 T 替换成 U 就可以了。 给定：一条长度至多 1000bp 的 DNA 序列。 应得：其转录的 RNA 序列。...dna = fh.read() rna = transcript(dna) print(rna) 只需要将T替换成U就可以了；替换前先用 upper(

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    Nat.Genet | 从 DNA 序列预测 RNA-seq 覆盖度作为基因调控的统一模型

    然而，由于建模挑战，当前工具无法预测RNA-seq表达谱。 在这里，我们介绍了Borzoi，这是一种从DNA序列中学习预测细胞类型特异性和组织特异性RNA-seq覆盖度的模型。...在不同物种、条件和检测特定调控方面的RNA-seq数据的广泛可用性，突显了这种方法在解析从DNA序列到调控功能的映射中的潜力。...DNA是可访问的。...因此，我们着手通过基于潜在DNA序列的方法来建模RNA-seq以及额外的表观遗传测定的覆盖范围，而不依赖于基因注释的先验知识。...Borzoi accurately predicts RNA-seq and other assays Borzoi准确预测了RNA-seq和其他检测方法 Para_01 尽管仅基于底层DNA序列建模RNA-seq

    15510

    文献解读|环状RNA的性质和功能

    本文解读的文献标题如下 CircRNA: functions and properties of a novel potential biomarker for cancer 对环状RNA的性质和功能进行很好的概括和总结...是一类新发现的内源性非编码RNA,和普通的mRNA等线性RNA不同，其不具有5’帽子和3’polyA等结构，而是由两个末端连接形成了一个共价闭合的环状结构，所以定义为环状RNA。...环状RNA的功能和机制尚不完全清楚，最新研究表明环状RNA可以作为疾病潜在的分子标记物，在疾病的发生和发展中扮演重要角色。本文从以下几个方面对环状RNA进行了介绍 1....circ-EIF3J和circ-PAIP2通过和U1 snRNP蛋白的结合，进一步与RNA II型聚合酶作用，增强父本基因的表达，目前的研究表明，环状RNA对父本基因的表达具有正调控功能 部分环状RNA...最后对环状RNA作为疾病分子的标记可能性进行了总结和展望，环状RNA由于其稳定性，具有成为疾病分子标记的可能，特别在外泌体研究中，相比其他RNA，环状RNA更加的富集。

    97110

    DNA序列编码中Hairpin的定义和计算

    ,这样单链 DNA 分子才能和自身的补链充分有效的发生特异性杂交[1]。...bp(x,y)函数表示DNA序列中x和y位置的碱基相互互补的个数，如果相互互补即为1，否则记为0. s表示遍历茎区可能长度，其中 茎区最小长度为人为设定的Smin ，而 茎区最大长度是当环区长度取得最小值...，其中i最小从1处开始,最大可以到l-2s-r处，其中s和r皆为前两步中确定的值。...不同文章中发卡结构约束的定义及区别 上一章中定义此处标记为 [*]定义 而与其他定义相区别，其他定义则根据其引用的参考文献进行标记,即若此处定义出自于参考文献[1],则将其标记为 [1]定义 [2]定义...[5]定义 与[ * ]的区别在于 分析与比较 可以看出[ * ]中Hairpin的计算公式较为正确 No J index Expression x Expression y ==*== -

    1.8K20

    重复的DNA序列

    将DNA序列看作是只包含['A', 'C', 'G', 'T']4个字符的字符串，给一个DNA字符串 ，找到所有长度为10的且出现超过1次的子串。...序列进行整数编码: [‘A’, ‘C’, ‘G’, ‘T’]4个字符分别用[0, 1, 2, 3](二进制形式(00, 01, 10, 11)所表示，故长度 为10的DNA序列可以用20个比特位的整数所表示...1.设置全局整数哈希int g_hash_map[1048576]; 1048576 = 2^20，表示所有的长度为10的 DNA序列。...2.将DNA字符串的前10个字符使用左移位运算转换为整数key，g_hash_map[key]++。...3.从DNA的第11个字符开始，按顺序遍历各个字符，遇到1个字符即将key右移2位 (去掉最低位)，并且将新的DNA字符s[i]转换为整数后，或运算最高位(第19 、20位)，g_hash_map[key

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