❝在近期使用 「dplyr」 进行多列选择性操作，如 mutate_at() 时，发现文档提示一系列的 「dplyr」 函数变体已经过期，看来后续要退休了，使用 across() 是它们的统一替代品，所以最近抽时间针对性的学习和翻译下...原文来自 [dplyr 文档](Column-wise operations • dplyr (tidyverse.org "dplyr 文档")) - 2021-01❞ 同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用...下面是联合 across() 和它最喜欢的动词函数 summarise()的一些例子。但你也可以联合 across() 和任意其他的 「dplyr」 动词函数，我们后面会提及。..._at() 函数是 「dplyr」 中唯一你需要手动引用变量名的地方，这让它们比较奇怪且难以记忆。 为什么过了这么久才发现 across()？...」 的开发者们通过 across() 简化了 「dplyr」 对于一些数据复杂操作的处理逻辑，提高了整体的学习和使用效率，让我们使用者更关注于逻辑而非实现上。
最近做项目遇到了一个实际数据清洗的问题，如何将连续数据按从大到小分成n类？刚开始我是打算用tidyverse包的，但是找不到合适的函数。只能通过较为笨拙的方法进行了。 ?...之后通过stackoverflow网站[1]进行查询才发现原来有这么好用的窗口函数。 ? 较为笨拙的方法 使用Rbase包中的数据框操作进行，首先随机产生一个数据框作为模拟数据。...包中的ntile() 首先构建一个数据框，包含a，b变量。...然后使用管道函数，利用函数ntile()构建新的列，列名为q。或者不用通道函数，直接加载dplyr包也可以。...noredirect=1 [2] tidyverse包: https://www.tidyverse.org/ [3] dplyr包: https://dplyr.tidyverse.org/
dplyr_new version sunqi 2020/6/8 概述 2020年5月29日，dplyr迎来来大更新，作为大版本的更新，还是有必要进行学习一下 安装 # remove.packages...("dplyr") # install.packages("dplyr") across 和mutate合用 Note that the echo = FALSE parameter was added...，并按照组输出包含Petal的变量的均值 iris %>% group_by(Species) %>% summarise(across(contains("Petal"), mean))...和filter联合使用 iris %>% filter(across(where(is.numeric), ~ .x > 0.5)) # 选择选定列大于0.5 的行 ## Sepal.Length...这次更新的内容还是比较多的，也解决了我以前处理数据中遇到的一些问题，这次更新across的内容，愿世界美好， love&peace.
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com...其核心包有ggplot、readr、tibble、purrr、 tidyr 、dplyr、ggplot、forcats 和stringr8个. 我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。...4.semi_join 半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join(类似于excel中的vlookup函数) semi_join(x=test1,y=test2,by='x') 5....写在结尾 很高兴你能看到这里，现在（写这篇推文的时间）是晚上十二点左右，刚刚离开实验室的师姐对我说要对自己好一点，要珍惜自己的头发，我摸了摸自己的头发，看着隔壁漆黑一片的自习室，我还能肝！
今天的学习内容是R包，R包是多个函数的集合，本次主要是学习dplyr包。安装和加载R包设置镜像每次下载R包时，都需要重新配置镜像。...为了避免这种繁琐的操作可以使用file.edit('~/.Rprofile')建一个R的配置文件文件直接进行设置，在配置文件中运行以下代码options("repos" = c(CRAN="https:...:102),]dplyr五个基础函数mutate()，新增列select(),按列筛选filter()筛选行arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序summarise()：汇总进行汇总时可以结合...group_by，实用性更强dplyr两个实用技能管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)管道操作可以直接省略中间步骤，导出最后的结果count统计某列的unique值dplyr处理关系数据将...其实就是以左边那个表格作为连接的依据找到对应的值，如果没有就以NA表示全连full_join半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join
dplyr包有很多函数，为了防止dplyr包中的函数名与其他函数产生冲突，使用时前面加上“包名::”dplyr五个基础函数mutate(),新增列select(),按列筛选按列号筛选注意筛选内容与表格内容的统一...(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))dplyr两个实用技能管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)同时执行三件事（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号...）count统计某列的unique值dplyr处理关系数据即将2个表进行连接內连inner_join,取交集左连left_join全连full_join半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_joinSemi-Join...半连接，当外表在内表中找到匹配的记录之后，Semi-Join会返回外表中的记录。...但即使在内表中找到多条匹配的记录，外表也只会返回已经存在于外表中的记录。
)以dplyr包为例 官方包的文档dplyr示例数据test % (cmd/ctr + shift + M)向右传递test %>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length...), sd(Sepal.Length))R中的管道操作符2：count统计某列的unique值count(test,Species)分类变量每个变量值的频数dplyr处理关系数据将2个表进行连接1.內连...,每列数值的类型必须相同；以"by"的列为标准，补齐列表，空值为"NA"4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join交集表中test1部分的列semi_join(x = test1,...，如有错误内容，欢迎评论区指正
，它计算所有行的 x, y 和 z 的均值。...它们允许你避免显式的循环和/或使用 apply() 或 purrr::map 家族函数。...就能算出 x中 元素的长度不是很好吗？...group_by() 输出有一点不同:我们明显地改变了数据的结构。...因为输入tibble中的列没有那么规则，所以这种方法更不适合这种方法。
呜呜今天是补昨天的内容 昨天临床任务太多只看了一下要学习的内容没有做笔记T T1 安装和加载R包1.1 镜像设置1.2 安装install.packages()/BiocManager::install...")library(dplyr)2 dplyr的五个基础函数test % (ctr + shift + M)可以在 R 中使用管道运算符 ( %>% ) 将一系列操作“通过管道”连接在一起，该运算符最常与 R 中的dplyr包一起使用，...管道运算符只是将一个操作的结果传递到其下面的下一个操作。使用管道运算符的优点是它使代码非常易于阅读。...4.3 全连 full_joinfull_join( test1, test2, by = 'x')4.4 半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join定义x表与y表semi_join(x
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列注意⚠️没有赋值就没有改变管道符号%>%-实现连续的步骤非常易读彩虹代码展现嵌套函数的逻辑。...2.3 if条件语句控制代码运行elseif(F){}啥都不敢if(F){}elese{}#运行else后的{}中的代码2.4 ifelse函数只有3个参数ifelse(x,yes,no)x：逻辑或逻辑值向量...，小洁老师曾经讲过的点，我又犯了是a< -1或a<(-1),而不是a<-1,<-是赋值符号，我这样写a<-1，相当于又将a赋值了，所以结果错误。...一些顶呱呱的函数match()dir()file.create()file.exists()file.remove()自学哦！5. 四个报错找不到文件找不到函数不存在包找不到对象6....广义基因6w+个；哪些和自己感兴趣点有关？数据分析筛选。表达矩阵：一行是一个基因在所有样品里的表达，一列是一个样本里所有基因的表达。在表达矩阵中，寻找在不同组有表达差异的基因。
Day6-2023.12.02学习R包-dplyr是R中用来进行数据操作的一个包,提供了一些功能强大，易于使用的函数，这些函数对于数据探索分析和数据操作而言非常实用，dplyr主要用于数据清理，包括重命名...")或者 BiocManager::install(“包”)安装包library(dplyr) 加载包 library函数是加载和使用R语言中的函数库和扩展包二、dplyr的五个基础函数mutate(...、dpylr的两个实用技能管道操作符：管道符 %>% ，符号左侧表示数据的输入，右侧表示下游数据处理环节count统计某列的unique值四、dplyr处理关系数据（即将2个表进行连接）1.內连inner_join...表所有记录semi_joinsemi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinanti_join(x = test2..., y = test1, by = 'x')6.简单合并bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数感觉今天的学习内容是要背下来的那种，生日快乐小焦加油努力向前冲
今日学习内容：如何安装R包？.../p/861224f4251aoptions() 设置R运行过程中的一些选项设置options()$repos 查看使用install.packages安装时的默认镜像options()$BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") install.packages("dplyr") #或BiocManager::install("dplyr")library...(dplyr)dplyr五个基础函数mutate() 新增列，(x，列名=相关数据)select() 筛选列，（x，列号或列名）filter() 筛选行，（x，列名==想要的行）需要逻辑判断arrange...(x= ,y= ,by="某列") 半连接，返回能够与y表匹配的x表所有记录anti_join(x= ,y= ,by="某列") 反连接，返回无法与y表匹配的x表所有记录简单合并bind_rows(
dplyr中的across函数取代了之前的xx_if/xx_at/xx_all，用法更加灵活，初学时觉得不如xx_if/xx_at/xx_all简单易懂，用习惯后真是利器！...主要是介绍across函数的用法，这是dplyr1.0才出来的一个函数，大大简化了代码 可用于对多列做同一个操作。...一般用法 陷阱 across其他连用 和filter()连用 一般用法 library(dplyr, warn.conflicts = FALSE) across()有两个基本参数： .cols：选择你想操作的列....fn：你想进行的操作，可以使一个函数或者多个函数组成的列表 可以替代_if()，at_()，all_() starwars %>% summarise(across(where(is.character...if_any()：任何一列满足条件即可 if_all()：所有列都要满足条件 starwars %>% filter(if_any(everything(), ~ !
01 select()变形函数 dplyr包的安装就不展示了，dplyr包是内含多函数且功能强大的数据处理包。...02 filter( ) filter( ) 函数 筛选数据框内容，选择产品类型是纯棉口罩的数据。 ? 多条件筛选，只要在filter中多增加筛选条件即可 ?...04 arrange( ) arrange( ) 函数可用于创建一个新的数据框，这个数据框可以按照1个或多个变量进行排序。 desc( ) 函数表示降序排列。让上述表格按照金额和单价进行降序排列。...06 %>%管道操作符 %>%管道操作符，这个是我在dplyr包中最喜欢的一个操作符了，它运用起来特别方便，能够连接前后两个步骤，实现嵌套使用简化代码的同时还能避免存储多余的中间值而节省内存空间。...它的作用是把符号左侧返回的结果，作为符号右侧调用函数的第1个参数。实际上，x %>% f(...)相当于于f(x, ...)。 ?
Read10X() 函数从 10X 读取 cellranger 管道的输出，返回唯一的分子识别 (UMI) 计数矩阵。该矩阵中的值表示在每个细胞（列）中检测到的每个特征（即基因；行）的分子数量。...该对象充当容器，其中包含单细胞数据集的数据（如计数矩阵）和分析（如 PCA 或聚类结果）。例如，在 Seurat v5 中，计数矩阵存储在 pbmc[["RNA"]]$counts 中。...library(dplyr) library(Seurat) library(patchwork) # Load the PBMC dataset pbmc.data <- Read10X(data.dir...常用的一些 QC 指标包括： 每个细胞中检测到的唯一(unique)基因的数量 低质量的细胞或空液滴通常含有很少的基因 细胞双联体或多联体可能表现出异常高的基因计数 同样，细胞内检测到的分子总数（与唯一...我们使用以 MT- 开头的所有基因的集合作为线粒体基因的集合 # The [[ operator can add columns to object metadata.
R包是多个函数的集合，编码和样本数据的集合，或者通俗讲，R包相当于R的插件（有可能不准确）存放位置：名为”library“的目录下必要性：丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析需要R包以dplyr...select(test,c(1,5))或者select(test, Petal.Length, Petal.Width)筛选行，filter(test, Species == "setosa")按某1列或某几列对整个表格进行排序...，arrange(test, Sepal.Length)汇总，对数据进行汇总操作，summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))dplyr的两个技能管道操作...，相当于linux的管道符｜count统计某列的unique值count(test,Species)dplyr处理关系数据内连取交集，inner_jion左连left_join全连full_jion半连接...，返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join返连接，返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinjoin简单合并，cbind函数和rbind函数
这一点，我想大部分使用EXCEL的童鞋都深有体会，写论文时，这么多的数据进行处理，手动汇总、筛选、变换，工作量实在是太大。...包，该软件包中的飞机航班数据将用于本文中dplyr包相关函数的演示。...2.3 删除缺失数据 我们采用dplyr包中的filter()函数，进行缺失数据的删除。脚本输入代码： myFlights <- filter(myFlights,!...3.2 应用函数及组合结果 我们使用dplyr包中的summarize()函数，进行数据统计指标的获取及组合。计算出不同目的地的平行航行距离以及平均延误时间。...通过管道的连接方式，让数据或表达式的传递更高效，使用向右操作符%>%，可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式。
在tidyverse中，整洁数据一般都是每一行是一个观测，每一列是一个变量，基本上所有操作都是基于整洁的数据进行的，都是对某列做什么操作。...但有时候我们也需要对某行做一些操作，dplyr中现在提供了rowwise()函数快速执行对行的操作。...简介 library(dplyr, warn.conflicts = FALSE) “rowwise()和group_by()很像，本身不做任何操作，但是使用了rowwise之后，再和mutate()...（只是一个例子），不使用rowwise()函数，得到的结果是所有数据的均值，很明显不是想要的： df %>% mutate(m = mean(c(x, y, z))) ## # A tibble: 2...也有行的形式，那就是c_across，帮助你快速选择多列数据： rf %>% mutate(total = sum(c_across(w:z))) ## # A tibble: 6 × 6 ## # Rowwise
, sex, age, obstruct, perfor, nodes, differ, extent)) %>% forest_plot() #%>%：dplyr包中的管道传参 data=survival...可以指定应该根据输出结果中哪些变量排序，默认HR。 forest_plot(aa1) 2. analyse_survival:使用单协变量或无协变量对右删失数据进行生存分析。...labels_displayed=c("endpoint","factor","n"),#确定左表中显示的内容和顺序 label_headers=c(endpoint="Endpoint",factor...="Subgroup",n="n"), values_displayed=c("HR","CI","p"),#确定右表中显示的内容和顺序 value_headers=c(HR="HR",CI="CI",...包的管道函数，能够将上一步的结果传递给下一步的函数作为参数,具体用法就是 x %>% f(y)—> f(x, y)。
导读 空间数据如何储存在Seurat中？...来自10x的visium数据包括以下数据类型:（如果是其它空间单细胞产品，后面再慢慢聊） 通过基因表达矩阵得到一个点(spot ) 组织切片图像(采集数据时H&E染色) 用于显示的原始高分辨率图像与低分辨率图像之间的比例因子...在Seurat对象中，Spot by基因表达矩阵与典型的“RNA”分析类似，但包含spot水平，而不是单细胞水平的数据。图像本身存储在Seurat对象中的一个images 槽（slot）中。...R包加载及安装 library(Seurat) library(SeuratData) library(ggplot2) library(patchwork) library(dplyr) Step2...这将读取spaceranger管道的输出，并返回Seurat对象，该对象包含spot级别的表达数据以及相关的组织切片图像。
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