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在hit发现中最大限度地整合虚拟筛选和实验筛选

传统上,根据在筛选过程中是否利用治疗性(蛋白质)靶点的结构,VS方法被分为基于配体和基于(蛋白质)结构的方法。VS方法可以组合成复杂的、分步的或并行的筛选工作流程。...我们应该注意到,在基于对接的虚拟筛选工作流程中,共识筛选策略也可以在考虑多个评分函数的层面上实现。 虚拟筛选以及一般研究的另一个强劲趋势是对人工智能和机器学习方法的适应。...在9个主要hit中,有5个是由所有三个建模概念的共识产生的,而其中4个是由两个筛选概念的不同组合提名的。虽然共识筛选的应用对于小库来说成本不高,但对于超大型筛选来说,它需要更全面的考虑。...重点筛选 在重点筛选中,通过从物理(或商业)可用的化合物库中编制重点化合物库,应用计算方法来减少实验测试的需求。这包括各种可能性,主要是通过基于配体(偶尔是基于蛋白质)的筛选方法,或其组合。...在虚拟筛选和实验筛选的相互作用中,在第一轮虚拟筛选中选出的化合物所产生的实验结果可以用来反复完善VS方法,并在随后的迭代中推广新的hit化合物。VS方法可能与早期迭代中的方法相同,也可能不同。

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    Python采集数据处理:利用Pandas进行组排序和筛选

    概述在现代数据处理和分析中,网络爬虫技术变得越来越重要。通过网络爬虫,我们可以自动化地从网页上收集大量的数据。然而,如何高效地处理和筛选这些数据是一个关键问题。...本文将介绍如何使用Python的Pandas库对采集到的数据进行组排序和筛选,并结合代理IP技术和多线程技术,提高数据采集效率。本文的示例将使用爬虫代理服务。细节1....我们将演示如何使用Pandas对数据进行分组、排序和筛选。2. 使用代理IP技术网络爬虫在大量请求网站时可能会被网站封锁。...数据处理函数: process_data函数将获取的数据转换为Pandas DataFrame,按“category”列进行分组,排序后筛选出较大的组。...总结通过本文的示例,我们展示了如何使用Pandas进行数据的分组排序和筛选,并结合代理IP和多线程技术提高数据采集的效率。希望本文对您在数据采集和处理方面有所帮助。

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    机器学习在组合优化中的应用(上)

    有一些组合优化问题不是那么的“难”,比如最短路问题,可以在多项式的时间内进行求解。然而,对于一些NP-hard问题,就无法在多项式时间内求解了。...1 动机 在组合优化算法中使用机器学习的方法,主要有两方面: (1)优化算法中某些模块计算非常消耗时间和资源,可以利用机器学习得出一个近似的值,从而加快算法的速度。...2 介绍 这一节简要介绍下关于组合优化和机器学习的一些概念,当然,只是粗略的看一下,详细内容大家还是去参照以往公众号的文章(指的组合优化方面)。...因为之前做的一直是运筹优化领域,对机器学习一知半解,所以关于这部分的阐述则是从网上筛选过来的,出处我均已贴到参考那里了。...(当前行为“好”以后就多往这个方向发展,如果“坏”就尽量避免这样的行为,即不是直接得到了标签,而是自己在实际中总结得到的) 3 近来的研究 第1节的时候,我们提到了在组合优化中使用机器学习的两种动机,那么现在很多研究也是围绕着这两方面进行展开的

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    组合电路在 HLS 中的重要性

    组合电路在 HLS 中的重要性 该项目通过一个示例演示了 HLS 中组合电路对设计的影响。 在 HLS 中描述组合任务非常重要,因为它直接影响整个系统的性能。...一组存储单元可以代表这些状态。 图2 图2显示了由组合电路和一组保存电路状态的存储单元组成的时序电路的结构。存储器单元可以是触发器、BRAM或DDR存储器的形式。 组合部分接收两组数据:主输入和状态。...然后它生成两组输出:主要输出和下一个状态。系统中的其他模块使用主输出,而下一个状态数据修改存储单元并定义新的电路状态。 动机 所有组合电路都需要一个时间间隔,以便在其输入发生任何变化后产生稳定的输出。...组合电路中从输入到输出的不同路径可能具有各种延迟。最长路径也称为关键路径,被定义为设计传播延迟。 在时序电路中,时钟周期对设计性能有直接影响。图 2 中组合部分的传播延迟决定了最小时钟周期。...此外,第二种方案在 FPGA 上使用的资源要少得多。 结论 设计高效的组合电路是在 HLS 中开发算法或系统控制器的第一步。多种优化技术和编码风格可用于描述复杂算法的组合部分。

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    Cell Reports Methods | 功能基因组筛选和临床数据的综合分析确定了螺内酯在重症COVID-19中的保护作用

    CRISPR筛选还可以量化不同细胞类型和不同干扰模式中的基因效应,这提供了特定的机制洞察,但同时可能限制了从个别实验中得出的结果的推广性。...实验部分 图 1 图 2 为了确定促进SARS-CoV-2病毒入侵的宿主亚网络(图1),作者获取了对病毒感染在人类细胞中的单个基因表达影响进行测量的基因组范围CRISPR筛选数据。...在每个筛选类别内,基因水平的一致性更高,在70%(7/10)的CRISPR-KO和33%(1/3)的CRISPRa筛选对中存在显著的正相关。...在至少两个筛选中显著富集了20个KEGG通路,其中包括一些已知与SARS-CoV-2入侵有关的通路(图2C)。涉及糖胺聚糖和磷酸甘油酸生成的通路最强烈地富集,与它们在病毒附着中的关键作用一致。...结论 分析表明,基因组范围的CRISPR筛选为COVID-19药物候选的系统优先级提供了基础,其中许多药物在仅依赖基因表达研究或关联位点命中的方法中不明显。

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    手把手教大家在 Spring Boot 中处理 flowable 中的用户和组!

    查看表详情 虽然说我们在实际开发中,很少会直接用到 flowable 中的用户体系,但是,也不太可能完全用不到,毕竟官方设计了这个东西,而存在就必然有其合理性,所以,今天松哥还是来和大家聊一聊,在 Spring...用户操作 在 Spring Boot 中,flowable 默认已经给我们配置好了 IdentityService 对象,我们只需要将之注入到项目中就可以使用了。 来看几个例子。...ACT_ID_GROUP 表中,如下图: 按照松哥之前在 flowable-ui 中给大家演示的,组创建好之后,接下来还要给组添加用户,添加方式如下: identityService.createMembership...(注意用户和组的关联关系表中有外键,所以需要确保两个参数都是真实存在的)。...删除组方式如下: identityService.deleteGroup("leader"); 删除组的同时,也会删除掉组和用户之间的关联关系,不过不用担心用户被删除。

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    在 .NET 中优化 API 性能:使用分页、筛选和投影实现高效的数据检索

    为避免这种情况,我们可以创建处理筛选、分页、排序和将数据投影到特定格式的方法。这种方法可确保我们的应用程序使用更少的内存并更快地执行。 在本文中,我将向您展示如何在 .NET 中实现高效的查询系统。...介绍 在本文中,我将展示如何使用以下关键工具和技术在 .NET 中优化 API 性能: LINQ Dynamic Core,用于根据用户输入进行动态排序和筛选。...And/Or:这些方法允许动态组合多个条件。...,我创建了一个 API 方法,该方法允许根据用户提供的查询参数进行动态筛选、分页和排序。...这些方法从 HTTP 请求查询中检索分页和排序参数:HttpContextAccessorExtensionsIHttpContextAccessor GetPageableParams:提取分页参数(

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    在FPGA中何时用组合逻辑或时序逻辑

    在FPGA中何时用组合逻辑或时序逻辑 作者:郝旭帅 校对:陆辉 在设计FPGA时,大多数采用Verilog HDL或者VHDL语言进行设计(本文重点以verilog来做介绍)。...那么在设计时应该用哪一种呢? 在设计时,有没有什么规定必须要用组合逻辑或者时序逻辑?例如:在verilog中,在always中被赋值了就必须是reg类型,assign赋值了就必须是wire类型。...其他的反馈中,加入寄存器即可。而加入寄存器后,就变为时序逻辑。 根据时序对齐关系进行选择 在很多的设计时,没有反馈,那么应该如何选择呢?...将组合逻辑1的功能拆分为组合逻辑A和组合逻辑B,此时,输入的数据得到结果虽然会多延迟一拍,但是数据的流速会变快。 那么这个和选用组合逻辑和时序逻辑有什么关系呢?...在上述的三个规则中,第一个和第二个用的是最多的,第三个在设计时,有时不一定能够注意到,当出现时序违例时,知道拆分能够解决问题就可以。 ? - End -

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    探讨组合加密算法在IM中的应用

    2、IM安全系列文章本文是IM通讯安全知识系列文章中的第2篇,总目录如下:《即时通讯安全篇(一):正确地理解和使用Android端加密算法》《即时通讯安全篇(二):探讨组合加密算法在IM中的应用》(本文...5、应用探讨:组合加密算法实现即时通信系统的认证模型本文综合利用以上算法的优点,在IM系统中建立以下消息发送模型,以解决IM系统所面临的信息窃取、篡改、伪造等安全问题。...在Java密码术体系结构中,密钥生成和操作可以使用keytool程序来执行。...7、应用探讨:组合加密算法应用模型的安全性及效率分析在以上模型中,利用对称加密算法处理消息、文件的加密,以解决信息、文件传送的机密性问题,具有加密速度快的特点;用公开密钥算法的加密技术解决了对称密钥在网络中明文传输问题...;用Hash算法计算出摘要,再通过公开密钥算法的数字签名技术对摘要进行签名,既提高了效率,又保证了信息文件传输的鉴别和不可否认性;在文件处理过程中,通过病毒扫面和组合加密双重处理,减少了网络中文件传输病毒蠕虫感染的几率

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    python实用技巧:在列表,字典,集合中快速筛选数据

    python中,要对列表、字典、集合进行数据筛选,最简单的方式就是用遍历,逐一对比,将符合条件的元素保存。这种方式虽然简单,但不够简洁优雅,以下用实例说明其他实现方式。...(-5, 20) for _ in range(10)] # 表示循环了10次,每次循环都从-5至20之间取一个数值保存到data中 print(data) 用遍历的方式筛选数据 '''迭代''' for...假设一个班里有30个学生,python的考试成绩为0至100分之间,要将筛选出来。...student_score) 使用字典解析 result = {k:v for k, v in student_score.items() if v < 60} print(result) 集合解析 筛选一个集合中的偶数...构建集合 myset = {randint(5, 20) for _ in range(20)} # set集合中不能包含重复的数据,循环20次有可能获取到重复的数据,因此元素的个数可能小于20个

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    空间转录组技术在免疫治疗中的应用潜力和前景

    通过保留空间信息可以很好地识别新的生物标志物,该技术可能会影响新的组合免疫疗法。 多重免疫组化/免疫荧光(mIHC/IF)是一种常用的工具,可同时检测单个组织样本中多达40个感兴趣的标记物。...下面为大家介绍几种空间转录组技术,及各种技术的特点: 01 原位杂交技术(In Situ Hybridization,ISH) 原位杂交(ISH)是一种在细胞或组织中可视化特定DNA或RNA分子的分子技术...表:多种空间转录成像技术对比 02 空间转录组(Spatial Transcriptomics,ST) 在单细胞RNA测序过程中,空间信息丢失。...该技术利用空间条形码寡脱氧胸腺嘧啶微阵列实现完整组织切片中的转录组定量可视化和分析。在进行RNA测序过程之前,将独特的位置条形码引入玻片,以保持组织结构中的空间位置。...最好的解决方案是将MIA分析方法集成到分析工作流中,以允许在细胞级别进行识别。

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    空间信息在空间转录组中的运用

    桑基图在单细胞数据探索中的应用 热图在单细胞数据分析中的应用 定量免疫浸润在单细胞研究中的应用 Network在单细胞转录组数据分析中的应用 你到底想要什么样的umap/tsne图?...最近的空间转录组的文章,大部分空间信息只是作为X-Y的画板——在上面画基因表达量或者分组信息。空间信息的地位简化到可视化工具TSNE和UMAP之列,这不免令人惋惜。 ?...但是,获得细胞的位置这一事实,对生物信息的丰富至少提供了以下可能: 可以在传统的细胞分析中明确地纳入空间信息。...最简单是按照细胞之间距离在传统的模型中加入一个距离权重,把空间信息加入到推断的过程中。...单变量扩展到多变量上面也就从基因走到了pathway和调控层面。那么现有的基因富集方法,如何扩展到空间转录中呢?所谓的富集其实就是打分嘛,如何制定打分体系。

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    功能蛋白组技术在新冠和肿瘤疫苗研究中的应用

    在最近发表在《JCI insight》杂志上的一项研究中,文章评估了21个接种个体中疫苗接种诱导的SARS-CoV-2特异性 T细胞应答,发现接种诱导SARS-CoV-2特异性T细胞产生,主要是CD4+...研究发现,IL-2的分泌仅在高应答者组中检测到,SARS-CoV-2特异性T细胞主要产生Th1细胞相关因子包括TNF-α和IFN-γ,而几乎不分泌Th2(IL-4、IL-5、IL-10和IL-13)和Th17...图2:IsoPlexis功能蛋白组检测,高应答组和低应答组因子谱差异 研究者分别通过T细胞和单核细胞相关细胞因子的总体T细胞和单核细胞细胞因子进行评分,结果显示高应答者(接种者#1和#4)的T细胞细胞因子得分更高...图3:T细胞和单核细胞因子评分 多功能蛋白组学研究平台可进行多重的因子检测,可以突破传统技术细胞因子种类的限制,更重要的是,检测的因子与细胞功能相关,也可以关联不同种类的细胞,为深入了解免疫应答、不同细胞在免疫过程中起到的作用提供了可靠的技术平台...检测结果显示与其他各组相比,在疫苗免疫的小鼠中,疫苗可以引起多功能T细胞比例的上调,与对照组相比疫苗组的PSI指数有显著差异(图4)。

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