dplyr根据我们正在遍历的元素变异新列 - 腾讯云开发者社区

当数据集中包含了分类变量和连续变量时，我们想了解连续变量是怎样随着不同的分类变量水平变化而变化，这时散点图中则会出现大量重叠，而箱式图则可以更清晰的展示这类数据。...箱式图用于多组数据平均水平和变异程度的直观分析比较。每组数据均可呈现其最小值、最大值、平均水平，最小值、最大值形成间距都可以反映数据的变异程度。主要函数为geom_boxplot()。...本期我们以表达矩阵为例来做箱式图。 1 原始数据常规的表达矩阵每一行为一个基因，每一列为一个样本，如果拿到的数据不符合上述规则，首先需要对数据进行调整。...() %>% # 将行名变成一列 mutate(group = rep(c("control","treatment"),each = 4)) # 新增group列转置后的表达矩阵 2.2...names_to = "gene", # 新的列名 values_to = "count") # 其余的列名长数据

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day6-苗苗

#安装运行dplyr包图片图片图片#新建test，新增列用mutate，mutate单词是突变、变异的意思图片#select和mutate都是筛选的意思，前者是筛选列，后者是筛选行图片#arrange是排序...默认从小到大，加desc是从大到小（descend：降低）图片图片#summarise汇总，group_by是先分好组，再分别计算图片#count是分别计算某一类有多少个图片#连接用join，依据左边的表用...left，右边用right，inner则是交集，完全一样的有谁#这三个是三列都要写上，哪怕没有数也要写NA，不能不写图片图片#全连就不用说明了#semi是半连，依据第二组数，写能与之匹配的第一组数，这里就不写第三列了...，anti是写匹配不上的。...图片#这个bind也是连接，_后面是根据什么连，row是行，col是列，要一样数的行列才能连图片

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数据处理第2节：将列转换为正确的形状

它涵盖了操纵列以便按照您希望的方式获取它们的工具：这可以是计算新列，将列更改为离散值或拆分/合并列。...mutate中的任何内容都可以是新列（通过赋予mutate新的列名），或者可以替换当前列（通过保持相同的列名）。最简单的选项之一是基于其他列中的值的计算。...示例代码生成两个新列：一列显示观察对象与平均睡眠时间的差值，一列显示观察对象与睡眠最少的动物的差值。...两个选项之间的主要区别是：funs（）版本是一行代码少，但是将添加而不是替换列。根据您的情况，两者都可能有用。...在这种情况下，我们有3列描述时间度量。对于某些分析和图表，可能有必要将它们合二为一。 gather函数需要您为新的描述性列指定名称（“key”），并为值列指定另一个名称（“value”）。

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R语言第二章数据处理③删除重复数据目录总结

主要用的到R base和dplyr函数： duplicated（）：用于识别重复的元素和 unique（）：用于提取唯一元素， distinct（）[dplyr package]删除数据框中的重复行...包删除数据框中的重复行函数distinct（）[dplyr package]可用于仅保留数据帧中的唯一行。...根据所有列删除重复的行（完全一样的观测值）： my_data %>% distinct() 根据特定列删除重复值 my_data %>% distinct(Sepal.Length, .keep_all...= TRUE) 根据多列删除重复值 my_data %>% distinct(Sepal.Length, Petal.Width, .keep_all = TRUE) 选项.kep_all用于保留数据中的所有变量...总结根据一个或多个列值删除重复行：my_data％>％dplyr :: distinct（Sepal.Length） R base函数从向量和数据帧中提取唯一元素：unique(my_data) R基函数确定重复元素

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R︱高效数据操作——data.table包（实战心得、dplyr对比、key灵活用法、数据合并）

—————————————————————————————————————————————— 六、额外的参数（来源：R语言data.table速查手册） 1、mult参数 mult参数是用来控制i匹配到的哪一行的返回结果默认情况下会返回该分组的所有元素...V2 V3 V4 1: A -1.2727 22 2: B -1.2727 26 3: C -1.2727 30 .SD是一个data.table，他包含了各个分组，除了by中的变量的所有元素...(x)] 还有 data$x 如果有很多名字很长的指标，data.table中如果按列进行遍历呢？ data[,1]是不行的，选中列的方式是用列名。...(get(names(data)[i]))] } 这个是我目前在遍历时候用到的代码，不知道观众有没有更好的呢？...2016-11-28补充：留言区大神给了一个比较好的选中列的方式，其中主要就是对with的使用： data.table取列时，可以用data[,1,with=FALSE]取data的第一列

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R语言数据集合并、数据增减、不等长合并

数据选取与简单操作： which 返回一个向量中指定元素的索引 which.max 返回最大元素的索引 which.min 返回最小元素的索引 sample 随机在向量中抽取元素 subset 根据条件选取元素...sort 升序排列元素 rev 反转所有元素 order 获取排序后的索引 table 返回频数表 cut 将数据分割为几部分 split 按照指定条件分割数据 rbind 行合并 cbind 列合并...2、dplyr包 dplyr包的数据合并，一般用left_join(x,y,by="name") 以x为主，y中匹配到的都放进来，但，y中没有的则不放过来。...命令是让这两个向量粘合在一起生成新的字符串向量，粘合后的新字符之间没有间隔。...（RODBC、sqldf包）二、数据增减 x=x[,-1] #这个就代表，删除了x数据集中第一列数据或用dplyr包中的mutate函数 a=mutate(Hdma_dat,dou=2*survived

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R 数据整理（七：使用tidyr和dplyr处理数据框 2.0）

我们可以使用tidyverse 系统来操作，其中包括了magrittr 包，readr 包，dplyr 包和 tidyr 包等。...对于待分离的对象（col），不必加上引号；但对于即将创建的新列（into），需要使用引号，由于是两列，这里使用向量创建。sep参数设定读取表格信息时以何符号作为分隔符。...对于即将合并的新列，需要使用引号；但对于想要合并的多个列名，可以不用使用引号。sep 参数设定多列合并后不同数据分隔使用的分割符。...R 数据整理（六：根据分类新增列的种种方法 1.0）其他函数 slice dplyr 包的函数 slice(.data, ...) 可以用来选择指定序号的行子集，正的序号表示保留，负的序号表示排除。...我们还可以借助unlist 将tibble 元素提取出来：

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DESeq2差异表达分析

我们知道，样本中的单个细胞并不是彼此独立的，因为它们是从相同的动物/样本中分离出来的，来自相同的环境。如果我们把细胞当作样本，那么我们真正研究的不是群体间的变异，而是个体之间的变异。...打开RStudio并创建一个名为“DE_Analysis_scrnaseq”的新R项目。...注意：不要对这个数据集运行 head() ，因为它仍然会显示数千列，所以我们只查看了前六行和前六列。接下来，我们可以了解一下每个细胞的元数据。...让我们对B细胞执行DE分析，它是我们向量中的第一个元素。从向量中提取B细胞： clusters[1] 我们可以使用此输出对B细胞运行DE分析。首先，我们可以仅将元数据和计数设置为B细胞。...我们需要包括计数，元数据和设计公式以进行我们感兴趣的比较。在设计公式中，我们还应在元数据中包含我们想要回归其变化的任何其他列（例如批次，性别，年龄等）。

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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

table(x)2.7 for循环对x里的每个元素进行同一操作for(i in x){CODE}#x是向量；i是代称，i自动等于某个循环里的x元素for( i in 1:4){ print(i)}#for...加载test1.Rdata，将两个数据框按照probe_id列连接在一起，按共同列取交集load("test1.Rdata")library(dplyr)merge1 <- merge(dat,ids,...表达矩阵需要变化3.2.1 初始的表达矩阵：3.2.2 转置（行变列，列变行）3.2.3 把原来的行名变成第一列3.2.4 变形（宽变长）一定要先单独学会某个包/函数，才能应用它吗？不一定！...基因表达芯片转录组单细胞突变、甲基化、拷贝数变异。。。7.4 怎么筛选基因？...7.5.3 箱线图的应用单个基因在两组之间表达量的差异可视化。分组信息：是一个有重复值的离散型的向量，分组向量的元素和表达矩阵的列是一一对应的。

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UseGalaxy.cn生信云|零代码使用Tiverse优雅地处理数据集

Dplyr Join two tables join 函数用于根据指定的键将两个数据框连接起来，可以根据共同的变量将数据框进行合并，支持多种连接操作，如内连接、左连接、右连接和外连接等。...Dplyr Mutate create, modify, and delete columns mutate 函数用于添加新变量或修改现有变量，能够基于已有数据创建新的变量列，支持对数据框进行实时的变量操作和修改...Dplyr Select keep or drop columns select 函数用于选择数据框中的特定列，可以保留感兴趣的变量，并且能够根据列名、位置或条件表达式进行灵活的变量选择操作。...Tidyr Pivot Longer from wide pivot_longer 函数用于将宽格式数据转换为长格式数据，能够根据用户指定的列将数据框中的多个列整理成一对 “名-值” 对，便于进一步的分析和处理...Tidyr Pivot Wider from long pivot_wider 函数用于将长格式数据转换为宽格式数据，能够将数据框中的一列分成多个列，根据指定的列名进行展开，使得数据以更直观的宽格式形式呈现

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生信爱好者周刊（第 2 期）：生信的境界与道路

scArches使用迁移学习和参数优化来实现高效、分散、迭代的参考构建和新数据集的上下文化，而无需共享原始数据。...根据多个国家的多中心数据分析表明，该深度神经网络学习模型能够在一般的儿科人群中识别任何遗传畸形，解释与种族、年龄和性别相关的表型变异性。...欧拉图是维恩图，不要求所有集合的相互作用都存在（无论它们是空的还是空的），这意味着，根据输入，欧拉有时会产生维恩图，有时不会。...这包括表头、存根、列标签和跨组列标签、表主体和表脚。 4、gtExtras[15] gtExtras的目标是提供一些额外的辅助函数来帮助使用gt创建漂亮的表。...在我们的课程中，我们优先选择MOOC（大规模开放在线课程）风格的课程，因为这些课程是根据我们的学习风格创建的。要成为一名生物信息学家，你必须学习大量的科学知识，所以要做好准备，比如生物、化学等。

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

以上操作根据此前学过的知识新增列的话这么写：图片 4.简单了解：select() 、filter()筛选列、行 5.补充知识：管道符%>% -（1）当遇到连续的步骤时：多次赋值，会产生多个中间的变量；...require(tidyr)) install.packages('tidyr') #根据一个包是否library成功来决定要不要安装这个包练习7-1 图片 # 1.读取group.csv，从第二列中提取圈出来的信息...：不符合大于零的条件，就再进行一步判断；练习7-2 # 1.加载deg.Rdata,根据a、b两列的值，按照以下条件生成向量x： #a< -1 且b<0.05,则x对应的值为down； #a>1 且b...gene", #新的列名叫gene values_to = "count") #由原来的值转换得到的那一列的列名叫count 图片 2....找出logFC最小的10个基因和logFC最大的10个基因(symbol列就是基因名) #我的答案： rm(list = ls()) load("test1.Rdata") library(dplyr)

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「R」使用gt包创建表格入门

是的，我们正在尝试将数据表格（如tibbles、data.frame）和你在网页、期刊文章或者杂志中的表格区分开来。后面这种表格可以称为展示表格、汇总表格或者真实的表格。下面是一些网站上的例子： ?...我们可以认为展示表格仅是输出，我们不想要把它作为输入（数据）。其他包含注释、表格元素风格以及文本转换的特征用于更好更清楚地表达主题。...我们使用dplyr根据它准备一个tibble： # 获取世界10个最大的大陆 islands_tbl <- dplyr::tibble( name = names(islands),...虽然它非常地基础，不过我们确实拿到了一个有合适列标签的表格。然而有时候，我们想要它更好看一些：一个表格标题、子标题，有时候还要脚注和来源说明。...接下来我们将行划分为不同的组，创建行组。这个功能通过tab_row_group()函数实现，输入包括组名和组元素。

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R语言入门（一）之数据处理

（例如向量c(1,2,3)）,times为对象中每个元素重复的次数（如times=c(9,7,3)就是将x向量的1重复9次，2重复7次，3重复3次） #rep(x,times)重复x，times次；使用...x = xtabs(air.hole ~ chemical + repeats, data = a1) #xtabs（forula，data）根据一个公式和一个矩阵或数据框创建一个N维列联表； #波浪号...#数据列的选择 dplyr::select(a2.2, Species, contains("Sepal")) #筛选a2.2数据中标题包括"Sepal"、标题为"Species"的列 ?...dplyr::select(a2.2, -contains("Petal")) #筛选a2.2数据中标题不包括"Sepal"的列 ?...）；variable.name：为新列变量取名； value.name：对应值所在的变量名 ?

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R||R语言基础（三）_R包

今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...:102),] 这里的“,”怎么理解呢，在我们上一期推文中提到，提取元素时z[x,y]指代提取z中第x行，第y列，如果我们只需要提取行，则应该写作z[x,],同理，如果只需要提取列，应该写作z[,y]...dplyr五个基础函数 1. mutate() 增加列 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #增加名为“new”的一列 2.select...test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) dplyr的两个实用技能 1.count统计某列各元素出现的次数 count(test,Species...其核心包有ggplot、readr、tibble、purrr、 tidyr 、dplyr、ggplot、forcats 和stringr8个. 我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。

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TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图（oncoplot）和基因词云

首先根据maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化得到了laml数据，那么可以用以下方式获得基因云图 library(wordcloud2) data2 <- as.data.frame...2.3 景观图调整 #指定颜色, 调整颜色代码即可 col <- c( "missense_variant" = "blue" , "inframe_insertion" = "green") #指定变异的样子...，x,y,w,h代表变异的位置(x,y)和宽度(w)，高度(h) alter_fun <- list( background = function(x, y, w, h) { grid.rect...0.5, "mm"), h*0.33, gp = gpar(fill = col["inframe_insertion"], col = NA)) } ) #指定变异类型的标签...更多参数参考ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）。

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tidyverse

《R 数据科学》电子书：https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 包重构了 R 语言处理数据的语法，比默认的 R 函数更加方便，相当于一套新的语法，使用起来更加方便...tidyr 与 dplyr 包是用 R 语言中用来处理各种数据整合分析的包，可以说是 R 数据整合的“瑞士军刀”，tidyr 包负责将数据重新整合，dplyr 包可以完成数据的排序，筛选，分类计算等都等操作...所谓“整洁数据”，根据 Hadley Wickham 对整洁数据的专门研究，其定义如下： 1. 每个变量构成一列； 2. 每项观察构成一行； 3....数据的整理是一个从数据框的统计结构（变量与观察值）到形式结构（列与行）的映射。...稀疏矩阵与稠密矩阵在矩阵中，若数值为 0的元素数目远远多于非0元素的数目，并且非 0元素分布没有规律时，则称该矩阵为稀疏矩阵；与之相反，若非 0 元素数目占大多数时，则称该矩阵为稠密矩阵

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「R」数据操作（八）：dplyr 的 do, do, do

关于dplyr的基本操作我已经写过很多笔记了，不再赘述，这篇文章重点介绍 dplyr 的一个函数 do() 的用法。...和data.table不同的是，我们需要为操作指定一个名称，以便将结果存储在列中。而且do()表达式不能直接在分组数据的语义下计算，我们需要使用.来表示数据。...Good #> 3 Very Good #> 4 Premium #> 5 Ideal 注意结果创建了一个新列...，该列不是典型的原子向量，每个元素都是模型的结果，包含线性回归对象的列表。...假如我们需要分析toy_tests数据，要对每种产品的质量和耐久性进行汇总。如果只需要样本数最多的3个测试记录，并且每个产品的质量和耐久性是经样本数加权的平均数，下面是做法。

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「R」使用gt包创建表格

是的，我们正在尝试将数据表格（如tibbles、data.frame）和你在网页、期刊文章或者杂志中的表格区分开来。后面这种表格可以称为展示表格、汇总表格或者真实的表格。...下面是一些网站上的例子：我们可以认为展示表格仅是输出，我们不想要把它作为输入（数据）。其他包含注释、表格元素风格以及文本转换的特征用于更好更清楚地表达主题。...我们使用dplyr根据它准备一个tibble： # 获取世界10个最大的大陆 islands_tbl <- dplyr::tibble( name = names(islands),...虽然它非常地基础，不过我们确实拿到了一个有合适列标签的表格。然而有时候，我们想要它更好看一些：一个表格标题、子标题，有时候还要脚注和来源说明。...这个功能通过tab_row_group()函数实现，输入包括组名和组元素。

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R数据科学-1（dplyr）

忘记保存，白费时间效率低，时间长现在，我们将学习对处理数据有用的两个软件包： dplyr是用于简化表格数据操作的软件包。 tidyr使您可以在不同的数据格式之间快速转换。...image.png image.png 1.数据框格式（DataFrame）一般，我们的excel包括行（col）与列（row），在R语言中，经常对excel操作的对象称之为Dataframe，那么在进行数据查看时候...只不过 %>%看起来更简单，将mtcars赋予新的tibble。 df以后的输出，很简洁，能看到32*11的数据行与列，也能看到各列的属性。...# … with 22 more rows 3.数据-变量条件筛选 dplyr::filter()函数对上述新产生的变量的数据df，进行筛选。...譬如，对不同gear计算mpg的均值及标准差。或者根据am及gear分组计算mpg均值标注差。

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R绘图 | 表达矩阵画箱线图

day6-苗苗

数据处理第2节：将列转换为正确的形状

R语言第二章数据处理③删除重复数据目录总结

R︱高效数据操作——data.table包（实战心得、dplyr对比、key灵活用法、数据合并）

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R 数据整理（七：使用tidyr和dplyr处理数据框 2.0）

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