2021-03-19：给定一个二维数组matrix，其中的值不是0就是1，返回全部由1组成的最大子矩形，内部有多少个1。 福大大 答案2021-03-19： 按行遍历二维数组，构造直方图。
在R语言中，实现方差分析主要涉及到以下步骤：数据导入数据清洗ANOVA计算结果解析ANOVA评估首先，你需要一个数据集，其中包含至少一个分类变量（通常是因子类型）和一个或多个数值型变量。...F值越大，自变量引起的变化越有可能是真实的，而不是偶然的； Pr(>F)列是F统计量的p值。这表明，如果组均值之间没有差异的原假设成立，那么从检验中计算出的F值发生的概率大小。...另一种方法：t-test仅仅适合2组比较，因此需要筛选data_ttest % dplyr::filter(D %in% c("B", "C")) #%>% #dplyr...= 77)t.test(RR ~ D, data = data_ttest)step6: 后置检验ANOVA结果仅仅揭示多个组间的差异结果，具体到哪两个组内部差异还需要做后置检验后置检验通常采用TukeyHD...函数TukeyHSD(one.way)该结果给出每个两组之间的结果;diff: 两组的均值之差;Lwr, upr: 95%置信区间的下限和上限(默认值) ;P adj: 多次比较调整后的P值。
另外，在这一步前也有教程对特征进行选择，筛选组间差异大的特征用于建模。这里使用caret::createDataPartition函数进行划分数据集，它能够根据组间比例合理分割数据。...转换字符型标签成数值型标准化自变量，降低不同单位的影响采用logist regression算法该步骤可选择也可不选择，因为后续分析发现如果严格按照pvalue < 0.05则仅能筛选到2-3个特征。...该处没有对自变量进行标准化，本来是要做的，但考虑到每个指标所含有的临床学意义，就使用了原始值。...OOB为6.02%，也即是准确率是93.98%相比32个特征的模型，5个特征的模型准确率下降了2%左右，这是一个可以接受的范围评估模型效能评估模型效能有各类指数，通常可通过混淆矩阵获取。...和specificity表明模型具有杰出的效能，能很好区分恶性和良性肿瘤；AUC曲线也表明类似的结果（AUC = 0.918）总结随机森林构建二分类器是一个很适合的算法，但如何做数据前处理以及调参和评估模型则需要谨慎
Dplyr Count the observations count 函数用于统计数据框中各个组的频数，可以对指定变量进行计数，得到每个类别的观测数目，支持根据需要对结果进行排序。...Dplyr Distinct keep unique rows distinct 函数用于去除数据框中的重复观测，仅保留唯一的观测。它可以基于指定的列对数据框进行去重操作，确保每个观测都是唯一的。...Dplyr Join with one varibale 同上。区别在于只用一个变量连接两个表。...Dplyr Filter keep rows that match a condition filter 函数用于根据条件筛选数据行，能够仅保留满足条件的观测，支持根据指定的条件表达式对数据框进行灵活的行筛选操作...Tidyr Pivot Longer from wide pivot_longer 函数用于将宽格式数据转换为长格式数据，能够根据用户指定的列将数据框中的多个列整理成一对 “名-值” 对，便于进一步的分析和处理
scRNA <- load("scdata2.Rdata") 数据获取请查看：单细胞转录组 | 多样本处理与Harmony整合 5....…") object：harmony整合后的对象； test.use：检验方法； only.pos：仅返回表达倍数大于0的基因（默认为 FALSE）； logfc.threshold：类群中基因的平均表达量相对于所有其他类群的平均表达量的最小...wilcox" , only.pos = TRUE, logfc.threshold = 0.25) 输出文件： p_val：P值；...5.2 筛选每个cluster中表达前10的基因 # 筛选p_val<0.05的基因 all.markers =cluster_markers %>% dplyr::select(gene,everything...()) %>% dplyr::filter(p_val<0.05) # 将avg_log2FC排名前10的基因筛选出来 top10 = all.markers %>% group_by(cluster)
包 #dplyr中基本函数 filter——数据筛选（筛选观测值，行） filter(Hdma_dat,pclass == 1) ###################################...## #dplyr中基本函数 select——子集选取（筛选变量，列） select(Hdma_dat,pclass,survived) ##选择pclass变量 ?...三、split – apply – combine模式——分组处理模式 对数据的转换，可以采用split – apply – combine模式来进行处理： split：把要处理的数据分割成小片断； apply...5、which定位函数 功能：返回服从条件的观测所在位置（行数），有一定的排序功能在其中。...data.table比较简洁一步搞定，dplyr花了两步，不过也dplyr也可以通过%>%来实现一步搞定。%>%的功能是用于实现将一个函数的输出传递给下一个函数的第一个参数。
而本文介绍的dplyr包简直就是Hadley Wickham （ggplot2包的作者，被称作“一个改变R的人”）大神为我们提供的“数据再加工”神器啊。...本文试图通过一个案例，对神奇的dplyr包的一些常用功能做简要介绍。在此抛砖引玉，欢迎广大盆友拍砖。先放上实践课的一个问题：航行距离与到达延误时间有什么关系??...2.3 删除缺失数据 我们采用dplyr包中的filter()函数，进行缺失数据的删除。脚本输入代码： myFlights <- filter(myFlights,!...is.na(arr_delay)) myFlights 由图可知，我们首先采用is.na()函数找出缺失值，再采用逻辑运算符“！...3.2 应用函数及组合结果 我们使用dplyr包中的summarize()函数，进行数据统计指标的获取及组合。计算出不同目的地的平行航行距离以及平均延误时间。
数据集如果用于统计与绘图，需要满足一定的格式要求，(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data)，基本要求是每行一个观测，每列一个变量，每个单元格恰好有一个数据值。...我们可以使用tidyverse 系统来操作，其中包括了magrittr 包，readr 包，dplyr 包和 tidyr 包等。...2.3 distinct 用来去除重复行，有时我们希望得到一个或若干个变量组合的所有不同值。...dplyr 包的 distinct() 函数可以对数据框指定若干变 量，然后筛选出所有不同值，每组不同值仅保留一行。...+ x + }) 其中复合语句中也可以简化的调用数据框的列。
dplyr包实现数据的清洗处理，包括数据整合、关联、排序、筛选、汇总、分组等。...Width) #计算一个或多个新列并删除原列 6）数据汇总 summarize()函数实现数据集聚合操作，将多个值汇总成一个值 summarise(iris,avg = mean(Sepal.Length...)) 利用概述函数概括数据，输入数值向量而返回单一数值： first 向量的第一个值。...last 向量的最后一个值。 IQR 向量的IQR（四分位距） 。...(x,y,by = NULL) #内连接，合并数据仅保留匹配的记录 by设置两个数据集用于匹配的字段名，默认使用全部同名字段进行匹配，如果两个数据集需要匹配的字段名不同，可以直接用等号指定匹配的字段名
大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！...他前面的分享是： Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化 获取基因有效长度的N种方 下面是他对我们b站转录组视频课程的详细笔记 本节概览： 从featureCounts输出文件中获取...基因ID转换 若上游中采用的是UCSC的基因组和gtf注释文件，则表达矩阵行名就是我们常见的gene symbol基因名；若上游采用的是gencode或ensembl基因组和gtf注释文件，那么我们就需要将基因表达矩阵行名的...这里只展示了获取基因表达的TPM值，如果还想了解如何获得FPKM值请参考文章：获取基因有效长度的N种方法中第二部分内容以及Counts FPKM RPKM TPM 的转化。...) 获取基因有效长度的N种方法Counts FPKM RPKM TPM 的转化 本实战教程基于以下生信技能树分享的视频： 【生信技能树】转录组测序数据分析_哔哩哔哩_bilibili 【生信技能树】GEO
那么, 如果我需要批量下载的话, 难道我需要一个个的从网页加入Cart获取mata吗, 我不要...... 幸好，已经有人造了非常好用的轮子，当然可以轻松学习一下用起来啦。...效果展示 可获得文件如下: TCGA转录组数据原始文件(tsv)及临床原始文件(xml), 均附带清单 表达矩阵表格(可选"counts", "fpkm", "tpm") 分组文件 临床数据, 其中包含生存数据..., 其中数据类别 data.category 是 Transcriptome Profiling 代表转录组数据; 数据类型 data.type 是 Gene Expression Quantification...tibble_MMRF对象，使用dplyr::filter()方法筛选出gene_type包含于pcg的所有行 mrna_exprset % dplyr::filter...tibble::column_to_rownames()方法将gene_name列转换为行名 tibble::column_to_rownames("gene_name") 通过TCGA样本命名规则筛选需求样本并将对照组前置
dplyr包的功能主要包括： 变量筛选函数 select 筛选函数 filter 排序函数 arrange 变形（计算）函数 mutate 汇总函数 summarize 分组函数 group_by 多步操作连接符...csv 不执行dplyr命令，仅将输入数据作为CSV输出到stdout kable不执行dplyr命令，而仅将输入数据作为 knitr::kable()格式字符串输出到stdout 其工作原理：dplyr-cli...littler命令行前端由“ r”（又称“轻量”）提供，作为围绕GNU R语言和统计计算和图形环境的轻量级二进制包装器。...换句话说，该工具提供了无环境的R语言。 另外一个很友善的功能是， dplyr-cli使用终端管道 |运行命令。...，根据cyl列的值来计算mpg平均值的任务执行好，并且输出到屏幕中。
(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") install.packages("dplyr") library(dplyr) 示例数据采用内置数据集...# 筛选条件是Species == "setosa" filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )##在第一行代码的基础上增加一个筛选条件，要同时满足这两个筛选条件...",只要满足其中一个筛选条件就能被筛选 4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序 从小到大排序： arrange(test, Sepal.Length) 从大到小排序： arrange...),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) 三、dplyr两个实用技能 1：管道操作 %>% 可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式 快捷键(cmd/ctr +...), sd(Sepal.Length)) 2：count统计某列的unique值 count(test,Species) 四、dplyr处理关系数据 test1 <- data.frame(x = c(
算法设计： 初始化问题的目标值 while（实现优化目标的约束条件）{ 利用筛选策略，求出解空间的一个可行解 } 将所有可行解组合成目标解空间。...= function(dataSet) { # 基于逻辑回归,以AUC作为评价指标,采用贪心算法进行特征筛选 # # Args: # dataSet: A dataframe that...KS值计算方法： 将所有样本根据预测得分从低到高排序均分成N组，分别计算这N组的实际好样本数、坏样本数、累积好样本数、累积坏样本数、累积好样本数占比、 累积坏样本数占比，差值。...其中，实际好坏样本数分别为该组内的好坏样本数，累积好坏样本数为该组累积的好坏样本数，累积好坏样本数占比为 累积好坏样本数占总好坏样本数的比值，差值为累积坏样本数占比减去累计好样本数占比。...KS指标为差值绝对值的最大值。
就是某些单元格有空值的情况。 三种处理方式：删除整行，根据上下文（瞎）蒙一个，同一列的空值填上同一个数。 ?...complete（填空系列） 我用的示例数据是 ? 其中有三个空值，我要填充上ddd relate ? 1532868462756.png 试了多次，成功了但不知道咋回事。...expand（列出每列值所有可能的组合，天哪我是写到这里的时候刚看懂的！） 来看示例 ? ? 我是看到了结果才知道我干了啥的喂。就是选中的列中的值各种组合，成为一个新表。...二、Dplyr能实现的小动作 1.arrange 排序 按某一/两列值的大小，按照升/降对行排序。...") 两种办法拼起来~ 一个是R自带的rbind，一个是dplyr里的bind_rows 按行拼接时，列数、列名需要一致 rbind(frame1,frame4)# frame1 %>%bind_rows
使用一个R包：先安装，再加载，最后使用实操代码（依旧以dplyr为例）options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"...))options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")install.packages("dplyr")示例数据采用...dplyr包有很多函数，为了防止dplyr包中的函数名与其他函数产生冲突，使用时前面加上“包名::”dplyr五个基础函数mutate(),新增列select(),按列筛选按列号筛选注意筛选内容与表格内容的统一...(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))dplyr两个实用技能管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)同时执行三件事（加载任意一个tidyverse包即可用管道符号...）count统计某列的unique值dplyr处理关系数据即将2个表进行连接內连inner_join,取交集左连left_join全连full_join半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_joinSemi-Join
(ID)] 三种数据筛选的方式，dplyr包、base基础包、data.table包。其中，dplyr是select语句，data.table中要注意.()的表达方式。...2、按条件行筛选 从前用subset的方式进行筛选比较多， new=14,select=a:f) （1）单变量 现在data.table与dplyr from_dplyr =...DT数据集按照x分组，然后计算v变量的和、最小值、最大值。 （2）dplyr函数利用%>%（链式操作）来改进： 链式操作是啥意思呢？...%>%的功能是用于实现将一个函数的输出传递给下一个函数的第一个参数。注意这里的，传递给下一个函数的第一个参数，然后就不用写第一个参数了。在dplyr分组求和的过程中，还是挺有用的。...2016-11-28补充： 留言区大神给了一个比较好的选中列的方式，其中主要就是对with的使用： data.table取列时，可以用data[,1,with=FALSE]取data的第一列
plyr包的主函数是**ply形式的，函数名的第一个字符代表输入数据的类型，第二个字符代表输出数据的类型，其中第一个字符可以是(d、l、a)，第二个字母可以是(d、l、a、_ )，不同的字母表示不同的数据格式...教程，可以参考官方文档：http://plyr.had.co.nz/ 3.2.2 dplyr dplyr是一个强大的R包，用于处理，清理和汇总非结构化数据，使得R中的数据探索和数据操作变得简单快捷，也是出于...（1）filter filter函数筛选，查找特定条件的行或者样本，但不能筛选变量 > library(dplyr) > # 筛选Sepal.Length>7.8，Species=="virginica...key：将原数据框中的所有列赋给一个新变量key value：将原数据框中的所有值赋给一个新变量value na.rm：是否删除缺失值 > library(tidyr) > df <- data.frame...fill参数用来指定条形的填充色，position="dodge"使得两组条形在水平方向上错开排列。
其中 seqkit 是用来处理 fasta/q 文本的工具，这篇文章要写的 csvtk 是处理 c/tsv 文本的工具。...子命令按照类别和功能分类，可以分为如下几类，其中结尾带有 + 的子命令是我常用的和值得尤其关注的。...，类似于 linux 的 join split 按照某列值拆分文件，也就是分组保存为多个文件 collapse 按照所选字段的 key 合并其它字段 + 文本编辑类 如果你熟悉 R 中的 dplyr，这类型的子命令中有不少都会让你感觉熟悉...针对当时的问题，对于一个 3,741,430 行的文本，先排序再去重需要 30s 左右的时间，而使用 csvtk uniq 仅需要两三秒。...csvtk 中的 filter2 支持使用复杂条件筛选数据，类似于 awk。
R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上的各种生信分析R包，且包的使用是一通百通的。...安装和加载R包1.镜像设置 https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw2.安装和加载示例数据直接采用内置数据集iris的简化版dplyr 五个基本函数...1.mutate()，新增列2.按列号筛选3.按列名筛选这两行代码需要一行一回车4.filter（）筛选行5.arrange(),按某一列或某几列对整个表格进行排序6.summarise()汇总管道操作...%>%(快捷键cmd/ctr+shift+M)(加载任意一个tidyverse包即可用管道符号)管道符%>%指"then"，像架起了一条管道一样，把两行代码连接起来count统计某列的值dplyr 处理关系数据内连...，左连全连半连接，反连接简单合并在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数
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