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Rethinking batch effect removing methods—MNN

https://zhuanlan.zhihu.com/p/353400937 这是本系列的第二篇文章,上一篇文章提供了一个对于 CCA 为什么 work 的新的解释,可见 Rethinking batch effect...导致的,因此可以借此了来刻画 batch effect,并计算 correction vector。...(具体实现是使用 kernel method 来计算权重) Experiment 为什么这样就可以消除 batch effect 呢?这个问题私以为比怎么操作的还要重要。...而 batch effect 也同样可以由低维的 factor 来刻画,但是因为他们的 batch effect 对应的不同所以可以 Factor 是不同的。...Assumption: Biology variance 和 batch effect 所代表的的方向相互正交,也就是 正交 Cell 之间的差异远大于 Batch 之间的差异时。

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batch effect究竟是什么?

在数据分析中,经常会看到进行batch effect校正的分析,那么batch effect到底是什么,在我们自己的数据中存不存在batch effect, 在做哪些分析之前需要需要进行batch...所以对于batch effect, 我们必须进行针对性的处理。 batch effect可以分成以下两类 1. 实验记录下来的batch effect 2....,所以我们有明确的数值来表征这个batch effect; 第二类是未记录的batch effect, 就是说我们没有具体的数据来表征这些变量,比如实验室的湿度等潜在的batch effect, 会对基因分布造成影响...3. batch effect的影响 batch effect会对以下两种分析的结果造成影响 1....batch effect, 如果是已知的batch effect,就用comBat方法来处理;如果有未知的batch effect, 用PCA主成分的值来作为变量值,使用SVA方法来处理。

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