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GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值

Springer International Publishing, 2017.❞ 该数据有62个重组自交系(RIL),在4个地点进行试验,随机区组,每个地点2个重复,每个小区种植20株,随机选择5株的表型平均值作为观测值...使用lme4包进行blue值计算 这里,使用lme4包进行blue值计算,然后使用emmeans包进行预测均值(predict means)的计算,这样就可以将predict means作为表型值进行GWAS...(m1,"RIL") %>% as.data.frame() head(re1) 这里, RIL作为固定因子 地点和品种互作,作为随机因子 地点内区组,作为随机因子 然后通过emmeans计算RIL的预测均值...「注意,lme4直接计算的固定因子(RIL)的效应值(BLUE值),不是我们最终的目的,因为它是效应值,有正有负,我们需要用预测均值将其变为与表型数据尺度一样的水平。」...emmeans这一列就是预测均值了。 4.

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生信爱好者周刊(第 30 期):生信的核心修炼道路在哪里?

,最终预测出最佳的重编程路径和扰动结果。...利用最小作用路径方法,dynamo可以准确预测驱动无数造血系统的转变,并最终由计算机干扰预测基因微扰引起细胞命运的转变。综上,Dynamo有助于开展细胞状态转变的定量分析和预测。...- Estimated marginal means[8] 估计边际平均值(以前在传统回归模型中称为最小二乘平均值)是通过使用一个模型在预测器组合的规则网格(称为参考网格)上进行预测而得到的。...这些预测可能被一个或多个预测因子平均(通常具有相同的权重)。这种边缘平均预测对于描述拟合模型的结果是有用的,特别是在提出因素的影响方面。...emmeans包可以很容易地生成这些结果,以及它们的各种图形(交互风格的图形和并排的间隔)。

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    GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值(lsmeans)

    这里,如果我们要计算第一个品种RIL1的lsmeans(最小二乘均值),我们需要: 即我们需要整体均值 + 品种RIL1的回归系数 + 地点的效应平均值 + 地点内区组效应品均值 + 品种RIL1和地点互作的效应品均值...179.7973 「地点效应平均值」注意,这里共四个地点,但是只有三个效应值,因为有一个强制为0了,我们在计算平均值时,需要3个地点效应值的和除以4才可以。...使用函数计算最小二乘均值 之前都是用lsmeans这个包,现在用emmeans,可以看作是lsmeans的升级包。 但是,数据量大时,这个包也是巨慢。...library(emmeans) re1 = emmeans(m1,"RIL") %>% as.data.frame() head(re1,10) 结果是一致的。 5....另外,lsmeans和整体平均值不一样,它比平均值更能代表表型值。所以,如果不使用混合线性模型,使用lsmeans作为表型值,也要比平均值更好。

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    是否所有的癌症的TNM分期都有生存预测意义

    在前面的教程 指定病人的指定基因的突变全景瀑布图,和 带临床信息的肿瘤突变maf文件分析维度更多,我们初步认识了TCGA数据库的33个癌症类型里面病人的临床信息,基本上都是在 TCGA-Clinical...0 UCEC 548 0 0 0 0 UCS 57 0 0 0 0 UVM 1 0 39 36 4 可以看到并不是所有的癌症类型都有...TNM分类法在《百度百科》详解如下: T(“T”是肿瘤一词英文“Tumor”的首字母)指肿瘤原发灶的情况,随着肿瘤体积的增加和邻近组织受累范围的增加,依次用T1~T4来表示。...随着淋巴结受累程度和范围的增加,依次用N1~N3表示 M(“M”是转移一词英文“metastasis”的首字母)指远处转移(通常是血道转移),没有远处转移者用M0表示,有远处转移者用M1表示。...MESO 的ajcc_pathologic_tumor_stage 无法区分生存 是不是意味着 MESO 的ajcc_pathologic_tumor_stage 这个临床信息判断方式有问题,需要更新了

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    有了这个网站,我可以预测基因的所有功能

    背景数据集介绍 这个数据库汇总多个预测基因相互作用的数据库。涉及到基因功能的各个方面。 ? 因此,我们可以通过这个数据库查找到这个多个数据库预测的结果。...另外关于这个基因功能的预测,数据库使用ARCHS4数据库来进行共表达分析以及相关的功能预测。这个数据库是一个包含上百个测序数据集的数据库。...首先,我们可以看到这个基因的基本信息以及GENE数据库当中的基因简单介绍。对于基因功能的预测。这个数据库ARCHS4数据库来进行预测。 ? 在功能预测部分。...通过这个ChEA就可以预测可能影响这个基因表达的转录因子。 ? 另外在共表达基因预测方面,可以获得存在共表达关系的基因。对于这些基因,我们也可以对其进行富集分析。...就可以在下面预测结果当中找到。 ? 数据下载 对于预测到的所有结果,都可以点击下载下载下来。通过下载,就可以或者综合性预测这个基因的功能的所有结果。 ?

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    Nodejs中读取文件目录中的所有文件

    关于Nodejs中的文件系统即File System可以参考官方Node.js v12.18.1的文档File system Nodejs中的fs模块 fs模块提供了一种API,用于以与标准POSIX函数紧密相似的方式与文件系统进行交互...使用fs模块: const fs = require('fs'); 所有文件系统操作都具有同步和异步形式。 异步形式始终将完成回调作为其最后一个参数。...举个例子,我想读取上一级目录下的所有文件 同步读取上级目录下的所有文件 如果采用同步读取的话,可以使用fs模块的readdirSync方法,示例如下: const fs = require('fs');...// 同步读取上级目录下的所有文件到files中 const files = fs.readdirSync('../'); console.log(files); 异步读取上级目录下的所有文件 如果采用异步读取的话...,可以使用fs模块的readdirSync方法,示例如下: const fs = require('fs'); // 异步读取上级目录下的所有文件 fs.readdir('../', function

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    如何提取PPT中的所有图片

    PPT中含有大量的图片,如何一次性将所有的图片转换出来,告诉你两种方法 # 一、另存为网页 1、 首先,我们打开一个含有图片的PPT,点菜单“文件”--“另存为”;在“另存为”对话框中,选择保存类型为...“网页”,点保存; 2、打开我们保存文件的目录,会发现一个带有“******.files”的文件夹; 3、双击该文件夹,里面的文件类型很多,再按文件类型排一下序,看一下,是不是所有的图片都在里面了,一般图片为...jpg格式的; # 二、更改扩展名为zip 1、必须是pptx格式,及2007以后版本ppt格式还能用上面的方法 2、右击要提取图片的PowerPoint 演示文稿,打开的快捷菜单选择“重命名”命令 3...、将扩展名“pptx”修改为“zip”,然后按回车键,弹出提示对话框,单击“是” 4、现在PowerPoint 演示文稿就会变成压缩包,双击打开,其余的跟上面的步骤一样

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    预测分析|机器学习是如何预测《权利的游戏》中的叛徒

    几个月之前,Airbnb发布了一篇博文,在这篇文章中作者向读者介绍了他们的数据科学家建立一个机器学习模型来保护自己的用户免遭来自恶意行为的欺诈危害。...APPLYING PREDICTIVE MODELS TO SALES & MARKETING 使用预测模型进行市场营销 在我们的团队为市场营销开发的预测模型当中,最为关键的挑战就是需要在某一个特定时间段进行预测...我们从Airbnb那里得到了启发,我们为《权力的游戏》中虚构的人物形象开发了一个机器学习模型,并在其中添加了可以反映现实世界中销售难度的系数,这样就可以掌握消费者有购物需求的精准时间并做出及时的反应。...比如我们可以将这个模型中的人物发生在过去的活动与发生在近期的活动相结合。除此之外我们可以使用一系列不同的界面窗口对刚发生不久的活动进行有区别的处理。...误导性的预言的铺展可能会让我们对一些忠诚度极高的人物产生暂时的怀疑态度,因此我们要确保模型的评价功能一定要以整个时期的所有分数为着眼点。

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    C++中vector数组的求平均值函数average()定义问题

    参考链接: C++程序使用数组计算数字平均值 #include #include #include using namespace std; double...  double中int len的报错:Member reference base type 'double' is not a structure or union  main中coutAverage...中对average()的报错:No matching function for call to 'average'  main是抄的视频里的,average是视频里抄完但没有average定义然后去百度抄的但不是数组输入而是输入...对象的函数,返回函数个数来控制循环  正确的定义average()及完整代码如下  //计算数组arr中元素的平均值 double average(const vector &arr)...i的指针了  因为i是在for循环的第一个初始化中当场定义的  i = v.begin()按我的观察,这个v.begin()返回的是一个地址  是vector数组v第一个元素的地址  然后后面v.end

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    预测建模中的重抽样方法

    面向医学生/医生的实用机器学习教程系列推文 随着临床预测模型的愈加火爆,越来越多的医生/医学生开始搞临床预测模型,但其实这个东西已经很老了,并不是什么新鲜的东西。...在我2018年左右刚开始学习生信数据挖掘的时候,临床预测模型就被广泛应用于各种生信SCI中,但它在临床中的使用,远比这个早得多! 不知道什么原因最近又火起来了!...大家一定要明白,临床预测模型的本质就是机器学习,这其实是机器学习在生物医学领域的应用,不管怎么改头换面,都逃不出机器学习的各种方法。...如果你是一个精通机器学习的人,那你肯定不会有这样的问题,所以说到底,这都是机器学习中的问题,一个临床的医务工作者不懂这些很正常。我会在文末给出一些方法选择建议供大家参考。...随机森林算法就是使用这种方法的! 其他方法 除了以上方法,其实还有非常多没有介绍,比如在mlr3中经常使用的嵌套重抽样,这些大家感兴趣可以自行了解。

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    Tokio 中 hang 死所有 worker 的方法

    所以代码里如果不可避免的有(少量的)阻塞调用, 就要为 runtime 启动更多的 worker 线程, 保证存在没被阻塞的 worker 来执行待调度的 task, 以避免整个tokio runtime...原因是 tokio 里的待执行 task 不是简单的放到一个queue里, 除了 runtime 内共享的, 可被每个 worker 消费的 run_queue[2], 每个 worker 还有一个自己的...-1 本地的 lifo_slot. • Future f2 在 runtime-1 执行后返回 Pending, 被放入共享队列 run_queue. • Future f3 在 runtime-1 中执行..., 它将一个任务 f4 交给其他的 runtime 去完成(例如为了隔离网络IO和本地磁盘IO), 使用 block_on(f4)[4] 的方式, 等待执行结果返回. • f4 中也需要锁 m, 等待....这时, f2 在共享队列 run_queue 中, 可以被执行, 但是 f1 在 worker-1 本地的 lifo_slot 里, 只能由 worker-1 调度, 但 worker-1 当前阻塞在

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    Rust中的所有权是什么

    文章目录 所有权规则 变量作用域 内存与分配 变量与数据交互的方式 移动 克隆 所有权(系统)是 Rust 最为与众不同的特性,对语言的其他部分有着深刻含义。...本文,我们将讲到所有权以及相关功能:借用(borrowing)、slice 以及 Rust 如何在内存中布局数据。 所有程序都必须管理其运行时使用计算机内存的方式。...所有权规则 Rust 中的每一个值都有一个 所有者(owner)。 值在任一时刻有且只有一个所有者。 当所有者(变量)离开作用域,这个值将被丢弃。...在所有权的第一个例子中,我们看看一些变量的 作用域(scope)。作用域是一个项(item)在程序中有效的范围。...现在它看起来很简单,不过在更复杂的场景下代码的行为可能是不可预测的,比如当有多个变量使用在堆上分配的内存时。现在让我们探索一些这样的场景。

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    requests模块session会话中的所有cookie

    test=test 是所有请求中都会附带的 s.headers = {'h1':'h1'} # 这里设置的请求头h1=h1是所有请求中都会附带的 r1 = s.get(url1, cookies={...print(dict(s.cookies)) # s.cookies中包含整个会话请求中的所有cookie(临时添加的如上面的r1不包含在内) 先启动服务端,再启动客户端 运行结果 服务端打印结果...python-requests/2.21.0,这不是正常浏览器的请求头,这也是为什么我们做爬虫时一定要修改请求头的一个原因 使用requests.session()可以帮助我们保存这个会话过程中的所有...中设置的请求头和cookie,只是在此次请求中添加此cookie和header,下个请求中不会携带这里的r1和h2 requests.utils.add_dict_to_cookiejar(s.cookies...(通过s发送的所有请求的过程)被设置的cookie,所有通过dict(s.cookies) 可以得到所有被设置cookie 建议我们再使用的过程中,把公共部分提前设置好,比如headers,cookies

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