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转录调控必知数据库ENCODE

之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候,都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢?...RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。...类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。...数据库总结 关于ENCODE基本介绍就是这些的。这个数据库主要还是一个偏向于原始数据储存的数据库。我们如果需要进行原始数据分析的话,可以从这个下载数据。...但是如果是想要直接检索转录调控的结果的话,可以使用一些基于ENCODE数据分析完的数据库例如:我们之前介绍的Chea3[数据库推荐]多基因转录因子调控网络预测或者Cistrome等只要提到ENCODE数据的这些转录因子调控数据库

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decode encode区别_python encode函数

encode:编码 decode:解码 python内部编码方式为unicode,decode将其他编码方式转换成unicode编码方式,encode将unicode转换成其他编码方式。...因此unicode相当于一个中转: (1)decode->unicode->encode (2)encode->unicode->decode 字符串在Python内部的表示是unicode编码,因此...encode的作用是将unicode编码转换成其他编码的字符串,如str2.encode(‘gb2312’),表示将unicode编码的字符串str2转换成gb2312编码。...这种情况下,要进行编码转换,都需要先用decode方法将其转换成unicode编码,再使用encode方法将其转换成其他编码。...因此,对于这种情况做编码转换,只需要直接使用encode方法将其转换成指定编码即可。

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decode encode区别_python decode和encode

,字符串在Python内部的表示是unicode编码,因此,在做编码转换时,通常需要以unicode作为中间编码, 即先将其他编码的字符串解码(decode)成unicode,再从unicode编码(encode...encode的作用是将unicode编码转换成其他编码的字符串,如str2.encode(‘gb2312’),表示将unicode编码的字符串str2转换成gb2312编码。...这种情况下,要进行编码转换,都需要先用 decode方法将其转换成unicode编码,再使用encode方法将其转换成其他编码。...如下: s.decode(‘utf-8’).encode(‘utf-8’) decode():是解码 encode()是编码 isinstance(s,unicode):判断s是否是unicode编码,...”’ ”’ s=’中文’ s=s.decode(‘utf-8’) #将utf-8编码的解码成unicode print isinstance(s,unicode) #此时输出的就是True s=s.encode

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ENCODE转录因子靶基因数据库

ENCODE数据库中包含了许多转录因子的chip-seq数据,通过对chip-seq数据进行分析,可以预测得到该转录因子对应的靶基因数据。...通过整合多个转录因子的分析结果,就可以构建一个转录因子靶基因数据库,网址如下 http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/ENCODE+Transcription...对于整个数据库,可以通过如下API获得全部转录因子对应的数据的链接 http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/dataset/ENCODE+Transcription...+Factor+Targets 然后就可以下载到整个数据库了。...整个数据库中的信息简单直接,缺点就是假阳性率高。在线检索功能非常方便,但是下载数据库的话需要一定的编程技巧进行处理。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

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python decode encode

encode的作用是将unicode编码转换成其他编码的字符串,如str2.encode('gb2312'),表示将unicode编码的字符串str2转换成gb2312编码。...=python中的encode,decode方法=  首先,要知道encode是 unicode转换成str。decode是str转换成unicode。 ...u.decode(),s.encode()不建议使用,s.encode相当于s.decode().encode()首先用默认编码(一般是  ascii)转换成unicode在进行encode。 ...但是文件格式实际却使用了其他的编码(比如py文件指定了coding=utf8,但是你还是可以保存成ansi--记事本的默认编码),这种情况下真实的编码就需要去猜了  解码了的文本只存在运行环境中,如果你需要打印/保存/输出给数据库...浏览器-apache-tomcat(包括tomcat内部的jsp编码、编译,文件读取)-数据库之间,只要存在数据交互,就有可能发生编码不一致,如果在读取数据时,没有正确的decode和encode,出现乱码就是家常便饭了

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python encode和decode的区别_encode和decode的区别

字符串在Python内部的表示是unicode编码,因此,在做编码转换时,通常需要以unicode作为中间编码,即先将其他编码的字符串解码(decode)成unicode,再从unicode编码(encode...encode的作用是将unicode编码转换成其他编码的字符串,如str2.encode(‘gb2312’),表示将unicode编码的字符串str2转换成gb2312编码。...因此,转码的时候一定要先搞明白,字符串str是什么编码,然后decode成unicode,然后再encode成其他编码 代码中字符串的默认编码与代码文件本身的编码一致。...这种情况下,要进行编码转换,都需要先用decode方法将其转换成unicode编码,再使用encode方法将其转换成其他编码。通常,在没有指定特定的编码方式时,都是使用的系统默认编码创建的代码文件。...因此,对于这种情况做编码转换,只需要直接使用encode方法将其转换成指定编码即可。

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ENCODE project项目简介

ENCODE是Encyclopedia of DNA Elements的缩写,是由美国人类基因组研究中心NHGRI赞助的一项国际化的合作项目,通过整合DNA, RNA,蛋白质,表观修饰等多个层次的数据,...旨在建立一个全面的人类基因组数据研究的数据库。...随着不断发展,后来又陆续整合了modENCODE等多个项目的数据,对数据库进一步扩充,增加了小鼠,果蝇,线虫等数据。...ENCODE不仅仅是一个公共数据库,除了提供数据检索和查询服务,还提供了不同组学数据分析的标准pipeline和各种质控标准以供参考,链接如下 https://www.encodeproject.org.../pipelines/ 利用ENCODE,我们可以开展基于公共数据库的数据挖掘,也可以参考其pipeline进行数据分析。

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php中json_encode

对于 PHP 来说,通常使用 json_encode 方法将一个 PHP 组数,转换成前端可以解析的 json 字符串,这也是 PHP 手册上描述的内容,但事实是这样的吗?...看看下面这段代码: $a = array( 'Jack' , 'Sam' , 'Tom' ); echo json_encode( $a ); 当 JavaScript 请求到上面的代码,PHP...那么为什么 json_encode 的返回结果是数组呢?...本文开头的 PHP 代码中的数组是严格意义上的数字索引数组,json_encode 方法在处理这样的数组的时候会返回数组字符串,它需要同时满足两个条件:1. 数字索引数组,2. 索引值从 0 开始。...( $b ); 这两个条件的任意一个没有获得满足,那么 json_encode 方法才真正的返回 json 字符串: $c = array( 'person-1' => 'Jack'

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