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lncRNA组装流程的软件介绍之aspera

咱们《生信能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程Aspera是IBM公司的一款高速传输软件,创造了新一代的传输(faspTM),并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制,以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据 使用 fasp传输专利,充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件,传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。 |while read iddoascp -QT -l 300m -P33001 -i ~miniconda3envsdownloadetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp

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能重复出来图表,却不知自己正确与否?

ftp:ftp.sra.ebi.ac.ukvol1runERR395ERR3958154lane317s0005536.star.chr.bam;将链接中的ftp:ftp.sra.ebi.ac.uk替换为fasp fasp.sra.ebi.ac.uk:LInux命令如下:ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp vol1runERR395ERR3958155lane317s005537.star.chr.bam .ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp vol1runERR395ERR3958156lane317s005538.star.chr.bam .ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp PS:如果你的转录组实验分析报告没有这三张图,就把我们生信能树的这篇教程甩在他脸上,让他瞧瞧,学习下转录组数据分析。

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    RNA-Seq数据用aspera高效批量下载(万事开头难)

    学徒和学员已经陆续出师,是时候把生信能树的舞台交给后辈了! 下面是《2019年中秋节广州站》学员的分享学完了生信能树的转录组课程,是时候实战一波了,我选择的是 NCBI数据集是SRP033333Description KPC (Comparing mutant-p53 下载数据由于是EBI数据库,用wget下载速度太慢,Jimmy大神强烈建议用aspera工具下载,于是参考生信能树教程代码,首先需要熟悉GEO和SRA数据库:解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读 vip31@tpm2-WD12:~RNA_Seqsra$ ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp tsv.txt | while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp

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    吊打ChIP-seq的CUT&Tag

    cotton using CUT&Tag》,链接是 https:link.springer.comarticle10.1186s13007-020-00664-8研究者们做了棉花材料的表观测序,主要是比较最新的 ,结论是 CUT&Tag实验流程更快,对peaks的分辨率更高,而且背景噪音更小。 其中ChIP-seq的CUT&Tag的样品都有各自的input,分别是IgG和mock,所以其实需要找peaks信号的是另外的3个样品,它们的交集如下所示:? peaks信号的交集可以看到, ChIP-seq产生了更多在CUT&Tag找不到的peaks,这里作者认为是背景噪音。 然后在CUT&Tag的两个样品,rep1和rep2的peaks一致性非常好。从后面的韦恩图也可以看出来:?当然,找到了的peaks,金标准是去igv肉眼看看,如下所示:?

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    Aspera下载NCBI和EBI文件

    ascp -T -l 200M -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh --host=fasp.sra.ebi.ac.uk --user=era-fasp #或者ascp -T -l 200M -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1fastqERR105ERR105009ERR105009 --user=string 用户名,NCBI的为anonftp,EBI的为era-fasp。 --mode=string 选择模式,上传为 send,下载为 recv。

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    Aspera:基因组数据高速下载利器,以NCBI和EBI数据下载为例

    2.EBI 数据下载同理,从 EBI 网站下载千人基因组数据ascp -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -T -P33001 fasp-g1k @fasp.1000genomes.ebi.ac.uk:vol1ftprelease20100804ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz . 3. asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh-l 最大下载速度,如 100M-k 断点续传,通常设为 1-T 无需加密传输--host 服务器域名,NCBI 为 ftp.ncbi.nlm.nih.gov,EBI 下载千人基因组为 fasp

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    学员分享-aspera踩坑记录

    19年开学的时候是打算自学,偶然间发现生信能树,然后在b站上看了生信能树的视频,基础不够,看了一部分R语言的相关视频就没有继续看下去了。 我在天津上学,一开始还想等生信能树来天津然后报线下课,由于这次疫情的我,有机会上了线上班。 # sra格式ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~miniconda3envsrnaetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk while read iddoechoascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~miniconda3envsrnaetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp 诚挚地感谢曾老师一直的鼓励,也谢谢生信能树第五期课程上课的几位老师。

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    详解Linux 下 Aspera 获取 SRA 数据

    ftp:ftp.ncbi.nlm.nih.govsrasra-instantreadsByRunsraSRRSRR507SRR5077625SRR5077625.sraEBI的aspera下载链接era-fasp srasra-instantreadsByRunsraSRRSRR507SRR5077625SRR5077625.sra通过观察可以发现只需要把ftp:ftp.ncbi.nlm.nih.gov换为era-fasp

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    RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法

    ENA数据库下载数据的存放地址是fasp.sra.ebi.ac.uk,ENA在Aspera的用户名是era-fasp,注意,ena可以直接下载fastq.gz文件,不必再从sra文件转换了。 地址去ENA搜索,再复制fastq.gz文件的地址,或者去ENA的ftp地址ftp.sra.ebi.ac.uk搜索,注意是ftp不是fasp。 ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1fastqSRR949SRR949627SRR949627

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    一些生信工具的总结

    如果用普通的ftp格式进行下载将会异常缓慢,所以我们采用aspera的fasp传输协议进行数据下载。 --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --mode=recv --file-list ~1.sra .user是使用者,NCBI的为anonftp,EBI的为era-fasp

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    为什么新开发的可靠传输协议都是基于UDP协议?

    今天,在这里介绍一下为什么很多新的可靠传输协议(比如QUIC、KCP、Fasp、UDT)都是基于UDP协议的,它的原因在哪里? 新开发的一些传输协议,比如google的QUIC、aspera的FASP、开源的UDT,为什么都是基于UDP,而不是基于IP协议呢?

    2.3K80

    单细胞实战(一)数据下载

    asperaconnectbin:$PATH >> ~.bashrcsource ~.bashrc# 最后检查ascp是不是能用了ascp --helpascp安装成功后,prefetch就会默认将下载方式从https转移到fasp $i -O `pwd` && echo ** ${i}.sra done ** done # 一般2.6G文件下载2分钟左右下载成功会有提示2019-xxxxxxxx prefetch.2.9.1: fasp 然后利用这个代码下载ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk

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    dbGaP数据库的测序数据当然是可以申请成功的

    |while read iddoascp -QT -l 300m -P33001 -i ~miniconda3envsdownloadetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp study_id=phs002252.v1.p1是3个测序:Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)TCR sequencing (scTCR-seq)Whole

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    1000 Genome Project

    的数据量比较大,通常通过Aspera 进行下载,命令如下ascp -i binasperaetcasperaweb_id_dsa.openssh -Tr -Q -l 100M -P33001 -L- fasp-g1k @fasp.1000genomes.ebi.ac.uk:vol1ftprelease20100804ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz .2.

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    使用aspera从EBI下载fastq数据,抛弃NCBI的SRA数据库吧!

    homecat1988.asperaconnectbina1=ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~.asperaconnectetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp command should look similar to this on Unix: ascp -QT -l 300m -P33001 -i etcasper aweb_id_dsa.openssh era-fasp 文末友情宣传强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI,多一点数据认知,让他们的科研上一个台阶:全国巡讲全球听(买一得五) ,你的生物信息学入门课生信能树的2019年终总结 ,你的生物信息学成长宝藏 建立hisat2猪参考基因组的索引参考1:【生信能树】猪狗的参考基因组构建索引参考2:【bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对】下载猪的参考基因组下载地址:ftp pig.genome.fa pig https:blog.csdn.netqq_42100966articledetails84190086敬请关注,我们的B站视频哦,学习几乎全部的NGS组学数据分析

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    为什么TCP在高时延和丢包的网络中传输效率差?

    Google可以搜到很多的信息,这里转译了部分IBM Aspera fasp白皮书的第一章节内容,作为参考。 下面条形图显示了在使用TCP (黄色显示)的文件传输的OC-1 (51 Mbps)链路上,在各种数据包丢失和网络延迟条件下可实现的最大吞吐量。

    2.4K110

    如果美国政府不让中国使用aspera软件,我们的大文件传输还有哪些选择

    其核心为fasp传输协议,该协议基于UDP层,完成了可靠传输,特点是在Internet网络上进行传输时,可以充分应用传输双方之间的带宽。 基于fasp传输协议,aspera针对不同的应用场景开发了一系列文件传输应用,比如Aspera Enterprise transfer serverAspera connectAspera syncAspera

    1.7K140

    全新细胞系模型的提出也需要ngs数据支持

    很多《生信能树》的粉丝虽然一直在关注我们,但是他们总觉得我们这样的数据处理很遥远,感觉自己可能一辈子都不会接触ngs组学,纯粹的动物实验分子实验操作。 实际上你的关注本身就说明了问题,只不过呢你欠缺那临门一脚,人生很长,你的科研生涯可能还有35年之久,你现在学会数据处理,这个能的掌握其实是最大化受益! ,Genetically engineered mouse models of cancer (GEMMC) ,就是 K14cre; Brca1FF; p53FF mice ,从里面经过各种复杂的实验养成细胞系 |while read iddoascp -QT -l 300m -P33001 -i ~miniconda3envsdownloadetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp

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    在美帝的服务器的prefetch和aspera下载比较

    conda管理生信软件一文就够生信能树B站软件安装视频https:www.bilibili.comvideoav28836717开始测试我们直接在 https:www.ebi.ac.ukenabrowserviewPRJEB33490 vol1fastqERR344007ERR3445007ERR3445007_1.fastq.gzascp -QT -l 300m -P33001 -i ~miniconda3envsdownloadetcasperaweb_id_dsa.openssh era-fasp

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    prefetch命令下载SRA文件

    注意:如果安装了Aspera,prefetch会优先用ascp协议下载 2018-10-16T01:43:06 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp...而SRA文件会默认下载在

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