，主页在：http://www.firebrowse.org/ 这个网页工具当然是非常强大，不过咱们生信工程师喜欢的仍然是编程语言，所以有一个RTCGAToolbox的R包可以帮助我们通过代码来玩转它的网页工具...而不同的时间，指的是TCGA数据库在发展过程中样本量的增加， 而FireBrowse是按照时间来定期运行程序处理数据的，所以一般来说用最新版的结果，就会涵盖TCGA里面的所有的样本了。...了解从FireBrowse下载到的S4对象 在R语言里面，S4对象是一个门槛，熟悉它基本上很多教程就可以无师自通了，比如单细胞流程的 seurat，我们的这个FireBrowse下载到的S4对象 也不例外...可以看到这个FireBrowse下载到的S4对象包含了3种数据，分别是临床信息，somatic的mutation，以及拷贝数变异信息。...另外，既然它是broad的FireBrowse包装盒，那我们当然可以直接使用broad的FireBrowse工具咯，命令行版本哈！
Fire Browse （http://firebrowse.org/） ?...继续回想一下，是不是还记得该网站的一个孪生兄弟， FireHouse，这个和Firebrowse的关系，就是Fire Browse是FireHouse的浏览器，FireHouse是数据的存储站。 ?...看到了FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感？红色框框内部便是我们看到的for ACC，ACC是对肾上腺皮质癌的简写。 2. 点击Mutation Analyses， 便会出现下面的界面 ?
本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE...FireBrowse | BROAD开发的TCGA分析平台，强大的下载功能 ? ? 特定基因表达谱查询。 ? 类似于OncoGrid显示特定癌症中没Mb的突变率、突变类型、基因突变类型的分布。 ?...FIREBROWSE的特色是提供了比较多类型的关联分析。 ? 数据分析方法描述、下载。 ? ? 把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果。 ?...数据整体下载，FIREBROWSE提供了一个脚本工具，可以按需下载。 ? ? ?
本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE...FIREBROWSE的特色是提供了比较多类型的关联分析。 ? 数据分析方法描述、下载 ? ? 把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果 ?...数据整体下载，FIREBROWSE提供了一个脚本工具，可以按需下载 ? ? ?
第二篇目录 TCGA数据源 背景知识 了解并获取FireBrowse的数据 了解从FireBrowse下载到的S4对象 5大分析方法 优缺点分析 众所周知,TCGA数据库是目前最综合全面的癌症病人相关组学数据库...Explorer, Institute for Systems Biology Next-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center 其中FireBrowse...了解并获取FireBrowse的数据 #包下载 #source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("RTCGAToolbox") #加载包...而第二个不同的时间，指的是TCGA数据库在发展过程中样本量的增加， 而FireBrowse是按照时间来定期运行程序处理数据的，所以一般来说用最新版的结果，就会涵盖TCGA里面的所有的样本了。...既然是broad的FireBrowse包装盒 那么你当然可以直接使用broad的FireBrowse工具咯，命令行版本哈！
iCoMut 我这里随意拿一个癌症举例： http://firebrowse.org/iCoMut/?cohort=BRCA 效果如下： ?...Corpus Endometrial Carcinoma UCS - Uterine Carcinosarcoma UVM - Uveal Melanoma 文末阅读原文直达体验这个工具哦：http://firebrowse.org
Fire Browse（http://firebrowse.org/），这是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cBioportal...接着我们还要提一下另外一个和Fire Browse非常相近的FireHouse，这个和Firebrowse的关系，就是Fire Browse是FireHouse的浏览器，FireHouse是数据的存储站...看到了FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感？红色框框内部便是我们看到的for ACC，ACC是对肾上腺皮质癌的简写。 点击mRNAseq ? ?
本文包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE...FIREBROWSE的特色是提供了比较多类型的关联分析。 ? 数据分析方法描述、下载 ? ? 把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果 ?...数据整体下载，FIREBROWSE提供了一个脚本工具，可以按需下载 ? ? ?
甩出网址链接：http://firebrowse.org/ Fire Browse ? 点击WEB API，便可以看到这样的界面： ?...Firebrowse一共存在38个癌症数据集。 4. 这里我们以肺癌为列，名称为Lung adenocarcinoma。 ? 可以看到在TCGA的简称为LUAD 5.
Array-based Expression DNA Methylation Copy Number array 知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具，比如： Broad Institute FireBrowse...TCGA数据（cBioPortal） TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 （离线打包版本） TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据（FireBrowse
Array-based Expression DNA Methylation Copy Number array 知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具，比如： Broad Institute FireBrowse
TCGA数据（cBioPortal） TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 （离线打包版本） TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据 （FireBrowse
Methylation （也是有点小众） Copy Number array（会跟肿瘤外显子重叠的生物学意义） 知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具，比如： Broad Institute FireBrowse
通过TCGA数据库（https://www.cancer.gov）和FireBrowse数据库（http://www.firebrowse.org）中下载与OSCC相关的相关文件（.count文件）和临床信息
原始表达数据已从各种来源下载：Gene Expression Omnibus、ArrayExpress和 Firebrowse。然后使用 R 语言处理这些数据，并结合手动策划的表型信息以进行可视化。
表达数据和临床数据 下载方式我就不多说了，大家看我以前的教程： 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据 （cBioPortal） TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 （离线打包版本, FireBrowse...） TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据 （Broad Institute FireBrowse portal） TCGA的28篇教程- 批量下载TCGA所有数据
6 Fire Browse（http://firebrowse.org/） 该网站平台是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cBioportal
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