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通过R包RTCGAToolbox链接FireBrowse来探索TCGA等公共数据

,主页在:http://www.firebrowse.org/ 这个网页工具当然是非常强大,不过咱们生信工程师喜欢的仍然是编程语言,所以有一个RTCGAToolbox的R包可以帮助我们通过代码来玩转它的网页工具...而不同的时间,指的是TCGA数据库在发展过程中样本量的增加, 而FireBrowse是按照时间来定期运行程序处理数据的,所以一般来说用最新版的结果,就会涵盖TCGA里面的所有的样本了。...了解从FireBrowse下载到的S4对象 在R语言里面,S4对象是一个门槛,熟悉它基本上很多教程就可以无师自通了,比如单细胞流程的 seurat,我们的这个FireBrowse下载到的S4对象 也不例外...可以看到这个FireBrowse下载到的S4对象包含了3种数据,分别是临床信息,somatic的mutation,以及拷贝数变异信息。...另外,既然它是broad的FireBrowse包装盒,那我们当然可以直接使用broad的FireBrowse工具咯,命令行版本哈!

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    TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据

    第二篇目录 TCGA数据源 背景知识 了解并获取FireBrowse的数据 了解从FireBrowse下载到的S4对象 5大分析方法 优缺点分析 众所周知,TCGA数据库是目前最综合全面的癌症病人相关组学数据库...Explorer, Institute for Systems Biology Next-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center 其中FireBrowse...了解并获取FireBrowse的数据 #包下载 #source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("RTCGAToolbox") #加载包...而第二个不同的时间,指的是TCGA数据库在发展过程中样本量的增加, 而FireBrowse是按照时间来定期运行程序处理数据的,所以一般来说用最新版的结果,就会涵盖TCGA里面的所有的样本了。...既然是broad的FireBrowse包装盒 那么你当然可以直接使用broad的FireBrowse工具咯,命令行版本哈!

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