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使用FUSION进行TWAS分析

FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http ://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 ? 利用reference panel建模 通过不同的模型,计算cis-SNPs和基因的关系,代码如下 Rscript FUSION.compute_weights.R \ --bfile $INP \ - 对gwas cohort进行TWAS分析 代码如下 Rscript FUSION.assoc_test.R \ --sumstats PGC2.SCZ.sumstats \ --weights . FUSION使用的较为广泛,还有人用这个软件分析了很多gwas summary数据,做成了数据库twas-hub, 后续在详细介绍这个数据库。 ·end·

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Mac + VMware Fusion + Windows 11尝鲜

1、闲聊篇 2、软件版本说明 3、安装VMware Fusion 4、安装Windows 11 4.1 新建虚拟机 4.2 虚拟机设置 4.3 安装操作系统 image.png 1、闲聊篇 从有印象接触所谓 Windows 10已经和Windows 7一样,都已成为或将成为过去式了 Windows 11于10月5日正式推出,因此即使在成为果粉之后,仍旧怀着好奇的心情,当然也是要安装来玩一玩的 VMware Fusion 出于对VMware系列产品Workstation、Fusion、Hypervisor(ESXi)、vSphere、VCSA、vCenter、Tanzu等多个产品的使用,我选择的是更熟悉的VMware Fusion 首先需要安装虚拟化软件VMware Fusion,安装过程这里就省略了 安装完成后配置一块用来设置静态网卡的虚拟网卡,用于给虚拟机设置静态ip,当然也可以选择默认的动态dhcp模式 4、安装Windows 11 4.1 新建虚拟机 打开VMware Fusion,选择新建虚拟机并选择下载好的Win 11的镜像ISO文件 image.png 选择操作系统,选择Windows 10及更高版本64位 指定引导固件

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    处理器结构--MicroOp &&MacroOp Fusion

    MicroOp Fusion 也成为微指令操作融合,将多个相同的汇编指令编译的uops融合到一个微指令中,使得ALU在执行指令时可以在一个Cycle中执行完毕,提高指令执行的吞吐量 指令融合背景 RAT 为了突破该瓶颈,设计者们将在以前分割成两个uop的指令进行合并处理,他们称之为微指令融合(uop fusion)。 Uop fusion mov [esi], eax ; 1 fused uop add eax, [esi] ; 1 fused uop add [esi], eax ; 2 single + 1 fused Instruction fusion on Bulldozer test eax,4 jnz L1 ; // fused into one op cmp [Mydata],eax ;

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    macos修改vmware Fusion的NAT网络

    1.点击vmware Fusion > 偏好设置 > ( command + , )网络 2.修改网络设置,添加一个vmnet NAT 3.检查vmnet4的配置文件,以及ip网关信息 /Library /Preferences/VMware Fusion  vim /Library/Preferences/VMware\ Fusion/networking 然后再查看vmnet4的nat.conf信息 vim /Library/Preferences/VMware\ Fusion/vmnet4/nat.conf ? 4.回到vmware fusion点开自己的linux虚拟机,然后选择刚才创建的vmnet4 5.修改linux的网卡配置文件 ? ? 6.重启网卡 ? 7.检查ip,ping调试网络是否通畅

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    【Zhen】针针小站App – Powered by Fusion App

    Fusion App – 所有的网页都是客户端 这是一个由酷安开发者 – 寒歌 开发的一款”网页转应用”的应用 最先要感谢的就是 太傅 大佬了 作为一个萌新 遇到问题都是太傅大佬给我解答的 实在是太感谢了

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    Fusion360的参数化槽轮

    对于我们去在Fusion360中去构建槽轮,我们首先要确定下槽轮的各个几何尺寸是什么关系。 参数的定义 ? 尤其要注意 phi这个角的输入要转化成弧度,Fusion里面的计算不像matlab一样都是一个单位。这点要尤其注意,图中那行高亮就是对定义这个弧度。 关于fusion360中的参数表达的形式 定义好了这些参数,我们可以尝试改动一下,看看是什么反应。 ? 现在定义好了这些参数,那么我们就开始绘制草图。 草图绘制 第一步我们要表达中心距,也就是L。 Fusion360中也是有这个插件的,直接在appstore里面下载,然后就可以把零件快速导入了。 ? 当然除了这种使用最直接的草图去控制这些参数,Fusion还有关于Dynamo的接口,Dynamo也是一个用电池的进行参数化的平台。使用Dynamo也可实现更加炫酷的造型了。

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    fusion Design中表格组件的使用

    2、表头的设置有Column组件来设置,Column有两个主要属性,title和dataIndex,title是表格显示的列标题,dataIndex是根据其值获...

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    iPhone 11: What is Deep Fusion and how does it work?

    What is Deep Fusion? “今年秋天晚些时候推出的Deep Fusion是由A13 Bionic的神经引擎实现的新型图像处理系统。 Deep Fusion使用先进的机器学习对照片进行逐像素处理,优化照片的每个部分的纹理,细节和噪点。“ Deep Fusion将与iPhone 11上的双摄像头(超宽和宽)系统配合使用。 How Deep Fusion works 它总共拍摄了9张图片 即使在按下快门按钮之前,它已经拍摄了4张短图像和4张次要图像 按下快门按钮时,需要1张长曝光照片 然后在1秒内,神经引擎分析长短图像的融合组合 这意味着更少的运动模糊和夜间拍摄的更多细节 - 这也应该被视为Apple对Pixel手机中Google的Night Sight功能的回应,尽管Deep Fusion更进一步。

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    Mac下VMware Fusion配置Nat静态IP

    环境说明 操作系统:macOS High Sierra 10.13.6 VMware Fusion 版本:专业版 10.1.3 (9472307) 虚拟机镜像:centos7.4 Mac VMware Fusion 我们在使用虚拟机的时候,经常遇到这样的问题,我们会换地方,ip会变化,如果虚拟机使用桥接的方式,那么很多与ip相关的服务都会出现问题,所以我们希望使用nat模式,不过遗憾的是,在Windows Fusion配置Nat静态IP 创建Nat网络 首先我们进入VMware Fusion的配置界面(快捷键是Command+,),然后打开网络配置: ? 修改Nat网络配置 然后,我们需要打开终端; 进入下面的目录: $ cd /Library/Preferences/VMware\ Fusion/ ( 注意:在路径中出现空格需要用\转义) $ ls lastLocationUsed vmnet1 license-fusion-100-e3-201704 vmnet2 networking vmnet8 然后我们就能看到上面的配置文件

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    在有雾的情况下,能见度下降,造成许多问题。由于大雾天气,能见度降低会增加交通事故的风险。在这种情况下,对附近目标的检测和识别以及对碰撞距离的预测是非常重要的。有...

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    使用tophat-fusion鉴定融合基因

    tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具,官网链接如下: http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml tophat-fusion要求固定的目录结构,比如我在result文件夹下进行tophat-fusion的分析, 那么我需要在该目录下准备以下几个文件 物种对应的refGene.txt 和 ensGene.txt 100000 --fusion-anchor-length 13 --fusion-ignore-chromosomes chrM hg19_bowtie1/hg19 SRR064286_1.fastq 生成结果 在result目录下,直接运行如下代码就可以了 tophat-fusion-post -p 20 --num-fusion-reads 1 --num-fusion-pairs 2 --num-fusion-both 每一列的含义如下 Sample name in which a fusion is identified Gene on the “left” side of the fusion Chromosome

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    image.png Similarity Network Fusion (SNF)是将多组学数据整合起来,优化可视化结果的一种方法。

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    为了这个功能,VMware Fusion 专门创建了一个新的 CLI 工具:vctl,它包含在 VMware Fusion 中,安装好了之后就有这个命令了。 大多数 vctl 命令选项可在 FusionFusion Pro 中使用。但是,--publish 选项仅适用于 Fusion Pro。 相关的二进制文件/组件捆绑在 Fusion 应用程序中,可在 Applications/VMware Fusion.app/Contents/Library/vkd/ 文件夹中找到这些内容。 容器运行时不会在 VMware Fusion 应用程序启动时自动启动,也不会在 VMware Fusion 应用程序退出时自动停止,必须手动启动和停止。 实际上也并不需要打开 VMware Fusion

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    使用STAR-fusion进行融合基因的分析

    STAR是目前主流的RNA-seq比对软件之一,而STAR-fusion就是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件,该项目的地址如下 https://github.com/STAR-Fusion /STAR-Fusion/wiki 在对应的文献中,将STAR-fusion与其他融合基因分析软件进行了比较 1. 从上图可以看出,STAR-fusion的运行时间有明显优势。 2. 运行STAR-fusion STAR-fusion支持两种模式,第一种是直接从fastq开始,第二种是自己手动进行STAR比对,然后在运行STAR-fusion。 star_fusion_outdir STAR-fusion的输出结果文件名为 star-fusion.fusion_predictions.tsv 列数很多,部分列截图如下 ?

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    《Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale》

    本文提出SNF:Similarity network fusion: 为每一类构建一个相似度网络; 用非线性方法融合所有的相似度网络得到一个单一的输出网络。

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    最近在积累DevOps方面的知识,k8s就是重中之重,环境搭建就是第一步,今天就让我手把手,一步步教你在VMware Fusion安装CentOS7,并配置网络。 安装CentOS7 ? 通过Mac终端进入VMware Fusion的vmnet8目录 vim /Library/Preferences/VMware Fusion/vmnet8/nat.conf ? vim /Library/Preferences/VMware Fusion/vmnet8/dhcpd.conf ?

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    环境:mac OSX(10.10.2) + vmware fusion(7.0.0) 步骤一:先复制虚拟机文件 先在Virtual Machine Library窗口中,选中要复制的虚拟机,右键-> Show

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    因为标题长度有限,所以把Face Recognition简写成F R,论文题目应为《Attribute-Enhanced Face Recognition with Neural Tensor Fusion

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    MacOsBigSur Vmware Fusion没有vmware tools 无法点击安装 1、问题 UzJuMarkDownImageimage-20220305123711534.png UzJuMarkDownImageimage

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    Mac上安装VMware Fusion和CentOS-7

    和安装其他Mac软件一样,双击app文件即可。 注意在设置里面除了需要打开“安装来自第三方软件”之外,还需要开启辅助功能。反正要的权限都给它。

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