= TRUE, begin = 0.1, end = 0.9, option = "magma", alpha = 0.8) +
scale_color_viridis(discrete =...评估样本之间的重复性
在前面的linux分析中，对样本分成了500个bin来进行样本之间的相关性进行评估，主要是为了保证样本之间是可重复的，表明我们的数据是可以用的，我一般是按照大于0.7这个阈值，如果低于这个阈值..., "_seacr_", type, ".peaks.stringent.bed"), header = FALSE, fill = TRUE) %>% mutate(width = abs(V3-V2...rbind(peakWidth, .)
}
}
}
peakN %>% select(Histone, Replicate, peakType, peakN)
[图片.png]
查看每个重复中peak...")
fragment_counts <- getCounts(bamFile, peak.gr, paired = TRUE, by_rg = FALSE, format = "bam")
