首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

面处理描述了应该使用哪些变量来分割数据,以及如何排列它们。刻面是一个强大的工具,可以研究不同的模式是否相同或不同于条件 ?...4.3.3.4 添加标签图层以更改标题和轴标签 默认情况下,由ggplot2创建的绘图没有任何标题,并且带有与绘图中使用的变量名相对应的轴标签。...但是,在某些情况下,例如出版物,我们可能希望将标题添加到绘图中,也可能希望更改X轴和Y轴标签。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中,刻面可以通过两种主要方式执行:网格刻面和包裹刻面。...此功能使包装分面特别适用于对多个级别的类别变量的分面组合进行分面。要执行WRAP刻面,我们使用facet_wrap(FORMULA)函数。

5K20

「R」ggplot2数据可视化

最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签(还有图例)。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集,它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面,并进行绘图。 ?...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形,关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形(在ggplot2中也称为刻面图)。...不过指导它们的存在是有用的。 修改ggplot2图形的外观 R的基础绘图中,使用par()函数或特定的画图函数的图形参数来自定义基本函数。...multiple pic.png 注意截面图(刻面图)和多重图的区别。 保存图形 可以使用标准方法来保存创建的图形,也可以使用ggsave()函数更方便保存它们。

7.4K10
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    R语言从入门到精通:Day17 (ggplot2绘图)

    ggplot2包的使用。...函数ggplot()虽然设置图形,但没有自己的视觉输出,而是使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom),包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)(主要涉及函数facet_grid())。 ggplot2很强大,能够创建各种各样的信息图。...了解了ggplot2的基本语法之后,我们首先介绍几何函数及其能够创建的图形类型,然后详细了解函数aes(),以及如何利用它来对数据进行分组。接下来,将考虑刻面和网格图形的建立。...图6,小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里,必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据,在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。

    5.2K31

    对,你没看错,真的有这种操作~

    之前的ggplot2入门实践篇已经更新告一段落,也已经做了归总分类分享给大家。 最近翻看突然发现少了一个知识点,就是分面中没有讲填充多边形分面的应用,虽然其理念跟其他的常用图表类型一致。...如果你还不懂如何使用ggplot2制作数据地图的话,你可以参考以下序列文件: 地图部分(ggplot2) 你想要的地图素材资源,我都帮你整理好了~ 一篇文章教你搞定JSON素材,从此告别SHP...时代~ 大道至简——论如何最优雅的操纵json地图数据 关于美国地图中的两个海外州坐标平移与原始投影问题~ R语言可视化——关于ggplot所支持的数据地图素材类型 一篇小短文助你打开数据可视化的任督二脉...,使用一个省份12年份实践序列数据分别呈现填色散点气泡图、颜色填充图、以及组合图,形成3*4排列的数据地图分面,不是使用grid逐个打印单个地图,而是直接使用ggplot2的分面参数进行绘制。...考虑到如果使用传统的数据源格式(geom_polygeon制作填充图要求将指标数据与地理分界点数据合并,因为地理分界点数据有9万个,12个年份数据表宽转长之后会暴增到120万+,肯定会拖慢内存,所以今天使用

    1.5K81

    更强的可视化:最全ggplot2扩展包整理

    当谈到使用ggplot2进行数据可视化时,除了核心的ggplot2包,还有许多非常有用的扩展包可以帮助增强功能、提供额外的统计图形选项以及美化图表输出。...常用ggplot2扩展包介绍 该网站包含了很多ggplot2扩展包实现的案例,下面介绍在该网站中使用率高的扩展包。...hrbrthemes:主题、比例和实用程序的汇编。 esquisse:交互式地探索和可视化数据 ggtext 增强和美化文本标签,改进文本标签的外观和排版。...ggrepel 提供避免标签重叠的功能,特别适用于散点图和其他需要标记数据点的图形。...ggh4x:定制刻面、多种色标和其他选项 ggbeeswarm 在较小的数据集中展示每个数据点的分布和密度。 survminer:利用ggplot2绘制生存曲线图。

    15710

    R可视化:分面抖动散点图

    CSDN项目地址:数绘小站的博客_CSDN博客-Tidy Tuesday[1] 我只是搬运工,感谢小伙伴的分享。...利用 ggplot2 绘图 # PS: 方便讲解, 我这里进行了拆解, 具体使用时可以组合在一起 gg ggplot(df_plot, aes(year, salary_position / 1000000...对连续变量设置坐标轴显示范围 gg <- gg + scale_y_continuous(labels = scales::dollar_format(suffix = "m")) # labs() 对图形添加注释和标签...bold"), # plot.background 图片背景 plot.background = element_rect(fill = "white"), # strip.text 自定义分面图每个分面标题的文字...8.6, height = 5, dpi = 100, device = "png") 测试数据 配套数据下载:nfl_salary.xlsx[2] 本次内容来自CSDN,我只是搬运工,项目地址:数绘小站的博客

    59330

    经验总结 | 最有效的R学习路径(二)

    写 在前面 在上一期中,大猫向大家强调了R学习路径中非常重要的一环:数据处理,也就是data.table包的作用。在本期,大猫将向大家介绍数据分析的另外一面:数据可视化的学习路径。...换句话说,如果要让你的文章在最短的时间内看起来”高大上“,画一张fancy一点的图吧! “数据处理与数据可视化是数据挖掘的两面。...学习R的同学肯定知道RStudio,它是目前使用最广泛的R集成开发环境(IDE)。用RStudio写R代码不知比原生的RGui要快上多少,如果小伙伴们还在用RGui,赶紧鸟枪换炮吧。...以上两幅图都是根据同一组数据(图中黑点)所绘的图,但是我们发现,只要波动下面的“smoothing span”的滑杆,我们就能实时调整拟合曲线的光滑度而不需要重新运行代码,是不是非常酷炫?...stackoverflow是世界上最大的程序员问答网站,只要你在搜索时加上[ggvis]标签,那么你就能搜索到和ggvis相关的所有问题。

    73210

    R语言可视化——ggplot图表系统中的辅助线

    以上柱形图中,我们如果想要了解五个公司的销售额均值以及单个公司销售额与均值的对比情况,需要在图表中添加一条平均线。...当然这种均值线在分面状态下也是可以添加的。...辅助线在散点图中也是经常使用的一种图表元素,它可以帮助我们对分布形态进行分割和归纳,使得数据分布形态及趋势更加明显。 接下来使用diamond数据集来展示散点图中的辅助线。...以上散点图没有很明显的分散趋势,不过为了演示散点图中的辅助线,我还是将散点像素画处理,给散点图加上均值十字线。...这里可以使用辅助线来标注我们最感兴趣的时间点数据: ggplot(economics,aes(date,unemploy))+geom_line()+geom_vline(aes(xintercept=

    2.2K130

    ggplot2包图形参数(坐标轴、分面、配色)整理

    书中绝大多数的绘图案例都是以强大、灵活制图而著称的R包ggplot2实现的,充分展现了ggplot2生动、翔实的一面。...本文根据《R数据可视化手册》整理ggplot2包的图形参数(图形外观、注解、图例、坐标轴、分面、配色)。...分面 5.1 使用分面将数据分割绘制到子图中 5.2 在不同坐标轴下使用分面 5.3 修改分面的文本标签 5.4 修改分面标签和标题的外观 6....分面 5.1 使用分面将数据分割绘制到子图中 使用facet_grid()或facet_wrap()函数,并指定根据哪个变量来分割数据。...5.4 修改分面标签和标题的外观 使用主题系统,通过设置strip.text来控制文本的外观,设置strip.background以控制背景的外观。

    11.3K41

    VlnPlot结果及常用参数浅析

    处理的复合图形,而"gg"和"ggplot"表示它是基于ggplot2创建的图形对象。...在ggplot2中,图层可以包括几何对象(如点、线、面等),统计变换,数据映射等。 比例(scales): 定义了图形的比例尺,例如x轴和y轴的取值范围和断点。...分面(facet): 表示图形是否使用了分面,分面可以将数据的子集并排或堆叠显示。 环境(environment): 存储了图形的计算环境,可能包含用于计算图形的变量和函数。...标签(labels): 可能包含图形的标签信息,例如轴标题、图例标题等。...pt.size:图中代表单个细胞数据点的大小。 alpha:数据点的透明度。 选择需要展示的细胞群组以及分组信息: idents:指定要在图中包括哪些细胞群组(例如,细胞类型)。

    41910

    R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

    主要参数的含义如下: (1)type为一个字符的字符串,用于给定绘图的类型,可选的值如下: "p":绘点(默认值); "l":绘制线; "b":同时绘制点和线; "c":仅绘制参数"b"所示的线; "o...;指定散点图中点的水平和垂直坐标的抖动因子; cex # 设置绘图字符的大小,默认为1; # 其他参数为cex.axis、cex.lab、cex.main和cex.sub等; col # 未分组时,直接指定绘制颜色...="none"时使用,拟合是跨越图的整个范围还是只跨越数据?...font.family # 指定标签的字体格式 label.select # 字符向量,指定要显示的一些标签; repel # 逻辑词,是否使用ggrepel避免过度绘制文本标签。...# 长度为2的数字向量,指定相关系数的x、y坐标,默认值为NULL cor.coef.size # 相关系数文字字体的大小 ggp # 不为NULL,则将点添加到现有绘图中 show.legend.text

    5.3K20

    Day7:R语言课程 (R语言进行数据可视化)

    学习目标 使用扩展包“ggplot2”绘制图表。 使用“map”函数进行数据结构迭代。 导出在R环境之外使用的图片。...ggplot2 theme系统处理非数据绘图元素,例如: 坐标轴标签映射 图片背景 标签背景 图例外观 可以使用内置主题(即theme_bw()),通过将其添加为附加层,主要更改背景/前景色。...由于我们将此图层添加到最上层(即代码的最后),因此更改的任何细节都会覆盖在theme_bw()中的设置的。在这里,将轴标签和轴刻度标签的大小增加到默认大小的1.5倍。修改文本大小使用rel()函数。...ggscatter5 注意:可以使用example("geom_point")来探索可添加到绘图中的众多不同的映射和图层。滚动浏览不同的图,记住代码的修改方式。...添加图层xlab()和ylab(),改变x轴和y轴的标签。将这些图层添加到当前图中,x轴标记为“年龄(天)”,y轴标记为“平均表达量”。 使用ggtitle图层为绘图添加标题。

    6K10

    网页三维CAD参数化建模开发框架的搭建教程

    前言 mxcad3d是基于mxdraw的基础上,使用TypeScript和C++语言开发的一个网页三维CAD参数化建模框架,我们为开发者提供了丰富的参数化建模的开发接口,用户可以高效、便捷的对基本图元进行创建...几何绘线:直线、圆、椭圆、双曲线、抛物线、B样条曲线、Bezier曲线等的绘制。 几何绘面:平面、B样条曲面、Bezier曲面的创建。...()方法需要等canvas元素在页面加载完成后才能调用,因此需要将 script 标签放在 body 标签内部,让浏览器先完成HTML页面的解析,再下载并执行script标签中的代码。...const boxLabel = doc.addShapeLabel(); // 添加拓扑形状到标签中 boxLabel.setShape(boxShape); // 更新显示(会更新canvas...通过以上步骤,你可以在浏览器中看到一个带有三维视图窗口的页面,点击"绘制方块"按钮,即可在视图中绘制一个方块,如下图所示: mxcad3d提供了强大的功能和灵活的开发接口,通过这些接口能够创建更多复杂的三维模型

    10810

    生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

    图形属性映射1.3.1 基本定义将数据集中的变量(列)映射为图形的属性(图中对象的可视化属性:数据点的大小、形状和颜色)将图中点的颜色映射为变量class,来显示每辆汽车的类型:ggplot(data...见上图(2)在使用facet_grid(drv ~ cyl)生成的图中,空白单元的意义是什么?它们和以下代码生成的图有什么关系?...(. ~ cyl)(4)查看本节的另一个分面图:与使用图形属性相比,使用分面的优势和劣势分别是什么?...,如果看单个变量的变化趋势就可以使用分面(5)阅读?...1.6 几何对象1.6.1 几何对象的定义几何对象:图中用来表示数据的几何图形对象条形图:使用了条形几何对象折线图:使用了直线几何对象箱线图:使用了矩形和直线几何对象可以使用不同的几何对象来表示同样的数据

    26220

    R for data science (第一章) ②

    如果您不想在行或列维度中进行构面,请使用。 而不是变量名,例如facet_grid(.〜cyl)。 Genometric Objects 两个图包含相同的x变量,相同的y变量,并且都描述相同的数据。...左边的图使用点geom,右边的图使用光滑的geom,一条适合数据的平滑线。 要更改绘图中的geom,请更改添加到ggplot()的geom函数。...ggplot2中的每个geom函数都有一个mapping参数。 然而,并非每一种aesthetic都适用于每个几何。 您可以设置点的形状,但无法设置线的“形状”。 另一方面,您可以设置线的线型。...image.png 然而,这在我们的代码中引入了一些重复。 想象一下,如果你想改变y轴来显示cty而不是hwy。 您需要在两个位置更改变量,并且可能忘记更新一个变量。...您可以通过将一组映射传递给ggplot()来避免这种类型的重复。 ggplot2会将这些映射视为适用于图中每个geom的全局映射。

    4.4K30

    终于等到你——ggplot2树状图

    2017年8月份的R语言更新包中,默默地加入了支持ggplot2树状图的新几何对象,从此在R语言中制作树状图,不用再求助于第三方包的辅助了。...实际上我曾经分享过一个树状图案例,但是是使用第三方辅助包制作,一直在等ggplot2出树状图图层。...添加标签: 包作者针对ggplot树状图写了优化好的文本 标签函数geom_treemap_text(刚开始就说过树状图超越了传统三大坐标系的范畴,没有显式声明的坐标系统,算法比较特殊因而无法使用常规的...其中place参数控制每一个方块中标签相对于四周的位置,grow则控制标签是否与方块大小自适应(呈大致比例放大缩小) 次级分组(亚群): 该包支持次级分组(专业术语叫做亚群),这在实际应用场景中非常广泛...分面系统: 当你觉得使用次级分组不能获得一个很好地视觉呈现效果,geom_treemap还支持ggplot函数中的fact_grid分面参数,这就是所有ggplot2扩展函数的好处,可以继承源自于ggplot2

    2.3K60

    R:ggtext包丰富ggplot2中文本的表现力

    ggtext让ggplot2图像也可以使用html、markdown及css语法,丰富了ggplot2文本的表现力。...在主题部分如坐标轴标题、坐标轴标签、图形标题、副标题、脚注等,可以使用html、markdown及css语法的文本,然后在theme函数中使用element_markdown和element_textbox...下图中可以看到,y轴标签使用了html的标记和css语法,改变文字为倾斜和不同颜色。脚注基本上是markdown语法,加了一个html换行标签。...element_textbox element_textbox可以让长文本自动折叠,但是它在轴标签上无法使用。文本的旋转角度也不能是任意的,只能是0、90、180、270。...element_box在使用上非常有意思的一个地方是可以修改分面图的strip格式,如下图所示。

    1.6K20
    领券