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从零开始异世界生信学习 R语言部分 05 作图-1

)) 图片 3.2属性设置(颜色、大小、透明度、点形状,线型等) 3.2.1手动设置,需要设置为有意义 图片 color 颜色,可以用RGB编码字符串 size 大小,只能用数字 shape...形状,数字编号 alpha 透明度,0<x<1数字 fill 填充颜色 只能全部统一设置 ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x =...,根据列取值分成若干图 ##用来分面的列:1.应该是分类变量,离散型数据;2.取值数量有限; 图片 #双分面 dat = iris dat$Group = sample(letters[1:5],150...指一个geom开头函数画出来所有东西称为一个几何对象,也称为了一个图层 几何对象可以叠加 #4.几何对象 #局部设置和全局设置 ggplot(data = iris) + geom_smooth...作图只需要一列 ## geom开头几何对象函数,stat开头几何变换函数,两种函数存在对应 图片 #统计变换使用场景 #5.1.不统计,数据直接做图 fre = as.data.frame(table

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R基础知识及快速检阅你数据

考虑到公众号后台数不胜数提问其实并不是生物学知识或者数据处理知识困惑,仅仅是绘图小技巧以及数据转换困难。...A: #提示有哪些包可以更新 update.packages(,ask=F) #使用ask=F,无需询问,一键更新 **注意:有些包更新以后可能会有一些行为变化,或者直接bug...... 1.4加载符号分隔文本文件...Q: 如何加载一个符号分隔文本文件中数据?...) 2.使用ggplot2绘制条形图 #变量频数表,使用BOD数据,时间为x,demand为y,使用geom_col()函数 ggplot(BOD,aes(x=BOD$Time,Y=BOD$demand...))+geom_col() #将x转化为因子型向量从而使系统视其为离散 ggplot(BOD,aes(x=factor(Time),Y=BOD$demand))+geom_col() #变量频数表

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R for data science (第一章) ②

通过单个变量来划分您绘图,请使用facet_wrap()。...facet_wrap()第一个参数应该是一个公式,你用〜后跟一个变量名创建(这里“formula”是R中数据结构名称,而不是“equation”同义词)。...要在两个变量组合上构建绘图,请将facet_grid()添加到绘图调用中facet_grid()第一个参数也是一个公式。 这次公式应该包含两个用〜分隔变量名。 ?...而不是变量名,例如facet_grid(.〜cyl)。 Genometric Objects 两个图包含相同x变量,相同y变量,并且都描述相同数据。 但情节并不完全相同。...对于这些geoms,您可以将组审美设置为分类变量绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量每个唯一绘制一个单独对象。

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Linux-生信技能树

libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore hisat2 subread multiqc samtools=1.14 salmon=1.4.0 fastp fastqc ## 不是通过软件名来调用帮助文档...自定义变量:由用户自行定义变量,可用于用户编写脚本,多个命令间传递等 $HOME $PATH $SHELL $LOGNAME $PS1 环境变量PATH $PATH:输入命令时Linux会去查找...找到工具老家并且使用$PATH调用命令 echo #打印字符串,打印变量值,变量调用要加$ $echo $PATH #echo命令在服务器中路径 /trainee2/vip28/miniconda3...#获取上个指令执行状态返回,0表示成功,不是0表示失败 echo $? $$ #当前执行shell脚本进程PID号 $!...#上一个后台工作进程PID号 $_ #获取在此之前执行命令或脚本最后一个参数 位置参数变量 $n #n是数字,$0代表命令本身,$1-$9代表1-9个参数,10以上数字表示为 ${1111} $

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Shell特殊变量和命令行参数详解

有些变量是用户创建,其他则是专用shell变量变量名必须字母或下划线字符开头。其余字符可以是字母、数字(0~9)或下划线字符。 任何其他字符都标志着变量终止。 名字是大小写敏感。...它是以冒号分隔目录列表,shell通过它来搜索cd命令指定目标目录。例如....未指定目录时,cd命令将转向该目录 IFS:内部字段分隔符,一般是空格符、制表符和换行符,用于由命令替换,循环结构中表和读取输入产生字段划分 LANG:用来为没有LC_开头变量明确选取种类确定...如果RANDOM被复位,即使随后再设置,它也将失去特定属性 REPLY:当没有给read提供参数时设置 SHELL:当调用shell时,它扫描环境变量寻找该名字。...可以通过 ${array[$i]}来访问array中某个元素,${array[*]} 返回即数组所有元素组成串,${#array[*]} 返回即数组元素个数,${array[*]:0:2

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JavaScript笔记(二)

变量 变量必须字母开头 变量也能以 $ 和 _ 符号开头(不推荐) 变量名称对大小写敏感(y 和 Y 是不同变量) var name; //用 var 关键词来声明变量变量声明之后...="male"; //多个变量用逗号分隔 var x,y,z=1; //多个不可以用一条语句赋同一个,x,y 为 undefined, z 为 1。...如果变量未赋值,那么它实际上是undefined 重新声明 JavaScript 变量 如果重新声明 JavaScript 变量,该变量赋值,则为新(拥有动态类型);如不赋值,则为旧不是undefined...cars[2]="BMW"; 对象 可以使用字符来定义和创建 JavaScript 对象,空格跟换行不是必须 由花括号分隔。...myFunction(argument1,argument2) //可以发送任意多参数,由逗号 (,) 分隔 function functionname(){// 执行代码} 点击这个按钮,来调用带参数函数

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JavaScript笔记总结(二)

变量 变量必须字母开头 变量也能以 $ 和 _ 符号开头(不推荐) 变量名称对大小写敏感(y 和 Y 是不同变量) var name; //用 var 关键词来声明变量变量声明之后...="male"; //多个变量用逗号分隔 var x,y,z=1; //多个不可以用一条语句赋同一个,x,y 为 undefined, z 为 1。...重新声明 JavaScript 变量 如果重新声明 JavaScript 变量,该变量赋值,则为新(拥有动态类型);如不赋值,则为旧不是undefined ? ?...对象 可以使用字符来定义和创建 JavaScript 对象,空格跟换行不是必须 由花括号分隔。...myFunction(argument1,argument2) //可以发送任意多参数,由逗号 (,) 分隔 function functionname(){// 执行代码} 点击这个按钮,来调用带参数函数

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python笔记:#012#函数

函数基础 目标 函数快速体验 函数基本使用 函数参数 函数返回 函数嵌套调用 在模块中定义函数 01....方便后续调用 函数名称 命名应该 符合 标识符命名规则 可以由 字母、下划线 和 数字 组成 不能以数字开头 不能与关键字重名 2.2 函数调用 调用函数很简单通过 函数名() 即可完成对函数调用...,通过参数 传递 3.3 形参和实参 形参:定义 函数时,小括号中参数,是用来接收参数用,在函数内部 作为变量使用 实参:调用 函数时,小括号中参数,是用来把数据传递到 函数内部 用 04....函数返回 在程序开发中,有时候,会希望 一个函数执行结束后,告诉调用者一个结果,以便调用者针对具体结果做后续处理 返回 是函数 完成工作后,最后 给调用 一个结果 在函数中使用 return...6.2 模块名也是一个标识符 标示符可以由 字母、下划线 和 数字 组成 不能以数字开头 不能与关键字重名 注意:如果在给 Python 文件起名时,数字开头 是无法在 PyCharm 中通过导入这个模块

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python笔记:#012#函数

函数基础 目标 函数快速体验 函数基本使用 函数参数 函数返回 函数嵌套调用 在模块中定义函数 01....方便后续调用 函数名称 命名应该 符合 标识符命名规则 可以由 字母、下划线 和 数字 组成 不能以数字开头 不能与关键字重名 2.2 函数调用 调用函数很简单通过 函数名() 即可完成对函数调用...希望在函数内部处理数据,通过参数 传递 3.3 形参和实参 形参:定义 函数时,小括号中参数,是用来接收参数用,在函数内部 作为变量使用 实参:调用 函数时,小括号中参数,是用来把数据传递到 函数内部...函数返回 在程序开发中,有时候,会希望 一个函数执行结束后,告诉调用者一个结果,以便调用者针对具体结果做后续处理 返回 是函数 完成工作后,最后 给调用 一个结果 在函数中使用 return...6.2 模块名也是一个标识符 标示符可以由 字母、下划线 和 数字 组成 不能以数字开头 不能与关键字重名 注意:如果在给 Python 文件起名时,数字开头 是无法在 PyCharm 中通过导入这个模块

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数据处理R包

2.6 6.9 2.3 4 7.7 2.8 6.7 2.0 (2)select select函数可以通过指定列名选择指定变量进行分析...key:将原数据框中所有列赋给一个新变量key value:将原数据框中所有赋给一个新变量value na.rm:是否删除缺失 > library(tidyr) > df <- data.frame...新建列名,为字符串向量 sep:被拆分列分隔符:[^[:alnum:]]+正则表达式,基本包含了大部分分隔符 remove:是否删除被分割列 > separate(df_unite,sex,c(...(base包函数) [1] "2020-01-23" (2)日期格式转化 日期通常以文本形式输入到R中,然后转化为数值形式存储日期变量。...由ggplot2绘制出来ggplot图可以作为一个变量,然后由print()显示出来。 本文将使用R语言gcookbook包内数据集pg_mean。

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PHP基本规则

双引号中,变量(var)会代入字符串中,特殊转义字符也会被解析成特定单个字符,还有一些专门针对上述两项特性特殊转义,如"\ 数组中,如果下标不是整型,而是字符串类型,必须使用单引号将下标括起,正确写法为...具有默认参数应该位于参数列表后面。 函数定义与调用参数之间加入一个空格。 尽量避免函数起始缩进位置与结束缩进位置不同。...声明为private或protected类成员变量名必须一个单独下划线开头,这是唯一下划线在变量名中用法。声明为public变量从不以下划线开头。...下面例子中函数带有3个参数: threeArguments(1, 2, 3); 传方式在调用时是禁止。...所有可能返回。 因为访问级已经通过public、private或protected声明,所以不需要使用@access。

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R tips: ggplot图层编写

在实际使用中,ggplot中使用图层是以geom或者stat开头函数创建,但是如果查看一下这些图层函数具体内容可以发现他们都是在封装一个layer函数。...因此可做如下总结 一个图层定义(geom或者stat开头函数)必须同时包含一个geom和一个stat对象,通过layer函数将其串联在一起,返回一个ggproto对象。...layout: 生成layout:layout调用facetsetup…, 调用coordssetup… layer: layercompute_aesthetics函数,在计算aes里面的变量,...举个例子说明一下这两个对象作用,绘制boxplot时候,我们传入数据是完整数据,但是一个boxplot图上图形元素却不是传入数据,而是经过统计处理,比如Q1、中位数、Q3、最大、最小及异常值等等...但是必须强调是geom开头还是stat开头只是一种命名推荐范式,并不是强制规范。

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C# 字符串操作详解

(连续则清除所有连续),没有就不在对字符串开头进行操作 //注:整个过程字符串为主,如果调用trim方法字符串中字符,在传入参数中没有,那么整个过程中段....(连续则清除所有连续),没有就不在对字符串开头进行操作 //注:整个过程字符串为主,如果调用trim方法字符串中字符,在传入参数中没有,那么整个过程中段....“00”说明符使得被舍入到小数点前最近数字,其中零位总被舍去。 数字占位符: 如果格式化在格式字符串中出现“#”位置有一个数字,则此数字被复制到结果字符串中。...否则,结果字符串中此位置不存储任何。 请注意,如果“0”不是有效数字,此说明符永不显示“0”字符,即使“0”是字符串中唯一数字。如果“0”是所显示数字有效数字,则显示“0”字符。...将指定可枚举基元类型通过传入分隔字符串进行连接.

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如何通过R语言制作BBC风格精美图片

在BBC数据团队开发了一个R包,ggplot2内部风格创建可发布出版物图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如: ? 加载所有所需R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...请注意,对于折线图而言,折线颜色或对于条形图而言是条形颜色,并不是从bbc_style()函数中直接获得,而是需要在其他标准ggplot图表函数中明确设置 。...将左对齐标签添加到条形图 如果您想为条形图添加左对齐标签,只需根据数据设置x参数,而是直接使用数字指定y参数。y的确切将取决于数据范围。...最好始终在较小倍数上使用相同y轴比例,以避免产生误导,但有时您可能需要为每个倍数分别设置这些,我们可以通过添加参数scales =“ free”来实现。...升序是默认设置,但是您可以通过将desc()包裹在要排序变量周围来将其更改为降序: bars <- ggplot(bar_df, aes(x = reorder(country, lifeExp),

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SQL标识符

InterSystems IRIS%字符开头名称(%Z或%z开头除外)保留为系统元素,不应用作标识符。标识符部分是SQL标识符任何后续字符。...其中两个是无效,因为它们违反了字符规则——在这些情况下是以数字开头或包含空格。最后一次方法调用返回0,因为指定字符串是保留字。...但是,相同命名空间名称标点限制适用于简单标识符和分隔标识符。标识符和类实体名称通过去除非字母数字字符,SQL表名、视图名、字段名、索引名、触发器名和过程名用于生成相应持久类实体。...如果生成惟一名称数量大于10 (mynam9),则通过替换(mynamA)开头大写字母后缀生成额外名称。 因为表和视图共享相同名称空间,所以表或视图后缀计数器都是递增。...因此,它必须至少包含一个字母数字字符。数字(或标点符号后跟数字)开头分隔标识符会生成带有字母“n”前缀相应类实体名称。

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SQL中使用符号

注释/*开头。 + 加号(43):加法算术运算符。一元正号运算符。 , 逗号(44):列表分隔符,例如多个字段名称。在数据大小定义中:数字(精度,小数位数)。...句点(46):用于分隔多部分名称各个部分,例如限定表名:schema.tablename或列名:tablealias.fieldname美国数字格式表示数字文字小数点。...俄语、乌克兰语和捷克语区域设置日期分隔符:DD.MM.YYYY作为变量或数组名称前缀,指定通过引用传递:.name %PATTERN字符串多字符通配符。 / 斜杠(47):除法算术运算符。...日期分隔符。 /* 斜杠星号:多行注释开始指示符。注释*/结尾。 : 冒号(58):主机变量指示符前缀::var。小时、分钟和秒时间分隔符。...:: 双冒号:在触发器代码中,这个双前缀表示该行开始标识符(::name)是主机变量,而不是标签行。 ; 分号(59):过程、方法、查询和触发器代码中SQL语句结尾分隔符。

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Python学习笔记:PEP8常用编程规

应该省去不必要空格a, b = b, a 3.切片中空格:切片冒号左右两边应该有相同空格,切片下标如果是数字变量,建议冒号两边不用空格,如果下标是多个变量表达式或者函数表达式,则建议冒号两边使用一个空格分隔...4.行尾空格:避免在行尾添加空格,比如在换行符反斜杠\后有空格的话,那这个反斜杠\就不是换行符了,因为行尾是空格而不是反斜杠\ 5.二元运算符:除了函数传参和函数指定默认等特殊情况外,应该总是在二元运算符两边添加一个空格...Python内部关键字冲突一种约定 6.双下划线开头:当在类中双下划线开头定义时,调用时候会在前面加上“_ClassName”,如调用类A中属性__a时,__a就变成了_A__a,这样子类就不可以随便调用这个属性了...import *”xxx模块中全局变量应该使用单下划线开头防止内部接口或变量对外暴露 15.实例变量:非公有方法和实例变量使用单下划线开头(“protected”),双下划线开头会触发Python...“空”判断:对于空字符串、空列表、空字典等判断,直接使用本身来进行布尔判断,如空字符串使用if str1: pass,而不是if str1 == '': pass

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Python数字和字符串学习笔记

'.partition('://') ('http', '://', 'www.baidu.com') 字符串其他方法 join():特定分隔符将字符串分隔 >>> str='asdfg' >>>...str.format()方法中存在本质上是元组数据类型,元组中包含每个单独都可以通过索引号调用,索引号索引号0开头。...• 使用列表作为参数,并且通过下标索引来访问其元素(跟上 一例类似) • 使用字典作为参数,并且通过键来访问其 • 使用模块作为参数,并且通过名字来访问其变量及函数 • 使用类实例作为参数,...' 使用f-strings方法进行格式化 f-strings也称为“格式化字符串文字”,f字符串是f在开头有一个字符串文字,其中 {} 包含表达式会进行替换。...其中 {} 包含表达式会进行替换。 特点 代码简洁,没有多余引号 括号{}里面的变量,可以是字符串类型,也可以是整型、浮点型,或者是复杂类型,比如数组、词典等,会自动转换成成字符串形式。

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