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「R」cowplot(一)介绍

注意如果你既想用ggplot2的默认主题又想使用cowplot包,简单的添加 theme_gray()到你的图形上或者使用theme_set(theme_gray())为所有的子设置该主题。...plot_grid()函数与save_plot()函数组合使用效果是非常好的。...尽管如此,到目前我们讨论到的最重要的部分是主都在其他元素下面。有时候你可能想要顶层的图形,例如你首先通过无参数的ggdraw()生成一个空白画板,然后使用draw_plot()画图。...draw_plot()函数也可以让我们将图形以任意的大小放在画板的任意位置。这在组合子是是非常有用的,比如将一个小插入大的图形中。...我们还可以使用draw_image()将图形和图片整合起来。这个函数需要安装 magick包,该包可以将不同格式的图形与ggplot2整合。

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ggplot2|详解八大基本绘图要素

1 颜色标尺设置(color fill) 1.1 颜色标尺“第二个”单词选择方法 颜色的函数名第二个单词有color和fill两个,对应分组使用的颜色函数即可。...比如柱状fill是柱子的填充颜色,这时就使用scale_fill系列函数来更改颜色。 比如点使用color分组,则使用scale_color_系列函数来更改颜色。...通过改变色相(hue)饱和度(chroma)亮度(luminosity)来调整颜色 brewer 使用ColorBrewer的颜色 grey 使用不同程度的灰色 2)连续型:颜色变量是连续变量的时候使用...grey 使用不同程度的灰色 #通过start end 两个参数指定,0为黑,1为白,都在0-1范围内 p + scale_fill_grey() # 左图 #设定灰度范围 p + scale_fill_grey...八 分面(Facet) 分面设置在ggplot2应该也是要经常用到的一项画图内容,在数据对比以及分类显示上有着极为重要的作用, facet_wrap 和 facet_grid是两个经常要用到的分面函数

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2023.4生信马拉松day6-绘图

里的一个函数)、eoffice-topptx(把图片导成ppt)、经典三段论2.基础包-(1)高级绘图函数画完整的用的,可以单独运行;-(2)低级绘图函数用于给图片添加点/线/标注;不能单独运行;plot...b, color = change))# 2.尝试修改点的颜色为 暗绿色(darkgreen)、灰色、红色ggplot(data = test)+...,一个箱线图也是一个几何对象,一个线图+其阴影也是一个几何对象;即一个函数画出来的所有东西是一个几何对象;不同的几何对象可以叠加;#直接叠加——局部设置(仅对当前图层有效),较为啰嗦;ggplot(data...后+theme=classic可以去掉背景的灰色和格子,达到ggpur的主题效果;#要把ggplot2的图例从右边挪到头顶改怎么办?...【一个patchwork的使用教程】patchwork特点:支持p1+p1直接拼图,比任何包都简单;复杂的布局代码易读性强;可以给子添加标记,如ABCD,I II III IV;可以统一修改所有子

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Jelys Note之生信入门class6

()多种图形、Hist()频率直方图· 低级绘图函数:必须有现成的,不可能直接传递数据出,只是往上面添加东西。..., labels = 'hello')横坐标为6.5,纵坐标为4,的点命名为hello图片【提示:dev.off()  #关闭画板】(2)ggplot2【非常完善且好用】【灰色背景的,就是ggplot2...趋势线图、几何!在点图上叠加!用加号叠加函数!...10统计变化:Diamond是内置数据,---用柱状统计一列有多少取值,出现多少次可用table统计1)如果要画出柱状:有两个函数可以使用View(diamonds)table(diamonds$cut...(mapping = aes(x = cut))2)使用使用表中数据直接作图,而不统计【已经有x、y,不统计,数据直接做】fre = as.data.frame(table(diamonds$cut

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R4R语言作图

中坚力量,语法有个性,theme_bw()+#把灰色主题背景去掉,theme_classic()#只留下横纵坐标library(ggplot2)ggplot(data = iris)+ geom_point...ggplot2多,但会好看点,没有灰色背景,只留横纵坐标,不能满足所有需求,新手友好型 ggplot2简化和美化 褒贬不一library(ggpubr)ggscatter(iris,...,但图上展示只有十几个点,应加个x轴抖动+geom_jitter()函数#5.统计变换-柱状View(diamonds)#diamonds内置数据table(diamonds$cut)ggplot(data...(mapping = aes(x = cut))#统计变量函数#统计变换使用场景#5.1.不统计,数据直接做fre = as.data.frame(table(diamonds$cut))freggplot...= Species))+#小提琴,这里在映射,所以不能直接写fill = Species,要写映射函数mapping = aes() geom_boxplot()+ geom_jitter(aes

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了解绘制条形和折线图的细节

))+geom_col() *默认情况下,颜色为深灰色且条形没有边框线,可以通过fill调整条形的填充色,使用colour参数为条形添加边框线,注意是英式拼写colour。...A:使用geom_bar()函数,并映射一个变量给fill参数(注意和簇状条形的区别,这里不能设置position='dodge') cabbage_exp Cultivar Date Weight...A:使用geom_col(position='fill')实现 #1.绘制百分比堆积 ggplot(cabbage_exp,aes(x=Date,y=Weight,fill=Cultivar))+...))+geom_col()+ geom_text(aes(label=Weight),vjust=-0.2) #使用geom_bar函数添加条形然后使用geom_text()计数 ggplot(mtcars...='white') #美化图形 #使用size控制标签字号,paste函数后面添加kg结尾,format()保留两位小数 ggplot(ce,aes(x=Date,y=Weight,fill=Cultivar

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R语言之可视化②点

第三步:在点图上添加摘要统计信息,使用函数stat_summary()可用于向点图中添加均值/中值点等。...第六步:添加平均值和标准差,使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中,使用参数mult(mult = 1)指定常量。...第七步:按组更改点颜色,在下面的R代码中,点的填充颜色由剂量水平自动控制: # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len...也可以使用以下功能手动更改点颜色: scale_fill_manual():使用自定义颜色 scale_fill_brewer():使用RColorBrewer包中的调色板 scale_fill_grey...():使用灰色调色板 # Use custom color palettes p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))

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R-ggplot2 学术箱线图制作

引言 之前有和群里的小伙伴讨论说"将之前Python-matplotlib 绘制的用R-ggplot2重新绘制",也得到很多小伙伴的响应 ? ? 。...R-ggplot2 绘制 (1)数据预览 由于数据和之前的数据一样,且ggplot2 对绘图数据也是有一定要求,现给出数据如下(部分): ?...ggplot2 自身带有多个优秀的 主题风格(theme),下面我们结合主题并设置自定义较利于出版的灰色系颜色,代码如下: plot <- ggplot(data = box_data,aes(x...使用 theme_classic() 主题,效果如下: ? 更多主题设置,大家可以查看官网哦 。(以自己经验来说,还是直接查官网 或者 Google) 03....总结 R-ggplot2 绘制箱线图还是十分简单的,不仅拥有丰富 的图表元素设置函数、主题以及额外的第三方绘图包。当然,对绘图数据的要求也比较严格。大家觉得和Python 绘制 有什么不同呢?

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(数据科学学习手札37)ggplot2基本绘图语法介绍

一、简介   ggplot2是R语言中四大著名绘图框架之一,且因为其极高的参数设置自由度和图像的美学感,即使其绘图速度不是很快,但丝毫不影响其成为R中最受欢迎的绘图框架;ggplot2的作者是现任Rstudio...,在刚开始上手的时候可能稍有难度(而且官网的帮助内容比较不友好),而本文也是我在日常使用和与别人交流中摸索和总结出来的,将对ggplot2的绘图语法和绘图部件进行介绍,并附以常用的一些图形示例;   下面我们就来探索...=c('point','path')) 2.2.9 分面   有时候,我们希望绘制的不是同样样式的不同分组图像在一幅图上反复绘制的情况,,而是希望根据分组产生一页多的形式,通过设置参数facets=...,但仅使用了qplot()进行绘图,其局限性是只能使用在qplot()中定义的一个数据集和对应的一组图形属性映射,若希望将不同的数据通过不同的图层构建方式来展现在一张图上,就需要使用ggplot()函数...qplot非常相似,只需要将图形属性和变量名放到函数aes()内即可,但要注意,这里不像qplot默认的图层为散点图,使用ggplot时如果不+geom_部分,则没有图层会被创建,例如: library

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Day6 画图

作图base(plot函数)ggplot2ggpubr拼图:patchwork导出经典三段论ggsaveeoffice-topptx基础包-绘图函数低级绘图函数不能单独运行,必须依托高级绘图函数,可以对画出来的添加细节...属性设置(颜色、大小、透明度、点的形状、线型等)2.1 手动设置2.2 映射:按照数据框的某一列来定义的某个属性映射与手动设置的比较 映射:根据数据的某一列的内容分配颜色 手动设置:把图形设置为一个或...color = Species))+scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))#使用配色包配色..., color = Species))+ scale_color_brewer(palette = "Set1")Q2区分color和fill两个属性...geom_boxplot()+ #geom_point(position = "jitter") geom_jitter()2.5 坐标系coord_flip()翻转坐标系2.6 主题 theme_bw()改主题,去掉灰色的格子图层叠放顺序

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ggcor |相关系数矩阵可视化

ggcor()本质上是调用了ggplot()来初始化,然后根据相关系数样式添加了一些辅助的图层。 x、y、mapping、is.cor、show.diag和...参数均和数据预处理和映射相关。...()的颜色映射函数使用scale_fill_gradient2n()。...ggcor()初始化之后,本质上返回的是ggplot对象,若是想改变默认设置,可以按照ggplot2的相应的函数和设置方法去调整。...尽管如此,对于新手,我还是建议调用ggcor()来进行初始化,若自己去研究各种图层函数,折腾很多细节,一天也难得出一幅,对于心里的打击比较大。看几个初始化之后的效果。...相关性网络 这块内容不会整合在ggcor包里面,但是利用ggcor里面的函数很容易导出相关性分析数据供其它函数使用

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【数据分析 R语言实战】学习笔记 第四章 数据的图形描述 (下)

使用qplot()对变量carat画出更美观的直方图: > qplot(carat,data=diamonds,geom="histogram",binwidth=.1,xlim=c(0,3),fill...4.6.2分图层绘图 (1)数据和映射 ggplot(data,mapping=aes(x,y, )) 其中,data指定数据集:参数mapping用于构建映射,通常使用函数...进行数据映射时,函数aes()可用于设置图形样式,通过参数color,shape和size分别设置点的颜色、形状和大小按哪些向量分类,通过这些参数,即使一个简单的散点图也可以传递大量信息。...使用标度类的函数,相当于添加一个新的图层,因此仍然用“+”连接函数,除了基本图层ggplot()其他图层的设置都可以应用于函数qplot() 设置坐标轴样式的标度函数一般以“scale x"开头 ?...4.7图形保存 完成绘图后,最后一步是按照指定文件格式、属性保存和导出图形,以备以后使用。R绘制好的可以保存成多种格式,对应的生成函数名即它的扩展名。

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生信技能树 Day6 R语言作图入门

中坚力量,语法有个性,扩展性强,推荐使用library(ggplot2)ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,...几何对象# geom_开头的函数是画图函数,画出的是一个几何对象,一个图层,图层可以叠加#局部设置和全局设置## 局部设置ggplot(data = iris) + geom_smooth(mapping...()# 发现点的所有点都在一条竖线上,存在很多重叠的点,失真## 抖动的点ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,...fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()+ theme_bw() ## 改主题,去掉灰色格子 theme_函数ggplot2语法好用的学习绘图网站...#2.ggplot系列(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsavep <- ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length

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