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跟着Nature Genetics学作图:使用ggarrange函数对ggplot2的多个图进行组合

今天的推文重复一下论文中的Figure1,涉及到5个图,分别是折线图,韦恩图,散点图,频率分布直方图,最后一个知识点是如何将这5个图组合到一起 image.png 首先是定义作图主题的内容 library(ggplot2...- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet = "1a") df.peer_highlight <- df.peer[c(9,21),] p1 <- ggplot...=18) + My_Theme + labs(y = "# significant SOMAmers ", x="# PEER factors", title= NULL) + scale_colour_manual...My_Theme+ facet_wrap(~Race, ncol=2)+ labs(x="MAF(1-MAF)", y = "Effect size", title = NULL)+ scale_colour_manual...My_Theme+ facet_wrap(~Race, ncol=2)+ labs(x="Distance to TSS", y = "Effect size", title = NULL)+ scale_colour_manual

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R函数,如何“抄”出水平

这是一个很好的问题,这里我解答一下。原因有两个 要想直接用gdcVolcanoPlot这个函数,首先你必须在你的R环境里安装GDCRNATools这个包,因为这个函数是这个包里面的。...小编在使用的时候,发现了一些小问题。今天小编就会给大家展示一下,如何站在巨人的肩膀上看(niao)的更远。即使是“抄”也要“抄”出水平来。...alpha = 1, size = 0.8) + xlab("log2(Fold Change)") + ylab("-log10(FDR)") + scale_colour_manual...我们还是用前面定义的gdcVolcanoPlot来画miRNA的火山图 gdcVolcanoPlot(DEGMIR) 我们会得到下面这张火山图,初略看上去也没啥问题。...1, size = dotsize) + xlab("log2(Fold Change)") + ylab("-log10(FDR)") + scale_colour_manual

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ggplot2包图形参数(坐标轴、分面、配色)整理

目前R主要支持四套图形系统:基础图形(base)、网格图形(grid)、lattice图形和ggplot2。其中ggplot2凭借强大的语法特性和优雅的图形外观,逐渐成为R中数据可视化的主流选择。...《R数据可视化手册》重点讲解R的绘图系统,指导读者通过绘图系统实现数据可视化,主要侧重于解决具体问题,是R数据可视化的实战秘籍。...书中绝大多数的绘图案例都是以强大、灵活制图而著称的R包ggplot2实现的,充分展现了ggplot2生动、翔实的一面。...本文根据《R数据可视化手册》整理ggplot2包的图形参数(图形外观、注解、图例、坐标轴、分面、配色)。...scale_colour_manual(values=c("red", "blue")) scale_colour_manual(values=c("#CC6666", "#7777DD")) 参数values

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gganimate动画GIF | 让你的图形跳动起来!!!

随着互联网+和大数据科技的发展,VFX可视化和数据可视化越来越受到人们的喜爱,在R语言中,绘制GIF动图主要是在gganimate包中运行,制作视频主要是在av包,gganimate是图形语法的扩展,由ggplot2...包实现,它增加了对使用ggplot2用户熟悉的API声明动画的支持 01 加载包 library(av) library(ggplot2) library(gganimate) library(tidyverse...#绘图 ggplot(gapminder,aes(gdpPercap,lifeExp,size=pop,colour=country))+geom_point(alpha=0.7,show.legend...=FALSE)+scale_colour_manual(values=country_colors)+scale_size(range=c(2,12))+scale_x_log10()+facet_wrap...gganimate通过为每个帧提供一组变量来解决这个问题,这些变量可以使用glue语法插入到plot标签中。 Enter and Exit:输入Enter和exit函数。

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可视化中你最常用的软件包有哪些?

知乎看到这样一个问题,不请自来回答一下,也算对这段时间可视化推文的一个总结吧。 看到很多答主都给出了全面的回答,包括数据处理,统计建模等方面。...弥补了R中创建图形缺乏一致性的缺点,且不会局限于一些已经定义好的统计图形,可以根据需要创造出任何有助于解决所遇到问题的图形。...ggplot2拓展包 除此之外,正是因为大佬的ggplot包,延伸出了很多基于ggplot的拓展包,官网一共汇总了ggplot82种拓展包[2]。 ?...colour = country)) + geom_point(alpha = 0.7, show.legend = FALSE) + scale_colour_manual(values =...ggrepel[7] grepel为ggplot2提供了几何图形来解决文本标签重叠的问题

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R语言可视化——ggplot图表配色技巧

今天跟大家分享ggplot图表的配色原理与基本技巧。 图表配色是一个很深奥的话题,多亏了R语言平台的众多开发者贡献的配色包,让图表的配色不再深不可测。...这里我暂且将所有的配色场景划分为两类: 离散变量配色与连续变量配色 ggplot函数的配色机制相对来说比较智能,当你给colour或者fill属性指定给变量映射的时候,该函数就会自动的区分变量属性...ggplot(diamonds,aes(carat,price,colour=cut))+geom_point() ggplot(diamonds,aes(carat,price,colour...(diamonds,aes(carat,price,colour=cut))+geom_point()+scale_colour_manual(values=c("#84CEFC","#ACDAE4",...()+scale_colour_gradient(low="white",high="Blue") 三色渐变: ggplot(diamonds,aes(carat,price,colour

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