本文将给大家介绍一个ggplot2灰常牛X的可视化扩展包，我将该包主页的包用法介绍整理成中文，分享给大家。 包名叫geofacet，有经验的charter大概能猜出来个大概，没错该包是关于可视化数据中的地理信息，以及维度分面。 作者命名非常讲究，将该包的两个主要核心功能进行组合命名。 地理信息可视化分面，这么吊的包你肯定是第一次看到吧（其实之前介绍过一些地图上的mini 柱形图、饼图等都算这一类），但是这里的分面功能做的更加彻底，作者还是遵循惯例，将这种基于地理信息分面的可视化功能对接了ggplot2,并
因为之前自己已经学习过R语言基础的一些内容，包括：数据类型与数据结构、函数与R包、R语言作图基础等，今天的学习内容主要是《R数据科学》这本书的第一章——使用ggplot2进行数据可视化。
ggplot2可以用来创建优雅的图形，由于它的灵活，简洁和一致的接口，可以提供美丽、可直接用来发表的图形，吸引了许多用户，特别是科研领域的用户。ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数，并将其延伸为图形语法，即独立指定绘图组件，并将它们组合起来，以构建我们想要的任何图形显示。图形语法包含6个主要成分：data, transformations, element, scales, guide和 coordinate system。图层图形语法源于多层数据构建图形的想法。它定义了下表中的图形组分：data, aesthetic mappings, statistical transformations, geometric objects, position adjustment, scales, coordinate system 和 faceting（数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整、比例、坐标和面）。数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整形成一个图层，一个图可以有多个图层。
在知乎看到问题 为什么植物基因组比动物基因组大（为什么植物基因组似乎比脊椎动物拥有更多的基因？）？ 印象里好像也不一定，因为拟南芥的基因组也才100多M，自己之前也看到过有些鱼的基因组也可以达到1G的级别。所以到NCBI网站上查了一下，找到了459个陆生植物（land Plants）植物的基因组信息，264个鱼（Fishes）418个昆虫（insects），377个哺乳动物（Mammals）的基因组信息。
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。
这一个部分一共三篇，学会了基本上你的ggplot 就达到ggplot 界小学二年级的水平了吧~
在美学映射那一节中，当我们需要把大于两个变量映射到图形中时，x轴和y轴就已经不够用了，需要通过形状和颜色等可区分的形式来代表新增的变量，但是一味的在一张图中增加多种映射会导致图上的信息密度过高，可读性差，这时分面的作用就体现出来了。
ggplot2是《The Grammar of Graphics》/《图形的语法》中提出了一套图形语法，将图形元素抽象成可以自由组合的要素，类似Photoshop中的图层累加，ggplot2将指定的元素/映射关系逐层叠加，最终形成所图形。更加深入学习ggplot2，请参考《ggplot2: 数据分析与图形艺术》。
R具有强大的统计计算功能和便捷的数据可视化系统。目前R主要支持四套图形系统：基础图形（base）、网格图形（grid）、lattice图形和ggplot2。其中ggplot2凭借强大的语法特性和优雅的图形外观，逐渐成为R中数据可视化的主流选择。
双变量数据可视化可能对于我们比较简单， 但是如果变量是三个或者更多，怎么在一幅图一起显示呢？今天我们就来讨论这个问题，解决方案有两种。
四种常见的作图系统中，ggplot2包基于一种全面的图形“语法”，提供了一种全新的图形创建方法。这个包极大地扩展了R绘图的范畴，提高了图形的质量。它通过全面一致的语法帮助我们将多变量的数据集进行可视化，并且很容易生成R自带图形难以生成的图形。
R有几种不同的系统用来产生图形，但ggplot2是最优雅而多变的那一种。ggplot2实现了图形语法，一种描述和构建图形的逻辑系统。通过ggplo2，我们能够快速学习，多处应用。
参见：https://www.cedricscherer.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r/#prep（挑选的翻译了全文，并结合了一些自己的经验）
哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭? 这份思维导图可以
添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图，每个子图显示一个数据子集。要通过单个变量来划分您的绘图，请使用facet_wrap（）。 facet_wrap（）的第一个参数应该是一个公式，你用〜后跟一个变量名创建（这里“formula”是R中数据结构的名称，而不是“equation”的同义词）。 传递给facet_wrap（）的变量应该是离散的。
ggeconodist是开发者受Economist杂志独特风格的启发，开发的一款与普通绘制的箱型图不同风格的R包。
主要内容是探索了NBA 14/15赛季常规赛MVP排行榜前四名 库里 哈登 詹姆斯 威少的投篮数据。今天重复第一个内容：用R语言的ggplot2画山脊图展示以上四人的投篮出手距离的分布。
考虑到公众号后台数不胜数的提问其实并不是生物学知识或者数据处理知识的困惑，仅仅是绘图小技巧以及数据转换的困难。所以我们一再强调系统性掌握编程知识的重要性，在这个打基础方面我让实习生“身先士卒”，起码每个人在每个编程语言上面都需要看至少五本书而且每本书都需要看五遍以上，并且详细的记录笔记。
今天跟大家分享如何在R语言中利用ggplot函数制作箱线图及其美化。 箱线图也是经常会用到的用于呈现数据分布形态的重要的图表类型。 还是以ggplot2包内置的数据集为例进行案例演示： ggplot(
<GEOM_FUNCTION>(mapping =aes(<MAPPINGS>))
李誉辉，四川大学硕士在读，研究数据分析与可视化，以及网络爬虫。誉辉兄最近出的文章都是很系统的，从R ggplot2的基础讲解到三维数据可视化plot3D，文章都整理讲解得很全面系统，我本人也是很喜欢这样的文章，故而推荐给大家。
一般分页绘图可以用par(nfrow())，但是这一方法在ggplot2中并不适用，ggplot2使用facet把数据按分类进行画图。
今天就说下ggplot在绘制多图时候的一些骚操作。R里面的ggplot绘图很强大，有时候一张图可能满足不了我们的需求，需要分组展示，同时放在同一个Panel内。这时候ggplot里面的(facet_wrap() and facet_grid())[https://www.r-graph-gallery.com/ggplot2-package.html]就提供了极大的便利。 本文主要介绍：
画图的思维：1.我的数据适合什么样的图？2.搜画图代码 3.仿制示例数据 4.套代码，调细节
ps：高级绘图函数是指可以绘制出一张图，而低价绘图函数是指在图中添加的“零部件”，低级绘图函数必须在高级绘图函数的基础上才能绘制，二者都是base包的内容
ggplot2的默认分面功能功能不够强大，支持的自定义参数也比较少，今天介绍的这个包可以对分面进行超多改头换面的操作！
这篇论文的数据和代码是公开的，链接是 https://github.com/CPop-SDU/sex-gap-e0-pnas，我们按照他提供的代码和数据试着复原一下论文里的图。今天的推文重复的内容是论文中的Figure1A
cowplot包是ggplot2的简单附加组件。 它旨在为ggplot2提供一个出版物就绪的主题，这个主题需要最少量的轴标签尺寸，情节背景等。对'ggplot2'库的一些有用的扩展和修改。 特别是，这个软件包可以很容易地将多个'ggplot2'图组合成一个并用字母标记它们，例如 A，B，C等，这是科学出版物经常需要的。 该软件包还提供了一个流线型和干净的主题，用于Wilke实验室，因此包名称代表Claus O. Wilke的绘图库。
excel作为一个强大的统计工具，自身包含着一部分数据可视化的功能。R作为可视化的大势，自然也可以画出这些图，有一篇就通过ggplot2包进行了部分总结，甚是有趣，小编复刻学习了一番，现对代码做简单注释，以作分享。
差异分析可视化 rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step4output.Rdata") # 火山图 library(dplyr) library(ggplot2) dat = distinct(deg,symbol,.keep_all = T) p <- ggplot(data = dat, aes(x = logFC, y = -log10(P.Va
【1.当不确定自己输入的代码是否正确时，可以用attach（）括号内填入你想使用的数据，这样当你想用a数据里面的某列名字时，可以直接用Tab打出他的名字并且不会出错
今天仍然是一篇介绍关于ggplot2高维分面的教程，为什么要单独把这一块内容写这么多篇呢，因为很重要，而且很难搞定呀，高维分面是否能够熟练掌握将决定着你对ggplot2的理解甚至对于整个高维数据可视化的理解是否能够进阶。 其实ggplot2系统内的分面函数只有简单的一个facet_grid()，但是恰恰就是这么一个不很起眼，甚至看起来有些特立独行的分面函数，却给高维数据可视化带来了革命性的变化，有了它，所有基于ggplot2的可视化图形都能够扩展呈现 维度，从第三维、第四维、第五维（理论上来说）。 还是再强
在对我们的(R语言可视化课程)的学员进行统计想要绘制的图表类型时，也是我们接下里要免费新增的内容。很多同学都提到了下面这个地图类型的绘制方法：
单细胞韧皮部研究代码解析1-QC_filtering.R:https://cloud.tencent.com/developer/article/2256814?areaSource=&traceId
这里要分享一页多图其实就是指，在做了很多图的情况下，如何将诸多图表合理的布局在一张大的版面上，而不是一幅一幅的导出最后在其他软件中手动拼凑。这个技能在制作多图仪表盘场景下，将会特别有用。还需要强调下这里所指的一页多图与我们之前介绍过的分面可是大有不同，分面其实是一幅图表中，将分类变量所构成的分类图表分图呈现，但是本质上所有分面内的单个图表共享标题、图例、坐标轴刻度（虽然可以手动定义）。也就是说分面的图表类型与诸多元素都是一样的，但是分面解决不了不同图表的排版布局问题：比如单独绘制而成的一幅散点图、柱形图和一幅饼图，分面将无能为力。
英国广播公司（British Broadcasting Corporation；BBC）是全球最大的新闻媒体，其中各类新闻稿件采用的统计图表能很好地传达信息。为了方便清洗可重复数据和绘制图表，BBC数据团队用R对数据进行处理和可视化，经年累月下于去年整理绘图经验并开发了R包-bbplot，帮助我们画出和BBC新闻中一样好看的图形。
ggplot2 包提供了一个基于全面而连贯的语法的绘图系统。它弥补了 R 中创建图形缺乏一致性的缺点，使得用户可以创建有创新性的、新颖的图形类型。ggplot2 是 R 语言绘图一个重要特性和优势。通过 ggplot2，只需少量的代码，就可以绘制出高质量的图形，满足出版需要。ggplot2 语法简介，逻辑清晰，功能强大，可以快速上手。在 R 语言中自成一派，目前也有越来越多的绘图包基于 ggplot2 进行二次开发，一般都是以“gg”开头，例如 ggpubr，ggtree，ggvis，ggtree，ggstatsplot 等。
group1 = rep(gl(2, 5, labels = c("a", "b")), 2),
今天分享R语言中的柱形图，所有图表语法都基于ggplot2包中的ggplot函数完成 。 其实R语言本身就带有各种作图函数，比如plot、bar、pie等，而且语法非常简单明了，为什么还要用ggplot2这种语法独立性很强、自成体系的作图包来作图呢？ 一个例子就能感受到： plot(mpg$cty,mpg$hwy)#R语言内置散点图函数（无需加载任何辅助工具包） ggplot(mpg,aes(cty, hwy)) + geom_point(colour="steelblue")+labs(x = "City
要说ggplot2中那些使用不多但是却功能强大的图层函数，我首先想到的就是geom_rect、geom_linerange、geom_segment、geom_ploygon。
前面分别介绍过了单细胞常见的可视化方式DimPlot，FeaturePlot ，DotPlot ，VlnPlot 和 DoHeatmap的优化方式
如前文所述，ggplot2使用图层将各种图形元素逐步添加组合，从而形成最终结果。第一层必须是原始数据层，其中data参数控制数据来源，注意数据形式只能是数据框格式。aes参数控制了对哪些变量进行图形映射，以及映射方式，aes是Aesthetic的缩写。 下面我们来绘制一个直方图作为示例。数据集仍采取mpg，对hwy变量绘制直方图。首先加载了扩展包，然后用ggplot函数建立了第一层，hwy 数据映射到X轴上；使用+号增加了第二层，即直方图对象层。此时p被视为一种层对象，使用su
今日心血来潮，看到一幅制作精良的图表，就想使用ggplot2代码实现，虽然不知道该怎么称呼这个图表，但是能顺利做出来也是很有成就感的！ 加载数据包 library("ggplot2") library("grid") library("showtext") library("Cairo") font.add("myfont","msyh.ttc") 构造图形数据源 mydata<-data.frame( id=1:13, class=rep_len(1:4, length=13), Label=c("Eve
图片 图片 常用可视化R包 作图 base ggplot2（特殊语法：列名不带引号，行末写加号） 图片 颜色：color 大小：size 形状：shape 图片 透明度：alpha 填充颜色：fill（既有边框又有内心的，才需要color和fill两个参数） 映射和手动设置的区别 图片 自行指定映射的具体颜色 ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Pe
---title: "class6.1"author: "xiaowang"date: "2023-04-18"output: html_document---R语言作图与绘图相关的R包的安装options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#R包的安装if(!require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F)if(!require(ggpubr)
这里数据虽然已经没有了缺失值，但每一行数据的含义却发生了变化。原始数据中产品T01在20160303这天并没有测试，所以这一天的值应该被解释为在此之前的最后一次quality的测试值。另一个问题是两种产品都是按月测试的，但重塑后的数据框没有以固定的频率对其date。
今天只给大家讲一个知识点，是属于ggplot2高阶用法中的分面与多图层关系如何对应，这个用法之前困扰我很久，也是最近帮朋友做东西才发现这个漏洞，于是感觉分享给大家。 ggplot2的多维分面系统非常完美，可以让我们非常方便的将一个多维度的复杂图形按照某个维度的类别进行矩阵化，使得单个类别的信息更加清晰明了，数据呈现直观易懂。 通常我们可以通过如下步骤做出一个基于地理位置的分面图来。 library(ggplot2) library(plyr) library(maptool
ggside有点类似于ggExtra，是用来添加边际图形的，但是比ggExtra更加灵活。可以添加非常多的类型，在语法上也更加靠近ggplot2的写法。
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