生信技能树-数据挖掘课程笔记 作图软件 base ggplot2 pheatmap ggvenn 拼图软件 patchwork 图片导出 经典三段函数 ggsave eoffice topptx base...作图 ggplot2是与base r语言不同的作图语法，最少元素包括：指定数据、美学映射、几何对象 ggplot2 基本元素 数据：作图的原始数据 ggplot(data = ) 几何对象...：数据作图的图形方式 geom_() 美学映射：图形的位置、颜色、大小、形状等 aes() 刻度：数据与美学映射的关系 scale() 统计转换：数据的统计作图 stat() 坐标系统：数据的坐标转换...#透明度 shape = 24) #形状 输出结果： ase() 常用属性： 属性 参数 颜色 color 大小 size 形状 shape 透明度 alpha 填充颜色...fill 点的形状与编号： 21-25分为边框与填充的颜色，参数color仅能控制边框的颜色，需设置参数fill的颜色 color() 可使用十六进制颜色代码 # 刻度函数可指定各自的颜色、大小等参数
同时也是一个 R 包 ggplot2 的简介 pip 安装 ggplot2 是数据可视化的重要程序包，用于绘制各种高级统计图形。...ggplot2 命令的基本组成 具体来讲，在 ggplot2 程序包中，每一副图都是由若干组件组成的，这些组件包括： data: 数据，必须为 data.frame。...aesthetics: 图形的美学特征，如颜色、形状、透明度、大小、分组等。 scales: 坐标轴的属性 stats: 统计变换。用于设定数据要进行的统计转换，例如平均值、中位数、记录数等。...完整的 ggplot2 绘图命令， 总是以 ggplot() 开始。 ggplot() 及其参数奠定整个 ggplot2 图形的基础，最重要的两个参数为 data 和 mapping。...identity'是指不进行统计变换即hwy就是纵 #坐标值因为displ出现众多的重复值，所以分组更多，纵坐标值不断累加 #width为组距，fill为填充色 print(p) ?
为了严格实现图形语法，ggplot2提供了一种非常直观和一致的方式来绘制数据。ggplot2的绘图方法不仅确保每个绘图包含特定的基本元素，而且在很大程度上简化了代码的可读性。...让我们从构建一个非常简单的绘图开始，只使用三个必需的组件：数据、美学和几何对象。 ? 如您所见，语法与ggplot2非常相似。首先，我们指定数据源。在我们的例子中，我们使用的数据是经典的MPG数据集。...mpg) # defining what data to use 9 + aes(x='class') # defining what variable to use 10 + geom_bar...1(ggplot(mpg) 2 + aes(x='class') 3 + geom_bar(size=20) 4 + coord_flip() # flipping the x- and...如果你想可视化三个变量之间的关系，您可以将美学添加到另一个二维图中： 1(ggplot(mpg) 2 + aes(x='displ', y='hwy', color='class') 3 + geom_point
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何使用ggpattern包自定义图案来进行阴影填充。整个过程仅参考，希望对各位观众老爷能有所帮助。...country,year,lifeExp,continent) %>% mutate(paired = rep(1:(n()/3), each=3), year=factor(year)) 定义填充函数...# 自定义一个图案填充函数，用于在ggpattern中使用 tiling3_pattern <- function(params, boundary_df, aspect_ratio, legend...width=0.2, size=0.35) + # 绘制箱线图的下边缘 geom_boxplot_pattern(aes(pattern_type=year, fill=year), # 应用图案填充
本节仅从主题调整系统来浅析ggplot2是如何实现脱离数据层面的信息，单独实现主题调整系统的。...theme_update()函数是一种增量更新，也即在默认主题的基础上，对比与theme_update()函数内部各个主题参数之间的差异，有差异的以新增的为主，无差异的则保持不变。...theme_update() 等价于 theme_gray() + theme()，theme()函数内部的参数会替换theme_gray()内部的同名参数，未声明的则保持不变。...这些参数在ggplot2的官方文档上都写的清清楚楚、明明白白。...除了主题元素调整 函数之外，第三块内容当然就是这些主题元素调整函数内部的元素参数啦~ 这些元素参数都是高度抽象化、统一化的，也意味着很多都是通用的，与美学映射内的参数看齐的。
按照ggplot2的绘图理念，Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象)。...#以透明度（clarity）变量为例，且按照不同的切工填充颜色，柱子的高度即为此分类下的数目。...ggplot(diamond)+geom_bar(aes(x=clarity, fill=cut)) ? 注：ggplot2会通过x变量自动计算各个分类的数目。...#按切工(cut)分类，对价格(price)变量画箱式图，再按照color变量分别填充颜色。...ggplot2的图层设置函数对映射的数据类型是有较严格要求的，比如geom_point和geom_line函数要求x映射的数据类型为数值向量，而geom_bar函数要使用因子型数据。
一个有效的图形应具备以下特点： 能正确传递信息，而不会产生歧义； 样式简单，但是易于理解； 添加的图形美学应辅助理解信息； 图形上不应出现冗余无用的信息。...大类型图形可视化——分布 常用 7 大类型图形可视化——排序关系图形 可视化系列汇总——相关关系图形 常用 7 大类型图形可视化——偏差关系图形 每类制作成一篇推文，主要参考资料为：Top 50 ggplot2...colnames(df) <- c("class", "freq") pie <- ggplot(df, aes(x = "", y=freq, fill = factor(class))) + geom_bar...) theme_set(theme_classic()) # Plot g <- ggplot(df, aes(Var1, Freq)) g + geom_bar(stat="identity", width...65, vjust=0.6)) 条形图 # From on a categorical column variable g <- ggplot(mpg, aes(manufacturer)) g + geom_bar
6月份一直在忙期末考试，今天来迅速的学习下ggplot2包的简单绘图。...=sex)+geom_point() UG.c=transform(UG,income=income*1.5)#将收入放大1.5倍，其他不变 p %+%UG.c 二、映射 aes()函数是ggplot2...3.分组 是ggplot2种映射关系的一种, 默认情况下ggplot2把所有观测点分为了一组, 如果需要把观测点按额外的离散变量进行分组处理, 必须修改默认的分组设置。...1.直方图 #直方图 ggplot(small.diamonds)+geom_histogram(aes(x=price)) 还可以按照不同的变量填充不同色，比如切工、钻石颜色 ggplot(small.diamonds...x=price,color=clarity))#color指定颜色 ggplot(small.diamonds)+geom_density(aes(x=price,fill=cut))#fill在下方填充
library(ggplot2) p <- ggplot(data = mtcars, mapping = aes(x = wt, y = mpg)) 在上面的命令里，aes 代表美学（aesthetics...函数 aes( ) 就像是 ggplot2 的大脑，负责美学设计，而众多的以 geom 开头的函数就像是 ggplot2 的双手，负责将这些美学设计呈现出来。...参数 fill 用于设置填充色。参数 color 用于设置矩形边框的颜色。我们还可以将直方图和密度曲线同时展示，如下图所示。...ggplot(Arthritis, aes(x = Treatment, fill = Improved)) + geom_bar(color = "black", position =...ggplot(Arthritis, aes(x = Treatment, fill = Improved)) + geom_bar(color = "black", position =
接下来开启ggplot2基础学习系列。第一步从复现文章开始。...其中柱状图就用geom_bar函数。除此之外，ggplot2提供了众多几何对象geom_xyz()供大家选择，完整的几何对象可以下载RStudio公司总结的ggplot2 cheetsheet。...geom_bar(width = 1, #geom_bar()函数绘制条形图,width：条形图的宽度 stat = "identity...geom_bar(width = 1, #geom_bar()函数绘制条形图,width：条形图的宽度 color = "white",...geom_bar(width = 1, #geom_bar()函数绘制条形图,width：条形图的宽度 stat = "identity
一、简介 ggplot2是R语言中四大著名绘图框架之一，且因为其极高的参数设置自由度和图像的美学感，即使其绘图速度不是很快，但丝毫不影响其成为R中最受欢迎的绘图框架；ggplot2的作者是现任Rstudio...，末尾的2是因为Hadley写包的一个习惯——对先前的版本不满意便写一个新版本的名称不变仅在末尾加上2，如reshape2等； 按照《图形的语法》一书中的观点，一张统计图形就是从数据到点、线或方块等几何对象的颜色...color, price/carat, data=data, geom='boxplot') 我们还可以通过传入参数colour来控制点与箱线边框的颜色、通过传入参数fill来控制箱线图填充的颜色...colour来绘制分组的多条密度直线图： qplot(carat, data=data, geom='density', colour=color) 传入fill来控制每个曲线下的填充颜色...theme(plot.title = element_text(hjust=0.5)) p p <- ggplot(data,aes(factor(am),fill=factor(cyl)))+ geom_bar
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝2月底ggplot2更新了最新版3.5，本节来介绍一下ggplot2 3.5版更新的内容之「填充渐变色」，更新最新版即可实现此操作，更多详细内容请参考作者官方文档。...") library(ggplot2) library(tidyverse) library(scales) 定义渐变颜色 ❝有linearGradient()、radialGradient()、pattern...grad_grouped <- linearGradient(colours, group = TRUE) ungroup <- ggplot(mpg, aes(factor(cyl))) + geom_bar...grad_ungroup) + labs(title = "Ungrouped gradient") grouped <- ggplot(mpg, aes(factor(cyl))) + geom_bar...repeat", gp = gpar(fill = "limegreen") ) ) ggplot(mpg, aes(factor(cyl), fill = factor(cyl))) + geom_bar
#geom_point()完成的就是几何对象的映射，ggplot2提供了各种几何对象映射，如geom_histogram用于直方图，geom_bar用于画柱状图，geom_boxplot用于画箱式图等等...数目在这里不用提供，因为ggplot2会通过x变量计算各个分类的数目。...#当然你想提供也是可以的，通过stat参数，可以让geom_bar按指定高度画图，比如以下代码： ggplot()+geom_bar(aes(x=c(LETTERS[1:3]),y=1:3), stat...我们可以用前面直方图的参数来画side-by-side的柱状图，填充颜色或者按比例画图，它们是高度一致的。...ggplot2提供了很多的geom_xxx函数，可以满足我们对各种图形绘制的需求。
❝VIP群里有观众老爷询问如何对箱线图进行几何形状填充，那么今天就来具体介绍一番；在原有的基础上做了一些小的改动也许恰好您正好有此特殊需求，需要着重体会八个字「变实为虚，变虚为实」，希望对各位观众老爷有所帮助...bonferroni") %>% add_significance(p.col = "p.adj") %>% add_xy_position(x = "year", dodge = 0.8) 构建填充类型
= 'hello')#添加文字高级包：ggplot2 中坚力量，语法有个性library(ggplot2)ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(...Species))加粗部分是可以改变的地方；iris是数据来源，x和y为行和列名；列名不带引号；行末写加号代表是一个整体的代码2.属性的设置：手动设置颜色 color大小：size形状：shape透明度填充颜色映射...geom_point()这个为全局设置：对所有图层有效5.统计变换-直方图View(diamonds)table(diamonds$cut)ggplot(data = diamonds) + geom_bar...(mapping = aes(x = cut))ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping = aes(x = cut))geom_bar函数：绘制柱状图...是默认的；使用场景：使用表中数据直接作图，而不统计fre = as.data.frame(table(diamonds$cut))freggplot(data = fre) + geom_bar(mapping
在R语言的ggplot2包中，读者可以借助于geom_bar函数轻松地绘制条形图。对于条形图大家对其的印象是什么呢？又见过哪些种类的条形图呢？在本篇文章我将带着各位网友说道说道有关条形图的哪些品种。...ggplot2的语法讲解 ---- 如果读者对R语言比较熟悉，一定听过或使用过ggplot2的绘图体系了。...mapping = aes()) data：指定绘图所需的原始数据，如果不指定，则必须在geom_*函数中指定； mapping：通过aes的方式指定图形的属性（如x轴的变量，y轴的变量，颜色变量、形状变量、填充色变量等...NULL, na.rm = FALSE,show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) mapping：通过aes的方式指定图形的属性（如轴信息、边框色、填充色等...单离散单数值变量的条形图 # 加载第三方包 library(ggplot2) library(gridExtra) # 已汇总数据--单离散变量条形图的绘制 df <- data.frame(Province
[,3],col = iris[,5]) text(6.5,4, labels = 'hello') dev.off() #关闭画板 #2.ggplot2 中坚力量，语法有个性 library(ggplot2...3.2.1手动设置，需要设置为有意义的值 图片 color 颜色，可以用RGB编码值的字符串 size 大小，只能用数字 shape 形状，数字编号 alpha 透明度，0<x<1的数字 fill 填充颜色...blue","grey","red")) #color中的映射有多少个取值，manual应该就有几个颜色取值 图片 图片 ## Q2 区分color和fill两个属性 ##color是颜色，fill是填充颜色...### Q2-1 空心形状和实心形状都用color设置颜色（形状中1-20都不需要填充颜色） ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length...color = Species), shape = 24, fill = "black") #24号，双色的例子，填充颜色为黑色
其实 ggplot2 并没有类似于 geom_pie() 这样的函数实现饼图的绘制，它是由 geom_bar() 柱状图经过 coord_polar() 极坐标弯曲从而得到的。...饼图中添加文字的位置控制 - 借助公式 绘制饼图的过程中，利用 ggplot2 的 geom_bar 结合 coord_polar 实现。...# Load ggplot2 library(ggplot2) # Create Data data <- data.frame(group=LETTERS[1:5], value=c(13,7,9,21,2...，这种非有序因子会基于字母顺序来默认其填充顺序。...参考资料 Daitoue，《饼图 pie - ggplot2》，OmicsClass Daitoue，《饼图中添加文字的位置控制-ggplot2（非公式）》，OmicsClass
图片 图片 常用可视化R包 作图 base ggplot2（特殊语法：列名不带引号，行末写加号） 图片 颜色：color 大小：size 形状：shape 图片 透明度：alpha 填充颜色：fill...geom_smooth()+ geom_point() 统计变换 View(diamonds) table(diamonds$cut) ggplot(data = diamonds) + geom_bar...(mapping = aes(x = cut,fill=clarity)) # 并列直方图 ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x...plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text(6.5,4, labels = 'hello') #2.ggplot2 中坚力量，语法有个性 library(ggplot2...y = Petal.Length, color = Species)) #3.ggpubr 新手友好型 ggplot2
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