R语言散点密度图快速绘制 昨天给大家推荐了Python语言绘制散点密度图的可视化工具-mpl-scatter-density，很多同学都表示使用起来非常方便。...但是也有同学一直使用R语言进行可视化绘图，所以今天这篇推文就给大家推荐R语言快速绘制散点密度图的方法。...(ps:Python和R我全都要) R语言中虽然可以使用ggplot2中的geom_density_2d()函数完成散点密度图的绘制，但在参数的设置上稍显复杂，所以我们今天给大家推荐一个非常好用的拓展工具包...使用ggpointdensity包，你可以轻松地创建具有以下特点的点密度图： 显示数据的分布情况：通过点的密度来展示数据的分布情况，可以更清晰地看到数据的聚集和分布情况。...与ggplot2无缝集成：ggpointdensity包是基于ggplot2的，因此可以与ggplot2的其他功能无缝集成，如添加标签、调整坐标轴等。
ggdensity是一个新的ggplot2扩展包，用于展示二维密度估计，使用的方法是基于最高密度区域（HDR）的密度估计方法。（什么是HDR？...1 geom_hdr( ) 对比geom_density_2d_filled( ) ggplot2中绘制两个连续变量联合分布的标准方法是geom_density_2d( )或者geom_density...2 表示区域概率的计算变量probs是geom_hdr( )使用底层stat函数创建的，可以使用after_stat( )按照ggplot2中对计算变量的标准方式来映射这个变量： library(palmerpenguins...4 1-3 geom_hdr_points( ) ggdensity包也提供了将密度图和散点图结合在一起的展示方式。...这种展示最直接的方法就是将散点绘制在密度图上。
欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍GGPlot2（通常缩写为ggplot2）是一个在R语言中广泛使用的绘图包...而ggpubr是ggplot2的一个扩展包，它进一步简化了图形的创建过程，特别是对于初学者来说，提供了一种更为直观和易于理解的绘图方式。...ggpubr包中包含了许多高级的绘图功能，其中stat_compare_means函数是一个特别有用的工具，它能够对不同的数据组进行假设检验分析，并且将检验结果直接可视化在图形上。...factor(rep(c("F", "M"), each=200)), weight = c(rnorm(200, 55), rnorm(200, 58)))画图不同类型的可视化图形密度图...xmin = xmin-xoffset, xmax = xmin+xoffset, ymin = ymin, ymax = ymax)二维密度图
("zhanghao-njmu/SCP") 本次，我们使用的数据为来自 GSE128531 数据注释后的seurat对象，你自己用的时候可以使用任何一个经过了注释后的seurat对象。...plot_density，让我们按照以下方式绘制 一些marker基因 的核密度估计图，展示的marker基因表达水平高低： # 安装一下 options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn...绘制细胞密度umap图 在seurat包中有人提出一个绘图需求：https://github.com/satijalab/seurat/issues/6962 这种图主要用来处理数据点重叠问题时非常有用...，使用 MASS::kde2d() 进行二维核密度估计，并通过等高线显示结果，geom_density_2d() 绘制等高线，而 geom_density_2d_filled() 绘制填充的等高线带。...学习官网：https://github.com/LKremer/ggpointdensity 细胞密度图： # 安装 install.packages("ggpointdensity") library
一、简介 上一篇中我们介绍了ggplot2的基本语法规则，为了生成各种复杂的叠加图层，需要了解ggplot2中一些基本的几何图形的构造规则，本文便就常见的基础几何图形进行说明； 二、各基础图形 2.1...我们主要使用两个参数控制线条的位置，slope控制斜率，intercept控制截距，下面是一个简单的例子，我们在散点图层上叠加截距为20，斜率为2的直线： library(ggplot2) p <-...~variable) p 2.5 density()与density2d() 很多时候当我们获取的数据集样本数量足够时，通常我们可以绘制密度估计图来大致描述数据集数据的分布，ggplot2中当然提供了这类方法....density..作为fill的传入参数，注意这里一定要设置contour为F： # 密度图函数,通过fill设置填充颜色数据为密度，geom设置绘制栅格图 p 使用别致的标签： p + geom_label() 改变文本标签的大小： p + geom_text(size = 10) 调整文字标签位置： p + geom_point() + geom_text
ggstatsplot:“ggstatsplot”提供了一系列函数，用统计测试的结果增强“ggplot2”图。 patchwork:使用运算符轻松组合ggplot图。...ggpubr:简化使用ggplot2生成的图形的美化和扩展功能 graph:ggraph在绘制数据结构（图形、网络、树、层次结构) cowplot 可以将多个ggplot2图形组合成一个布局，支持绘制漂亮的图形排版...ggalluvial:绘制流程图和分层桑基图 ggridges:绘制密度图和堆叠图，用于展示数据在一个连续变量上的分布。 ggside:用于创建分面图（faceted plots）的扩展包。...ggfortify 更方便地处理和绘制多种类型的统计图形。 ggExtra 向 ggplot2 散点图添加边际密度图或直方图。 ggradar 使用 ggplot2 构建雷达图。...gghalves 向ggplot图添加半几何图。 ggstance ggstance 实现常见 ggplot2 几何体的水平版本。 ggcorrplot 使用ggplot2可视化相关矩阵。
然后，此页面将始终链接到最新版本的软件，因此你最好还是在这里使用该版本。...添加了可视化面板，其中包含各个图，相关性，密度等 添加了编辑工具来拖动 / 磁化数据，更改类，增加或减少数据集的尺寸 添加了分类维度（带有非数值的索引维度） 添加了 “数据集编辑” 面板以交换，删除和重命名维...单击鼠标左键可生成 0 级样本 右键单击生成工具栏中所选类的样本（默认值：1） 选择 “显示选项” 图标 这将允许你显示模型信息，置信度 / 似然图并隐藏原始样本 鼠标滚轮将允许你放大和缩小...alt + 拖动将允许你平移空间 选择 “算法选项” 图标 选择一个算法图标以打开其各自的选项面板 单击 “分类” 按钮以对当前数据运行算法 导入数据 在 MLDemos 中生成数据有三种不同的方式：手动绘制样本...可以将逗号分隔值或其他基于文本文件的值表拖放到界面中。在这种情况下，将出现 “数据加载” 对话框，允许选择应加载哪些列或行，解释为类标签或标题等。
另外，使用ggdraw()函数、draw_plot()函数和draw_plot_label()函数的组合可用于将图形和标签放置在具有特定大小的特定位置。...函数的参数含义是： plot：要放置的plot (ggplot2图形或gtable图形)。 x，y:：用于指定标签的位置。 size ：要绘制的标签的字体大小。...使用ggExtra包可以非常轻松的在图形中添加边缘分布图，可以添加的图形包括直方图，箱线图和密度图。 下面的代码首先绘制了一幅散点图，然后添加了边际图形，如图7所示。...图7 添加边际图形 上面的代码中使用了ggMarginal函数为散点图添加编辑图形。默认添加的是密度曲线。代码’ggMarginal(scatterPlot)’表示为图形添加密度曲线。...图9 添加图形元素 从图可以看到，箱线图被添加到了图形的左下角的位置。使用这种方式可以以任意的方式合并图形。在这种情况下，需要注意的是，图形之间可能存在覆盖的显现，这种情形是需要避免的。
静态热图 01 ggplot2包的ggplot函数 library(ggplot2) ####建立模拟数据集 set.seed(123) Year <- rep(2006:2015, each = 4)...03 gplots包的heatmap.2函数 该函数能够产生高度定制的热图。使用heatmap.2绘制的热图看起有一种高级感。...（1）带密度图的热图 mat <- matrix(rnorm(1200), ncol=6) heatmap.2(x=mat) ?...breaks=full$breaks ) #将x分割成不同颜色的分界点 ?...③ heatmap.2(x, srtRow=45, #标签从水平开始转动的角度 adjRow=c(0, 1), #提供行/列标签(从左到右，从上到下
简介 等高线图（contour map） 是可视化二维空间标量场的基本方法[1]，可以将三维数据使用二维的方法可视化，同时用颜色视觉特征表示第三维数据，如地图上的等高线、天气预报中的等压线和等温线等。...假设 是在点 处的数值，等值线是在二维数据场中满足 的空间点集按一定的顺序连接而成的线。...数值为c的等值线可以将二维空间标量场分为两部分：如果 函数大于c，则该点在等值线内；反之，则该点在等值线外。...使用ggplot2包中的geom_tile()或者geom_raster()绘制热 力分布图。...这里使用geom_tile()进行演示，将三维数据(x,y,z)中(x,y)表示位置信息，z映射到颜色。这里的scale_fill_gradientn()将颜色填充呈n个梯度。
导语 GUIDE ╲ 我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。...小提琴图是通过使用密度曲线描述一组或多组的数值数据分布。每条曲线的宽度对应于各区域数据点的近似频率。...通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...这里的小提琴图是箱形图和核密度图的组合。...#翻转坐标 ggnormalviolin ggnormalviolin是使用ggplot2根据指定的均值和标准差创建正态分布的小提琴图的方法，这个函数可以用来表示假设的正态分布和置信区间。
R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧 静态热图 01 ggplot2包的ggplot函数 library...使用heatmap.2绘制的热图看起有一种高级感。...（1）带密度图的热图 mat <- matrix(rnorm(1200), ncol=6) heatmap.2(x=mat) （2） data(mtcars) x <- as.matrix(mtcars...breaks=full$breaks ) #将x分割成不同颜色的分界点 ③ heatmap.2(x, srtRow=45, #标签从水平开始转动的角度..., #子标题 colorkey = FALSE, #是否在绘图旁边绘制颜色键 region = TRUE #等高线之间的区域是否应像等值线图那样填充
~~ 参与课程或者圈子的你将获取到：学员答疑、可视化资源分享、可视化技巧补充、可视化业务代做(学员和甲方对接)、副业交流、提升认知等等。...「contsurvplot」-生存曲线系列图绘制就用它~~ 今天我们的课程DataCharm优质课程推荐学员向我咨询了R语言中有没有绘制生存曲线(survival curves) 类可视化的好用的工具，...它包含多种不同类型的图，如生存面积图、等值线图、热图、生存量化图 等，这些图表类型都可以根据混杂因素进行调整，而且都有很多内置选项，可以根据用户需求进行定制。...此外，大多数绘图功能都基于 ggplot2 软件包，用户可以使用标准的 ggplot2 语法进一步定制绘图。...data=nafld1, model=model, horizon=seq(60, 80, 0.5)) 将依赖于连续变量的生存曲线或
图形展示 图形解读 ❝此图使用经典的企鹅数据集进行展示，在散点图的基础上按照分组添加拟合曲线及回归方程与R,P值，后使用ggExtra添加密度曲线与数据分布直方图，使用已有R包进行绘制非常的方便，此图大概有以下几点注意事项...它们有一些相似之处，但也有一些关键的区别。 ❞ stat_poly_line 是一个在 ggplot2 图形中添加多项式回归线的函数。这个函数直接计算多项式回归模型，并将拟合线添加到图形上。...它允许指定多项式的阶数，即回归方程中最高次项的次数。可直接在图形上添加拟合线，而不是基于数据点的平滑。 geom_smooth是一个更通用的函数，用于在 ggplot2 图形中添加平滑曲线或拟合线。...它可以自动选择平滑参数，还可以显示拟合线周围的置信区间。 回归方程的添加 ❝stat_poly_eq:用于添加多项式回归方程和相关统计量(如 R2、p 值等)的标签。...guides(colour = FALSE, size = FALSE) + # 不显示颜色和大小的图例 theme_classic() 添加密度曲线 ggMarginal(p, type
：list型，用于自定义图例显示的各个具体数值对应的文字标签，与legend_values搭配使用 legend_kwargs：字典，在legend参数设置为True时来传入更多微调图例属性的参数 extent...，用于控制色彩映射方案 clip：GeoSeries型，用于为初始生成的核密度图像进行蒙版裁切，下文会举例说明 extent：元组型，用于传入左下角和右上角经纬度信息来设置地图空间范围，格式为(min_longitude...shade：bool型，当设置为False时只有等值线被绘制出，当设置为True时会绘制核密度填充 shade_lowest：bool型，控制是否对概率密度最低的层次进行填充，下文会举例说明 n_levels...：int型，控制等值线数量，即按照概率密度对空间进行均匀划分的数量 下面我们回到上一篇文章开头的例子——纽约车祸记录数据，在其他参数均为默认的情况下，调用kdeplot对车祸记录点数据的空间分布进行可视化...=True，即可对空白区域进行填充： 图8 随之而来的问题是整幅图像都被填充，为了裁切出核密度图像的地区轮廓，将底层行政区面数据作为clip的参数传入，便得到理想的效果： 图9 2.3 Sankey
：list型，用于自定义图例显示的各个具体数值对应的文字标签，与legend_values搭配使用 legend_kwargs：字典，在legend参数设置为True时来传入更多微调图例属性的参数...使用方式一致，用于控制色彩映射方案 clip：GeoSeries型，用于为初始生成的核密度图像进行蒙版裁切，下文会举例说明 extent：元组型，用于传入左下角和右上角经纬度信息来设置地图空间范围，...shade：bool型，当设置为False时只有等值线被绘制出，当设置为True时会绘制核密度填充 shade_lowest：bool型，控制是否对概率密度最低的层次进行填充，下文会举例说明 n_levels...：int型，控制等值线数量，即按照概率密度对空间进行均匀划分的数量 下面我们回到上一篇文章开头的例子——纽约车祸记录数据，在其他参数均为默认的情况下，调用kdeplot对车祸记录点数据的空间分布进行可视化...图8 随之而来的问题是整幅图像都被填充，为了裁切出核密度图像的地区轮廓，将底层行政区面数据作为clip的参数传入，便得到理想的效果： ?
如你所见，直方图上叠加核密度图，专业来说，核密度估计是用于估计随机变量概率密度函数的一种非参数方法。核密度图是用来观察连续型变量分布的有效方法。...绘制密度图的方法： plot(density(x)) 其中的x是一个数量型向量，由于plot()函数会创建一副新的图形，要向一幅已经存在的图形上叠加密度曲线，可使用lines()函数： >par(mfrow...小提琴图 小提琴图是箱线图与核密度图的结合。可以使用vioplot 中的vioplot()函数绘制它。...可以使用dotchart()函数创建点图，格式为: dotchart(x,laberls=) 其中的x是一个数值向量，而labels是由每个点的标签组成的向量。...一个字符型向量(color)被添加到到了数据框 x中，根据cyl的值，它所含的值为"red"、"blue"或"darkgreen“，此外，各数据点的标签取自数据框的行名（车辆型号），数据点根据气缸数量进行分组
3. ggplot ggplot基于ggplot2，一个 R 语言绘图系统，以及The Grammar of Graphics的概念。...5. pygal 与Bokeh和Plotly一样，pygal提供可以嵌入Web浏览器的交互式图。它的主要区别在于能够将图表输出为SVG格式。如果你使用较小的数据集，SVG格式的图像就可以了。...7. geoplotlib geoplotlib是一个用于创建地图和绘制地理数据的工具库。可以使用它来创建各种地图类型，例如等值线，热图和点密度贴图。...你可以根据热图或树形图的完成度或点的相关度对数据进行过滤和排序。 10....它适用于所有数据类型并生成图表作为SVG，可以缩放它们而不会丢失图像质量。由于这个库相对较新，一些文档仍在进行中。你可以制作非常基本的图表 - 但这是就是您想要的。 11.
本节提要：站点资料的等值线、再分析资料的等值线的入门教程 一、站点资料的等值线 前几天有小伙伴在后台问站点资料和插值的问题，所以做了这一期特刊。...中国的气象站密度基本与人口密度的漠河-腾冲县线吻合，表现在东多西少，中间多南北少（河北县级气象局的密度比长江以南任何一个省都高，中原地区又高于其他地区，这些牵扯到历史自然地理和人文地理）。...主要是说明站点资料的一些使用困难，比如站点代表性不足（青藏高原西部一个站需要代表十几万平方公里）。下面才是具体的站点绘制等值线教程。...现在每0.5单位分隔，然后假定的在其中某些位置存在1000百帕的点，然后将这些点连接起来。...使用径向基函数插值（黑线）和我人脑插值（红线）的比较： ?
，内置了大量实用、现代的绘图模板，用户只需调用简单的API函数，即可快速生成漂亮的互动图表，可满足90%以上的应用场景。...16、bar_polar：极坐标条形图 在极坐标条形图中，每一行都data_frame表示为极坐标中的楔形标记； 17、violin：小提琴图 在小提琴图中，将data_frame每一行分组成一个曲线标记...22、treemap：树状图 树状图将层次数据表示为嵌套的矩形扇区。 23、sunburst：圆环图 圆环图将层次数据表示为在同心环的多个级别上布置的扇区。...31、density_contour：密度等值线图（双变量分布） 在密度等值线图中，行data_frame被组合在一起，成为轮廓标记，以可视化该值的聚合函数histfunc(例如：计数或总和)的2D...)的2D分布 z； 33、density_mapbox：Mapbox密度图 在Mapbox密度图中，每一行数据帧都会影响地图上相应点周围区域的颜色强度 plotly.graph_objects
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