文档建议反馈控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

ggplot2 核密度图和直方图

密度图和直方图 sunqi 2020/8/3 Density Plot Density Plot：也称作核密度图 函数和参数 geom_density() color, size, linetype:...颜色、大小和线的类型 fill：填充 alpha：透明度 绘图 # 需要的包 library(ggplot2) theme_set( theme_classic() + theme(legend.position...Histogram 直方图为令一种展示分布的方式 主要的函数和参数 geom_histgram color, size, linetype: 同上 fill: 填充 alpha: 透明度 代码 rm(list...# 和和密度图组合 # 添加核密度图 p3 <- p + geom_histogram(aes(y = stat(density)), colour="black...结束语 核<em>密度</em><em>图</em><em>和</em><em>直方图</em>一般在论文中使用<em>的</em>很少，这也就注定是一个数据探索阶段<em>的</em>绘图，所以修<em>的</em>再漂亮也没什么用 love&peace

4.7K61
您找到你想要的搜索结果了吗？
是的
没有找到

【R绘图】散点图+直方图（密度图）

前面我也给大家简单介绍过 ☞R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图 ☞R语言绘图：复杂散点图绘制 相信大家在读paper的时候也见到过下面这种类型的图 这张图在传统的相关性散点图的基础上还多了一个直方图...今天我们就来带大家来重现这样的图。...) 首先我们用默认参数来画图看看效果 #绘制SATV和SATQ之间的相关性散点图和直方图 with(sat.act,scatter.hist(SATV,SATQ)) 这个是默认参数画出来的图，问题还是比较多的...数据中还包含有性别这一列，我们用不同的颜色来区分两种性别，并展示密度图。...，如果大家觉得有用，别忘了点"在看"，分享给更多的小伙伴~ 参考资料： ☞R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图 ☞R语言绘图：复杂散点图绘制

77740

ggplot2画散点图拼接密度图

每个月接受10篇稿件，任何和科研内容相关的都可以，包括但不限于实验方案技巧，论文写作心得体会，期刊选择投稿经验，读研读博的感想随笔吐槽，任何科研软件的使用技巧，等等等等。欢迎大家投稿呀！...image.png 前几天有一个读者在公众号留言问上面这幅图应该如何实现，我想到一个办法是利用ggplot2分别画散点图和密度图，然后利用aplot包来拼图，aplot包是ggtree的作者新开发的一个包...image.png 按照Y轴的范围填充三个颜色，比如大于3填充一个，小于-3填充另外一种，-3到3中间的填充另外一种 给数据添加一列新的用来映射颜色 df$color3,"A...image.png y轴的密度分布也是这样画，下面就不重复了 接下来是拼图 library(ggplot2) library(aplot) p1<-ggplot(df,aes(x,y))+ geom_point...image.png 遇到的问题是：如何给密度图的右下角的一部分填充另外一个颜色，这个我暂时还不知道如何实现？大家如果知道如何实现欢迎留言呀！ 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本

78220

ggplot2散点图直方图条形图

背景 熟悉ggplot2绘图，有一本书，可以介绍大家使用，《R数据可视化手册》第二版 https://www.bookdown.org/ 可以在上述网址中找到网页版本。...绘制基因组大小与基因数目相关性图 二、直方图 x <- read.table("H37Rv.gff",sep = "\t",header = F,skip = 7,quote = "") x <-...绘制基因长度分布直方图 三、条形图 # hg19_len <- read.csv(file = "homo_length.csv",header = T) # x <- hg19_len[1:24,]...绘制人染色体长度分布图 写在最后：有时间我们会努力更新的。...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。 bioinfoer.com 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。

49020

数据分布图之统计直方图和和核密度估计图

ggplot2提供的geom_histogram()用于绘制统计直方图 该函数有两个主要参数，binwidth(箱型3宽度)和bins（箱型数量） ggplot2提供的geom_density()用于绘制估计的和密度图...该函数两个主要参数bw(箱型的宽度)和kernel(核函数)，核函数默认为高斯函数gaussian其他函数包括：epanechnikov,rectangular,triangular,biweight...,cosina,optcpsine. 1数据构造 统计直方图是对一个变量的统计，所以aex里面的参数是一个变量，不同于以往的x和y，这里我们对MXSPD进行统计 image.png 2绘制统计直方图 ggplot..."),#, legend.position=c(0.8,0.8), legend.background = element_blank() ) image.png 3分开绘制统计直方图...legend.position=c(0.8,0.8), legend.background = element_blank() ) image.png 4绘制估计概率密度图

1.7K00

数据科学 IPython 笔记本 8.8 直方图，分箱和密度

8.8 直方图，分箱和密度 原文：Histograms, Binnings, and Density 译者：飞龙 协议：CC BY-NC-SA 4.0 本节是《Python 数据科学手册》（Python...之前，我们预览了 Matplotlib 直方图函数（参见“比较，掩码和布尔逻辑”），一旦执行了常规的导入，它在一行中创建一个基本直方图： %matplotlib inline import numpy...) # [ 12 190 468 301 29] 二维直方图和分箱 就像我们通过将数字放入桶中，创建一维直方图一样，我们也可以通过将点放入通过二维的桶中，来创建二维直方图。...这将在“深度：核密度估计”中全面讨论，但是现在我们只是提到，KDE 可以被认为是“消去”空间中的点，并将结果相加来获得平滑函数的一种方式。...scipy.stats包中存在非常快速和简单的 KDE 实现。

50120

《数据可视化基础》第六章：分布可视化：直方图和密度图

进一步我们再去绘制一个基于分组形成的数据来绘制类似条形图的形状。 ? 通过以上直方图绘制的步骤我们可以了解到，其实直方图的绘制还是和分组的多少(bin)。...在密度图中，我们试图通过绘制适当的连续曲线来可视化数据的潜在概率分布。关于密度图的绘制，其实和直方图一样也是分了两步，只不过第一步的分组是分了很多小组。...都是先分组后绘制的，所以分组的多少也就导致了曲线是不一样的。 ? 另外，关于密度图有一个陷阱就是：有时候密度图会在没有数据的地方绘制出曲线。例如下面这个图，就出现了年龄是负数的曲线。...所以对于密度图的时候，其实在一次性可视化多个分布的时候是有好处的。如果是可视化一个分布的话，可能直方图更好一些。 ?...当可视化年龄分布时，通常使用这个技巧，结果图通常称为年龄金字塔。 ? 以上介绍的，都是两组分布的时候如何可视化，如果是多组的话，如果使用直方图就比较混乱了。这个时候，就应该使用密度图可能更好一些。

2.9K20

超简单的高密度和条件密度图绘制方法推荐~~

如何计算一维和二维的最高密度区域和以一个协变量为条件的单变量密度函数核估计以及多模态回归?小编今天给大家推荐的一个超强工具即可解决上述问题。...Density Estimation)的缩写，主要用于计算和绘制高密度估计函数，更多详细内容可参考：R-hdrcde介绍[1] R-hdrcde包样例样式 这一小节小编主要介绍R-hdrcde包优秀的计算和绘图函数...，这些函数主要用于估计和绘制最高密度区域和条件密度估计。...rnorm(200,4,1)) y <- c(rnorm(200,0,1),rnorm(200,4,1)) hdr.boxplot.2d(x,y) hdr.boxplot.2d hdr.den():具有最高密度区域的密度图...总结 今天推送了一篇简单的用于计算和绘制最高密度区域和条件密度估计的优秀工具-R-hdrcde，希望可以帮助到大家，更多案例可参考官方网址~~ 参考资料 [1] R-hdrcde介绍: https://

64420

使用R语言ggplot2包绘制SCI论文配图密度散点图

最近有一位小伙伴要发SCI论文，给我发了3w多条数据，问我可不可以画和下图基本相似的图。大家都知道论文的发表除了实验和数据以外，图片也非常重要。一般图画的越好，那么论文发表的问题也不大。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...ggpointdensity是这次绘制密度散点图的包。...知乎的这篇文章：https://zhuanlan.zhihu.com/p/109468400，详细介绍了R和Rstudio的安装，大家可以参考一下。 接下来打开RStudio来完成这幅图的绘制。...2.安装包和导包 安装包install.packages("ggpointdensity")和install.packages("ggplot") 导包library(ggplot2)和library(

2K50

工具 | R语言数据可视化之数据分布图(直方图、密度曲线、箱线图、等高线、2D密度图)

数据分布图简介 绘制基本直方图 基于分组的直方图 绘制密度曲线 绘制基本箱线图 往箱线图添加槽口和均值 绘制2D等高线 绘制2D密度图 数据分布图简介 中医上讲看病四诊法为：望闻问切。...直方图的分组图和本系列前面一些博文中讲的一些分组图不同，它不能进行水平方向的堆积 – 这样看不出频数变化趋势;也不能进行垂直方向的堆积 – 这样同样看不出趋势。...密度曲线表达的意思和直方图很相似，因此密度曲线的绘制方法和直方图也几乎是相同的。区别仅在于密度曲线的横轴要绑定到连续型变量，另外绘制函数的名字不同。R语言示例代码如下： ? 运行结果： ?...也可以通过设置密度函数美学特征集中的colour参数来给不同密度的等高线着色，R语言实现代码如下： ? 运行结果： ? 绘制2D密度图 本例选用如下测试集： ?...等高线图也是密度图的一种，因此绘制密度图和等高线图用的是同一个函数：stat_density()，只是它们传入的参数不同。首先绘制经典栅格密度图，R语言实现代码如下： ? 运行结果： ?

2.3K100

使用Python中的folium包创建热力密度图

最近探索出来一个在Python中创建热力图非常高效的方法，使用folium包来创建热力图，实际效果非常赞，过程简单，代码量少。...leaflet地图： 动态地理信息可视化——leaflet在线地图简介 动态地理信息可视化——散点地图系列 动态地理信息可视化——leaflet构造路径图 动态地理信息可视化——leaflet填充地图...来了，从此动态地图又多了一些乐趣~~~ folium包支持多种类型的空间可视化形式，今天这一篇仅就其中的热力密度图进行分享。...以上数据是虚构的，整体效果也没有任何意义，接下来尝试着对全球城市发展报告中中国各个城市的gdp数据进行热力图展示。...是不是效果看起来很良心呀，而且整体的代码量和过程都无比简单，快学起来吧！ 数据源：https://github.com/ljtyduyu/DataWarehouse/tree/master/File

4.7K20

ggplot2绘制散点图配合拟合曲线和边际分布直方图

图形展示 图形解读 ❝此图使用经典的企鹅数据集进行展示，在散点图的基础上按照分组添加拟合曲线及回归方程与R,P值，后使用ggExtra添加密度曲线与数据分布直方图，使用已有R包进行绘制非常的方便，此图大概有以下几点注意事项...❞ 1.拟合曲线的添加 ❝拟合曲线的添加在R中常用的大概有两个函数geom_smooth与ggmpisc::stat_poly_line。两者均可用于在R图形中添加平滑线或拟合线，需要选择正确的模型。...它们有一些相似之处，但也有一些关键的区别。 ❞ stat_poly_line 是一个在 ggplot2 图形中添加多项式回归线的函数。这个函数直接计算多项式回归模型，并将拟合线添加到图形上。...它允许指定多项式的阶数，即回归方程中最高次项的次数。可直接在图形上添加拟合线，而不是基于数据点的平滑。 geom_smooth是一个更通用的函数，用于在 ggplot2 图形中添加平滑曲线或拟合线。...回归方程的添加 ❝stat_poly_eq:用于添加多项式回归方程和相关统计量(如 R2、p 值等)的标签。这个函数不仅仅限于线 性回归，还可以用于更高阶的多项式回归。

87370

跟着Nature学作图：R语言ggplot2柱形图添加误差线和频率分布直方图

https://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y s41586-022-05275-y.pdf 代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍...今天的推文重复论文中的extended Figure5 频率分布直方图和柱形图添加误差线 image.png 其中图b的数据没有找到，我们只重复其他5个小图 首先是两个频率分布直方图 这两个作图代码是一样的...20221014/extendFig5.xlsx", sheet = "Source Data for Panels a - c") head(dat01) library(ggplot2...trunc_upper = 6000))+ labs(x="Variance explained by each haplotype (in %)", y="Frequency") p3 图d...柱形图误差线叠加散点图 dat02<-read_excel("data/20221014/extendFig5.xlsx", sheet = "Panel d")

73820

【R语言】散点图+直方图+密度曲线（二）

前面给大家介绍 ☞【R绘图】散点图+直方图（密度图） 今天小编给大家介绍第二种方法，绘制散点图，并且在散点图上添加直方图和密度曲线。我们还是使用☞【R绘图】散点图+直方图（密度图）里面使用的数据。...这次我们使用的R包叫ggExtra #安装相应的R包 BiocManager::install("ggExtra") BiocManager::install("ggplot2") #加载相关的包 library...(ggplot2) library(ggExtra) #加载数据 load("data.RData") #绘图 p <- ggplot(sat.act, aes(SATV, SATQ)) + #横轴是...#添加拟合直线 labs(x = "SATV", y = "SATQ") + #设置x轴和y轴名称 theme_bw()+ #黑白背景 theme...(legend.position="none") #删除图注 p 我们可以得到下面这张散点图 接下来我们在这张图的基础上本别来添加直方图或者密度曲线 1.

1.1K10
点击加载更多

扫码

添加站长 进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

扫码加入开发者社群

相关资讯

热门标签

更多标签

活动推荐

    运营活动

    活动名称
    广告关闭

    腾讯云开发者

    扫码关注腾讯云开发者

    扫码关注腾讯云开发者

    领取腾讯云代金券

    热门产品

    热门推荐

    更多推荐

    Copyright © 2013 - 2024 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有

    深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 深公网安备号 44030502008569

    腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号 | 京公网安备号11010802020287

    领券