ggplot2 更改图例的顺序 箱线图添加误差线这个自己老是记不住，每次作图都得现查，今天的推文记录一下实现代码，方便自己以后查看。...收下是读取数据 df<-read.csv("iris.csv") head(df) 宽格式转换为长格式 reshape2::melt(df,id.vars="Species") -> dfa 基本箱线图...stat_boxplot()函数和geom_boxplot()函数里分别加上position = position_dodge(0.5)参数，目的是使误差线和箱子的位置对应上 如果不加这两个参数，效果如下...image.png 这里还有一个疑问是 箱线图中间的线好像是中位数，如何把这个线更改为平均值呢？...暂时没有想明白 今天推文的示例数据和代码可以直接留言20210929获取 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子
箱线图展示的就是分位数，中间的线表示的是中位数，也就是50%分位数，如果非要在箱线图上画上表示平均值的线段也是可以实现的，今天介绍一下实现代码 示例数据集我们用R语言的内置数据集PlantGrowth...image.png 首先是画一个最普通的箱线图 df<-read.csv("PlantGrowth.csv") library(ggplot2) library(tidyverse) p1<-ggplot...=df, aes(x=group,y=weight))+ geom_boxplot(aes(fill=group)) p1 image.png 通过ggplot_build()函数可以获取画箱线图用到的数据...ggplot_build(p1)$data[[1]] image.png 我们利用原始数据计算一下平均值，然后将数据集的平均值添加到这组数据中 df %>% group_by(group...不知道有没有比较好的办法 （猜测geom_boxplot函数里应该是有一个步骤计算中位数的，试着看看源代码，看能不能把中位数的代码改为平均值） 还有一个问题是如果是分组的箱线图那么应该如何来实现呢？
数据分布动态变换图 三、如何绘制箱线图 1.一些描述统计学概念 平均值，方差，最大值，最小值这些应该很熟悉，主要介绍一下中位数和四分位数的概念。 中位数：就是样本排序后，最中间的那个数了。...箱线图的组成 样本大小可以通过成比例的调整箱线图的宽度实现，如上图b中的第二个箱线图，箱子的凸凹程度表示样本量的多少。 3.样本量对箱线图的影响 样本量越大，样本分布描述的准确性就越高。 ?...图b是直方图和箱线图、几种类箱线图可视化的比较，条形图通常仅展示了平均值和标准差，箱线图从下往上，依次展示了数据集的五个指标：最小值，小四分位数，中位数，上四分位数和最大值。...小提琴图和豆图是箱线图的一种变形，展示了各个数据集的实际分布。 4.箱线图的生物学意义 在生物医学研究中，通常需要比较具有不同分布的多个数据集。...箱线图利用摘要统计指标（中位数和四分位数）和主要数据（四分位数内的50%的数据）的分布。箱形图可以展示任何数据集的最小值，下四分位数，中位数，上四分位数和最大值，可以反映数据集的分布和差异。
继续“一图胜千言”系列，箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的箱线图。...一 绘制基本的箱线图 载入数据及函数包 library(ggplot2) library(RColorBrewer) dose数值 变成因子变量 ToothGrowth$dose <- as.factor...二 颜色设置 aes(color=)函数为每个箱线图设置一个颜色，划分箱线图之后，可以使用scale_color_*()函数自定义颜色。...三 图例，标题设置 1）设置legeng Legend是对箱线图的解释性描述，默认的位置是在画布的右侧中间位置，可以通过theme()函数修改Legend的位置 p + theme(legend.position
使用R base包提供的函数'mean（）'： mean(rpkm_ordered[,"sample1"]) 只想要其中一个样本（数据框中的1列）的平均值，可以这样实现，但要从所有12个样本中获取此信息该如何实现...3.用`map_dbl()`处理数据 为了获得所有样本的平均值，可以使用用生成数字向量的函数map_dbl()。...已经有了用ggplot2进行绘图所需的所有信息，可以尝试绘制一个箱线图。...箱形图提供了基于五分位数的数据分布图。框的顶部和底部代表第一和第三个四分位数（分别为25%和75%）。框内的线代表中位数（50%）。在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。...ggbox 注意：如果要更改这些箱线图的颜色，scale_fill_manual()可以在代码中添加另一个图层，并在函数中使用values参数指定要使用的颜色。
关于箱线图，可以更好地展示整体数据的分布情况，包括中位数、最大值、最小值、平均值等等。当然，你也可以将散点图和箱线图结合进行作图。这些都是论文中常用的图形展示方法。...那么今天我们要学的是如何使用Origin做多因子箱线图。 软件 ? Origin 2019b 32Bit ? 数据 ?...关于多因子箱线图的数据输入，一般分为两种：索引数据和原始数据。 首先我们先按照索引数据进行作图。 1. 打开Origin，数据输入(跟上述数据格式一致) ? 2....选择原始即可(右边有预览，你可以选择箱线图，也可以选择箱线图+散点图，或者不同的箱体，可以直接选择) ? 5. 这里的话，最基本的多因子箱线图就做好了 ? 6....右击图例，进行设置(选择重构，使用注释作为图例) ? 7. 设置图形的颜色(这是按照从属进行填充的，你也可以点击独立，然后点击图案，挨个填充自己喜欢的颜色) ? 8. 设置一下组间的距离 ? 9.
引言 箱线图(Boxplot) 是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图表，本期推文就如何使用matplotlib和seaborn 绘制出高度定制化的箱线图做出详细的讲解。 02....(以上图来源于网络，如侵权，望告知，删除) 03. matplotlib绘制 Matplotlib 中绘制箱线图的函数为 boxplot ()，但要想进行定制化绘制需求，则需设置较多的绘图参数，boxplot...是否显示均值 showcaps 是否显示箱线图顶端和末端的两条线 showbox 是否显示箱线图的箱体 showfliers 是否显示异常值...设置中位数的属性 meanprops 设置均值的属性 capprops 设置箱线图顶端和末端线条的属性 whiskerprops 设置须的属性 2.1 数据...建议大家在绘制学术图表时，多采用红色方框中的色系。(感觉没有ggplot2的grey20，grey30等好记啊 ? ?
函数ggplot()虽然设置图形，但没有自己的视觉输出，而是使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...最后，将研究如何调整ggplot2图形的外观，包括修改坐标轴和图例、改变配色方案以及添加注释。...举个最简单的例子，函数geom_boxplot()可以绘制箱线图，如图4。 图4，箱线图示例 ? 每个几何函数都有一组自己的选项，可以通过帮助文档来了解，我们也给大家列出了一些常见选项。...为了给大家展示这些选项的作用，这里给出两个例子（图5，6）。图6中将小提琴图和箱线图结合起来，这对于基础图形来说，就很难实现了。 表2，几何函数中的常见选项 ? 图5，展示常见选项的图例 ?...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。
使用 ggplot2 可视化单个变量的分布&两个或多个变量之间的关系。...geom_形状（）定义一个几何图形,表示数据的几何对象形状：bar-条形图；line-折线图；boxplot-箱线图；point-点对于有缺失值的数据，散点图内没有显示，但有报错“warning"Removed...默认值为FALSE，即表示warning;更改为TRUE，即静默warning加一个变量将物种 species作为图例，用不同颜色和形状标识（兼顾色盲群体的需求）geom_point(aes(color...&分类变量箱线图——一种用于描述分布的位置度量（百分位数）的视觉速记，也能识别潜在的异常值框上下界之间距离称为四分位距 （IQR），从分布的第 25 个百分位数延伸到第 75 个百分位数；中位数，框中间的一条线...；这三条线可以让您了解分布的分布，以及分布是在中位数附近对称还是偏向一侧。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 提到R语言，总会想到它强大的绘图包ggplot2，甚至于其他语言中也有它的痕迹(例如，python中的matplotlib模块就有ggplot样式)。...三、ggplot2中的数据变换 一、基本绘图 ggplot2绘图是逐步叠加式的，由+号进行连接，每个函数控制着自己的部分。...(alpha=0.7) 命令解释： 相比I中，aes函数中多了fill及color的设置，fill则是指以voice.part的值进行区别，color则是以voice.part的值进行赋值颜色...此外，修改图例的顺序还可以通过scale_fill_discrete(breaks=c())等命令(但是它是将原图例和新的图例一起呈现的 (6) 多图汇总 当需要结合多组图片进行说明时，就需要将其放置一张画布上呈现...，可以实现对图片指定位置摆放 三、ggplot2中的数据变换 通过上述的介绍，我们可以知道，其实ggplot中图例的出现是由于aes中fill(或者color、shape)的设置。
通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...这里的小提琴图是箱形图和核密度图的组合。...geom_boxplot(width=0.1,position=position_dodge(0.8))+ #绘制箱线图 theme_bw()+ #背景变为白色 theme(panel.grid.major...legend.position="none" #不加图例 ) + coord_flip() #翻转坐标 ggnormalviolin ggnormalviolin是使用ggplot2根据指定的均值和标准差创建正态分布的小提琴图的方法...，这个函数可以用来表示假设的正态分布和置信区间。
主要内容： 准备数据 基本点图 在点图上添加摘要统计信息 添加平均值和中位数 带有盒子图和小提琴图的点图 添加平均值和标准差 按组更改点图颜色 更改图例位置 更改图例中项目的顺序 具有多个组的点图...定制的点图 相关信息 第一步：准备数据，使用的数据包括三列，len长度，supp是分类变量，dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。...，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +...设置仅显示dose为0.5mg和2mg两个分组的点图 p + scale_x_discrete(limits=c("0.5", "2")) ?...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。
背景介绍 写论文画图的时候小提琴图，热图，箱线图，画来画去都长得差不多，是不是觉得很烦恼？今天小编为大家介绍一个可以让科研论文统计绘图颜值提升好几个level的R包：ggstatsplot。...ggstatsplot的思路就是将这两个阶段统一在带有统计细节的图形中，提高数据探索的速度和效率。 ggstatsplot提供了多种类别的统计绘图。...ggstatsplot和它的后台组件还可以和其他基于ggplot2的R包结合起来使用。...(“ggstatsplot”) library(ggstatsplot) 02 — 函数介绍 （1）ggbetweenstats：小提琴图，箱形图 此函数用于创建小提琴图、箱形图或组间或组内比较的组合图...仅仅遵循默认值本身就可以生成可以发布的相关矩阵。 如果所选变量中存在NA，图例将显示用于相关性测试的最小、中位数和最大对数。
最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签（还有图例）。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集，它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...ggplot函数设置图形但没有自己的视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...Salaries by Rank.png 该图显示了不同学术地位对应薪水的缺口箱线图。实际的观察值（教师）是重叠的，因而给予一定的透明度以避免遮挡箱线图。它们还抖动以减少重叠。...singer_combine_fig.png 箱线图展示了在singer数据框中每个音部的25%,50%,75%分位数得分和任意的异常值。...=指定这些水平的标签，limits=表示哪些水平应该展示 coord_filp() 颠倒x轴和y轴 我们将这些函数应用一个分组箱线图中，其中包含按学术等级和性别分组的薪资水平，代码如下： data(Salaries
几十次课程下来，从气氛活跃的现场交流和热火朝天的培训群讨论中，发现一些共性问题和特色点，系统整理形成这一推文系列，希望大家多讨论交流。...WGCNA的Power值用对了吗？ 箱线图展示菌群Alpha多样性 ? 在微生物组领域，通常用箱线图展示样品组中各样本Alpha多样性分布。比如上图的三个箱线图分别展示了三种Alpha多样性计算结果。...如图所示，可以通过调整网页的按钮实现图形旋转、表达数据预处理、按中位数排序和调整图形边距等功能。想让自己的数据呈现在这样的网站上面吗？来找易生信一起做个数据库吧。...这个图除了可以用函数ggbeeswarm绘制，还可以利用ggplot2包的 geom_boxplot+geom_jitter生成。 ?...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大的在线绘图网站-ImageGP
当我们转换数据并且每个单元格有多个值时，还需要使用fun.aggregate=告知dcast以什么方式重新组合数据，是平均值（mean）、中位数（median）还是总和（sum）。...箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图 R语言 - 散点图绘制 R语言 - 韦恩图 R语言 - 柱状图 R语言 - 图形设置中英字体...12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data...、与外部环境交互 3数据筛选——提取对象的子集 4向量、矩阵的数学运算 5控制结构 6函数及作用域 7认识循环函数lapply和sapply 8分解数据框split和查看对象str 9模拟—随机数、抽样...、线性模型 1初识ggplot2绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置
下图中标示了箱线图中每条线和点所表示的含义，应用到了分位数的概念。...2 ggplot2 使用ggplot2来画箱线图是现在常用的方法 library(tidyverse)# 定义一种主题，方便后面重复使用theme_boxplot<- theme(panel.background...02 带凹槽（notched）的箱线图，中位数的置信区用凹槽表示 ggplot(data, aes(Condition,Value)) + geom_boxplot(aes(fill =Condition...04 云雨图，它是密度分布图、箱线图、散点图的集合，完美的展示了所有数据信息 library(grid) # GeomFlatViolin函数的定义见https://github.com/EasyChart...3 ggpubr (带显著性的箱线图) 生成数据 # 均值为3，标准差为1的正态分布c1<- rnorm(100,3,1)# Johnson分布的偏斜度2.2和峰度13c2<- rJohnson(100
在前面scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化中，基因集评分使用小提琴图或者箱线图进行展示，那如何进行统计检验以及添加P值呢？...(tidyverse) library(ggpubr) load( "sce.anno.RData") df <- sce2@meta.data head(df) 二 ggpubr可视化 先绘制基本的箱线图...outlier.shape=NA, #不显示outlier legend = "right") #图例放右边 + p1 展示为6种细胞类型的基因集评分的箱线图...1，指定比较的组 ggpubr 中使用stat_compare_means函数进行统计学检验，需要是list形式。 假设感兴趣的是Epi，T 和 Myeloid 与 un之间 ，是否有统计学差异？...ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2 | 关于标题，坐标轴和图例的细节修改，你可能想了解 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”
本期推文就推出箱线图(boxplot)的R-ggplot2 绘制方法，大家可以和 Python-matplotlib 箱线图绘制 这篇文章对比下。 02....R-ggplot2 绘制 （1）数据预览 由于数据和之前的数据一样，且ggplot2 对绘图数据也是有一定要求，现给出数据如下（部分）： ?...其中Type 中主要含有 Teain sample 和 Test sample 两种。...虽然默认的格式还不错，但想要符合学术图表要求，还是需要们进行定制化修改，如箱线图的宽、颜色、字体以及一些主题 颜色等，下面我们进行修改。...总结 R-ggplot2 绘制箱线图还是十分简单的，不仅拥有丰富 的图表元素设置函数、主题以及额外的第三方绘图包。当然，对绘图数据的要求也比较严格。大家觉得和Python 绘制 有什么不同呢？
[9wd1fyy95w.png] 二、折线图 折线图是排列在工作表的列或行中的数据可以绘制到折线图中。...折线图可以显示随时间（根据常用比例设置）而变化的连续数据，因此非常适用于显示在相等时间间隔下数据的趋势。...箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。...箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的上边缘、下边缘、中位数和两个四分位数；然后， 连接两个四分位数画出箱体；再将上边缘和下边缘与箱体相连接，中位数在箱体中间。...[gm4ivdtllx.png] 利用pyecharts绘制箱线图需要用 prepare_data() 方法将传入的列表中的数据转换为的 min, Q1, median (or Q2), Q3, max
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