45.71,23.34,34.24,56,67.51,78.23),group=c("SOD","PPO","POD","LOX","LPS","CAT")) 对数据value降序 data<-arrange(data,desc(value)) 饼图颜色搭配
有着“统计图形奠基人”之称的苏格兰工程师兼政治经济学家William Playfair发明当今社会中常用的统计图形-饼图和线图 ? 图1： Playfair (1786)绘制的线图。...(如图1.1)，从图中可以很清楚看出对英格兰有利和不利(即顺差、逆差)的年份;而在“The Statistical Breviary”(Playfair, 1801)一书中，他第一次使用了饼图来展示一些欧洲国家的领土比例...，图1.2即为史上第一例饼图。...从左下方的饼图中我们可以清楚看出当时的土耳其帝国分别在亚洲、欧洲和非洲的领土面积比例。...这样我们可以清楚知道军队伤亡原因的结构，尤其是“绝大多数士兵死于可预防的疾 病 ”( 图 中 最 高 的 花 瓣 )。
本文主要使用函数coord_polar（）用于生成饼图，它只是极坐标中的堆积条形图。...(df) ## group value ## 1 Male 25 ## 2 Female 25 ## 3 Child 50 首先使用柱状图来做可视化 library(ggplot2...生成一个原始饼图 pie <- bp + coord_polar("y", start=0) pie ?...更改饼图填充颜色 可以使用以下函数手动更改饼图填充颜色： scale_fill_manual（）*：使用自定义颜色 scale_fill_brewer（）：使用来自 RColorBrewer *包的调色板...## 4 6.11 ctrl ## 5 4.50 ctrl ## 6 4.61 ctrl 创建每组中观察计数的饼图： ggplot(PlantGrowth, aes(x=factor
偶然间在github 上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材 链接是 https://github.com/blmoore/blogR ，主要内容有 image.png 光看这个可能有些枯燥...大家感兴趣的话可以自己研究研究 我们直接运行画图代码 加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...="white", #linewidth=2, width=.9, height=.9) image.png 这里原来热图对应的小单元格高和宽是都可以调整的...调整热图的颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
image.png 这篇论文的数据是公开的，我们可以试着用公开的数据复现一下论文中用来展示数据的图。第一个图是使用地图来展示实验样本的地理分布。...这个问题先留在这里了 如果想要展示局部地区，只需要指定xlim和ylim的范围就好了 ggplot(data = world)+ geom_sf(fill="red") + labs( x =...image.png 接下来是叠加饼图 有现成的函数可以做这个事情，参考如下链接 https://guangchuangyu.github.io/2016/12/scatterpie-for-plotting-pies-on-ggplot...image.png 这样就可以很方便的向地图上添加饼状图了 完整代码 #install.packages("rnaturalearth") #install.packages("rnaturalearthdata...如果需要今天图文的示例代码，直接在后台回复 20210423 就可以了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子
，我们可以试着用原始数据复现论文中的图，今天的推文我们来模仿一下论文中的figure2a image.png 我的思路是用scatterpie这个R包来做，首先画一个大的饼图，然后画一个稍微小一点的圆，...再画一个稍微小一点的饼图就能够实现上图的效果，画圆用到的是ggforce这个R包里的 数据整理成如下格式 image.png 因为论文中提供的数据需要手动整理成以上的格式，为了节省时间，我这边只整理一组数据...加载需要用到的R包 library(readxl) library(scatterpie) library(ggforce) library(tidyverse) 读取数据 read_excel...作图代码 ggplot()+ geom_scatterpie(data = dat01, aes(x=x,y=y,group=Taxa_Treatment,r=...=NULL)+ ggnewscale::new_scale_fill()+ geom_circle(data = dat02, aes(x0=x,y0=y,r=
这种图叫玫瑰图或者花瓣图，如果使用R语言的ggplot2来做的话， 比较常规的实现办法是先做柱形图，然后再用极坐标，比如 df的图。...，我们试着用R语言的ggplot2试一下 假设我们有10个数据 x<-1:180 x y<-sin(10*x*pi/180) df<-data.frame(x=x,y=abs(y)) df$yz的代码 library(tidyverse) library(ggplot2) set.seed(123456) df的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
本期内容为 THE ISSUE WITH PIE CHART 饼图的问题[2]。 1Bad by definition 坏的定义 饼图是一个分为多个扇区的圆，每个扇区代表整体的一部分。...如上图，在相邻部分中，尝试找出最大的一组，并尝试按值对它们进行排序。您可能会很难做到这一点，这就是必须避免使用饼图的原因。 如果您仍然不相信，让我们尝试比较下列几个饼图。...4Going further 更进一步 谁出售更多武器[3]：请参阅这个故事，它提供了饼图的几种替代方案。 在 R[4] 和 Python[5] 中绘制饼图。...参考资料 [1] DATA TO VIZ: https://www.data-to-viz.com/caveat/pie.html [2] THE ISSUE WITH PIE CHART 饼图的问题:...中绘制饼图: https://r-graph-gallery.com/pie-plot [5] 在 Python 中绘制饼图: https://python-graph-gallery.com/pie-plot
云雨图的样子如下 ?...是一半的小提琴图加散点图的组合，看起来有些像云朵加雨滴的形式，所以得名云雨图，主要的作用还是用来展示数据的分布情况 之前看到过相关推文进行介绍，大部分的推文介绍的实现办法都是使用gghalves包，这个包中的函数可以将...ggplot2的常规图形只画其中的一般，比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see，这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数，画云雨图非常方便，下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 library(ggplot2...see这个包里还提供了许多新的配色方案，通过help(package="see")命令查看帮助文档，以scale开头的函数有很多 ?
image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间，正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...首先第一步是安装ggimg install.packages("ggimg") 接下来我们运行一个简单的小例子 我将三张图片放到了当前目录下的 ggimg_example 文件夹下 代码 library...这个记录应该能被威少和詹姆斯预定了吧 哈哈哈哈 示例数据和代码直接在后台回复 20210730就可以获取了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R...语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
ggplot2绘制面积图 ggplot2绘制面积图的代码格式： ggplot(sunspotyear, aes(x,y))+ geom_area() 绘制面积图，文件格式如下： #draw simple...", size=0.2, alpha=0.4) + scale_fill_brewer(palette="Blues", breaks=rev(levels(data$AgeGroup))) 绘制饼图...pie()函数绘制饼图 案例数据格式： 代码： #read in data data = read.table("pie_plot.txt", sep="\t", header=T) data #...#用优化的参数绘制完美的par图 par(mar=c(0,6,6,6)) pie(data$Value, labels=paste(data$Group,"(",substring(data$...mar=c(0,0,0,0)) pie(rep(1,2000), col=rainbow(2000), lty=0, labels='', init.angle=90, border=NA) 绘制3D饼图
：在代码获取链接的地方写的是代码存放在 zenodo这个网址，写的链接却是Dryad的链接，这个链接和数据存放链接是同一个链接。...image.png 这个低级失误有点不应该了 这个论文的研究内容很有意思，论文的题目是说 新的估计数据显示，在大多数哺乳动物物种中，雄性并不比雌性体型更大。...在我之前的认知里一直是大部分的哺乳动物的雌性体型是大于雄性体型的。看到这个题目第一想法是为啥这个问题还需要研究。...摘要里写的是 自达尔文的《人类的由来及性选择》以来，人们普遍认为雄性哺乳动物体型较大是常态 原来自己之前认为的 哺乳动物的雌性体型是大于雄性体型的 是不对的，但是这种想法是怎么来的呢？...今天的推文的主要内容是复现一下论文中的figure1 image.png 部分示例数据截图 image.png 饼状图的数据只有3个，是手动输入的 作图代码 library(tidyverse)
不知道大家用ggplot2绘制饼图的时候有没有遇到过饼图上展示的顺序和图注上展示的顺序不一致的情况。今天小编就来跟大家一起来探讨一下这个问题。...图注上的顺序以及数字跟data里面的一致，但是饼图上的顺序和数字却不太对劲。...问题其实出在name的levels上，饼图默认会根据name的levels来按逆时针绘制。我们从堆积柱形图上可以发现，程序会默认按字母顺序来对name进行排序，这也是因子levels的默认排序方法。...所以这样得到的饼图的顺序实际上是apple，banana，cherry......而图注的顺序跟name本身的顺序一致为apple，pear，orange.........按所占百分比排序之后再绘制饼图的代码如下
对于为什么 ggplot2 中没有专门用于饼图绘制的函，有人说：“柱状图的高度，对应于饼图的弧度，饼图并不推荐，因为人类的眼睛比较弧度的能力比不上比较高度（柱状图）。”...coord_polar coord_polar() 是 ggplot2 中的极坐标函数，它可以弯曲横纵坐标，使用这个函数做出蜘蛛图或饼图的效果。...饼图中添加文字的位置控制 - 借助公式 绘制饼图的过程中，利用 ggplot2 的 geom_bar 结合 coord_polar 实现。...语言饼图标签的 overlap 问题？...文章的最后，提个问题：有没有通用的 R 包或者函数，可以得到下面效果的饼图？
常见的热图看腻了，这节来介绍如何通过ggplot2绘制圆形热图，为了方便各位观众老爷观看，我制作了一个交互式文档，后台回复关键词2021-4-14获取本文代码及文档 （这个是我转载的推文，如果需要这个代码和数据...，需要到原公众号去留言） 加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(cowplot) 读入数据 accidents <- read.csv("...7 2007 170 7 8 2007 143 8 9 2007 146 9 10 2007 145 10 数据可视化 先画一张常见的热图
citrus fruits https://www.nature.com/articles/s41588-023-01516-6 柑橘泛基因组NG.pdf 论文中大部分作图数据都有，我们可以试着用论文中的数据来复现论文中的图...，今天的推文我们来复现论文中的Figure 3 a和b 首先是Figure3a 一个柱形图叠加一个饼图 论文中提供的柱形图的数据 image.png 一直没太看明白这个柱形图想展示的是什么意思，欢迎大家留言讨论...softcore"="#df94a0", "core"="#d97168")) p1 image.png (这个配色个人感觉是真难看) 然后是饼图的代码..."Softcore"="#df94a0", "Core"="#d97168")) p2 image.png 把柱形图和饼状图组合到一起...library(patchwork) p3+p4 image.png 示例数据可以到论文中下载，或者给推文打赏1元获取我整理好的示例数据和代码
ggplot2的扩展包ggbeeswarm 首先是读入数据 ht = read.table("heterCombined.txt1") head(ht) unique(ht$V1) head()函数是查看数据集的前六行...包 library(ggplot2) library(scales) #install.packages("ggbeeswarm") library(ggbeeswarm) 这里用到的是scales...，但是这个图和论文中实际用到的图还是有很多不一样的地方的，可能是出图后用其他软件编辑的吧 这里有一个疑问是为啥用fill参数映射颜色图例却没有显示颜色呢？...示例数据和代码可以直接到论文中提供的下载链接去下载，或者直接在公众号后台留言20210927获取（注意是精确匹配开头结尾都不能有空格） 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本...公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
这个是很长时间之前写的内容了，忘记了有没有在公众号发过，正好有人在公众号留言问这个环形的柱形图应该如何实现，就想到了这篇笔记，在公众号发一下 一下是笔记的内容 偶然间找到了一份教程利用ggplot2绘制环状柱形图...，个人感觉非常适合用来展示叶绿体基因组蛋白编码基因的dn/ds值，因为不仅能够通过柱状图的高低来比较dn/ds值的大小，还能够通过环状展示蛋白编码基因在叶绿体基因组上所处的位置 A circular barplot...简易版的环状柱形图 就是这样似的 ?...Rplot07.png 标签看起来有些乱，自己没有想到解决办法，模仿教程中的解决办法：为参数hjust和angle赋予数据来调控标签的位置 df$angle<-96-df$id*6 ggplot(df,...小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
曼哈顿图是GWAS数据分析中经常会用到的一个图，R语言里有专门的包和函数直接生成曼哈顿图。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。 做曼哈顿图的数据通常是以下这种格式 ?...，ggplot2里做这种图的函数是geom_jitter() 今天用到的数据集是来自于rMVP这个包中的pig60K数据集 首先是获得这个数据集 library(rMVP) data('pig60K')...使用ggplot2画图 library(ggplot2) ggplot(pig60K,aes(x=Chromosome,y=trait1))+ geom_jitter() ?...image.png 从图上可以看到Y染色体对应的只有一个点，可以在原始数据中把Y对应的数据去掉，用到dplyr这个包中的filter()函数 library(dplyr) df<-filter(pig60K...image.png 今天内容的视频版 也欢迎大家到B站关注我 同名 小明的数据分析笔记本，会时不时的更新一些R语言做数据处理和数据可视化的视频，点击阅读原文直达。
首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...那我们就按照这个思路来构造数据 将数据集按照以上格式整理好，存储在csv文件中。...首先是读入数据 df<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap.csv",header=T) 以上数据是宽格式，借助reshape2这个包中的melt函数将宽格式转变为长格式...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2画热图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes...(fill=value),color="black")+ theme(panel.background = element_blank()) 这个地方遇到一个问题是缺失值如何给他填充为白色，我想到的办法是给缺失值赋值为
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