首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

ggpubr中是否有一些代码可以将P值转换为非科学的值以添加到图形中

在ggpubr中,可以使用stat_pvalue_manual()函数将P值转换为非科学的值,并将其添加到图形中。该函数的参数包括label(用于指定标签的名称)、label.sep(用于指定标签的分隔符)、label.size(用于指定标签的大小)、label.fontface(用于指定标签的字体样式)等。

以下是一个示例代码,演示如何使用stat_pvalue_manual()函数将P值转换为非科学的值并添加到图形中:

代码语言:txt
复制
library(ggplot2)
library(ggpubr)

# 创建一个示例数据集
data <- data.frame(
  group = c("A", "B", "C"),
  value = c(10, 15, 20),
  p_value = c(0.001, 0.05, 0.1)
)

# 创建一个散点图
p <- ggplot(data, aes(x = group, y = value)) +
  geom_point()

# 使用stat_pvalue_manual()函数将P值转换为非科学的值并添加到图形中
p <- p + stat_pvalue_manual(
  data = data,
  aes(label = p_value),
  label = "p = {p}",
  label.sep = "=",
  label.size = 4,
  label.fontface = "bold"
)

# 显示图形
print(p)

在上述代码中,首先加载了ggplot2ggpubr库。然后,创建了一个示例数据集data,包含了分组变量group、数值变量value和P值变量p_value。接下来,创建了一个散点图p,使用geom_point()函数添加散点。最后,使用stat_pvalue_manual()函数将P值转换为非科学的值,并使用label参数指定标签的格式和样式。最后,通过print(p)函数显示图形。

请注意,这只是一个示例代码,实际使用时需要根据具体的数据和需求进行调整。另外,关于ggpubr中的其他函数和参数的详细信息,可以参考官方文档或相关教程。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R语言之可视化⑥R图形系统续目录

例如,以下R代码将数据集初始化为ggplot,然后将一个图层(geom_point())添加到ggplot上,以创建x = Sepal.Length的散点图y = Sepal.Width: library...改变颜色形状 也可以通过分组变量(此处为Species)控制点的形状和颜色。 例如,在下面的代码中,我们将点颜色和形状映射到Species分组变量。...ggpubr用于发布准备好的图 ggpubr R软件包有助于为具有非高级编程背景的研究人员创建基于ggplot2的漂亮图形(Kassambara 2017)。...导出R图形 可以将R图形导出为多种文件格式,包括:PDF,PostScript,SVG矢量文件,WindowsMetaFile(WMF),PNG,TIFF,JPEG等。...它从文件扩展名中猜出图形设备的类型。 ggexport()[在ggpubr中]。 一次安排和导出多个ggplots。

2K10

R语言统计与绘图:给组合图形添加ABCD小标签

前面我们学习了ggplot2中组合图形的绘制,在科研论文中,组合图形每张子图通常需要加上ABCD等标签,如下图所示。 ? 这种ABCD标签既可以在PS或者AI中添加,也可以在R中直接添加。...今天我们来学习组合图形中怎么添加ABCD标签。 组合图形的标签添加可以使用ggpubr包的ggarrange()函数或annotate_figure()函数。 1....绘制图形 先绘制好需要的图形,在这里为求方便,我每张小图都是一样的。...大多数论文都是将标签放在左上角。...对象列表 plotlist # 要显示的绘图列表 ncol、nrow # 图形组合的列数和行数 labels # 要添加到图形中的标签列表,可以设置lable="AUTO"或"auto"自动生成大写标签或小写标签

7.7K20
  • 统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图

    主要内容如下: R-ggpubr包主要类型函数介绍 R-ggpubr包主要案列展示 R-ggpubr包主要类型函数介绍 虽然在Python中我们也可以通过使用Matplotlib定制化出符合出版要求的图表...因为你还没发现这个Python科学绘图宝藏工具包。而我们今天则介绍一个高性能的R包-ggpubr,从名字就可以看出这个包的主要用途了。...P值的相关系数添加到散点图中 stat_stars(): 将星星添加到散点图中 ggscatterhist(): 具有边际直方图的散点图 「比较均值并添加p值」 compare_means(): 均值比较...stat_compare_means(): 将均值比较P值添加到ggplot stat_pvalue_manual():手动将P值添加到ggplot stat_bracket()、geom_bracket...table2 总结 今天推文我们介绍了「R-ggpubr」实现极少代码绘制出符合期刊要求的可视化图表,极大省去了绘制单独图表元素的时间,为统计分析及可视化探索提供非常便捷的方式,感兴趣的小伙伴可探索更多的绘图函数哦

    1K10

    统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图

    在分享完即可统计又可可视化绘制的优秀可视化包后(具体内容可看统计绘图 | 既能统计分析又能可视化绘制的技能 。就有小伙伴私信问我“需要绘制出版级别的可视化图表有什么快速的方法?“。...主要内容如下: R-ggpubr包主要类型函数介绍 R-ggpubr包主要案列展示 R-ggpubr包主要类型函数介绍 虽然在Python中我们也可以通过使用Matplotlib定制化出符合出版要求的图表...因为你还没发现这个Python科学绘图宝藏工具包。而我们今天则介绍一个高性能的R包-ggpubr,从名字就可以看出这个包的主要用途了。...P值的相关系数添加到散点图中 stat_stars(): 将星星添加到散点图中 ggscatterhist(): 具有边际直方图的散点图 「比较均值并添加p值」 compare_means(): 均值比较...stat_compare_means(): 将均值比较P值添加到ggplot stat_pvalue_manual():手动将P值添加到ggplot stat_bracket()、geom_bracket

    72320

    R语言基础5(绘图基础)

    #https://mp.weixin.qq.com/s/p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ 拼图 图片 图片 可以在STHA网站找到现成的代码。...str_detect(x,"h")##是否含有关键词h,生成与X长度相等的逻辑值向量,可用于向量取子集; str_detect(x,"h|s")##是否含有关键词h或者s,生成与X长度相等的逻辑值向量...,可用于向量取子集; str_starts(x,"h")##是否以h开头,生成与X长度相等的逻辑值向量,可用于向量取子集; str_ends(x,"h")##是否以h结束,生成与X长度相等的逻辑值向量,...可用于向量取子集; str_replace(x,"o","a")#将x中的o替换为a,只替换出现的第一个o; str_replace(x,"o|s","a")#将x中的o或者s替换为a,只替换出现的第一个...o; str_replace_all(x,"o","a")#将x中的o替换为a,替换所有的o; str_remove(x," ")##将x中的第一个空格删除; str_remove_all(x," ")

    35871

    数据框的列名居然会影响绘图

    第二次提问;还有ggpubr包,ggstat等吗 在R语言中,除了ggplot2包之外,还有几个扩展包可以用于绘制包含统计信息的图形,包括箱线图。...这个包简化了为ggplot2图形添加p值和显著性标记的过程,并且支持多种图形的绘制,如箱线图、点图、条形图和线图等。...+ # 使用jco颜色方案 stat_compare_means() # 添加p值和显著性标记 ggstatsplot包: ggstatsplot是另一个ggplot2的扩展包,它允许用户创建包含统计细节的图形...如果需要从函数参数中动态选择列,可以使用rlang包中的sym()或!!操作符来避免非预期的列名重复问题。...如果上述方法仍然不能解决问题,建议查看ggstatsplot的官方文档和GitHub问题跟踪页面,看看是否有其他用户报告了类似的问题以及可能的解决方案。

    8210

    2023.4生信马拉松day6-绘图

    require(patchwork))install.packages("patchwork",update = F,ask = F)#加载以检查是否安装成功library(ggplot2)library...mm;透明度alpha;形状shape,不同形状有0-20的代号;图片实例:#2.1 手动设置,需要设置为有意义的值ggplot(data = iris) + geom_point(mapping...【一个patchwork的使用教程】patchwork特点:支持p1+p1直接拼图,比任何包都简单;复杂的布局代码易读性强;可以给子图添加标记,如ABCD,I II III IV;可以统一修改所有子图;...可以将子图的图例移到一起;6.问题&小结-(1)代码可运行却不出图——画板被占用dev.off() #回复null device,已关闭画板还运行会报错,报错没关系dev.new() #新建画板...;包括组织方式(转置解决)、对应关系等等;⑤ 套代码,调细节;---tips:画图最重要的是实践!

    1.1K30

    绘制带显著性比较的bar图

    概述:本文介绍如何轻松地为ggplot图形添加P值和显著性水平: 比较两组或多组的均值 自动地将P值和显著性水平添加到ggplot图形中,如箱形图,点图,条形图和折线图等 使用工具: R语言中的ggplot2...非参数检验) ANOVA aov()或anova() 比较多组(参数检验) Kruskal-Wallis kruskal.test() 比较多组(非参数检验) 用于添加P值的R函数 介绍两个ggpubr...包中的函数 compare_means():用于执行均值比较 stat_compare_means():用于在ggplot图形中自动添加P值和显著性水平 compare_means() 两样本间的比较...,label.y=c(29,35,40))+ #labe.x和label.y指定ns的坐标轴位置 label=..p.value将会显示P值 #label.y=c()有多组时可以分别指定位置...=F) #hide.na=T可以隐藏ns image.png 也可以在一个面板中展示 ggplot(df,aes(x=dose,y=len,fill=supp))+ geom_boxplot(position

    4.3K01

    R语言之 ggplot 2 和其他图形

    接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中,最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量,可以绘制直方图或密度曲线图。...其中,参数 binwidth 用于设置组距,默认值为全距除以 30,在作图时可以尝试设置不同参数值以得到比较满意的结果。...ggpubr 包提供了在平行箱线图上添加组间比较的统计学差异的功能。该包是一个 ggplot2 的衍生包,可以生成用于论文发表的统计图形,值得医学研究工作者探索。...函数 pyramid( )里有很多参数可以用于控制图形的细节展示,读者请查看该函数的帮助文档并尝试改变不同的参数设置以得到满意的输出效果。...3.5 小结 其他一些专门的图形,例如散点图矩阵、相关图、正态 QQ 图、生存曲线、聚类图、碎石图、ROC 曲线和 Meta 分析森林图等,将会在后续章节中结合统计分析方法陆续介绍。

    50820

    12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化

    许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。...,可以直观展示数据的动态变化过程,最后我们可以将动画保存为GIF、视频或动画网页,以便在RStudio或笔记本之外使用。...3 ggpubr 作者:Alboukadel Kassambara 网址:https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr 简介:要通过ggplot2定制一套图形...,尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形,对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了,而ggpubr可轻松绘制出符合出版物要求的图形。...,但它的构建是为了与ggplot2一起使用,这就意味着有很多东西可以让我们控制矩阵的外观,从改变颜色、形状或大小(如下面的圆形矩阵),到添加系数标签,根据层次聚类重新排列矩阵等等,具体见 ggcorplot

    1.5K11

    Jelys Note之生信入门class6

    Class 6#本文引用自生信技能树【知识拓展】【1.当不确定自己输入的代码是否正确时,可以用attach()括号内填入你想使用的数据,这样当你想用a数据里面的某列名字时,可以直接用Tab打出他的名字并且不会出错如图片...可以,颜值调整、细节调整以后再查再学】1....ggplot函数中,不相同的部分可以放在各自局部的函数中没有不一致的地方,可空着【局部与全局的区别,局部设置只对当前图层有效;全局设置,对所有图层有效】9. .波浪号连接!...library(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")五、拼图R包patchwork当代码可运行却不出图--因为画板被占用Dev.off()----关闭画板Null...套代码,调整细节【练习题:1.加载test.Rdata,分别test的以a和b列作为横纵坐标,change列映射颜色,画点图。

    68100

    R语言学习笔记-Day5

    :ggplot2青春版,图片好看一些,ggplot2也可以用代码进行调整1.4 ggplot2语法1.4.1 入门级绘图模板ggplot(data = )+(mapping...#透明度为50 % shape = 8) #点的形状映射:按照数据框的某一列定义某个属性#可以将点设置成多个颜色,与数据对应,而非统一颜色#统一设置时的参数从属于geom_function...(),输入值为"颜色"(可设置为多个颜色,但不建议);映射的参数从属于aes(),输入值为行名#自行指定映射的具体颜色scale_color_manual(value=c("color","color"...x = Sepal.Length,y = Petal.Length))+ geom_point(color = red")+ geom_smooth()aes()代表映射,只有键入该函数才能从数据中读取相应的内容可以在已有公共设置下进行二次映射代码不报错不代表没错...#作图代码dev.off()#关闭画板2.3 eoffice系列topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")#新建并保存为pptx文件对点过多的图不适用(e.g.火山图、热图),会导致

    10210

    统计绘图 | 一行代码添加P值的可视化技巧分享

    在一些常见的统计图表中经常需要在一些图表中添加P值,那么今天小编给大家汇总一下关于统计图表中P值的添加方法。...今天推文的主要内容如下: P值简单介绍 可视化绘制中P值绘制 P值简单介绍 P值是指在一个概率模型中,统计摘要(如两组样本均值差)与实际观测数据相同,或甚至更大这一事件发生的概率。...P值是一个服从正态分布的随机变量,在实际使用中因样本等各种因素存在不确定性.在许多研究领域,0.05的P值通常被认为是可接受错误的边界水平。...,详细的内容,小伙伴们可自行搜索哈~~) 可视化绘制中P值绘制 作为本期推文的重点介绍,如何在我们的可视化图表中添加P值,使其更好的表现图表含义是在绘制图表是需要考虑的。...Add P Values in ggbarplot 具体的P值样式修改可参看上面代码。

    1.6K10

    一行代码添加P值的可视化技巧分享~~

    在一些常见的统计图表中经常需要在一些图表中添加P值,那么今天小编给大家汇总一下关于统计图表中P值的添加方法。...今天推文的主要内容如下: P值简单介绍 可视化绘制中P值绘制 P值简单介绍 P值是指在一个概率模型中,统计摘要(如两组样本均值差)与实际观测数据相同,或甚至更大这一事件发生的概率。...P值是一个服从正态分布的随机变量,在实际使用中因样本等各种因素存在不确定性.在许多研究领域,0.05的P值通常被认为是可接受错误的边界水平。...(内容来源于网络,本来小编想自己写来着,可是,小编机会忘完啦,详细的内容,小伙伴们可自行搜索哈~~) 可视化绘制中P值绘制 作为本期推文的重点介绍,如何在我们的可视化图表中添加P值,使其更好的表现图表含义是在绘制图表是需要考虑的...Values in ggbarplot 具体的P值样式修改可参看上面代码。

    40120

    统计绘图 | 一行代码添加P值的可视化技巧分享

    在一些常见的统计图表中经常需要在一些图表中添加P值,那么今天小编给大家汇总一下关于统计图表中P值的添加方法。...今天推文的主要内容如下: P值简单介绍 可视化绘制中P值绘制 P值简单介绍 P值是指在一个概率模型中,统计摘要(如两组样本均值差)与实际观测数据相同,或甚至更大这一事件发生的概率。...P值是一个服从正态分布的随机变量,在实际使用中因样本等各种因素存在不确定性.在许多研究领域,0.05的P值通常被认为是可接受错误的边界水平。...(内容来源于网络,本来小编想自己写来着,可是,小编机会忘完啦,详细的内容,小伙伴们可自行搜索哈~~) 可视化绘制中P值绘制 作为本期推文的重点介绍,如何在我们的可视化图表中添加P值,使其更好的表现图表含义是在绘制图表是需要考虑的...Values in ggbarplot 具体的P值样式修改可参看上面代码。

    79910

    scRNA分析|自定义你的箱线图-统计检验,添加p值,分组比较p值

    本文主要解决以下几个问题 (1)指定统计检验方式(2)指定比较组并添加P值(3)任意比较(4)分组比较 (5)使用星号代替P值 等 一 载入R包 数据 使用本文开始的基因集评分的结果 和 ggpubr...1,指定比较的组 ggpubr 中使用stat_compare_means函数进行统计学检验,需要是list形式。 假设感兴趣的是Epi,T 和 Myeloid 与 un之间 ,是否有统计学差异?...right") p2 + stat_compare_means(aes(group = group)) 三 可视化调整 除上述之外还有一些常见的小调整,比如去掉p值前面的统计方法, 将P值改为星号,...() #更改主题 这里就可以使用一些ggplot2的参数进行自定义优化了。...有需要的可以看一下ggplot2的基础知识。

    4.1K20

    58-R可视化-7-用ggpubr与ggstatsplot快速出高颜值图

    前言 这里我先下结论:并不建议你拿下面这两个包作为你的绘图主力。 他们颜值高,而且用起来非常方便;但是,其语法与ggplot 绘图系统并不相同。...或者以我浅薄的认知来看,他们简单传参的语法甚至比ggplot 更通情达理。 但一旦你陷入这种打包好了的高级绘图函数的甜蜜时,你的想象力,你的绘图技能,也将止步在那里。...ggpubr ggpubr 就是一个傻瓜版的ggplot,功能和细节相对少了很多,但代码也简洁了不少。 除此之外,ggpubr 还增加了ggsigif 包,可以进行简单统计分析绘图内容。...ggpubr包 - 简书[1] 统计分析 可以在同一个函数内对参数进行赋值,实现各种复杂图形的绘制。...有相当多的绘图类型。

    82220

    R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

    3.其他散点图函数 除了上面的包和函数可以绘制散点图外,还有一些包也可以绘制复杂性的散点图。比如说car包中的scatterplot()函数和lattice包的xyplot()函数。...包中的ggscatter()函数也可以绘制散点图。...font.family # 指定标签的字体格式 label.select # 字符向量,指定要显示的一些标签; repel # 逻辑词,是否使用ggrepel避免过度绘制文本标签。...label.rectangle # 逻辑词,如为TRUE,则在文本下方添加矩形便于阅读 parse # 为TRUE,标签将被解析为表达式 cor.coef # 逻辑词,为TRUE,相关系数的p值添加到图上...# 逻辑词,图例中是否包含文字; ggtheme # ggplot2主题名称,默认为theme_pubr(); # 可用值包括theme_gray(),theme_bw(),theme_minimal

    5.3K20

    可视化中你最常用的软件包有哪些?

    弥补了R中创建图形缺乏一致性的缺点,且不会局限于一些已经定义好的统计图形,可以根据需要创造出任何有助于解决所遇到问题的图形。...核心理念:将绘图与数据分离,数据相关的绘图与数据无关的绘图分离,按图层作图。 也正是因为这个包,直接将R可视化推向了顶端,可以说是所有编程软件绘图最出色的包了吧。...可视化是小编个人业余爱好,纯属感兴趣,于是自愿做了一名大自然搬运工(翻译工),并加上自己的理解,整理了以下11个拓展包。可以直接点击进入,所有源代码和Rmd文档可在我的github[3]中获得。...cowplot包:用R添加水印 flexdashboard包:用于R的简单交互式仪表盘 gghalves包-你五毛我五毛 用ggpubr包制图 reticulate包--数据科学者的福音 igraph...gganimate[6] gganimate扩展了由ggplot2实现的图形语法,以包括动画的描述。为此,它提供了一系列新的语法类,可以将它们添加到plot对象中,以自定义其随时间变化的方式。

    1.3K40
    领券