sunqi 2020/7/31 概述 年初的时候我好像打算对ggplot2进行一个教程，后来因为其他事情耽搁了，今天打开以往的git日志，才发现有这么一个坑（ggplot2初探），虽然现在绘图的包层出不穷...图片的保存 ggplot标准绘图流程 打开绘图设置 pdf(“r-graphics.pdf”) svg(“r-graphics.svg”) png(“r-graphics.png”) tiff(“r-graphics.tiff...pdf("ggplot.pdf") print(myplot1) # Plot 1 --保存到第一页 print(myplot2) # Plot 2 ---保存到第二页 dev.off...() ## png ## 2 # 保存png格式 png("myplot.png") print(myplot1) dev.off() ## png ## 2 # 绝大多数的时候我用的是ggsave...保存pdf，这里没有指定保存图形，一般为现在绘图面板中的图形 ggsave("myplot.pdf") # 2.2 OR save it to png file ggsave("myplot.png")
、eoffice-topptx#ggsave服务于ggplot2#eoffice可将图导出为ppt内可编辑元素1.2 基础包（base）-绘图函数高级/低级绘图函数 #高级绘图函数可独立于其它函数，低级绘图函数...,color = Species))+ scale_color_paletteer_d("awtools::mpalette")#"配色R包::配色名"1.4.3 几何对象一个geom函数所画出来的所有元素被称为几何对象几何对象可叠加...Petal.Length))+ geom_point(color = red")+ geom_smooth()aes()代表映射，只有键入该函数才能从数据中读取相应的内容可以在已有公共设置下进行二次映射代码不报错不代表没错...，即comparisons比较的参数2 图片保存2.1 ggplot2系列：ggsave("iris_box_ggpubr.png")ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr2...2.2 通用：三段论pdf("test.pdf")#保存的函数及文件名...
("Fig2A_barplot.pdf", path = ".....("SuppFig4_barplot_cna_clone.pdf", path = ".....("SuppFig4_barplot_cluster_type.pdf", path = ".....[Fig2A_barplot.pdf] 这张图也是同样的问题，所有的元素没有到一张画布上，还是需要更改height值。...[SuppFig4_barplot_cluster_type.pdf] 或者跟这张图一样，把多余的图例去除，应该就能把全部的元素放到一张图上了。
转化ID前要载入org.Hs.eg.db\org.Mm.eg.db，其包含着各大主流数据库的数据，如entrez ID和ensembl等等，使用keytypes(org.Mm.eg.db) 可查看所有支持及可转化类型...entrez ID #### #org.Hs.eg.db\org.Mm.eg.db包含着各大主流数据库的数据，如entrez ID和ensembl, #keytypes(org.Hs.eg.db) #查看所有支持及可转化类型...is organized as a directed acyclic graph.有向无环图 gop <- goplot(go_enrich_results, showCategory = 10) ggsave...绘制cnetplot有两种展现方式， 更改参数circular 为 F（默认）或T可以分别得到散布状和圈状分布的cnetplot；cnetplot还可以输入含log2FC信息的genelist ，会将log2FC...(cnetp1,filename ='cnetplot.pdf', width =12,height =10) ggsave(cnetp2,filename = 'cnetplot_cir.pdf',
## 将文件夹中的文件名存到"dir_name"中 dir_name <- list.files() ## 查看"dir_name" dir_name #[1] "BC21" "BC3" ## 为"dir_name...PercentageFeatureSet(sc, features=HB_genes) # 将sc赋值给scRNAlist[[i]] scRNAlist[[i]] <- sc # 删除sc rm(sc) } "^MT-":表示匹配所有以...("scplot_merge.pdf", plot = scplot_merge, width = 15, height =7) 图片展示 8....整段意思为：对每个细胞的每个基因的表达量除以总表达量，然后乘以比例因子10000（不乘以10000取Log后数据小数点会很多，不好看），然后进行log归一化（LogNormalize目的是让整体的数据服从正态分布...("umap_tsne_integrated.pdf",umap_tsne_integrated,wi=25,he=15) 图片展示 10.
在进行单细胞转录组测序分析中，我们发现比如样本较多或者需要大量出图的时候，我一开始就是大量手动一个一个的出图，但回头想想，这样的操作模式不都是一样的嘛，直接用for循环不就搞定啦！...count <- 0 for (val in x) { if(val %% 2 == 0) count = count+1 } print(count) [1] 3 在上面的示例中，由于向量x具有7个元素...在每次迭代中，val取x的对应元素的值。 我们使用了一个计数器来计算x中的偶数。我们可以看到x包含3个偶数。...object = run.combined, features = c(run.combined.markers$gene[m])) print(p) ggsave...其实也可以写一个apply版的，获得所有plotList，再用patchwork或cowplot进行拼图。
生信技能树-数据挖掘课程笔记 作图软件 base ggplot2 pheatmap ggvenn 拼图软件 patchwork 图片导出 经典三段函数 ggsave eoffice topptx base...：指定数据、美学映射、几何对象 ggplot2 基本元素 数据：作图的原始数据 ggplot(data = ) 几何对象：数据作图的图形方式 geom_() 美学映射：图形的位置、...(mapping = aes(x = cut, fill = clarity), position = "dodge") p1 + p2 #保存导出图片 #经典三段函数 pdf...("data.pdf") p1 + p2 dev.off() #ggsave p = p1 + p2 ggsave(p,filename = "data.png") #eoffice library(eoffice...) topptx(p,"data.pptx") #导出的ppt中所有图片的元素可修改 输出结果：
Sepal.Length,y = Petal.Length))+ geom_smooth()+ geom_point()#这个代码和上一句代码运行结果一致，简化写法，ggplot()中设置是全局设置，对于代码中所有的...1.7 图片保存save_export.Rggplot2系列ggsave("iris_box_ggpubr.png(图片名称和格式)")或ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png...(图片名称和格式)")后缀不可以写错，必须是存在的图片格式通用-三段论第一段：保存的函数及文件名 > pdf("test.pdf(文件名称.pdf)")#❓pdf可以查看有哪些可以保存的格式第二段：作图代码...可以容纳多多第三段：画完了，关闭画板 > dev.off()1.8 神奇R包 - eofficelibrary(eoffice)#加载topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")#将图(变量p)保存到...列表第几个元素，就是拆分出向量的第几个元素class(str_split(x," "))#列表x2 = str_split(x," ")[[1]];x2#提取出向量y = c("jimmy 150","
scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))#指定映射的颜色使用现成的配色方案(ggplot2中内置了RColorBrewer)获取此包中所有配色方案...箱型图应用fill填充颜色 geom_boxplot()+ geom_jitter()+ #加入随机，使点在图中不重叠 theme_bw()#改变主题(去除灰格背景)图片保存基础包保存(base)pdf...("iris_box_ggpubr.pdf")#保存的函数及文件名boxplot(iris[,1]~iris[,5])text(6.5,4, labels = 'hello')#作图代码dev.off(...Sepal.Length", color = "Species", shape = "Species", add = "jitter")ggsave...(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")ggsave("iris_box_ggpubr.png")eoffice包 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式library(eoffice
"nFeature_RNA", group.by = "orig.ident", pt.size = 0.5) ggsave(filename="Scatterplot.pdf",plot=p3)...ggsave(plot=p2_tree, filename="Tree_diff_resolution.pdf",width = 8,height = 12) table(input_sce.all@...FindVariableFeatures：识别在所有细胞中表达变异度最大的基因，这些基因通常用于后续的降维分析（如PCA）。...saveRDS：将处理后的Seurat对象保存到文件中，以便后续使用。...答：一旦选择了一个适当的分辨率，可以将这个分辨率下的聚类结果设置为 active.ident，这样 Seurat 中的所有下游分析都会基于这个聚类结果。
as.list() 将数据框转换为列表，每个列表元素对应一个细胞类型或分群的前 100 个基因符号。最终，symbols_list 是一个列表，每个元素包含某个细胞类型或分群的前 100 个基因符号。...问1：得到的marker_cosg，是一个包含两个元素的列表，一个是names，一个是scores。这个scores存储了哪些信息？...unique()函数会返回所有不同的细胞类型，即去重后的细胞类型列表。lapply() ：是R中的一个循环函数，作用是对列表中的每个元素应用同一个函数，并返回一个列表。...degs：返回一个列表，每个列表元素对应于一个细胞类型，并包含该细胞类型在STIM与CTRL条件下的差异表达基因结果。...do.call(rbind, degs_list)：将所有细胞类型的差异表达数据按行绑定在一起，生成一个整合了所有细胞类型的差异表达数据框degs_allcluster_type_df。
("Patient_UMAP.pdf",width = 6,height = 4)DimPlot(rna,group.by = "RNA_snn_res.0.7",label = T)+ggsave("...Cluster_UMAP.pdf",width = 6,height = 4)DimPlot(rna,group.by = "SingleR",label = T)+ggsave("SingleR_UMAP.pdf...",width = 6,height = 4)DimPlot(rna,group.by = "SingleR.HPCA",label = T)+ggsave("HPCA_UMAP.pdf",width...= 8,height = 4)DimPlot(rna,group.by = "SingleR.BED",label = T)+ggsave("BED_UMAP.pdf",width = 8,height...","KIT"))+ggsave("Mast_Signatures_Violin.pdf",width = 8,height = 4)##################################
(mapping = aes(x = cut)) ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping = aes(x = cut)) 统计变换使用场景 #不统计...", color="Species") 图片 拼图 par里的mfrow grid.arrange cowplot customLayout patchwork 导图 经典三段论 pdf...("iris_box_ggpubr.pdf") boxplot(iris[,1]~iris[,5]) text(6.5,4, labels = 'hello') dev.off()#关闭画板 ggsave...color = "Species", shape = "Species", add = "jitter") ggsave...(p,filename = "iris_box_ggpubr.png") eoffice—topptx eoffice包 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式 topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx
(filename = paste0("plot_", i, ".pdf"), plot = plot, width = 3.9, height = 2.53, units = "in", dpi =...$year) %>% map(make_plot) walk2(plots, names(plots), ~ggsave(filename = paste0("plot_aov-", .y, "....pdf"), plot = .x, width = 3.9,...) 关注下方公众号下回更新不迷路 ❝本节介绍到此结束，有需要获取此文档数据的朋友，欢迎到淘宝店铺R语言数据分析指南，购买小编的R数据可视化案例文档(2024版)，「购买将赠送2023年的绘图文档内容」...❞ 2024更新的绘图内容同时包含数据+代码+markdown注释文档+文档清单，「小编只分享案例文档不额外回答问题无答疑问。」 在线同步更新 2024年案例图展示 2023年案例图展示
作图baseggplot2 ★ggpubr拼图par里的mfrowgrid.arrange cowplotcustomLayoutpatchwork ★导出经典三段论ggsave ★（属于ggplot2...Petal.Length))+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))#全局 对所有图层有效...geom_bar(mapping = aes(x = cut))ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping = aes(x = cut))使用表中数据直接作图，而不统计...ggplot(data = fre) + geom_bar(mapping = aes(x = Var1, y = Freq), stat = "identity")不统计count，统计比例（prop...(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")或者 ggsave（"文件名称.后缀"）#后缀是有意义的方法2：三段论pdf("test.pdf") #保存的格式及文件名..
"nCount_RNA", "nFeature_RNA", pt.size = 0.5)ggsave(filename=paste0(pro,"Scatterplot.pdf...(paste('check_for_',x,'.pdf'),height = h) }) ....lapply 函数对 markers 列表中的每个元素执行指定操作。...sce.all.int: 输入的单细胞对象（SingleCellExperiment 或 Seurat 对象），包含了所有细胞的数据。...groups = all: 指定要对所有群体进行分析，即识别所有群体的marker基因。assay = 'RNA': 指定使用RNA测序数据进行分析。...该对象包含了所有细胞的表达数据以及相关的元数据。
的值及重复次数ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping = aes(x = cut)) #画个图展示count的数量，统计变换函数#统计变换使用场景#5.1.不统计...，group=1作为模板（将所有的组成部分的和作为1）ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop..,...可以保存ggplot2与ggpubr的图#1.基础包作图的保存pdf("iris_box_ggpubr.pdf") #保存为pdfpdf("test.pdf") #先写变量名boxplot(iris[,...(p,filename = "iris_box_ggpubr.png") #注意写好后缀#3.eoffice包 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式，但是在点过多的时候容易卡顿library(eoffice...pdf("data.pdf")ggplot(data=iris)+ geom_violin(mapping=aes(x=Species,y=Sepal.Width,fill=Species))+ geom_boxplot
以stat_开头 ggplot(data = diamonds)+ stat_count(mapping = aes(x = cut)) #使用场景1： 使用表中数据直接作图，而不统计...diamonds ggplot(data = fre)+ geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = freq),stat = identity) #使用场景2：不统计...ggplot ggpubr的画图可以赋值给变量 可以用于图上加p值 p <- ggboxplot() my_comparisons <- list() ggplot2::ggsave 图片保存 ggsave...filename不能省略 通用保存：三段论p pdf() 画图代码 dev.off() 神器eoffice: 把图片以可编辑的格式导出到ppt，可编辑！...否则，所有的图形绘制将会输出到同一个设备中，可能导致图形重叠或其他问题。 用 “因子” 解决 横坐标-分类变量 自定义的需求 图片
给的颜色数量需要和前文aes()中的color=species中的内容匹配出来如果没有写映射，那么scale_color_manual代码将不会执行，但也不会报warning或error，但是代码不报错，不代表真的没错...shape = 24, color='red', fill='yellow') #手动设置fill和color2.几何对象一个geom_xxx()函数画出来的所有东西就得到一个几何对象...保存（当然也包括ggpurb）已经在右下角画板里展示的的，就ggsave('文件名')，注意要写上文件名后缀，如jpeg、png等右下角画板没有的，可以ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png..."):方法2：三段论1.保存的函数及文件名，如pdf('test.pdf')、jpeg('test.jpeg')，注意文件的后缀名和函数必须一致2.写作图代码，注意基础包画图，不同的函数连接不需要加“+...”3.dev.off()方法3：eoffice包可以导出为ppt格式，打开相应的ppt时可右键取消组合，就可以对各个元素进行修改注意：1.超多点的图或超多行列的热图不适用，ppt会卡掉2.导出R语言之后的操作无法用代码复现
常用可视化R包和函数 1，作图 base ggplot2 ggpubr 2，拼图 par里的mfrow grid.arrange cowplot patchwork 3，导出 经典三段论 ggsave...iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) #列名不添加引号...mapping = aes(x = cut)) ggplot(data = diamonds) + stat_count(mapping = aes(x = cut)) #统计变换使用场景 #5.1.不统计...("iris_box_ggpubr.pdf") boxplot(iris[,1]~iris[,5]) text(6.5,4, labels = 'hello') dev.off() #2.ggplot...2、搜索画图代码 3、仿制示例数据 4、套代码，调整细节 玩转字符串 str_length() length()#向量里面元素的个数 str_split() str_sub(x,5,9)#提取5-9的元素
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