引言 每一位初学者接触R，想必都是从RStudio开始的，甚至将RStudio当作R本身的也不在少数。尽管RStudio是一个非常受欢迎的R编程环境，但它也有一些缺点。...单 session 布局固定 内存消耗大 首先， "得益于"单 session 操作, 当RStudio的Console 中运行了一个命令后, 整个编辑器就会失去响应, 而时不时的无响应对编程的打击是巨大的...其次，RStudio的界面不够灵活。相信不是只有我一个人觉得右下角的文件导航窗没用吧，RStudio的默认布局可能不适合每个用户的需求，而且更改布局需要花费一定的时间和努力。...此外，VSCode还具有出色的Git集成，可以使您更轻松地管理代码版本控制。您可以使用VSCode内置的Git功能轻松查看代码差异、提交更改和解决冲突。...图片 过程--以macOS为例 我们需要的东西 本地VS Code及插件 R(R LSP Client已被整合, 不需要单独安装) R tools 本地R包 languageserver httpd 服务器应用
通常，在项目上使用Git的工作时，你会希望排除将特定文件或目录推送到远程仓库库中的情况。.gitignore文件可以指定Git应该忽略的未跟踪文件。...在本教程中，我们将说明如何使用.gitignore忽略Git中的文件和目录。包括常见匹配模式*星号，斜杠/，#井号注释，?...要递归删除目录，请使用-r选项： git rm --cached filename 如果要从索引和本地文件系统中删除文件，请忽略--cached选项。...以递归方式删除文件时，使用-n选项将执行空运行并显示要删除的文件： git rm -r -n directory 调试.gitignore文件 有时候，确定为什么要忽略特定文件可能会很困难，尤其是当你使用多个...该文件包含用于描述应忽略的特定文件和目录的模式。gitignore.io是一种在线服务，可让你为操作系统，编程语言或IDE生成.gitignore文件。如果你有任何问题或反馈，请随时发表评论。
部分场景中，我们会希望删除远程仓库（比如GitHub）的目录或文件。...具体操作 拉取远程的Repo到本地（如果已经在本地，可以略过） $ git clone xxxxxx 在本地仓库删除文件 $ git rm 我的文件 在本地仓库删除文件夹 $ git rm -r...我的文件夹/ 此处-r表示递归所有子目录，如果你要删除的，是空的文件夹，此处可以不用带上-r。...提交代码 $ git commit -m"我的修改" 推送到远程仓库（比如GitHub） $ git push origin xxxxxx 补充: git rm 查看git rm的说明文档: $ git...-n, --dry-run 演习 -q, --quiet 不列出删除的文件 --cached 只从索引区删除 -f, --force 忽略文件更新状态检查 -r 允许递归删除 --ignore-unmatch
优点： 活跃的社区支持 与 Git 的完美集成 为管理多个项目提供支持 缺点： 在较老的 CPU 上运行可能会出现性能问题 可能遇到迁移问题 Jupyter Notebook 平台：Linux/macOS...此外，Jupyter Notebook 中的单元可以选择代码或者文档，也就是说选择文档后可以直接按照 MarkDown 的语法写代码或整个文件的注释、心得和背景知识等。...对于那些不了解 RStudio 的人而言，你们只需要知道它是最流行的 R 语言集成开发环境。...在线帮助选项允许用户在并行开发项目的同时寻找关于库的专门信息。而且，这个 Python 专用 IDE 与 RStudio 类似。因此，在从 R 切换到 Python 时这是一个恰当的选择。...优点： 代码完备性和变量探索 易用性 数据科学项目的理想工具 界面整洁 活跃的社区支持 缺点： 不适用于非数据科学项目 对于高阶 Python 开发者而言太基础了 如何为 Python 选择理想的 IDE
要在CentOS Linux中引入适用于目录和文件的权限，让我们看看下面的命令输出。...[centos@centosLocal etc]$ ls -ld /etc/yum* drwxr-xr-x. 6 root root 100 Dec 5 06:59 /etc/yum -rw-r--r...“ - ” - 纯文件的短划线 “d” - 用于目录 “l” - 用于符号链接 我们将重点关注每个目录和文件的三个输出块 - drwxr-xr-x：root：root -rw-r - r--：root...：root drwxr-xr-x：root：root 现在让我们分解这些，以更好地理解这些线 - d 意味着对象类型是一个目录 rwx 指示应用于所有者的目录权限 r-x 指示应用于组的目录权限 r-x...指示适用于世界的目录权限 root 第一个实例表示目录的所有者 root 第二个实例表示应用了哪些组权限的组
Atom 平台：Linux/macOS/Windows 官网：https://atom.io/ 类型：通用文本编辑器 Atom 是一种免费的开源文本及源代码编辑器，适用于 Java、PHP、Python...优点： 活跃的社区支持 与 Git 的完美集成 为管理多个项目提供支持 缺点： 在较老的 CPU 上运行可能会出现性能问题 可能遇到迁移问题 Jupyter Notebook 平台：Linux/macOS...对于那些不了解 RStudio 的人而言，你们只需要知道它是最流行的 R 语言集成开发环境。...因此，在从 R 切换到 Python 时这是一个恰当的选择。...优点： 代码完备性和变量探索 易用性 数据科学项目的理想工具 界面整洁 活跃的社区支持 缺点： 不适用于非数据科学项目 对于高阶 Python 开发者而言太基础了 如何为 Python 选择理想的 IDE
安装R和RStudio R的安装 从R project网站的CRAN中找到MacOS版本下载链接下载安装包。...R软件界面和RStudio界面如下： RStudio安装 从RStudio官网下载MacOS版本RStudio安装包。对于MacOS，安装选择默认路径即可。 2. R语言是什么？...R语言汇集大量函数和软件，可以提供强大的功能，在生信数据分析中应用最为广泛，是生信工作者需要掌握的最基本的编程语言。...R语言的界面较为简陋，图形界面RStudio提供开源集成的开发环境，使R更为好用！ 3....用Rproject管理工作目录 工作目录：R默认的读取和存储文件夹(位置)，这个文件夹包括脚本、文件、图片。
生物信息学需要复杂的统计学分析和灵活的数据可视化。编程语言R拥有丰富的统计学函数和数据可视化包，适用于高维生物学数据。基于此，本系列文章开展R语言基础教程，帮助更多学习生信的小伙伴打好编程基础。...R下载与安装 下载链接：https://mirrors.dftianyi.com/CRAN/ 根据电脑系统选择相应的R版本 mac系统的根据macOS版本号选择合适的安装包，下载并安装即可。...否则该用户命令行只有一个$ usermod -s /bin/bash 新用户名 完成以上操作就可以用新用户登录Rstudio了 R的使用 用于管理R工作区的函数 函数 功能 getwd() 显示当前的工作目录...setwd(“路径”） 设置或修改当前的工作目录 Is() 列出当前工作区中的对象 rm(objectlist) 移除（删除）一个或多个对象 help(options) 显示可用选项的说明 options...load(“myfile”) 读取一个工作区到当前会话中（默认值为.RData) dir.create() 创建新目录 R包的安装和使用 包的基本函数 这里涉及需要包名的地方用Seurat举例
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。...首先我们看下包的安装： install.packages(“installr”) 接下来看下包中主要的函数，此包包含了一下功能：updateR, install.R,install.RStudio, install.Rtools..., install.pandoc, install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick...如果你前面迁移包填写了“是”，那么你可以在下面的步骤进行更新，有个问题就是不是所有的包都会成功更新，这时候就会掉入调各种依赖版本不适应的循环。 ?...我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。
Git Bash Here和RStudio软件的问题解决 0、 写在前面 1、Git软件在任务栏图标空白 2、RStudio软件 2.1 警告信息InormalizePath(path.expand(...版本：2.36.0.windows.1 R版本：R-4.2.0 RStduio版本：RStudio-2021.09.2-382 1、Git软件在任务栏图标空白 Git Bash固定在任务栏 屏幕右键Git...重启之后，将Git Bash固定到任务栏再打开就正常了 2、RStudio软件 Note：因为随机森林的包randomForest在R-3.6.2版本是没有的，需要在4.0以上的版本才有这个package...(path.expand(path), winslash, mustWork) 解决方法 首先检查R环境的安装目录是否存在空格或者属于目录名包含中文，这两种情况都必须避免 第二种：找到R语言环境的安装目录...，进入library->base->R文件夹，打开Rprofilew文件，在注释内容后面的第一行加入以下内容： 参数R_USER：R环境的安装目录 Sys.setenv(R_USER="D:/R/R-
在Datacamp这样的在线交互培训和教育平台上学习之后，下一步要做的就是使用自己的计算机应用Python，R，Git，或者Unix Shell中的技巧。...同时使用R和RStudio的好处及其在操作系统中的安装。 Unix Shell的优势及其使用方法。 Git的优势及其在操作系统中的安装。 接下来，让我们开始学习吧！...RStudio集成开发环境(IDE)通常被认为是使用R 语言最简单、最高效的方法。 RStudio的优点 安装R语言后，你就可以使用R语言提供的功能和项目啦，还可以在R解释器中构建和运行命令。...这些特性使得它能够成为在你安装R语言之后真正需要的RStudio。新手们经常问的一个问题是如何在R中安装软件包。下面的视频演示了使用RStudio的包管理器安装tidyverse的一个方法。 ?...Shell 导航目录、复制文件、使用虚拟机等都是数据科学家工作的日常。
在 RStudio 中，"View" 功能栏提供了多种用于查看和管理工作环境的选项，可以帮助我们更有效地管理和查看 RStudio 中的不同部分，提高工作效率。...Show Files: 显示当前工作目录中的文件。 Show Plots: 显示图形窗口。 Show Packages: 显示已安装的 R 包。...R 环境，定制你的工作流程，以及访问 RStudio 的高级功能。...R Markdown: R Markdown 文档的编译和输出选项。 Git/SVN: 版本控制集成的设置。 Terminal: 终端的配置。...的工作目录？
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频...8G内存+0.5T硬盘，系统可以是ubuntu等linux系统，或者Windows里面安装虚拟机，或者 MAC，并且一定要安装好 xshell,winscp,everything,notepad++,git...R https://cloud.r-project.org/ rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ Xshell https...系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾...，达到熟悉linux的命令行界面，学到软件的安装及管理的方法。
在Windows中，绝对路径通常以驱动器字母（如C:）开头，例如： C:/Users/Username/Documents/data.csv 在Linux和macOS中，绝对路径以根目录（/）开始，例如...它不从根目录开始，而是从当前工作目录出发，指向目标文件或文件夹。相对路径更常用于项目中，便于文件随项目一起移动。...其优点是确保在同一台机器上不同的 R 会话中使用相同的变量设置，适用于长期的配置和工作环境管理。如果只想为某个项目或会话调整变量，可能不太适合。...这种方式允许在每个 R 会话中灵活地调整变量设置，非常适用于临时或特定需求的调整。 镜像 镜像（Mirror） 是指在不同地理位置上维护的，内容是原始站点（如 CRAN）的复制版本。...shell端 修改后的库目录 修改后查看 临时修改 如果你要临时修改，你只需要在你的Rstudio会话中执行下列代码： .libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library
最近需要在服务器上用Rstuido，奈何课题组的服务器尚未开通Rstudio server，经过曾老师和永和的指点，最终实现在Windows和MacOS双系统下打开基于服务器的Rstudio。...如果Rstudio server的R版本不符合你的需求，也可以通过以下办法实现R版本自由。 Windows 首先需要安装MobaXterm，并登陆你的服务器。...# 新建环境 conda create -n rstudio -y conda activate rstudio # 在环境中安装指定版本的 R conda install r-base=4.2.0...rstudio弹出以上报错，我们前往MobaXterm的设置中取消勾选RANDR即可。...取消勾选后重新输入rstudio即可打开。 MacOS 由于MobaXterm只有Windows版本，而MacOS是不自带图形化的，因此直接尝试打开rstudio会报错。
Linux 系统不需要安装编译工具，但 macOS 系统需要。...配置 Windows R 默认使用用户文档目录作为家目录（等同于 Linux 中的 ~），使用系统指定的临时目录作为临时目录，使用安装路径下的 R版本/library 目录作为 R 包存储目录。...如果你什么都选择默认的， 当你一时安装包过多，或者装了电脑管家之类的管理软件时，系统的临时目录经常会把 RStudio 锁死，导致不能进行读写。...当你想要更新 R 版本时，你不得不面临重装所有包的举动（如果你使用几个月，装了几百个包~~），或者想其他办法解决。 下面就是教你自己创建自定义的临时目录与包目录，这样上面情况都不会发生了。...保存后重启 RStudio 或者点击菜单栏 Session 下的 Restart R 。 ? 每次都会输出你包的存储路径和 R 的临时路径，方便提醒自己。
【软件安装】现在百度网盘的一些软件和b站视频里的不一样，少了一些，例如git，这种是不用装的吧？ 可以不装哈，安装好R Rstudio 以及钉钉这些必备的即可，然后安装R包。...【R包安装】这条下载比较久是正常的嘛 正常的，但建议更新到 R4.4 版本 【软件安装】我的R是百度网盘里的R4.4.0，在Rstudio上安装R 包，上面显示程序包是 用R4.4.1版本建造的。...不用，这样是完全没问题的 【R】这是怎么了 这是在运行中，下载安装R包，一般不需要担心 【R包安装】这个怎么选择呢 输入no 【R包安装】刚刚网卡重启了一下网络再run了一遍，现在呢 选yes，实际上你很多...【R报错】为什么rmd转md的代码在脚本编辑器中运行不了，但是在控制台就可以运行 这个代码都是在控制台写，rmd内部写代码来运行自己，就是在铁扇公主肚子里找铁扇公主。...如果是Mac操作系统，看这个《苹果MacBook电脑macOS系统新手从入门到精通大师版教程教学》 https://www.bilibili.com/video/BV11E411S74z/ 【R实战】做
配置环境后出现了超级诡异的事情，前前后后折腾了两三天，值得分享一下： 一般来说，拿到全新电脑，就按照我五年前写的生物信息学办公电脑环境配置教程安装好R和rstudio，以及对应的R包，详见：http:/...) Running under: macOS Big Sur 11.5.2 Matrix products: default LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework...这个时候，灵感来了，我去原始的R里面加载同样的包，居然就不会报错，让我彻底明白了，所谓的报错，居然是Rstudio这个工具的问题！...但是我明明是在官网下载的最新版啊：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ 官网的最新版Rstudio 这个时候，跟朋友们交流了一下， 发现大家的...rstudio并不是目前官网显示的日期这样的标记，而是 普通的版本号，比如：RStudio-1.4.1717.dmg 所以我去下载了旧版本的rstudio，果然，这次就没有了前面的奇奇怪怪的报错。
Git for windows 使用进阶教程 通常使用Rstudio是为了更方便地使用R，但是Rstudio的Terminal在装了Git for windows也能派上用场了。...首先我们需要在Rstudio的Global Options中设置Terminal对应Git Bash。...（温馨提示一下，Rstudio的Console中是输入R的代码，Terminal如果指定了Git bash就可以输入Linux命令，大家不要混淆哦!）...\Git\usr\bin”）放到系统环境变量中，然后重开Rstudio的Terminal就没有问题了。...然后用解压软件把安装包下所有文件解压到存放Git中的Linux命令的文件夹（注意解压后wget.exe这个文件要放在Git安装目录的usr/bin/目录下），当然也可以解压到别的文件夹，但要注意的是都要把
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