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webgestalt:基因富集分析的在线工具

在组学数据分析中,基因富集分析是最常用的方法之一,所有的基因数据分析最终都要落实到功能上去,富集分析作为一种最基础的功能研究方法,通过go, kegg pathway等不同的基因功能注释数据库,再结合对应的富集分析算法...富集分析的必要性和重要性不言而喻,有很多的成熟的软件可以来进行这样的分析,比如clusterProfiler, GSEA等等,然而这些工具的使用还是具备一定的门槛,对于没有编程经验的生物学家而言通过这些软件得到富集分析的结果并不是一件容易的事情...为了方便广大科研工作者进行富集分析,有很多的在线工具被开发出来,其操作简便,更易上手,最著名的当属DAVID这个网站了,有接近4000次的引用。...webgestalt是一个专注于富集分析的在线网站,支持多种富集分析算法,而且涵盖的功能注释数据库较为全面,在今年5月份刚刚升级了版本,对数据库进行了更新。...GSEA富集分析结果图 ? 4. GO DAG 有向无环图 ?

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GO,KEGG富集分析工具——DAVID

DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)是一个生物信息数据库,整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息...DAVID目前的工具可以实现以下功能 1.识别富集的生物条目,尤其是GO条目 2.发现功能相关的基因集合 3.聚类冗余的注释条目 4.寻找其他功能相关的但是不在列表中的基因 5.列出互作的蛋白质 此外,...DAVID还可以进行基因ID的转换 DAVID最常用的功能就是进行基因功能富集分析。...富集分析的作用是可以帮助生物学家们了解基因集合的生物学作用。 它的使用方法简单: STEP1 用户将感兴趣的基因集合粘贴到列表框中或者上传基因结合文件,文件的格式为每行一个基因,或基因间用逗号隔开。...比如我们想要查看GO的BP条目富集结果,点开后新的页面如下: ? 点download file可进行下载。

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metascape: 最强大的基因富集分析在线工具

metascape是一个web工具,提供了基因富集分析,蛋白质互作网络分析等多种功能,对应的文章发表在nature communications上, 链接如下 https://www.nature.com...index.html#/main/step1 该网站集成了40多个基因功能注释数据库,并且提供了多样化的可视化方式,对于生物学家而言,通过该网站可以轻松的对基因功能进行探索和分析,目前已有451篇文章引用了该工具...富集分析的柱状图 默认使用GO, KEGG, Reactome, CORUM等多个数据库进行富集分析,结果如下所示 ? 用柱状图的形式展示top15个显著富集的terms, 示意如下 ?...用网络图的形式展示富集到的terms之间的关系,示意如下 ? 2....该数据库目前支持人,小鼠,大鼠等10个物种的基因分析,是一个非常强大的基因功能分析工具

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circleplot展示GO富集分析结果

小编前面给大家介绍过 ☞GO简介及GO富集结果解读 ☞四种GO富集柱形图、气泡图解读 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图 ☞GO和KEGG富集分析视频讲解 小编前面也用了好几期的内容来给大家介绍...如何使用DAVID做GO富集分析,并且给大家演示了如何使用Excel,零代码展示GO富集分析的结果。...1.基因富集工具DAVID介绍(一)-基因ID转换 2.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示 3.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 4.零代码GO富集分析...【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果 6.展示DAVID富集分析结果中感兴趣的GO条目和KEGG通路 今天小编在给大家介绍另外一种展示GO富集分析结果的图,circleplot。...GO富集分析结果,通过查看EC$david这个变量,我们来看看数据格式 关于如何做GO富集分析,可以参考下面这些文章 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图 ☞ 基因富集工具DAVID介绍(

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在线功能富集分析与qPCR引物设计

这次主要介绍在线功能富集分析与qPCR引物设计。其中在线功能富集分析可利用本人所在课题组开发的agriGO和PlantGSEA在线分析工具,分别进行GO富集分析和基因集富集分析。 ? ?...1 在线功能富集分析 1agriGO网站进行GO富集分析 Gene ontology,基因本体,简称GO。...agriGO网站是一个面向植物的在线GO富集分析工具,目前支持对农业297个物种869种基因型/蛋白质标识符基因列表的GO富集分析。...PlantGSEA是面向植物的基因集富集分析工具,它支持对16种植物利用gene list进行基因集富集分析,先验知识的基因集包括GO注释数据集,基因家族数据集,人工注释基因集(PlantCyc、KEGG...目前有很多软件和在线工具可以进行引物设计。了解引物设计的原理和一些注意事项是设计好的引物的前提条件。常见的有ChIP-qPCR和qPCR引物设计。

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使用topGO进行GO富集分析

topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包,它默认从GO.db中读取GO的分类和结构信息,结合富集分析的结果,它可以画出如下所示的GO有向无环图 ?...除了GO富集结果可视化这一特点,topGO还提供了多种富集分析的统计方法,示意如下 ? 甚至支持自定义统计算法和模型,当然,常规情况下我们使用经典的费舍尔精确检验就可以了。...的分类,GO的3大类别BP, CC, MF之间是独立,所以GO其实分为3个子数据库,做富集分析时,不同类别分开做。...statistic = "fisher")# 提取显著富集的top100个GO sig.tab <- GenTable( sampleGOdata, Fis = result, topNodes...GO编号是都会标注的,第二行为GO的描述信息,对应的值为def, 第三行为富集分析的p值,对应的值pval, 第四行为位于该GO下的基因总数与差异基因的比例,对应的值为counts, all代表全部都标记

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使用clusterProfiler进行GO富集分析

go2name) # GSEA富集分析 x <- GSEA( gene, TERM2GENE = go2gene, TERM2NAME = go2name) 对于GO富集分析的结果,clusterProfiler...横轴为该GO term下的差异基因个数,纵轴为富集到的GO Terms的描述信息, showCategory指定展示的GO Terms的个数,默认展示显著富集的top10个,即p.adjust最小的10...横轴为GeneRatio, 代表该GO term下的差异基因个数占差异基因总数的比例,纵轴为富集到的GO Terms的描述信息, showCategory指定展示的GO Terms的个数,默认展示显著富集的...每个节点是一个富集到的GO term, 默认画top30个富集到的GO terms, 节点大小对应该GO terms下富集到的差异基因个数,节点的颜色对应p.adjust的值,从小到大,对应蓝色到红色。...图中灰色的点代表基因,黄色的点代表富集到的GO terms, 默认画top5富集到的GO terms, GO 节点的大小对应富集到的基因个数。 更多用法和细节请参考官方文档。

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GO、GSEA富集分析一网打进

其中代表性的计算方式有两种: 一是基于筛选的差异基因,采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。...这就是常说的GO富集分析或KEGG富集分析,可以做的工具很多,GOEAST是其中一个最好用的在线功能富集分析工具,数据库更新实时,操作简单,并且可以直接用之前介绍的方法绘制DotPlot。...这叫GSEA富集分析,注释信息可以是GO,KEGG,也可以是其它任何符合格式的信息。GSEA富集分析 - 界面操作详细讲述了GSEA分析的原理、可视化操作和结果解读。...~在线文档页内容少、更新慢。...GO富集分析 首先还是列一个完整的例子。输入最好是用ENTREZ ID,值比较固定,不建议使用GeneSymbol,容易匹配出问题。

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clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析

还有就是利用FunRich工具进行富集分析。在文章:为什么选择GSEA分析?和KEGG和GO分析有什么区别?...Database)数据库中定义了已知的基因集合:http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 本地的KEGG分析参考文章:KEGG数据库使用及通路分析教程,GO...参考文章:FunRich数据库:一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具,当然该工具不止可以进行富集分析,具体去看文章吧。...和KEGG和GO分析有什么区别?中就介绍了这些数据集,当然,这个数据集我们可以自己准备,多数情况下,我们是选择数据库给我们定义好的数据集,所以直接用就好了。...在未校正的p<0.01下,有14个基因集富集显著,在未校正的p<0.05下,有21个基因集富集显著;富集结果浏览,可点击Snapshot展示了ES绝对值最大的20个基因集的图。

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【R语言】绘制GO富集分析弦图

前面给大家讲解过GO和KEGG富集分析,以及柱形图和气泡图展示富集分析结果。...☞ GO和KEGG富集分析视频讲解 ☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化 也给大家介绍了 ☞ circleplot展示GO富集分析结果 ☞ 【实战】circleplot展示GO富集分析结果...今天我们来给大家讲解一下,GO富集分析弦图怎么绘制。...GO富集分析的结果 可以参考往期内容获取GO富集分析结果 ☞ GO和KEGG富集分析视频讲解 ☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化 2....差异表达分析结果 TCGA数据差异表达分析可以参考 ☞ R代码TCGA差异表达分析 ☞ 零代码TCGA差异表达分析 GEO中数据差异表达分析可以参考 ☞ 零代码差异表达分析工具:GEO2R ☞ GEO

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ggplot2|绘制GO富集柱形图

生信分析中经常会得到一些基因,然后做GO富集分析,达到对基因进行注释和分类的目的。 本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘制可发表级别的GO富集分析结果图。...一 载入数据集和R包 利用各种生信工具得到富集分析结果,数据列可能不一致,但关键几列都有。...二 对上述GO结果绘制基础bar图 参照之前ggplot2使用方法,更改geom即可绘制简单的bar图,按照GO_category分组颜色 ggplot(data=data, aes(x=GO_term...)),labels=data$GO_term) ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category...好了 ,这样好像比较顺眼了,不管什么软件工具得到的GO富集结果,都可以绘图,然后,,,发文章去吧。。。

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在线工具

图片 在线工具地址 之前学习的时候,都会看到网络上一些在线工具的网站,比如获取时间戳,编码转化,正则表达式等等,这些对于一些初学者在电脑上没有安装相对应的工具,往往就会百度搜索在线工具,然后就能实现自己所要完成的目的...这些工具很是方便,或多或少都会用到。但一些在线工具并不能满足我日常开发中的个别需求,于是乎我也准备自己写一个这样的在线工具网站。...网站实现​ 上面所介绍的都是作为一个工具库的功能,我只是将其封装成一个在线工具使用,并非主要重点。而主要是对一些网站的功能实现,例如复制与下载等等。...react-codemirror​ 在网页上展示代码,并有代码高亮的功能,首选的组件就是 codemirror 了,也是很多在线工具都使用的,我这里也不例外。...最主要还是希望能成为我日常开发中常用的在线工具类,而不是简简单单 Demo 学习。

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GO和KEGG富集倍数(Fold Enrichment)如何计算

前面我们简单介绍过ggplot2画KEGG富集柱形图,其实GO富集结果的展示相对于KEGG来说要复杂一点点,因为GO又进一步可以划分成三个类。...下面分别用了三种不同的方式来展示GO富集分析的结果。...图1:横轴为富集到每个GO条目上面的基因数目 图2: 横轴为GeneRatio 图3:横轴为Fold enrichment(富集倍数) 下面我们结合富集分析的结果表,来分别解释一下这三张图中横坐标的具体含义...首先来看看这张表中每一列所代表的含义 ONTOLOGY:区分是BP,MF还是CC ID:具体的GO条目的ID号 Description:GO条目的描述 GeneRatio:这里是一个分数,分子是富集到这个...pvalue:富集的p值 p.adjust:校正之后的p值 qvalue:q值 geneID:输入的做富集分析的gene中富集到这个GO条目上面的具体的 gene名字 Count:输入的做富集分析的

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GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)

介绍 生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。...因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。...成员:基于所选本体内的自定义关键词搜索来筛选GO条目。 富集:识别丰富的生物学通路,特别是GO术语,KEGG,Reactome,BioCarta,以及MSigDB中收集的其他通路等。...Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。...比如说默认把Reactome、KEGG、Hallmark和GO数据库全部一起展示,但是一般我们科研绘图时会分别展示GO一张图,以及KEGG一张图。

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