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纳米孔Nanopore-16S分析学习笔记

1.下载原始 本次学习分析的文章是这篇:https://academic.oup.com/gigascience/article/7/12/giy140/5202451 这篇文章的原始有点问题, 使用sra和ena库直接下载都基本上会失败,sra只能下到一个10M左右的,转换格式成fastq后只能获得4.6M的。 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/run/ERR224/ERR2241542/RAW_R9.5_1_organism.tar.gz \ BioData/Nanopore/ 下载的没有通过完整性测试 后面重新下载了原始,见下面: wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR224/ERR2241540 /nano -s 0,450,451,900,901,1300 比较遗憾,尽管没有报错,却没有得出果,otu表为空,或许是原始有问题,或许前面参出了问题,做了个探索。

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-树

“树”这种真的很像我们现实生活中的“树”,这里面每个元素我们叫做“节点”;用来连接相邻节点之间的关系,我们叫做“父子关系”。 所以,树这种的高度也是一样,从最底层开始计,并且计的起点是 0。 “深度”这个概念在生活中是从上往下度量的,比如水中鱼的深度,是从水平面开始度量的。 所以,树这种的深度也是类似的,从根点开始度量,并且计起点也是 0。 “层”跟深度的计算类似,不过,计起点是 1,也就是说根节点位于第 1 层。 不过,它不仅仅支持快速查找一个,还支持快速插入、删除一个。它是怎么做到这些的呢? 这些都依赖于二叉查找树的特殊。 二叉查找树中每一个节点不仅会存储一个,因此我们通过链表和支持动态扩容的组等,把值相同的都存储在同一个节点上。 第二种方法比较不好理解,不过更加优雅。 每个节点仍然只存储一个

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    -栈

    后进者先出,先进者后出,这就是典型的“栈”。 从栈的操作特性上来看,栈是一种“操作受限”的线性表,只允许在一端插入和删除。 如何实现一个“栈”? 栈主要包含两个操作,入栈和出栈,也就是在栈顶插入一个和从栈顶删除一个。理解了栈的定义之后,我们来看一看如何用代码实现一个栈。 实际上,栈既可以用组来实现,也可以用链表来实现。 如果比运算符栈顶元素的优先级高,就将当前运算符压入栈;如果比运算符栈顶元素的优先级低或者相同,从运算符栈中取栈顶运算符,从操作栈的栈顶取 2 个操作,然后进行计算,再把计算完的果压入操作栈,继续比较 当我们点击前进按钮时,我们依次从栈 Y 中取出,放入栈 X 中。当栈 X 中没有时,那就说明没有页面可以继续后退浏览了。当栈 Y 中没有,那就说明没有页面可以点击前进按钮浏览了。 /com/s3 栈是一种操作受限的,只支持入栈和出栈操作。

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    《大话的逻辑和物理

    什么是 是互相之间存在一种或多种特定关系的元素的集合,此解释来自于《大话》。小白表示这都什么玩意啊。 简单的来说就是之间的一种关系,而这种关系是计算机之中特定的一种。 的分类 可以分为两类,逻辑和物理,而逻辑实际上就是对象和之间的一种关系,逻辑又可以分为集合、线性、树形、图形。 树形 树形就像树一样,一个主干存在一个或者多个分支。中一个点存在一个或者多个关系,如红黑树、二叉树。 ? 图形 图形是指之间存在多对多的一种关系。 ? 顺序存储 顺序存储顾名思义就是按照顺序存储的一种,就是把我们的元素存在一个一个连续的存储地址单元,就好比组一样,而组下标中存放的值就类似于元素。 ?

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    Pandas的Pandas的

    Pandas的 import pandas as pd Pandas有两个最主要也是最重要的: Series 和 DataFrame Series Series是一种类似于一维组的 通过索引获取 ser_obj[idx] 示例代码: #通过索引获取 print(ser_obj[0]) print(ser_obj[8]) 运行果: 10 18 4. 索引与的对应关系不被运算果影响 示例代码: # 索引与的对应关系不被运算果影响 print(ser_obj * 2) print(ser_obj > 15) 运行果: 0 20 1 17.8 2002 20.1 2003 16.5 Name: temp, dtype: float64 ---- ---- DataFrame DataFrame是一个表格型的 DataFrame既有行索引也有列索引,它可以被看做是由Series组成的字典(共用同一个索引),是以二维存放的。

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    (一):什么是

    一、什么是 1、的定义 :从计算机的角度来看,是所有能被输入到计算机中且能被计算机处理的符号的集合。 是指以及相互之间的联系,可以看成是相互之间具有某种特定关系的元素的集合,因此,可以把看成是带元素的集合。 包含以下几个方面: 元素之间的逻辑关系,即的逻辑元素及其关系在计算机存储器中的存储方式,即的存储,也称为的物理。 施加在该上的操作,即的运算。 所以由三个部分组成:逻辑、物理、运算。 的存储是逻辑用计算机语言的实现(逻辑在计算机存储中的映像),它是依赖于计算机语言的。 的运算是定义在的逻辑上的,每种逻辑都有一组相应的运算。

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    JavaScript :什么是

    今天我要给大家分享的什么是,怎么通过JavaScript去理解这个概念,在专业程序员的成长过程中,的学习至关重要,今天的内容很轻松,就是和大家一起探讨下什么是。 什么是? 我一直认为术语“”让人很困惑。 它到底是什么? 它是?这是一个让很多人模糊的概念。 首先我们来看看百度百科的解释: 是计算机存储、组织的方式。 是指相互之间存在一种或多种特定关系的元素的集合。通常情况下,精心选择的可以带来更高的运行或者存储效率。往往同高效的检索算法和索引技术有关。 首先从“”这个词来分析,我们来加上几个字, (的事), (组织)。这稍微的改动,是否很容易理解了。换句话来说,不再关注事物,而是关注组织事物。 到这里,大家应该比较清楚了吧,摆放书本可以用很多种方式;也就是说,有很多种不同的。 用在web开发中的,就像我们摆放书本的例子,是由我们的需求决定的。 接下来...

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    链表

    从我画的图中可以看出来,双向链表需要额外的两个空间来存储后继点和前驱点的地址。所以,如果存储同样多的,双向链表要比单链表占用更多的内存空间。 从上来看,双向链表可以支持 O(1) 时间复杂度的情况下找到前驱点,正是这样的特点,也使双向链表在某些情况下的插入、删除等操作都要比单链表简单、高效。 n 个点 求链表的中间点 思考题:基于链表的 LRU 算法 LRU 思路一 如果此之前已经被缓存在链表中了,我们遍历得到这个对应的点,并将其从原来的位置删除,然后再插入到链表的头部。 如果此没有在缓存链表中,又可以分为两种情况:undefined如果此时缓存未满,则将此点直接插入到链表的头部;undefined如果此时缓存已满,则链表尾点删除,将新的点插入链表的头部。 根奇偶个。 如果是奇个则中分开。 如果是偶个,则认为中点有两个,继续分开。 然后分别拿到两端的 head 指针就行循环,如果遇到节点的不一致则认定不是回文串。

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    -队列

    顺序队列和链式队列 我们知道了,队列跟栈一样,也是一种抽象的。它具有先进先出的特性,支持在队尾插入元素,在队头删除元素,那究竟该如何实现一个队列呢? 确实,队列这种很基础,平时的业务开发不大可能从零实现一个队列,甚至都不会直接用到。而一些具有特殊特性的队列应用却比较广泛,比如阻塞队列和并发队列。 阻塞队列其实就是在队列基础上增加了阻塞操作。 因为此时还没有可取,直到队列中有了才能返回;如果队列已经满了,那么插入的操作就会被阻塞,直到队列中有空闲位置后再插入,然后再返回。 内容小 我的代码实现 https://gitee.com/kaiLee/struct/tree/master/src/main/java/com/s4 今天我们讲了一种跟栈很相似的,队列。 除此之外,我们还讲了几种高级的队列,阻塞队列、并发队列,底层都还是队列这种,只不过在之上附加了很多其他功能。阻塞队列就是入队、出队操作可以阻塞,并发队列就是队列的操作多线程安全。

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    本文内容: 1、什么是? 2、为什么要学习? 3、学习 我的文集列表. ---- 看看大家怎么讲? Wiki:Data structure 百度百科: 知乎:学习有什么用? 1、什么是与具体程序设计无关,与具体的平台也无关 :在计算机领域,是研究如何在计算机中组织的方法。 补充:,在计算机领域,指代值、字符等内容,对应整型、字符等基础类型。 补充:当然像 C 语言中的体、联合体、组,或者 C++/Jave/Objective-C/Swift 等设计语言中的 Class [类] 都是。 ---- 3、学习之我的文集列表.

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    原因:2018年4月7日 星期六 说明:毕业近2年,系统的整理一下相关之所学,有基础,有拓展。 绪论 什么是:程序设计 = + 算法。 传统上,我们把分为逻辑和物理。 四大逻辑:集合、线性、图形、树形。 的存储:顺序存储、链式存储 线性表 由零个或多个元素组成的有限序列。 顺序存储 优点 无须为表示表中元素之间的逻辑关系而增加额外的存储空间。 可以快速地存取表中任意位置的元素。 缺点 插入和删除操作需要移动大量元素。 链式存储域和指针域组成存储映像,成为点。 n个点链接成一个链表,即为线性表。 由于每个点只包含一个指针域,故成为单链表。

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    Queue 什么是队列 队列的种类 Java 集合框架中的队列 Queue Set 什么是 Set 补充:有序集合与无序集合说明 HashSet 和 TreeSet 底层 List 什么是List List的常见实现类 ArrayList 和 LinkedList 源码学习 Map 树 Queue 什么是队列 队列是中比较重要的一种类型,它支持 FIFO,尾部添加、头部删除 (Set) HashSet 和 TreeSet 底层 HashSet 是哈希表,主要利用 HashMap 的 key 来存储元素,计算插入元素的 hashCode 来获取元素在集合中的位置; 堆 之堆的定义:堆是具有以下性质的完全二叉树:每个点的值都大于或等于其左右孩子点的值,称为大顶堆;或者每个点的值都小于或等于其左右孩子点的值,称为小顶堆 二叉查找树(BST) 二叉查找树的特点 B+ 树的叶子节点链表相比于 B- 树便于扫库,和范围检索。2. B+树支持range-query(区间查询)非常方便,而B树不支持。这是库选用B+树的最主要原因。3.

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    在公共基础部分中,有,程序设计基础,软件工程基础,库设计基础四种,虽然大纲的表示得到分比重不多。 ---- 是计算机存储、组织的方式。 定义: (data structure)是带有特性的元素的集合,它研究的是的逻辑的物理以及它们之间的相互关系,并对这种定义相适应的运算,设计出相应的算法,并确保经过这些运算以后所得到的新仍保持原来的类型 在实际应用中,组、广义表、树和图都属于非线性 常用的组(Array) 组可以说是最基本的,在各种编程语言中都有对应。 链表( Linked List) 链表是一种元素按照链式存储进行存储的,这种存储具有在物理上存在非连续的特点。链表由一系列成,每个点包括域和指针域两部分。 常用算法 研究的内容:就是如何按一定的逻辑,把组织起来,并选择适当的存储表示方法把逻辑组织好的存储到计算机的存储器里。研究的目的是为了更有效的处理,提高运算效率。

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    难得有些许空闲,看一下Python的--Stack,现将几个典型示例进行总! 利用Python 的内置的List实现栈全部操作 class Stack():     def __init__(self):         self.itmes = []     def isEmpty remstack.pop())     return binString if __name__ == '__main__':     print(divideBy2(42, 2)) 说明: 这是用List来实现的 将值压栈,遇到符号将栈顶的操作与次位置弹出进行计算,果再次入栈,直到表达式解析完成。 将值压栈,遇到符号将栈顶的操作与次位置弹出进行计算[次位操作 栈顶操作 操作符 ],果再次入栈,直到表达式解析完成  计算表达式果时同样是[次位操作 操作符 栈顶操作 ] 四、总 以上示例都可以通过

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    比如将序列化到磁盘上,减少量,在IO过程中提高效率等等。 * * * 为什么要进行压缩? int[] arr; // 存放,模拟队列 private int size = 0; // 队列当前大小 /* * 造器 */ public ArrayQueue(int ,入队列 */ public void push(int n) { // 队列已满则束方法 if(isFull()) { System.out.println("队列已满,不能加入 throw new RuntimeException("队列为空,没有"); } return arr[front+1]; } /* * 获取队列的尾 */ public "); System.out.println("p(pop ):取出"); System.out.println("h(head):查看头"); System.out.println

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    这个使用了有限集合相同的学概念,在学中,集合是一组不同的对象(的集) 你可以把集合想象成一组没有重复元素,也没有顺序的组(其实在JS中就是对象,ES6中的Set就是是集合的实现)。 #图片来源: 掘金-在 JavaScript 中学习与算法 #集合 集合是由一组无序且唯一(即不能重复)的项组成的。你也可以把集合想象成一个即没有重复元素,也没有顺序的的组。 EACAScript 6 中的 Set 就是集合的一种实现,它类似组,但是成员都是唯一的。 #字典 字典和集合很相像,集合是以[值, 值]的形式储存的。 EACAScript 6 中的 Map 就是字典的一种实现,它类似对象。 #散列表(散列映射 Hash) 散列算法:尽可能快得在中找到一个值。 ; i++){ hash = hash * 33 + key.charCodeAt(i) } return hash % 1013 } #树 树是一种非顺序,它对于储存需要快速查找的非常有用

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    常见的有 栈 队列 组 链表 树 其特点 栈:先进后出,只能在栈顶进行添加和移除。子弹夹。 队列:先进先出,相当于电梯 一头负责进,一头负责出。 组:在内存上是连续的,可以通过索引快速定位到要查找的元素,于此同时,组的长度是固定的,增删元素后,需要创建新的组,对原来的进行复制 链表:在内存上不是连续的,需要从一侧向后查询,效率低。

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    ,因为内存地址是连续的 栈 内存区域:栈区 单片机:压栈 中有一个同名的,栈 内存中的堆栈和中的堆栈不是一个概念,内存中的堆栈是真实存在的物理区,中的堆栈是抽象存储 如上图:二叉搜索树可能退化成一个链表的,二叉搜索树的操作速度和高度是相关的,如果出现这种右斜树类型的链表,则效率高也就成了一句空话 好的二叉搜索树的:左右分布均匀,但是我们插入连续的的时候,会导致分布不均匀 ,这个关系网就是当中的图(Graph) 还有导航的最优路径:耗时最短的路径等 45.png 自环:即一条链接一个顶点和自身的边 平行边:连接同一对顶点的两条边 52.png 图的分类 无向图 图是由顶点和边成的,所以在图里边,要存储的图形的信息,无非就是存储图的顶点和图的边; 顶点可以直接用组去存储 1,2,3,4=》1,2,3,4 边存储起来就麻烦一些 存储: 邻接矩阵 矩阵是一个按照长方阵列的负或者实集合 组/链表/字典 51.png 图的遍历 遍历:从某个点出发,按照一定的搜索路线,依次访问中的全部点,而且每个点访问一次 广度优先遍历(BFS) 优先横向遍历图,广度优先的思想,从图中的某个顶点

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    ,因为内存地址是连续的 栈 内存区域:栈区 单片机:压栈 中有一个同名的,栈 内存中的堆栈和中的堆栈不是一个概念,内存中的堆栈是真实存在的物理区,中的堆栈是抽象存储 如上图:二叉搜索树可能退化成一个链表的,二叉搜索树的操作速度和高度是相关的,如果出现这种右斜树类型的链表,则效率高也就成了一句空话 好的二叉搜索树的:左右分布均匀,但是我们插入连续的的时候,会导致分布不均匀 ,这个关系网就是当中的图(Graph) 还有导航的最优路径:耗时最短的路径等 45.png 自环:即一条链接一个顶点和自身的边 平行边:连接同一对顶点的两条边 52.png 图的分类 无向图 图是由顶点和边成的,所以在图里边,要存储的图形的信息,无非就是存储图的顶点和图的边; 顶点可以直接用组去存储 1,2,3,4=》1,2,3,4 边存储起来就麻烦一些 存储: 邻接矩阵 矩阵是一个按照长方阵列的负或者实集合 组/链表/字典 51.png 图的遍历 遍历:从某个点出发,按照一定的搜索路线,依次访问中的全部点,而且每个点访问一次 广度优先遍历(BFS) 优先横向遍历图,广度优先的思想,从图中的某个顶点

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    组 优点:建一个组简单,能在O(1)的时间根组下标查询某个元素 缺点:建是必须分配一段连续的空间;查询某个元素是否存在,需要变量整个组,耗费O(n)的时间;删除某个元素同样需要耗时O(n) 的时间 链表 优点:灵活分配内存空间,能在O(1)时间内删除或添加元素 缺点:查询某个元素耗时O(n) 总:如果元素个确定,需要经常查询,那建议不要使用链表,组更适合;如果元素不确定,经常需要进行添加或删除 ,那建议选择链表; 解题技巧: 利用快慢指针(有时候需要三个指针) 建虚假列表头 栈 优点:后进先出 总:可以使用单链表来实现栈;当你只关心最近一次的操作时,栈是最好的选择; 队列 特点:先进先出 总:可以使用双链表实现队列;当我们需要按照一定顺序处理,并且在不断变化,使用队列更合适; 双端队列 特点:允许在队列两端能在O(1)的时间内进行的查看、添加和删除 总:常用来实现一个长度动态变化的窗口或连续的区间 树 共性:直观 常有:普通二叉树、平衡二叉树、完全二叉树、二叉搜索树、四叉树、多叉树 特殊:红黑树、自平衡二叉搜索树(不常考) 总:大多考察题目,都是在考察递归算法;考察树的遍历 前序遍历:根

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