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使用GSVA方法计算某基因集在各个样本的表现

2013年,GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data 同样是broad 研究生出品,其在2005年PNAS发表的gsea 算法细节算法本身就不是很好理解,并不强求一定要理解透彻,可以参考2005年的GSEA算法:GSEA 算法 GSEA分析一文就够(单机版+R版)GSEA的统计学原理试讲 GSVA starts by ,PLAGE, single sample GSEA (ssGSEA)或者其它算法进行了比较, 还在TCGA的ovarian serous cystadenocarcinoma (OV)癌症表达矩阵(n 还比较了转录组测序数据和芯片数据,这些数据都提供了下载链接,最后作者把算法打包成了 Bioconductor package for R under the name GSVA at http:www.bioconductor.org .安装GSVA这个R包安装并且查看21页的PDF教程:## try http: if https: URLs are not supportedsource(https:bioconductor.orgbiocLite.R

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Y叔的clusterProfiler承包了富集分析结果的可视化

不管是 GO或者KEGG这样的常见数据库的注释结果,还是mesh,reactomePA, DOSE这样的略微小众的数据库资源,不管是超几何分布检验的富集还是GSEA的算法,都Y叔都有对应的可视化函数支持 functional classification5 Enrichment Map6 UpSet Plot7 ridgeline plot for expression distribution of GSEA 如果你的clusterProfiler安装有困难R对临床医师医学生来说已经是最容易学的编程了,相比起C,python,java,PHP来说。 可能把大多数人挡在门外的就是R包安装了,因为我们之所以会选择R,就是因为它丰富的第三方包,可以不费吹灰之力实现大量的统计可视化。 package ‘clusterProfiler’* removing ‘optR3.6.3libRlibraryclusterProfiler’所以通常我们不建议大家使用ubuntu等Linux系统来操作R代码

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    GSEA分析一文就够(单机版+R版)

    我在生信菜鸟团博客也手把手讲解了详细操作过程,这里就不再赘述咯:用GSEA来做基因集富集分析 http:www.bio-info-trainee.com1282.html批量运行GSEA,命令行版本 http 默认的,GSEA会根据signal-to-noise metric 来对基因进行排序。但是也可以选择其它metric。 如果是自己已经排序好了的基因,也可以直接拿来做GSEA分析了,见: GSEAPreranked Page in the GSEA User Guide.如果是affymetrix的表达矩阵,不需要提前进行 来过滤掉一些表达探针,GSEA需要各种情况的表达数据。如果是gct and pcl 的表达矩阵,缺失值空着就好了。 所谓的GSEA分析,就是一个个遍历探索已知的基因集合,在我们的表达矩阵里面是否出现了某种统计学显著的扰动,如上图所示,要深入理解,请看我在生信菜鸟团写的另外3个教程:java版本GSEA软件的ES score

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    基因富集分析算法介绍

    一般而ORA使用的背景数据集就是GO和KEGG这些。? 可视化选择对于ORA的可视化方面的话,由于富集的差异筛选也是基于P值来进行筛选的。所以一般通过柱状图或者气泡图也就可以进行展示了。 对于GSEA,使用的则是MSigDB的背景数据集,里面包括了相对应的GO和KEGG的数据集。可视化选择基于GSEA算法我们也可以得到一个评估富集的得分(ES得分)。 对于GSEA图形的解读,我们可以把GSEA分析的图分成三个部分来进行解读。这三个图,纵坐标不一样,横坐标相同。我们就一部分一部分的解释这个图。 每个图片先看标题,这个GSEA分析其实是做了两个通路的GSEA的结果。其中绿色线条是一个通路,褐色线条是一个通路。?接着解释一下横坐标,横坐标代表的每个基因在数据集进行降序排序后的位置。 一般工具推荐的话,其实最好的还是R当中的clusterprofiler包。如果确实不会用R的话,最好也要找一个时常更新的数据库,比如明天我们要说的这个:WebSestalt。

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    “个性化”GSEA分析 - Do GSEA with specified gene set

    在上次的GSEA教程(“便携式”GSEA分析 - Do GSEA without GSEA software )中,我们给大家演示了如何跳过官方的GSEA软件,直接用R进行GSEA分析,非常方便快捷 在上次教程的最后,我们给大家提了一个问题:如何对某些特定的基因进行GSEA富集分析?比如,免疫相关的基因,肿瘤相关的基因等等。 本章内容,我们就来跟大家讲解,如何利用特定基因集进行GSEA分析。 这么跟大家说吧,在GSEA中富集出来的基因功能类或者基因集合都是提前定义好的,谁定义的呢?当然是GSEA官方或者一些权威数据库(比如KEGG通路数据库,Gene Ontology数据库等)。 上面就是GSEA的官方网站的主页,如何找到我们感兴趣的基因集呢?

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    cox可以火山图为什么gsea结果不行

    这些流程的视频教程都在B站和GitHub了,目录如下:第一讲:GEO,表达芯片与R第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲:根据分组信息做差异分析第五讲:对差异基因结果做 感兴趣可以细读表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 ;解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够(单机版+R版)根据分组信息做差异分析 ,进行gsea分析,针对MSigDB Hallmark 的50个基因集。Volcano plot of GSEA of the MSigDB Hallmark database.

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    ”基因集打分“GSEA算法详解

    前两天介绍了一个开发中的单细胞数据分析相关R包,内置了,4(热图,气泡图,upset图,堆叠条形图)+4(密度散点图,半小提琴,山峦图,密度热图)美图,见 8种方法可视化你的单细胞基因集打分 ,蛮多小伙伴留想问一下到底什么是基因集打分 下面周文丽的投稿参考素材见:GSEA 算法 GSEA分析一文就够(单机版+R版)GSEA的统计学原理试讲一、开发背景该算法最初开发是受microarray RNA数据驱动,旨在解释基因组数据,获得相较于单个基因更加深入的生物学见解 GSEA vs. DEGsDEGs多聚焦于单个基因;GSEA是在基因集水平上比较不同生物学系统(不同样本)间的转录组差异。结果稳健性更好,在不同团队研究结果中的生物学意义的可重复性和解释性更好。 【r代表基因与兴趣性状之间的关联强度,可以由FC等来评估】ES的统计显著性评估统计学检验方法:基于经验表型的置换检验方法(empirical phenotype-based permutation test 四、实现方式R包:clusterProfiler,需要自己做完差异分析,得到deg这个数据库,它有一列是logFC,有一列是基因的名字(这里举例是symbols),然后就可以无缝运行下面的代码啦!

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    算法原理不理解可以,但是请清楚一下概念

    《道德经》“玄之又玄,众妙之门”gsea和gsva算法大家应该是都很熟悉了,我也多次讲解:GSEA分析一文就够(单机版+R版)GSEA的统计学原理试讲GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的不过里面有一个算法表格很难理解 GSEA算法表格所以最近又有学徒咨询这个细节了,她的疑问是,为什么ssGSEA得分,跟其基因集里面的每个基因的表达量,并不是完全相关的,我这次写了一个例子来讲解。 热图可视化如下:n=t(scale(t( mat ))) n=2 n= -2n ac=data.frame(gsea=as.numeric(ssgseaScore))rownames(ac)=colnames

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    学徒作业-单基因的tcga数据挖掘分析

    根据CCL2基因的表达量,可以把TCGA数据库里面的90个ESCC病人分成高低表达CCL2的两个组,然后可以差异分析,GSEA分析等等文章发表在Molecular Cancer 杂志,2020年2月,标题有点长 correlation analysis shows tight association of CCL2 with CCR2 and PD-1.g Gene set enrichment analysis (GSEA p=6GSEA分析这个文章里面的gsea就是简单的一个单机版gsea的java软件运行结果罢了,我在生信技能树多次讲解GSEA分析:GSEA分析一文就够(单机版+R版)GSEA的统计学原理试讲GSVA 或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的基因集富集分析(GSEA)中的排序指标:它们重要吗?

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    如果所有的RNA-seq项目都这样提供数据

    2020.csv.gz我在表达芯片的公共数据库挖掘系列推文详细介绍过如何定位到各个数据集的关键信息:解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA 分析一文就够(单机版+R版)根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的差异分析得到的结果注释一文就够数据处理详情而且文章对他们自己的转录组数据处理描述的清清楚楚,如下所示;After cDNA synthesis MP41-specific genes and this list was used as signature gene sets for Gene Set Enrichment Analysis (GSEA 下游分析只需要阅读我在表达芯片的公共数据库挖掘系列推文,就可以完成这3个图表啦 :解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够 (单机版+R版)根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的差异分析得到的结果注释一文就够 背景知识: FR900359 (FR) 是一个药物:A novel therapeutic approach

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    根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的

    通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,也成功的使用了GSEA这个分析套路。 历史目录:解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够(单机版+R版) 但最常用的其实是差异分析,下面我们来细细讲解 img上面是一个简单的例子,抽取两个基因的表达量来做差异分析,选取最简单的T检验来做,在R里面完成如下:?img对这两个基因的表达量检验结果如下;? 其实如果已经拿到了表达矩阵,直接在excel里面也可以进行T检验,但是芯片数据,现在比较流行的limma这个R包,封装好的差异分析函数来做。上面代码的文字版如下:exprSet

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    最新5.5分纯生信文章,解读复旦小哥哥的套路

    2、差异基因的筛选说到差异基因,R的“limma”包少不了,然后通过RRA(稳健排序整合)方法筛选出10个数据集共有的差异基因,其中上调基因808个,下调基因930个,将TOP20基因用热图展示。 这个图形的的制作需要用到R的“OmicCircos”包。?4、GO和KEGG功能富集分析看看小哥哥做的和弦图,超级炫酷! 值得一提的是,这种图形的绘制是通过R的“GoPlot”包来实现,在百味科研芝士的课堂有非常详细的讲解,小编看完也是受益匪浅啊!(后台回复:“R绘图”,进入直播间)?? 5)4个hub基因表达差异与前列腺癌无病生存期(DFS)的关系,生存分析直接用R的“survival”包来实现。(生存曲线制作无需赘述,百味科研芝士的精品课程可一掳而得)? 9、对4个hub基因进行基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)1)GSEA的实现使用的是R 的“clusterprofiler”包?

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    不要总想着挖掘表达芯片数据

    这些流程的视频教程都在B站和GitHub了,目录如下:第一讲:GEO,表达芯片与R第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲:根据分组信息做差异分析第五讲:对差异基因结果做 GOKEGG超几何分布检验富集分析第六讲:指定基因分组boxplot指定基因list画热图第七讲:根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据第八讲:PPI网络数据用R或者cytoscape Differential Signal (DIDS) 算法:细读表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 ;解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA 分析一文就够(单机版+R版)根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的差异分析得到的结果注释一文就够

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    转录组表达数据分析的一些可视化

    通过前面的讲解,我们顺利的了解了GEO数据库以及如何下载其数据,得到我们想要的表达矩阵,也学会了两个常用的套路分析得到的表达矩阵,就是GSEA分析和差异分析。 历史目录:解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够(单机版+R版)根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的差异分析得到的结果注释一文就够但是我们的整个芯片数据分析流程居然缺少一个最重要的环节 首先加载一些R包library(CLL)library(ggplot2)library(reshape2)library(gpairs)library(corrplot)加载内置的测试数据:data(sCLLex

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    把一篇plos one数据挖一波有意思吗

    这些流程的视频教程都在B站和GitHub了,目录如下:第一讲:GEO,表达芯片与R第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲:根据分组信息做差异分析第五讲:对差异基因结果做 感兴趣可以细读表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 ;解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够(单机版+R版)根据分组信息做差异分析

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    gpl16699平台的探针注释到基因名(十一月学徒投稿)

    image-20191104214410497现在使用r代码完成这个步骤方法一:使用GEOquery包rm(list = ls()) ## 魔幻操作,一键清空~options(stringsAsFactors 后续挖掘见生信技能树B站系列教学视频需要细读表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 ;解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够 (单机版+R版)根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的差异分析得到的结果注释一文就够然后看B站的GEO数据挖掘技巧,基本上该分享的都在B站和GitHub了,目录如下:第一讲:GEO,表达芯片与R第二讲 :从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲:根据分组信息做差异分析第五讲:对差异基因结果做GOKEGG超几何分布检验富集分析第六讲:指定基因分组boxplot指定基因 list画热图第七讲:根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据第八讲:PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图第九讲:网络图的子网络获取第十讲:hug genes如何找

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    人鼠基因转换之首字母大写

    很久以前我在《生信技能树》分享过教程,如果你处理的是小鼠的基因芯片表达矩阵,最后做gsea等分析要对生物学数据库注释,发现绝大部分数据库都是人类的基因名字,有一个取巧的方法是把基因名字修改一下,如下所示 让我很无,难道我不知道可以严谨一点吗? 回归教程本身,人鼠基因转换之首字母大写在R的师兄,本着不想自己去造轮子的心态,搜索了一下:https:stackoverflow.comquestions6364783capitalize-the-first-letter-of-both-words-in-a-two-word-string 使用R基础函数,自己创造一个人鼠基因名字转换工具!

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    WebSestalt富集分析软件

    今天给大家推荐个软件, WebSestalt (http:www.webgestalt.org)PS:如果会R,当然还是首推clusterprofiler的,毕竟业界公认的好呀。 这样对于不会编程的人而,也是可以很容易上手的。 根据我们之前介绍的三种富集分析的算法,这个数据库也同样基于三种算法分成了三个功能。? 输入想要分析的基因集对于不同的基因分析方式需要输入的基因集不同,其中 ORA 和 NTA 需要输入的都是候选的基因名即可,而 GSEA 则需要输入全基因所有基因的名和相对于的变化倍数。? >>>>数据结果GSEA分析的结果都包括两个方面:一个是整体数据的总结,另外一个就是具体结果的可视化。 1. ORA结果?2. GSEA结果2.1 总体数据汇总网站提供了三种总体数据汇总的方式:表格 、柱状图 以及 火山图 。?

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    多个探针对应同一个基因取最大值的代码进化历史

    我的GEO芯片数据分析教程本来就是为粉丝写的,基本上就是生信菜鸟团QQ群的诸位问什么,我就临时搜索整理讲解那个知识点,非常融洽,目录如下:第一讲:GEO,表达芯片与R第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲 :对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲:根据分组信息做差异分析第五讲:对差异基因结果做GOKEGG超几何分布检验富集分析第六讲:指定基因分组boxplot指定基因list画热图第七讲:根据差异基因list ,我们的斯老师找到了我三年前的博客:多个探针对应一个基因,取平均值或者最大值 我看到里面的留很有趣:一代Array探针可以这么做,RNA seq会出现一个gene symbol对应多个isform的数据 exprSet)=ids exprSet }具体的代码注释,可以看我以前学徒的笔记:分组计算描述性统计量函数—by()函数第三版,使用duplicated和order函数写完第二个版本的时候,这个生信人的20个R习题已经布置给了一百多个学员和学徒 表达芯片的公共数据库挖掘系列推文感兴趣的也可以去看看;解读GEO数据存放规律及下载,一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够(单机版+R版)根据分组信息做差异分析

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    如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA

    下面是四川成都大熊猫基地学员原创教程作者 so_zy, 2020-10-14写此文档的缘由:在做GSEA分析时,由于研究的是非模式生物,从Broad Institue开发的MSigDB没有找到合适的预设基因集 ,没办法顺利进行GSEA. 几经折腾,终于跑上了GSEA. 写此文档为其他研究非模式生物的人员提供一点借鉴。以大熊猫为例:1. 安装并加载R包正常情况下,大家安装R包应该是都问题不大了。 KEGGREST) #用于提取通路及基因信息 #查看KEGGREST说明书browseVignettes(KEGGREST) #加载clusterProfilelibrary(clusterProfile)#用于GSEA

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