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HLA Epitope Registry-HLA抗原表位数据库

采用常规的血清学手段对HLA分型时,由于交叉反应的存在,并不能特异性的鉴定某一种抗原,所以血清学分型的结果,对应的是多个抗原的集合。为了了解HLA抗原的特异性,就必须对其抗原表位进行研究。...HLA Epitope Registry 是一个在线的数据库,存储了HLA Allel 对应的抗原表位信息。...网址如下: http://epregistry.ufpi.br/ 对于不同的HLA 基因座,采用了不同的子数据库进行存储,共有以下几个子数据库 ABC DRB DQB+DQA DPB + DPA MICA...以ABC为例,该数据库存储的是HLA-A , HLA-B, HLA-C 这3个经典的HLA I 型基因的抗原表位信息,网址如下 http://epregistry.ufpi.br/index/databases..., 可以连接到ANFD数据库, 第五列表示抗体反应,如果存在实验证据支持,取值为confirmed,其他则为provisional; 第六列表示抗原表位的结构,第七列表示Luminex 芯片中对应的HLA

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    seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型

    对于不同的HLA Allel来说,exon2和exon3 序列的差异性尤为明显,很多的HLA 分型软件都会根据这部分序列,整理出HLA Allel序列参考数据库。 ?...seq2HLA也采用了类似的策略,通过HLA不同Allel的exon2和exon3的序列,整理了一份HLA参考数据库,通过将RNA_seq的reads与该数据库比对,确定HLA分型结果,原理示意图如下...seq2HLA采用python和R进行开发,安装过程较为简单,直接下载源代码即可,安装过程如下 git clone https://github.com/TRON-Bioinformatics/seq2HLA...cd seq2HLA/ 用法如下: python seq2HLA.py -1 R1.fastq -2 R2.fastq -r test -p 10 -1和-2参数分别指定输入的R1和R2端的fastq...NA B B*39:05' 0.3821314 B*13:48 0.09848174 C C*08:02' NA C*08:02 NA 对于HlA I型基因,给出了A, B, C 三个基因的分型结果

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    HLAreporter : HLA分型软件简介

    在前面的文章中,我们详细介绍了HLA Allel的命名格式,示意图如下 ?...本篇文章主要介绍HLA reporter 软件,该软件可以利用高通量测序的结果进行HLA 分型。其分型结果分辨率高,最多可到9位。下图是该软件与其他同类软件的比较结果 ?.../HLA 数据库中已知的HLA Allel信息,通过bwa将reads与CRP比对,提取比对到某个HLA基因的reads,然后进行组装,将组装的contig与数据库比较,确定最终的Allel。...识别HLA Allel 对于HLA-A , HLA-B, HLA-C 这三个I型基因而言,调用4digit_predict_classI_ssake.sh脚本;对于HLA II 型基因,调用4digit_predict_classII_main.sh...HLA_B HLA_C HLA_DRB1 HLA_DRB2 HLA_DRB3 HLA_DRB4 HLA_DRB5 HLA_DQB1 HLA_DPB1 HLA_DQA1

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    人类白细胞抗原-HLA简介

    HLA全长约3.6M, 含有220多种功能不同的基因,是目前已知的人类染色体中基因密度最高,多态性最为丰富的区域,位置示意图如下 ?...根据基因产物的结构,功能,细胞分布等因素,将HLA基因分成了3大类:HLA-I型基因,包括了HLA-A, HLA-B,HLA-C等经典的抗原基因,还有一些假基因;HLA-II 型基因,其编码产物都是双链蛋白质...,包括DR, DP, DQ等基因,HLA-III型基因,包含了C2,C4,BF等补体基因,还包括其他一些基因,分布图如下 ?...某些特定的HLA蛋白与疾病密切相关,比如HLA-B27在临床检测中作为僵直性脊柱炎的标志物。鉴于其基因的高密度和多态性,在研究之初,专门成立了一个委员会,对不同的HLA等位基因制定了统一的命名规则。...一个典型的HLA等位基因名称,示意图如下 ?

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    SNP2HLA学习笔记

    HLA基因,位于6号染色体上短臂上,长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统,有几十个基因座位,每个基因座位又有几十个等位基因,且呈共显性表达。...1.软件下载 SNP2HLA主软件包:http://software.broadinstitute.org/mpg/snp2hla/data/SNP2HLA_package_v1.0.3.tar.gz...附HLA的临床意义: 1.器官移植:HLA配型能改善移植物的存活率。供体和受体的HLA-A,B.DR完全相同者的存活率显然高于不同者。在尸肾移植中,HLA-DR配型效果更甚于HLA-A,B配型。...临床输血的发热反应中,有些是由HLA抗体引起的,尤其是多次输血的患者,HLA抗体可以破坏白细胞,为避免HLA引起输血反应,可在输血前帮做交叉淋巴细胞毒试验。...因此由于HLA系统的高度多态性;新生儿出生时HLA抗原就忆完整表达;以及HLA的遗传规律已阐明等原因,而使其成为亲子鉴定中的一个有力工具,能肯定某些亲子关系。这在法医学中具有重在意义。

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    娱乐版HLA分型网页升级了

    之前做了一个简单的网页,使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据,当然准确性不咋的,也就玩玩,上线后为大约100+人提供了服务,这是伯值得骄傲的事,因为第一次能为大家提供服务。...请把数据命名为邮箱地址.txt,如zd@163.com.txt 请选择并上传你的芯片数据文件(及扩展数据,可选)即可完成HLA分型。...这是之前网页的信息: 是采用大神开发的snp2hla进行分型的,具体过程可参考我的博客:https://jiawen.zd200572.com/431.html snp2hla是大名鼎鼎的Broad...研究所开发的,通过snp分型数据来获得HLA分型信息的软件。...由于不同芯片的数据中HLA区域位点的数目不同,可能获得的结果有n多候选,请悉知。

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    HLA基因泛癌分析发6分+SCI

    B2M和大多数HLA I类基因的表达水平高于HLA II类基因(图1A),HLA-G和HLA-DO分别为I类和II类基因中表达水平最低的基因。...HLA I类和HLA II类基因的表达水平与M2巨噬细胞,T辅助细胞2没有相关性(图1B)。HLA I类和HLA II类基因的表达水平与免疫原性正相关,HLA II类基因表达水平较高的患者生存率较高。...HLA II类基因的上调会缓解受细胞溶解活性影响的HLA I类基因附近的DNA甲基化 作者认为HLA基因的DNA甲基化是一种潜在的HLA介导的肿瘤逃逸策略。...在C1和C4中HLA I类的启动子甲基化较高(图4B),C2中HLA I类启动子甲基化较高(图4C),HLA II上调与HLA 启动子低甲基化相关(图4D)。...HLA杂合性缺失(LOH)与OS较差有关,但可以通过HLA高表达缓解 接下来,作者研究HLA的杂合性缺失(LOH)并评估其与HLA表达和患者生存期的相关性。

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    Modelsim的仿真之路(基础仿真流程)

    前言 缓了一段时间,该接着开始系列记录了,这一次将开始ModelSim的仿真之路,对于学FPGA或者从业于该行业的人来说,仿真是必不可免的一件事,而仿真的工具也不少,不过感觉ModelSim推荐的指数要高很多...,或许和它优化的能力有关吧~ ~Show Time~ 仿真前夕 在ModelSim中对一个设计进行仿真有几种模式,基本的仿真、工程形式的仿真,还有使用多个库进行仿真,逐个进行介绍下使用步骤; 一:基础仿真步骤...,比如在Linux上编译了,然后可以不需要重新编译,就直接移到Windows上用, 3、载入且运行仿真 编译完成后,选择顶层的激励文件来加载仿真器,载入完成后,仿真界面将处于初始状态,再Run一下就可以开始仿真了...二:工程形式的仿真步骤: 1、创建工程 2、添加设计文件到工程 3、编译设计文件 4、载入且运行仿真 5、对仿真结果进行Debug 可以看出来,工程形式的仿真和基础仿真很相似,多了个工程来对设计文件进行管理...基础仿真 根据上一部分的基础仿真步骤来正式踏入仿真之路~ 先准备好要仿真的文件,将文件放到自己想要的路径下(不要出现中文字符,不然要出问题),准备好之后,打开ModelSim,软件安装的版本可以根据自己情况来装

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    kuka仿真

    Sim Pro是一个仿真软件,专门针对KUKA机器人使用的,因此官方自带的模型都是KUKA机器人,也集成了很多KUKA相关的模型,比如适配kuka机器人的底座,夹爪等周边设备,还有kuka培训站模型。...都是方便我们对于kuka机器人进行仿真的。...如果你对仿真这个行业有所了解的话,你有可能听说过VIsual Components,这是一款来自于芬兰的软件,你会发现Sim和VC的操作界面,设计理念惊人的一致。...除此之外它还具备大部分仿真软件都有的一些功能,如建模,图纸,生成机器人程序,生成3Dpdf等功能。 这个软件使用于哪些场景呢?...其实在我们做项目规划初期,一个良好的仿真会大大的减少出错率,帮助我们正确合理的对所需设备布局。如果我们选定了KUKA机器人,那么Sim则可以帮助我们更准确的建立设备布局。

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