构建表达矩阵 scRNA-seq数据的许多分析以表达矩阵为起点。一般来讲，表达矩阵的每一行代表一个基因，每一列代表一个细胞（但是一些作者会做个转置）。每个条目代表特定基因在给定细胞中的表达水平。...测序数据可视化 (一) IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍...从39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)一文中可以看出，伪比对工具的准确性和稳定性也相对比较高。...这一高可变性可能会引入很强的偏差，需要在下游分析时考虑到。现在的分析通常根据细胞类型或生物通路把细胞/gene混合一起增加检测能力。...练习1 数据是三个不同来源的诱导多功能干细胞的UMI counts和read counts (有关此数据集的详细信息请参阅后续文章)。
对于Smartseq2或其他双端全长转录本方案，数据通常已经拆分好了。...例如GEO或ArrayExpress之类的公共数据存储库会要求小规模或plate-based scRNASeq数据拆分好再上传，并且很多测序服务商提供的数据都是自动拆分好的。...如果使用的分析流程依赖于拆分好的数据但测序服务商提供的数据没有拆分时就需要自己拆分。因为不同的建库方案引入的barcode序列的长度和位置不同，通常都需要自己写脚本解决。...这些数据通常在比对之前先做拆分，从而可以并行比对，提高效率。 我们有公开可用 ()的 perl脚本，可以拆分任何plate-based的建库方案生成的数据，不管有没有UMI。...数据里多少来自真细胞？为了简化计算，写代码排除掉少于10个分子的条形码。
更新下本实验室的两款开源工具箱的进展： 1 - AR lab 效果演示 ? 我一直有关注AR领域的创新，尤其是多屏联动、实时互动、图像分割算法等技术。
19.如果你安装了IDA Python插件（包括IDA Pro的商业版本的插件），运行Lab05-01.py，一个本书中随恶意代码提供的IDA Pro Python脚本，（确定光标是在Ox1001D988...Lab05-01.py sea = ScreenEA() # 获取鼠标位置 for i in range(0x00,0x50): b = Byte(sea+i) #获取每一行的字符...decoded_byte = b ^ 0x55 #将每一行字符 ^ 0x55 PatchByte(sea+i,decoded_byte) # 修复后加载出来 Lab05-01.idc
CSAPP学习过程 这篇文章主要记录CSAPP书和lab的学习过程，具体某个lab的踩坑过程会分别附单独链接，本文主要是记录漫长的学习过程以及方便想学但是尚未开始学习的同学参考，以下是github的lab...image.png Todo Bilibili翻译课程 lecture 1-4 搭建实验环境 Data lab Bilibili翻译课程 lecture 5-9 Bomb lab Attack...lab 前置材料 一本CSAPP CSAPP的bilibili翻译课程 实验材料 参考经验贴1 参考经验贴2 我想做些什么 开设这个仓库是想记录我做CSAPP的lab的过程，也顺便将踩坑过程分享，帮助后人少走弯路...学习过程（以Lab为单位总结） 简单查阅别的学习经验后，大多数人的分享都说看书再多遍也不如做lab学到的多，lab是课程的精髓，我已经粗略的学过编译原理，计算机组成原理和操作系统，所以我会比较快速的过一遍网课然后开始...lab，目标3个月完成大多数的lab（也许有一些实在不感兴趣的lab会跳过） Timeline 2022-03-30 完成Datalab 2022-03-28 完成实验环境搭建 2022-03-27 完成
细胞过滤 手动过滤 基于前面的分析定义一个过滤器，不满足任何一个条件的细胞都过滤掉: umi$use <- ( # sufficient features (genes) filter_by_expr_features...PCA分析进而自动挑出异常细胞的方法。...默认，下面这些统计量将用于PCA异常细胞检测的分析： pct_counts_top_100_features total_features_by_counts pct_counts_feature_controls...，然后使用mvoutlier包筛选质控数据与大部分细胞不同的样品定义为低质量细胞。...自动异常细胞检测是很有意义的，可以作为工厂化大批量模式使用，但特异性的手动检测数据集和根据结果、实验调整过滤是推荐的方式。
虽然前面做了原始数据质控和测序数据质控移除了一部分从reads数层面就不合格的细胞，还需要进一步根据表达矩阵移除其它类型低质量细胞。如果未能识别并移除低质量细胞会混淆下游分析中的有意义的生物信息。...因此，执行质控时，我们是通过数据集内部比较找到异常细胞，而不是依赖于其它独立的质量标准。因此比较不同的建库方法获得的不同数据集时需要格外注意。...Tung数据集 我们使用芝加哥大学Yoav Gilad实验室的3个不同来源的诱导多能性干细胞 (iPSC)的数据集 (http://jdblischak.github.io/singleCellSeq/...细胞分选采用Fluidigm C1微流控台，同时使用UMIs和ERCC spike in进行质控为了保证可重复性，数据是2016年3月15生成的原始数据的拷贝，存储于tung文件夹下。...通过使用SingleCellExperiment (SCE) 和scater包标准化分析过程。
MIT 6.830数据库系统 -- lab six 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建，我已经更改为Maven构建，大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现，会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中，我们将要实现基于日志的中止回滚和崩溃恢复。源码中提供了定义日志格式的代码，并在事务期间的适当时间将记录附加到日志文件中。...要实现的是simpledb的日志系统，以支持回滚和崩溃恢复；在lab4事务中，我们并没有考虑事务执行过程中，如果机器故障或者停电了数据丢失的问题，bufferpool采用的是no-steal/force...byte[] oldData; } 数据页一开始的旧数据是空的，那什么时候会对旧数据进行更新呢？...checkpoint后commit了，处理情况如下: 如果活跃事务一在checkpoint后没有commit记录或者存在abort记录,则需要执行回滚操作 ---- 测试结果 ---- 疑问点分析
MIT 6.830数据库系统 -- lab four 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建，我已经更改为Maven构建，大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现，会放在lab/分支下。...---- 事务 事务是一组以原子方式执行的数据库操作(例如插入、删除和读取)，也就是说，要么所有的动作都完成了，要么一个动作都没有完成，而数据库的外部观察者并不清楚这些动作不是作为单个不可分割动作的一部分完成的...两阶段锁协议的主要内容如下： 在对任何数据进行读、写操作之前，事务首先要获得对该数据的封锁。在对任何数据进行读操作之前要申请获得S锁，在进行写操作之前要申请获得X锁。...tid, boolean commit) { // some code goes here // not necessary for lab1|lab2
MIT 6.830数据库系统 -- lab two 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建，我已经更改为Maven构建，大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现，会放在lab/分支下。 Lab Two lab2必须在lab1提交的代码基础上进行开发，否则无法完成相应的练习。此外，实验还提供了源码中不存在的额外测试文件。...,主要负责维护Page数据组织格式和数据读写操作,其内部属性如下所示: public class HeapPage implements Page { final HeapPageId pid;...fetchNext方法这里就是Insert装饰器对象需要实现的方法，其内部调用被装饰器对象的next方法获取所有数据，然后执行insert操作，同时计算插入数据条数，最终返回的是插入的数据条数。...data.txt 2 "int,int" 接下来创建数据库目录文件catalog.txt： data (f1 int, f2 int) 该文件会告诉SimpleDB数据库中包含一个表：data，其结构为两个
MIT 6.830 Lab One 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建，我已经更改为Maven构建，大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi/simple-db-hw...各个lab的实现，会放在lab/分支下。...，Table 并不是数据库的操作单位。...，例如： 这里并不提供SQL语言，而是通过一系列的查询操作来组成查询计划，在后续的实验中将会提供简单的解析器 视图 除了整数和定长字符串以外的数据类型 查询优化(后续实验提供) ---- Lab One...Lab对应的中文文档已上传至仓库，大家请自行查阅: 下面是SimpleDB实现的一个大致框架： 实现管理tuples的类Tuple、TupleDesc，项目中已经提供了Field、IntField
MIT 6.830数据库系统 -- lab 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建，我已经更改为Maven构建，大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现，会放在lab/分支下。...本节理论基础可参考: CMU 15-445 – Query Optimization ---- 前言 我们应该在lab2的基础上进行开发，完成lab3的练习 下面是本实验的大纲： 实现TableStats...+ ntups(t1) x ntups(t2) //CPU cost ntups(t1)是表t1的元组数量 ---- 可选择性 可选择性如何理解: 可选择性指的是当前谓词匹配能够过滤出多少符合条件的数据或者过滤出的这批数据占总数据量比例是多少...* * This class is not needed in implementing lab1 and lab2. */ public class TableStats {
MIT 6.830数据库系统 -- lab five 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建，我已经更改为Maven构建，大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现，会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中，我们将会实现B+树索引用于高效查询和范围扫描。...叶子节点可以包括数据记录或者指向其他数据库文件的指针。为了简单起见，我们实现的B+树的叶子节点只包括数据记录。...B+树内部节点是不保存数据的，只作索引作用，它的叶子节点才保存数据。...---- 小结 本节详细代码可以参考仓库lab five分支，相关类核心源码注释都已给出，大部分是笔者个人拙见，难免有错，希望大家带着辩证的视角去看待。
Neurodata Lab是一间实时情绪分析和消费者行为分析(real-time emotion analytics and analysis of consumer behavior)的AI初创公司。...通过客户言语自动探究客户满意度 Neurodata Lab通过分析特定的参数，如停顿，声高，总体交谈时间等，分析和计算用户满意指数(Customer Satisfaction Index）。...银行经理可以收到用户情绪识别统计数据，以及用户满意度指数(Customer Satisfaction Index)的动态报告(dynamics)，以及服务效率的比较性指标(comparative indicator...Nuerodata Lab声明说，Neurodata Lab的技术可以广泛应用于银行，保险和零售领域 (banking, insurance and retail），通过可靠的实时分析，快速的管理用户体验和服务质量...语音助理技术未来将支持情绪智能 2018年19月份， Amazon向美国专利和商标局( US Patent and Trademark Office)提交(file patent）了通过语音助理数据分析用户情绪的专利
简介 我们使用 Tabula Muris最开始释放的数据做为测试数据来完成完整的单细胞数据分析。The Tabula Muris是一个国际合作组织，目的是采用标准方法生成小鼠每个细胞的图谱。...下载数据 与其它sc-RNASeq数据上传到GEO或ArrayExpress不同，Tabula Muris通过figshare平台释放数据。...考虑到10X数据每一批的cellbarcode是有重叠的，所以在合并数据前，需要把批次信息与barcode信息合并一起。...所以对数据做下修正，使得10X与FACS的数据一致。...也需要格式化这些信息，但可能这些与FACS数据的mouse id会不一致，进而影响下游分析。如果小鼠不是纯系，可能需要通过exonic-SNP把细胞和对应的小鼠联系起来 (本课程不会涉及)。
自行填写，懒得找了，可以参考kiprey 练习一 理解内核级信号量的实现和基于内核级信号量的哲学家就餐问题（不需要编码） 完成练习0后，建议大家比较一下（可用meld等文件diff比较软件）个人完成的lab6...和练习0完成后的刚修改的lab7之间的区别，分析了解lab7采用信号量的执行过程。...//看注释知道要做什么 void cond_signal (condvar_t *cvp) { //LAB7 EXERCISE1: YOUR CODE cprintf("cond_signal...Notice: mp is mutex semaphore for monitor's procedures void cond_wait (condvar_t *cvp) { //LAB7 EXERCISE1
注意：我们输入的第一个数字在rsp中，而整数占4个字节，也就是说rsp+0x4的位置存放的正是我们输入的第二个数字，请记住这一点，在后面的分析中非常重要 对Phase_2的分析 我们关注一下这四句话...那接下来我们就来分析分析func4这个函数的功能 使用命令disassemble func4来得到func4的汇编代码： 0x0000000000400fce : sub rsp...那么我们现在有了密码的第一个线索：密码的长度为6 当通过这一步检验后，会跳到+112的位置，这里将eax清零后，便跳到了+41的位置，其实经过我们后面的分析，会发现这里其实是一个循环，那现在我们来分析分析...当循环结束后，就会到Phase_5 的位置，那我们先来分析分析这里。...对密码的分析 请看我们前面对于+41处的分析，我们会发现，我们输入的值并没有直接与正确答案比较，而是转换得到了一个新的字符串，也就是说，当我们输入了flyers后，程序得到的并不是这个字符串，而是转换后的字符串
提供基本脚本扫描能力 discovery: 对网络进行更多的信息，如SMB枚举、SNMP查询等 dos: 用于进行拒绝服务攻击 exploit: 利用已知的漏洞入侵系统 external: 利用第三方的数据库或资源
LAB_3 NAT 一．NAT概述... 1 二．NAT综合实验... 3 三．TCP/UDP端口NAT映射... 5 四．利用地址转换实现负载均衡... 6 一．NAT概述 ·NAT核心思想：将私网地址转换成公网地址...数据包采用内部本地地址为源地址，外部本地地址为目的地址进行封装。 （2）NAT路由器先检查在路由表中是否有包含数据包目的地址的路由表项。如果没有与目的地址相匹配的路由表顶，则该数据包被丢弃。...如果有与目的地址相匹配的路由表项，则路由器检验数据包是否是从内部网络发往外部网络的，并且检验数据包是否与已配置的NAT匹配。...如果找到了，则把数据包的源地址用内部本地全局地址替换；如果仅配置了静态NAT，而没有与数据包匹配的静态NAT表项，则数据包不被转换，而直接被路由转发。...如果没有发现与之匹配的NAT表项，数据包不被转换而直接检查与目的地址匹配的路由表。如果没有发现与目的地址路由表项，则数据包将被丢弃。 ?
那么就直接进入正题，以下是各道题目的要求，代码和简要思路，这个实验主要就是要在限定的操作符和操作数下完成数据的转换。...; unsigned float_i2f(int x); int float_f2i(unsigned uf); 接下来是具体的题目： 1.仅允许使用~和&来实现异或 异或也就是两个数据不同的位变为
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