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J. Med. Chem. | FFLOM:一种基于流的从片段到先导化合物优化的自回归模型

今天给大家介绍浙江大学药学院侯廷军教授和康玉副教授团队、齐鲁制药合作在Journal of Medicinal Chemistry发表的一篇论文“FFLOM: A Flow-Based Autoregressive Model for Fragment-to-Lead Optimization”。该文提出了一种新的基于流(flow)的自回归模型FFLOM,可用于先导化合物优化任务中小分子的连接子(linker)和R基团设计,使用者可自定义待修改片段和生成长度,在保留优势区域及其构象的前提下对局部片段进行改进。在ZINC、CASF和PDBbind等多个测试集上的评估显示,FFLOM生成的分子在有效性、唯一性、新颖性和重现率指标上均表现良好;在片段连接、PROTAC设计、R基团生长和R基团优化四个实际应用案例中,不仅能够复现实验验证的基线分子,且能生成大量结合亲和力打分更优的新颖结构。

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