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原始数据到计数矩阵

(特定于方法的步骤,依方法的不同而有变化):格式化读取,分离样本,映射和量化 原始计数的质量控制:过滤质量差的细胞 过滤计数后的聚类:基于转录活性的相似性将细胞聚类(细胞类型=不同聚类) 标记鉴定:识别每个聚类的基因标记...计数矩阵的生成 我们将首先讨论此工作流的第一部分,即从原始测序数据生成计数矩阵。我们将重点介绍基于液滴的方法所使用的3‘端测序,如inDrops、10X Genomics和Drop-Seq。 ?...测序后,测序工具将以BCL或FASTQ格式输出原始测序数据,或生成计数矩阵。如果读取的是BCL格式,则我们将需要转换为FASTQ格式。有一个有用的命令行工具bcl2fastq,可以轻松地执行此转换。...对于许多scRNA-seq方法,从原始测序数据到生成计数矩阵都将经历相似的步骤。 ?...结果输出是一个按基因计数的细胞矩阵: ? 图片来源:extracted from Lafzi et al.

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你以为它是表达量芯片的原始信号值矩阵吗?

1-背景 顺着上周与大家分享的nanostring芯片原始数据的提取, 我看到了曾老师于20年布置的学徒作业~ 链接如下:《Nanostring的表达矩阵分析也是大同小异》 Nanostring的表达矩阵分析也是大同小异...- 知乎 (zhihu.com) 就是要复现上图~ 草草一看应该是提取原始数据,取差异基因然后绘图吧。...文章的最后看到了老师的期望,就决定从原始数据开始分析。 那我们就开始吧 2- 找原始数据 在补充材料里面看到的了GSE编号 GSE134129,虽然老师在知乎上也说了.....下载原始数据 3- 获取总表达矩阵 这次的初始文件是txt格式的,之前是RCC格式的(这可能就是问题所在????)...关于目标图文章中为数不多的描述 那就从作者提供的矩阵开始复现吧。

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Java-矩阵乘法

-----Winston Leonard Spencer Churchill 文末附上详细代码 思路: 矩阵乘法的前提是:前一矩阵的行数 == 后一矩阵的列数(rows == cols) 在满足前提的情况下...:前一矩阵的第一行 与 第二个矩阵的第一列 逐个相乘。...将乘积求和 作为 结果矩阵的第一个元素 类推刻得到:结果矩阵的 第 [row][col] 个元素 = 前一矩阵的第 row 行 与 后一矩阵的 col列上的元素 逐一相乘 后的乘积之和 代码及解析: 一...、算法剖析: 1.设置两个for循环用来控制结果(输出)矩阵的 待赋值元素位置 (即 matrix[i][j] ) 2.在这两个循环环中再嵌套上一个循环 这个循环起到关键作用 它用来控制 前一矩阵第 i...行元素的列数 以及 后一矩阵 第 j 列的行数 二、算法代码: ​/* * 计算两个矩阵相乘的方法 */ public Matrix mutiply(Matrix m){ Matrix result

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Strassen矩阵乘法问题(Java

Strassen矩阵乘法问题(Java) 1、前置介绍 2、代码实现 3、复杂度分析 4、参考资料 ---- ---- 1、前置介绍 矩阵乘法是线性代数中最常见的问题之一 ,它在数值计算中有广泛的应用...设A和B是2个nXn矩阵, 它们的乘积AB同样是一个nXn矩阵。...因此,得到矩阵C的n2 个元素所需的计算时间为 O(n3) 。...使用与上例类似的技术,将矩阵A,B和C中每一矩阵都分块成4个大小相等的子矩阵。由此可将方程C=AB重写为: 2个n阶方阵的乘积转换为7个n/2 阶方阵的乘积和18个n/2阶方阵的加减法。...: * 例子:将 4 * 4 的矩阵,变为 2 * 2 的矩阵, * 那么原矩阵左上、右上、左下、右下的四个元素分别归为新矩阵

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Java 包装类:原始数据类型与迭代器

Iterator 是 Java 中用于遍历集合的强大工具。它提供了灵活的迭代方式,并支持元素的删除。...Java 包装类Java 包装类为原始数据类型(如 int、boolean 等)提供了对象表示形式。这使得将原始数据类型与需要对象的 API 一起使用成为可能。...原始类型与包装类下表列出了 Java 中的原始类型及其对应的包装类:原始类型包装类byteByteshortShortintIntegerlongLongfloatFloatdoubleDoublebooleanBooleancharCharacter...5 开始,自动装箱和拆箱允许将原始类型隐式转换为包装类,反之亦然。...它们在许多场景下都很有用,例如:将原始数据类型与需要对象的 API 一起使用将原始数据类型存储在集合中使用包装类提供的额外方法建议:在需要将原始数据类型用作对象时使用包装类。

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模型矩阵、视图矩阵、投影矩阵

总而言之,模型视图投影矩阵=投影矩阵×视图矩阵×模型矩阵,模型矩阵将顶点从局部坐标系转化到世界坐标系中,视图矩阵将顶点从世界坐标系转化到视图坐标系下,而投影矩阵将顶点从视图坐标系转化到规范立方体中。...;如果局部坐标系还要继续变换,只要将新的变换矩阵按照顺序左乘这个矩阵,得到的新矩阵能够表示之前所有变换效果的叠加,这个矩阵称为「模型矩阵」。...这个表示整个世界变换的矩阵又称为「视图矩阵」,因为他们经常一起工作,所以将视图矩阵乘以模型矩阵得到的矩阵称为「模型视图矩阵」。...考虑一辆行驶中的汽车的轮胎,其模型视图矩阵是局部模型矩阵(描述轮胎的旋转)左乘汽车的模型矩阵(描述汽车的行驶)再左乘视图矩阵得到的。 投影矩阵 投影矩阵将视图坐标系中的顶点转化到平面上。...最后,根据投影矩阵×视图矩阵×模型矩阵求出模型视图投影矩阵,顶点坐标乘以该矩阵就直接获得其在规范立方体中的坐标了。这个矩阵通常作为一个整体出现在着色器中。

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